View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3934_high_2 (Length: 933)

Name: NF3934_high_2
Description: NF3934
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3934_high_2
NF3934_high_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (3-910)||(40697065-40697976)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 831; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 831; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 910
Target Start/End: Complemental strand, 40697976 - 40697065
Alignment:
Q  3 ggtacattattctatttcccttccatcaatttccttaaagccggtggagggtttggtccgattcgagttaacaaccgagcagtgataagtgttccttttc 102  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  40697976 ggtacattcttctatttcccttccatcaatttccttaaagccggtggagggtttggtccgattcgagttaacaatcgcgcagtgataagtgttccttttc 40697877  T
Q  103 caaaaccggaagcggagtttgatcttttaattggtgactggtacaataggagctacatggtagtttagttcaatgctttcttatcatacaagttatttgt 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40697876 caaaaccggaagcggagtttgatcttttaattggtgactggtacaataggagctacatggtagtttagtttaatgctttcttatcatacaagttatttgt 40697777  T
Q  203 tttggatttgctaattctgnnnnnnnatataatttcaactaggatgttagggacaggttggacactatggatattgtttccccaagttggatgttaataa 302  Q
    |||||||||||||||||||       ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40697776 tttggatttgctaattctgtttttt-atataatttgaactaggatgttagggacaggttggacactatggatattgtttccccaagttggatgttaataa 40697678  T
Q  303 acggaaaaggtccatatataaacaatttttcaaaaacatatgagaccttcaatgttacacaaggtaagaagaagtgaataaaagtgttactgacttcaac 402  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40697677 acggaaaaggtccatatatgaacaatttttcaaaaacatatgagaccttcaatgttacacaaggtaagaagaagtgaataaaagtgttactgacttcaac 40697578  T
Q  403 tttttatgaaaatttcatttcatggattaaaataactaactccttttatgataatgtgtcaaaaggacaaacatatttgcttaggatatcaaatgtaggg 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40697577 tttttatgaaaatttcatttcatggattaatataactaactccttttatgataatatgtcaaaaggacaaacatatttgcttaggatatcaaatgtaggg 40697478  T
Q  503 acagcttggagcttcaatttcaggattcaaaaccataaattacttttggttgaaactgaaggatcttatgtgaatcagatagatttggattctcttgatg 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40697477 acagcttggagcttcaatttcaggattcaaaaccataaattacttttggttgaaactgaaggatcttatgtgaatcagatagatttggattctcttgatg 40697378  T
Q  603 ttcatgtaggccaatcctattcagttcttgtcacagcaaatcaaaatcctgctgattattacatagtggcttctcctaaaatgagtcttaacaacagtct 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40697377 ttcatgtaggccaatcctattcagttcttgtcacagcaaatcaaaatcctgctgattattacatagtggcttctcctaaaatgagtcttaacaacagtct 40697278  T
Q  703 tgttggcattgctgtgcttcattatgataattccacaacacaggctaatggacctctcccaattggtccagatccatttgatttggaattctccatcaac 802  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40697277 tgttggcattgctgtgcttcattatgataattccacaacacaggctaatggacctctcccaattggtccagatccatttgatttggaattctccatcaac 40697178  T
Q  803 caagctaaatccattaggtaaattgcatgtcacataattgtgctaagaccc-----tatttggaatgacttgtttaaatttatacactgacataagcact 897  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40697177 caagctaaatccattaggtaaattgcatgtcacataattgtgctaagagcctatattatttggaatgacttgtttaaatttatacactgacataagcact 40697078  T
Q  898 tgcgggactgtat 910  Q
    |||||||||||||    
T  40697077 tgcgggactgtat 40697065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University