View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3929_low_2 (Length: 1050)

Name: NF3929_low_2
Description: NF3929
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3929_low_2
NF3929_low_2
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (63-657)||(8340681-8341272)
chr5 (713-1040)||(8341332-8341659)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (70-572)||(17477635-17478135)
chr8 (713-903)||(17478279-17478469)
chr8 (298-574)||(4427550-4427826)
chr8 (291-485)||(29585354-29585551)
chr8 (713-931)||(32849170-32849388)
chr8 (713-892)||(4441976-4442155)
chr8 (947-1040)||(17478544-17478637)
chr8 (319-366)||(24935062-24935109)
chr8 (853-902)||(24951964-24952013)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (945-1031)||(8366420-8366506)
chr4 (945-1031)||(8382421-8382505)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 63 - 657
Target Start/End: Original strand, 8340681 - 8341272
Alignment:
Q  63 ctagtacatttgatttgtttggtttctgaattgtgatatataacattttcttgtttgttcgtcagtctctctggtgcagttcatgtaagcatccaacact 162  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8340681 ctagtatatttgatttgtttggtttctgaattgtgatatataacattttcttgtttgttcgtcagtctctctggtgcagttcatgtaagcatccaacact 8340780  T
Q  163 ccacggctgttagtttgccatcactaaagatgttgatgatcgacattggttatgctgaagtatcttctttgaatgcacttcttgatggctgctcaagtat 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8340781 ccacggctgttagtttgccatcactaaagatgttgatgatcgacattggttatgttgaagtatcttctgtgaatgcacttcttgatggctgctcaagtat 8340880  T
Q  263 agaaattctggatctttgcttttcagcccaaagcttggataaagtttgtgtctcgccttccttgaaaaggttaaaaatcaccattgagaatgatgttgga 362  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8340881 agaaattctggatcttggcttttcagcccaaagcttggataaagtttgtgtcccgccttccttgaaaaggttgaaaatcaccattgagaatgatgttgga 8340980  T
Q  363 gcttacttggaagtaaatgcgccggatcttcaataccttaacattacccaaatcacattcggcgaaggtttcagcttgtacagcttgcccaacgtggtgg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8340981 gcttacttggaagtaaatgcgccggatcttcaataccttaacattacccaaatcacattcggcgaaggtttcagcttgtacagcttgcccaacgtggtgg 8341080  T
Q  463 aagcgtatcttgatgtctttcccacgtcgcttggttccatcgtccctttgcacaacctctttggcgctctctctggggcaaaacatctcatgttgagtcg 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8341081 aagcgtatcttgatgtctttcccacgtcgcttggttccatcgtacctttgcacaacctctttggcgctctctctggggcaaaacatctcatgttgagtcg 8341180  T
Q  563 ttcaacaaccaaaggttaaggtttttctttagtcattttacgtttacctcttcatttatatagagttagtacctaaccaataataaatcattaag 657  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8341181 ttcaacaacc-aaggttaaggtttttctttagtcattttacgtttacctcttcatt--tatagagttagtacctaaccaataataaatcattaag 8341272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 713 - 1040
Target Start/End: Original strand, 8341332 - 8341659
Alignment:
Q  713 gtactaattactacttgatatcgtgtacaaacagtggctgctaggtgaaccccatgagatgctttttcaagaatttcaatatttgattcgccttgagctc 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8341332 gtactaattactacttgatatcgtgtacaaacagtggctgctaggtgaaccccatgagatgctttttcaagaatttcaatatttgattcgccttgagctc 8341431  T
Q  813 gttcttccctggtttaactcaaattctcttctccacttgattcagaaatgtcccttgctccaagctctcataattcagaatgacaaggtttcatttaatc 912  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8341432 gttctttcctggtttaactcaaattctcttctccacttgattcagaaatgtcccttgctccaacctctcataattcagaatgacaaggtttcatttaatc 8341531  T
Q  913 caagcttaaattggtctattaaactttgttgctaaattagaagttgcatcttattgaacactacgctactgaatatatgacatgattaattcattattaa 1012  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8341532 caagcttaatttggtctattaaactttgttgctaaatcagaagttgcatcttattgaacactacgctactgaatatacgacatgattaattcattattaa 8341631  T
Q  1013 gaatattgcatcttattcatgccctttg 1040  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8341632 gaatattgcatcttattcatgccctttg 8341659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 124; Significance: 3e-63; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 70 - 572
Target Start/End: Original strand, 17477635 - 17478135
Alignment:
Q  70 atttgatttgtttggtttctgaattgtgatatataacattttcttgtttgttcgtcagtctctctggtgcagttcatgtaagcatccaacactccacggc 169  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| || | | ||||||| ||||||||| ||||| | ||  ||| | |||||||||||| ||||     
