View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3926_low_4 (Length: 415)

Name: NF3926_low_4
Description: NF3926
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3926_low_4
NF3926_low_4
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-407)||(38316822-38317228)
chr8 (1-402)||(38325672-38326073)
chr8 (1-366)||(38320958-38321323)
chr8 (1-402)||(38300177-38300578)
chr8 (1-366)||(38308860-38309225)
chr8 (1-402)||(38306096-38306487)
chr8 (4-362)||(38313458-38313816)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-401)||(38850117-38850517)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 38317228 - 38316822
Alignment:
Q  1 atcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38317228 atcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaag 38317129  T
Q  101 taggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38317128 taggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggaca 38317029  T
Q  201 taacaggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagac 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38317028 taactggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagac 38316929  T
Q  301 atgtccagatgcaggcgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttgtccttctattttttgaattcctcacaaacatga 400  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38316928 atgtccagatgcaggcaaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttgtccttctattttttgaattcctcacaaacatga 38316829  T
Q  401 tgatgtc 407  Q
    || ||||    
T  38316828 tgctgtc 38316822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 38326073 - 38325672
Alignment:
Q  1 atcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||    
T  38326073 atcctttcagccattctctttataacttcatcttcatctcccaaagtagcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaattacaaattggaag 38325974  T
Q  101 taggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggaca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| | | |  |||||||    
T  38325973 taggatgcgttgtgtcattaatcatgttagcagtttcacaaaaaggcaacaagaatgcacagatcttttctactcttttctactcttctaccgaaggaca 38325874  T
Q  201 taacaggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagac 300  Q
    ||||   |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38325873 taactcataattatcctcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcagactcatagac 38325774  T
Q  301 atgtccagatgcaggcgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttgtccttctattttttgaattcctcacaaacatga 400  Q
      |||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  38325773 gagtcctgatgcaagcgaacggaactatcgacaccaccaaccttttcaatgcattccttaaatttctcccttctactctttgaatgcctcacaaacatga 38325674  T
Q  401 tg 402  Q
    ||    
T  38325673 tg 38325672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 38321323 - 38320958
Alignment:
Q  1 atcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  38321323 atcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaag 38321224  T
Q  101 taggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggaca 200  Q
    ||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | | |  |||||||    
T  38321223 taggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacacacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggaca 38321124  T
Q  201 taacaggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagac 300  Q
    ||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  38321123 taactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcatagac 38321024  T
Q  301 atgtccagatgcaggcgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaatttt 366  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38321023 atgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaatttt 38320958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 38300578 - 38300177
Alignment:
Q  1 atcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  38300578 atcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaaggcattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaag 38300479  T
Q  101 taggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggaca 200  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| | | |  |||||||    
T  38300478 taggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggaca 38300379  T
Q  201 taacaggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagac 300  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||  ||  ||| |    
T  38300378 taacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgagttcactcttttaggc 38300279  T
Q  301 atgtccagatgcaggcgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttgtccttctattttttgaattcctcacaaacatga 400  Q
     |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||| | | ||||||| ||||||||||||||    
T  38300278 gtgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactccttaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatga 38300179  T
Q  401 tg 402  Q
    ||    
T  38300178 tg 38300177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 38309225 - 38308860
Alignment:
Q  1 atcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaag 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  38309225 atcctttcaaccattctctttatatcttcatcttcatctcccaaattatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaag 38309126  T
Q  101 taggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggaca 200  Q
    || |||| ||||   |||| ||| |||||||||||||   |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |||   ||||||    
T  38309125 tacgatgtgttgcaccatttatcgtgttggcagtttcgctaaaaggcaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttctgccgcaggaca 38309026  T
Q  201 taacaggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagac 300  Q
    | |    |||  ||| ||||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  38309025 tgaatcataaccatcgtcatacaagtgaagactttcaaatgcaagctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcatagac 38308926  T
Q  301 atgtccagatgcaggcgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaatttt 366  Q
    ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38308925 atgtctagatgcaaacgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaatttt 38308860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 38306487 - 38306096
Alignment:
Q  1 atcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaag 100  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  38306487 atccttttagccattctcgctataacttcatcttcatctcccaaactatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaag 38306388  T
Q  101 taggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggaca 200  Q
    | ||||| ||||   |||| ||||||||||||||||||  |||||||| || ||| |||||||||||||| |||||||| ||           |||||||    
T  38306387 tgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacgaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccactcttttgcag----------aaggaca 38306298  T
Q  201 taacaggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagac 300  Q
      | |  |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  38306297 cgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagac 38306198  T
Q  301 atgtccagatgcaggcgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttgtccttctattttttgaattcctcacaaacatga 400  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||| ||    
T  38306197 atgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaacgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaaga 38306098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 4 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 38313816 - 38313458
Alignment:
Q  4 ctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaagtag 103  Q
    |||| ||||||||||  || || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  38313816 cttttagccattctcgctacaaattcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaatacaagttggaagtag 38313717  T
Q  104 gatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggacataa 203  Q
    |||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || | |||   ||||||| |    
T  38313716 gatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttctgccgcaggacatga 38313617  T
Q  204 caggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagacatg 303  Q
        |||| ||||||||||||||||| |||||||||  || || |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||     
T  38313616 atcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcatagacata 38313517  T
Q  304 tccagatgcaggcgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaa 362  Q
    || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38313516 tctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaa 38313458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 401
Target Start/End: Original strand, 38850117 - 38850517
Alignment:
Q  1 atcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  38850117 atcctttcagccattttctttatatcttcatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgtaaaaaatacaagttggaag 38850216  T
Q  101 taggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggaca 200  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  ||  |||||||    
T  38850217 taggatgtgttgtgctattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaacaggaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttccgccgaaggaca 38850316  T
Q  201 taacaggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagac 300  Q
    |||    ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||||||||||| |||||||||| || |||||||||  ||| |||||||||     
T  38850317 taaatcataactatcatcatacaagtgaaaactttcaaacgcacaccggtatttaagagctctttcaagcaacatataagttgaactcaaactcatagat 38850416  T
Q  301 atgtccagatgcaggcgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttgtccttctattttttgaattcctcacaaacatga 400  Q
    || |||| ||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  38850417 atatccaaatgtaagtgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaaagcactccttaaatttttccctcctactctttgaatgcctcacaaacatga 38850516  T
Q  401 t 401  Q
    |    
T  38850517 t 38850517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University