View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3918_low_12 (Length: 761)

Name: NF3918_low_12
Description: NF3918
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3918_low_12
NF3918_low_12
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-742)||(30239436-30240175)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 30240175 - 30239436
Alignment:
Q  1 ttactacctagagacttttaactactatttttgcaaagaaatatgcaatgtgacaaatggatgcaaaaacgtgtttcannnnnnnnnnnncattcactac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||    
T  30240175 ttactacctagagacttttaactactatttttgcaaagaaatatgcaatgtgacaaatggatgcaaaaacgtgtttcatttttatttttccattcactac 30240076  T
Q  101 cactgaatgattataagtggaagataaagttctaatataacttactatatccatcgccattgccagtggatcgaagaatgtgataatattattatattca 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||    
T  30240075 cactgaatgatta-aagtggaagataaagttctagtataacttactatatccatcgccattgccagtggattgaagaatgtgata---ttattatattca 30239980  T
Q  201 tcaataatgtccccttctatatcatagtagaaaacactcataggggttatgatcaccaccctacctgtaatccactgcgaattgggtgaatggggtttgg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239979 tcaataatgtccccttctatatcatagtagaaaacactcataggggttatgatcaccaccctacctgtaatccactgcgaattgggtgaatggggtttgg 30239880  T
Q  301 accacaaggttccatccatcc--acaccaaaatgtcacaaactcatacctattggctccaatatttgaataataactactcttctggttcattctcttca 398  Q
    ||||||||||||||||||  |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239879 accacaaggttccatccacaccaaaaccaaaatgtcacaaactcatacctattggctccaatatttgaataataactactcttctggttcattctcttca 30239780  T
Q  399 caagctccatttatttctacactgcatttaatattctgctcaaatggtccatattgtgggatttttagtgctcatggaagtgctctgattctgaccannn 498  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  30239779 caggctccatttatttctacattgcatttaatattctgctcaaatggtccatattgtgggatttttagtgctcatggaagtgctctgattctgaccattt 30239680  T
Q  499 nnnnaaccaagtccaaacaaaatgaaacattttcatcggtcagattannnnnnnatcttttcatgacaccgactgaatcaatccaaccctaccatccaat 598  Q
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239679 ttttaaccaagtccaaacaaaatgaaacattttcatcggtcagattatttttttatcttttcatgacaccgactgaatcaatccaaccctaccatccaat 30239580  T
Q  599 tacttgggttgagtttttataccacctatgaccaaactcaccgcatgatatataatatagtatatagtgctatgtcagtgtccaattcctttgtcattaa 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239579 tacttgggttgagtttttataccacctatgaccaaactcaccgcatgatatataatatagtatatagtgctatgtcagtgtccaattcctttgtcattaa 30239480  T
Q  699 caattagcactaaagtaggaaagaccaattttgtctatggtccc 742  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30239479 caattagcactaaagtaggaaagaccatttttgtctatggtccc 30239436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University