T  17477635 atttgatttttttggtttctgaattgtgatata--acacttacatatttgttcctcagtctctgtggtgaaatttgtgttaacatccaacactctacggt 17477732  T
Q  170 tgttagtttgccatcactaaagatgttgatgatcgacattggttatgctgaagtatcttctttgaatgcacttcttgatggctgctcaagtatagaaatt 269  Q
      ||||||| || |||||||||||| || | ||| | |||||| ||   |||||| ||||  | |||||||| ||   ||||||| ||| |||||||  |    
T  17477733 gattagtttaccgtcactaaagatgctgctaatcaatattggtcatatggaagtaccttccattaatgcactcctctgtggctgcccaaatatagaatct 17477832  T
Q  270 ctggatctttgcttttcagcccaaagcttggataaagtttgtgtctcgccttccttgaaaaggttaaaaatcaccattgagaatgatgttggagcttact 369  Q
    ||| ||||| |||||||  | |||||||| || ||||||||  || | ||| ||||||||||| | ||||||||| | |  |||| |||||| ||||||     
T  17477833 ctgaatcttggcttttctccgcaaagcttagacaaagtttgcatcccacctcccttgaaaaggcttaaaatcaccgtagcaaatgttgttggggcttacc 17477932  T
Q  370 tggaagtaaatgcgccggatcttcaataccttaacattacccaaatcacattcggcgaaggtttcagcttgtacagcttgcccaacgtggtggaagcgta 469  Q
    | ||| ||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||| | |||| | ||||| ||| ||||||||||||||    
T  17477933 ttgaaataaatgcaccgaatcttgagtaccttaacattaccggaatcacattcggccaagttttcaccatgtataacttgcacaatgtggtggaagcgta 17478032  T
Q  470 tcttgatgtctttcccacgtcgcttggttccatcgtccctttgcacaacctctttggcgctctctctggggcaaaacatctcatgttgagtcgttcaaca 569  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||| ||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||| | |||||| |  ||||||||| |||||||    
T  17478033 tcttgatgtctttccccaatcgcttggttccgtcgtcgctttacacaatctccttggtgctctctctgggactaaacatttagtgttgagtcattcaaca 17478132  T
Q  570 acc 572  Q
    |||    
T  17478133 acc 17478135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 713 - 903
Target Start/End: Original strand, 17478279 - 17478469
Alignment:
Q  713 gtactaattactacttgatatcgtgtacaaacagtggctgctaggtgaaccccatgagatgctttttcaagaatttcaatatttgattcgccttgagctc 812  Q
    |||||||||| || ||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||||  |  | ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||    
T  17478279 gtactaattagtagttggtgtcttgtacaaacagtggctgcttggtgaaccccacaatctactttttcaagaatttcactatttgatacgtctagagctc 17478378  T
Q  813 gttcttccctggtttaactcaaattctcttctccacttgattcagaaatgtcccttgctccaagctctcataattcagaatgacaaggttt 903  Q
     |||||| |||||||||||| |||||||| |||  |||| |||||||||||||  |||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  17478379 attcttctctggtttaactccaattctctgctcagcttgcttcagaaatgtccgatgctgcaagttcttataattcagaacgacaaggttt 17478469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 298 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 4427826 - 4427550
Alignment:
Q  298 tggataaagtttgtgtctcgccttccttgaaaaggttaaaaatcaccattgagaatgatgttggagcttacttggaagtaaatgcgccggatcttcaata 397  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| | ||||| |||||| ||||| ||||| |||||| | ||| | || || ||||||||| | ||    
T  4427826 tggataaagtttgcgtcccaccttctttgaaaaggttgacaatcatcattgataatgaagttggggcttaccttgaaatgaaagcaccggatcttgagta 4427727  T
Q  398 ccttaacattacccaaatcacattcggcgaaggtttcagcttgtacagcttgcccaacgtggtggaagcgtatcttgatgtctttcccacgtcgcttggt 497  Q
    |||| |||| | |  |||||||| |||||||| ||| ||| |||||| ||||| ||| |||||||||||  ||||| |||| |||| |  | || ||  |    
T  4427726 cctttacatcaacggaatcacatccggcgaagtttttagcatgtacaacttgcacaatgtggtggaagcacatcttaatgtttttctccagccgttttct 4427627  T
Q  498 tccatcgtccctttgcacaacctctttggcgctctctctggggcaaaacatctcatgttgagtcgttcaacaaccaa 574  Q
    ||| || |||||||| |||||||| ||||   |||||||||| | ||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  4427626 tccgtcatccctttgaacaacctccttggaaatctctctgggactaaacatctagtgttgggtcgttcaacaaccaa 4427550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 291 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 29585551 - 29585354
Alignment:
Q  291 caaagcttggataaagtttgtgtctcgccttccttgaaaaggttaaaaatcaccattgagaatgatg---ttggagcttacttggaagtaaatgcgccgg 387  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |||||||| | ||||||  ||||  ||| |||| ||||||   |||| | |||| | ||| |||||||||| |    
T  29585551 caaagcttggacaaagtttgtgtcccaccttccttaagaaggttggaaattgccaatgaggatgatgaagttggggtttaccttgaaataaatgcgcctg 29585452  T
Q  388 atcttcaataccttaacattacccaaatcacattcggcgaaggtttcagcttgtacagcttgcccaacgtggtggaagcgtatcttgatgtctttccc 485  Q
