View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3934_high_7 (Length: 622)

Name: NF3934_high_7
Description: NF3934
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3934_high_7
NF3934_high_7
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-604)||(5848973-5849576)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 560; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 5849576 - 5848973
Alignment:
Q  1 attgggtcatagccctgaaattgtcatagaacaagacaccttttatgctattcatgcttacgcaccttatgtaaggttcaaagaacactttaaagtaaag 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  5849576 attgggtcatggccctgaaattgtcatagaacaagataccttttatgttattcatgcttacgcaccttatgtaaggttggaagaatactttaaagtaaag 5849477  T
Q  101 tttaaggagaacttaaaaggcttacttcaagatacaacactaagaaaagatttgtctaggaggagagctaaatgggcatgctggaagtgtatcgaaaatg 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5849476 tttaaggagaacttaaaagacttacttcaagatacaacactaagaaaagatttgtctagaaggagagctaaatgggcatgcaggaagtgtatcgaaaatg 5849377  T
Q  201 ttttaagggcttgcatgagaagtatggtcttgaggaggtaaatggagggtaaatataccctatattttttgccaccttttgatcttactatagttaatac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5849376 ttttaagggcttgcatgagaagtatggtcttgaggaggtaaatggagggtaaatataccctatattttttgccaccttttgatcttactatagttaatac 5849277  T
Q  301 attgctttcaaaagagagatgatcatattttatcacatacaagagtgagataacatgttttcgaacatgtttctttgtttttcaaacatattttatccaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5849276 attgctttcaaaagagagatgatcatattttatcacatacaagagtgagataaaatgttttcgaacatgtttctttgtttttcaaacatattttatccaa 5849177  T
Q  401 catagagtatttgttatcgatgtaattaaggttgagaggagagcgacgataagaagtcgtgatgggtctccacagttcaaatggtggcttttgaagtaag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5849176 catagagtatttgttatcgatgtaattaaggttgagaggagagcgacgataagaagtcgtgatgggtctccacagttcaaatggtggcttttgaagtaag 5849077  T
Q  501 taaaacaatggatttttctacactagattttagagagattgtgagctaccacaagaaaatgtaaatgatatgtgagacaagattggatggaggattagaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5849076 taaaacaatggatttttctacactagattttagagagattgtgagctaccacaagaaaatgtaaatgatatgtgagacaagattggacggaggattagaa 5848977  T
Q  601 aagt 604  Q
    ||||    
T  5848976 aagt 5848973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University