View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3938_low_1 (Length: 1309)

Name: NF3938_low_1
Description: NF3938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3938_low_1
NF3938_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-1278)||(47899473-47900738)
chr4 (1069-1265)||(23554415-23554623)
[»] scaffold0727 (1 HSPs)
scaffold0727 (1069-1265)||(6536-6744)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1200; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1200; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1278
Target Start/End: Original strand, 47899473 - 47900738
Alignment:
Q  18 actaaggtctgtaataacagtgacaaaaataactttcttttccaaaccttgccacttcaaaacccatagtggaatatgttgcatcatgggatggacgctg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47899473 actaaggtctgtaataacagtgacaaaaataactttcttttccaaaccttgccacttcaaaacccatagtggaatatgttgcatcatgggatggacgctg 47899572  T
Q  118 attataatatctggcttgtattccatcaaccctgcctccacctctctgaaaattacagtacaatgacagtttgtcaatcagaaaacaccacttatgatta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47899573 attataatatctggcttgtattccatcaaccctgcctccacctctctgaaaattacagtacaatgacagtttgtcaatcagaaaacaccacttatgatta 47899672  T
Q  218 cataaacataaaatgtctaattaagtcaacaatagatgttccagcatatcatgttactcatatacacatgacatcaactgtttagttgatatttatttgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47899673 cataaacataaaatgtctaattaagtcaacaatagatgttccagcatatcatgttactcatatacacatgacatcaactgtttagttgatatttatttgt 47899772  T
Q  318 ttaaaatgaatttctccaaagatgtcaaatcaaataattgttgctgtttaaaaaagcaataaagaatgattattatagaaattatcaacaaatgaatagt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47899773 ttaaaatgaatttctccaaagatgtcaaatcaaataattgttgctgtttaacaaagcaataaagaatgattattatagaaattatcaacaaatgaatagt 47899872  T
Q  418 gagcaaagtgaaagaatcataattaatcatgaaagtataaagcattacaaagaggaatataccttgcatagtaggcagcgacggcagccaagtagacaga 517  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47899873 gagcaaagtgaaataatcataattaatcatgaaagtataaagcattac-aagaggaatataccttgcatagtaggcagcgacggcagccaagtagacaga 47899971  T
Q  518 gtgaatccatttaggggaagtgctatgaaacgcaaccttccataactgaacatgcttaaccatgaatttatattgaccttccatatcattcaatggccac 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47899972 gtgaatccatttaggggaagtgctatgaaacgcaaccttccataactgaacatgcttaaccatgaatttatattgaccttccatatcattcaatggccac 47900071  T
Q  618 cctgtatactccttccatacatctttaacaaatatctgaaatttcaaaattagcatac------aaacttaaacataaacataagtttaagactttagag 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47900072 cctgtatactccttccatacatctttaacaaatatctgaaatttcaaaattagcatacaaacataaacataaacataaacataagtttaagactttagag 47900171  T
Q  712 agatagcttccaagaaaaagattgtacgtatcgacaaaatccgtacaaataaagcgtaagacacgacaaaaacatgtgaaccatagaaaaatatacagat 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47900172 agatagcttccaagaaaaagattgtacctaacgacaaaatccgtacaaataaagtgtaagacacgacaaaaacatgtgaaccatagaaaaatatacagat 47900271  T
Q  812 cagaaaactctaacacaacaaaatctacacagtttgaaacaaaagctgcaacagatccaaaacacaaggaagtgtgattaaagtaccttgtattcatcac 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47900272 cagaaaactctaacacaacaaaatctacacagtttaaaacaaaagctgcaacagatccaaaacagaaggaagtgtgattaaagtaccttgtattcatcac 47900371  T
Q  912 cgaattcaatttgaaaagcatcacgaatagcctcagcagaagctctatgtccaccaccagtatcactcatgagaatcaacacattttttgttctttctgc 1011  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47900372 cgaattcaatttgaaaagcatcacgaatagcctcagcagaagctctatgtccaccaccagtatcactcatgagaatcaacacattttttgttctttctgc 47900471  T
Q  1012 tccaatttccatgagttccatgccaacttcattatcttcattgatagaactttgagactcactacgtttcttgaagcttccactgcctttaatggaatac 1111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47900472 tccaatttccatgagttccatgccaccttcattatcttcattgatagaactttgagactcactacgtttcttgaagcttccactgcctttaatggaatac 47900571  T
Q  1112 gattttccaaacactttttccactatagactttcttagtgttcttggtgacacaaccttagagctttccggtgacacgtatgaaacctccatgtggacac 1211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47900572 gattttccaaacactttttccactatagactttcttagtgttcttggtgacacaaccttagagctttccggtgacacgtatgaaacctccatgtggacac 47900671  T
Q  1212 acctaacggtcaaacaaacctcgttcccgccaccaccggaacaaggtttctccggcagagagaggtg 1278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47900672 acctaacggtcaaacaaacctcgttcccgccaccaccggaacaaggtttctccggcagagagaggtg 47900738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1069 - 1265
Target Start/End: Complemental strand, 23554623 - 23554415
Alignment:
Q  1069 ctcactacgtttcttgaagcttccactgcctttaatggaatacgattttccaaacactttttccactatagactttcttagtgttcttggtgacacaacc 1168  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  23554623 ctcactatgcttcttgaagcttccactccctctaatgaaatacgattttccaaacactttttccactatagacttacttggtgttcttggtgatacaacc 23554524  T
Q  1169 ttagagctttccggtgacacgtatgaaacctccat------------gtggacacacctaacggtcaaacaaacctcgttcccgccaccaccggaacaag 1256  Q
    |||||||||||  |||  || ||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  23554523 ttagagctttctcgtgtaacatatgaaacctccatgtgtccgaaaaagtggacacacctaacagtcaaacaaaccttgttgccgccaccatcggaacaag 23554424  T
Q  1257 gtttctccg 1265  Q
     ||||||||    
T  23554423 atttctccg 23554415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0727 (Bit Score: 96; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0727
Description:

Target: scaffold0727; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1069 - 1265
Target Start/End: Complemental strand, 6744 - 6536
Alignment:
Q  1069 ctcactacgtttcttgaagcttccactgcctttaatggaatacgattttccaaacactttttccactatagactttcttagtgttcttggtgacacaacc 1168  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  6744 ctcactatgcttcttgaagcttccactccctctaatgaaatacgattttccaaacactttttccactatagacttacttggtgttcttggtgatacaacc 6645  T
Q  1169 ttagagctttccggtgacacgtatgaaacctccat------------gtggacacacctaacggtcaaacaaacctcgttcccgccaccaccggaacaag 1256  Q
    |||||||||||  |||  || ||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  6644 ttagagctttctcgtgtaacatatgaaacctccatgtgtccgaaaaagtggacacacctaacagtcaaacaaaccttgttgccgccaccatcggaacaag 6545  T
Q  1257 gtttctccg 1265  Q
     ||||||||    
T  6544 atttctccg 6536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University