    ||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||| | | ||||||| |||||| ||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  29585451 atcttgagtaccttaacattacccgaatcacatttggccaggatttcagcatgtacaacttacacaaagtcgtggaagcgtatcttgatgtctttccc 29585354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 713 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 32849388 - 32849170
Alignment:
Q  713 gtactaattactacttgatatcgt-gtacaaacagtggctgctaggtgaaccccatgagatgctttttcaagaatttcaatatttgattcgccttgagct 811  Q
    ||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||| | ||||||||||||  | | ||||||||||||||   ||||| ||||||| |||||    
T  32849388 gtactaattactacttgatgttctagtacaaacagtggctgcttgctgaaccccatgatctacattttcaagaatttcgcaatttggttcgcctagagct 32849289  T
Q  812 cgttcttccctggtttaactcaaattctcttctccacttgattcagaaatgtcccttgctccaagctctcataattcagaatgacaaggtttcatttaat 911  Q
    | |||||||||||||||  |  |||| ||| ||| ||||| ||||  |||||||  |||| |||| |||||| ||||| ||  |||||| ||  ||||||    
T  32849288 cattcttccctggtttagattcaattatctgctcaacttgcttcaagaatgtcctatgcttcaagttctcatgattcaaaagaacaagg-ttagtttaat 32849190  T
Q  912 ccaagcttaaattggtctat 931  Q
    |||| |||||  ||||||||    
T  32849189 ccaaccttaatctggtctat 32849170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 713 - 892
Target Start/End: Original strand, 4441976 - 4442155
Alignment:
Q  713 gtactaattactacttgatatcgtgtacaaacagtggctgctaggtgaaccccatgagatgctttttcaagaatttcaatatttgattcgccttgagctc 812  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||| || ||||||||||||| |||||||| | |||  |  |||||||||||||||  |||||| |||   | ||||||    
T  4441976 gtactaattgctacttgataatgtggacgaacagtggctgcttggtgaacctcgtgatctattttttcaagaatttcgctatttgcttcatttagagctc 4442075  T
Q  813 gttcttccctggtttaactcaaattctcttctccacttgattcagaaatgtcccttgctccaagctctcataattcagaa 892  Q
     ||||||||||||||||||| |||| ||| ||   |||| |||| ||||||||  |||| |||| ||||| |||||||||    
T  4442076 attcttccctggtttaactccaattatctgctttccttgcttcaaaaatgtcctgtgctacaagttctcaaaattcagaa 4442155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 947 - 1040
Target Start/End: Original strand, 17478544 - 17478637
Alignment:
Q  947 aattagaagttgcatcttattgaacactacgctactgaatatatgacatgattaattcattattaagaatattgcatcttattcatgccctttg 1040  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||| ||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  17478544 aattagaagttttatcttattgcacaatacaccacttaatatataacatgattaattcattactatgaatattgcatcttattcaagtcctttg 17478637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 366
Target Start/End: Original strand, 24935062 - 24935109
Alignment:
Q  319 cttccttgaaaaggttaaaaatcaccattgagaatgatgttggagctt 366  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  24935062 cttccttgaagaggttaaaaatcactgttgagaatgatgttggggctt 24935109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 853 - 902
Target Start/End: Complemental strand, 24952013 - 24951964
Alignment:
Q  853 ttcagaaatgtcccttgctccaagctctcataattcagaatgacaaggtt 902  Q
    |||||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24952013 ttcagaaatgtcctatacttcaagctctcataattcataatgacaaggtt 24951964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 1e-19; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 945 - 1031
Target Start/End: Complemental strand, 8366506 - 8366420
Alignment:
Q  945 taaattagaagttgcatcttattgaacactacgctactgaatatatgacatgattaattcattattaagaatattgcatcttattca 1031  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||||||| || ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||    
T  8366506 taaattagaagtagcatcttattgaacagtacaccactgaataaataacatgattaattcattcctatgaatattgcatcttattca 8366420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 945 - 1031
Target Start/End: Complemental strand, 8382505 - 8382421
Alignment:
Q  945 taaattagaagttgcatcttattgaacactacgctactgaatatatgacatgattaattcattattaagaatattgcatcttattca 1031  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||| ||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  8382505 taaattagaagtagcatcttattgaacagtacaccacttaatatataacatgattaattcatta--atgaatattgcatcttattca 8382421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University