View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3919_low_1 (Length: 904)

Name: NF3919_low_1
Description: NF3919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3919_low_1
NF3919_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-834)||(38930771-38931593)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 747; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 747; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 834
Target Start/End: Original strand, 38930771 - 38931593
Alignment:
Q  18 cacatagtatttcctttattttacataatattaactttcaacataagatta----agttacaccatggcaaaatagccatcctggattcgagaatcagga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  38930771 cacatagtatttcctttattttacataatattaactttcaacataagattaattaagttacaccatggcaatatagccatcctgaattcgagaatcagga 38930870  T
Q  114 gttgccaaaacaccctcattacgattattcttcaactcattcacttcttgtggactaagcccaaaaacatgagcaagtacttccccaggtgttgcactaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38930871 gttgccaaaacaccctcattacgattattcttcaactcattcacttcttgtggactaagcccaaaaacatgagcaagtacttccccaggtgttgcactaa 38930970  T
Q  214 tcgctgaatcacgccctatcattgtactaatctcagctctatcatttgttttgaaaactatgtattccaatccctcactctccgcctgttctgccaccgc 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38930971 tcgctgaatcacgccctatcattgtactaatctcagctctatcatttgttttgaaaactatgtattccaatccctcactctccgcctgttctgccactgc 38931070  T
Q  314 gaaattctgcggcaccaccaacaatcttcccctttttacctctccattgaacaccgattttccctcactattcaccacttgaaccctccctcttcctctt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931071 gaaattctgcggcaccaccaacaatcttcccctttttacctctccattgaacactgattttccctcactattcaccacttgaaccctccctcttcctctt 38931170  T
Q  414 gttacatacattatgctgttcgcattcatgttccaatgtggcacaaatataccatcctgcacataagcgaaatatcagttaagttaaatttaaatgatat 513  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931171 gttacgtacattatgctgttcgcattcatgttccaatgtggcacaaatataccatcctgcacataagcgaaatatcagttaagttaaatttaaatgatat 38931270  T
Q  514 agttcaatg--taacacgtgacttctgcaatacagaattgcagaatgatgcacttatttagttaccttgtagaggtaaacccattgggcactaagatgaa 611  Q
    |||||| ||  | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931271 agttcagtgtctgacacgtgacttctgcaattcataattgcagaatgatgcacttatttaattaccttgtagaggtaaacccattgggcactaagatgaa 38931370  T
Q  612 gcaatttgagaactgggagagtcaaactattgacattcgttatacgacctgctcttgggttaaacacatcggcacgtgaaggatcagctatgttctcatg 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931371 gcaatttgagaactgggagagtcaaactattgacattcgttatacgacctgctcttgggttaaacacatcggcacgtgaaggatcagctatgttctcatg 38931470  T
Q  712 aagcttcaatgtgcaaacggtttcatcgaagaagttgtgttgttcttcatgttctctggttcttgttctctcaccatggcttctttctttttcaccatgg 811  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931471 aagcttcaatgtgcaaacagtttcatcgaagaagttgtgttgtccttcatgttctctggttcttgttctctcaccatggcttctttctttttcaccatgg 38931570  T
Q  812 tgacaatgctctttagtttttgt 834  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  38931571 tgacaatgctctttagtttttgt 38931593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University