View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3939_low_3 (Length: 614)

Name: NF3939_low_3
Description: NF3939
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3939_low_3
NF3939_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-595)||(21262174-21262768)
[»] scaffold0097 (1 HSPs)
scaffold0097 (12-595)||(19937-20515)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (12-595)||(22529800-22530378)
chr8 (12-595)||(25992409-25992987)
chr8 (12-271)||(22534804-22535063)
chr8 (289-595)||(22533011-22533312)
chr8 (433-482)||(21267383-21267432)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (12-595)||(20984278-20984856)
chr3 (12-595)||(49366877-49367456)
chr3 (442-482)||(8407250-8407290)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (12-595)||(13190229-13190807)
chr5 (442-482)||(37504046-37504086)
chr5 (441-482)||(26248093-26248134)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (12-595)||(20716099-20716677)
chr2 (442-482)||(32038268-32038308)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-595)||(33092188-33092766)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (442-482)||(37569027-37569067)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 21262768 - 21262174
Alignment:
Q  1 ttagaaatgagctaatgaaacatattataggaagtgatcgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaaactttcttaaacttgtgcaccttattacg 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  21262768 ttagaaatgaggtaatgaaacatattataggaagtgatcgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaagctttcttaaacttgtgcatcttattacg 21262669  T
Q  101 agatcgcggtggacttacacatacacgaagggcgtctattgaggaacaagtagcaaaatttcttcacatggtaggacataatgtgagaaatcgtgtgatg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21262668 agatcgcggtggacttacacatacacgaagggcgtctattgaggaacaagtagcaaaatttcttcagatggtaggacataatgtgagaaatcatgtgatg 21262569  T
Q  201 tctttcttctttagacgttctggtgaaacggttagtcgtcattttcatagagtactagatgctttgatagaggtggaggggatatttctgaaacaacctg 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21262568 tctttcttctttagacgttatggtgaaacggttagtcgtcattttcatagagtactagacgctttgatagaggtggaggggatatttctgaaacaacctg 21262469  T
Q  301 atggtacacaaattcctccagagatacttaacaacaataggttctacccgtattttaaggtaaacagatatcgtgtcttacacaaatattaataagttgt 400  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21262468 atggtacacaagttcctccagagatacttaacaacaataggttctgcccgtattttaaggtaaacagaaatcgtgtcttacacaaatattaataagttat 21262369  T
Q  401 gttctgcacttttaatatgttaattgaatgtcaggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtaccagcagatcttgcacctaga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21262368 gttctgcacttttaatatgttaattgaatgtcaggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtaccagcacatcttgcacctaga 21262269  T
Q  501 tatcgtggtagaaaagattaccctacacaaaatgtcttggttgaatgcacatttgacttgaaatttacttatgtcttggttggatgggaaggaac 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21262268 tatcgtggtagaaaagattaccctacacaaaatgtcttggctgcatgcacatttgacttgaaatttacttatgtcttggttggatgggaaggaac 21262174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 12 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 20515 - 19937
Alignment:
Q  12 ctaatgaaacatattataggaagtgatcgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaaactttcttaaacttgtgcaccttattacgagatcgcggtg 111  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20515 ctaatgaaacatataataggtagtgaccgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaagctttcgtaaacttgtgcaccttattacgagatcacggtg 20416  T
Q  112 gacttacacatacacgaagggcgtctattgaggaacaagtagcaaaatttcttcacatggtaggacataatgtgagaaatcgtgtgatgtctttcttctt 211  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  20415 ggcttacacatacacgaagagcatctatcgaggaacaagtagccaaatttcttcacacagtcggacataacgtcagaaatcgtgtgttgtccttcttctt 20316  T
Q  212 tagacgttctggtgaaacggttagtcgtcattttcatagagtactagatgctttgatagaggtggaggggatatttctgaaacaacctgatggtacacaa 311  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |  | |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  20315 tagacgctcaggtgaaacaattagtcgtcattttcatagagtattagatgctttgatagaattggaagacaaatttttgaaacaacctgatggaacacaa 20216  T
Q  312 attcctccagagatacttaacaacaataggttctacccgtattttaaggtaaacagatatcgtgtcttacacaaatattaataagttgtgttctgcactt 411  Q
     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  | | |   ||||||||||     |  ||||||| |||| | |||||    
T  20215 gtgcctccagagatacgtaacaacaataggttctacccatatttcaaggtaagaata-agtttgtcttacac----ttcgataagttatgttatacactt 20121  T
Q  412 ttaatatgttaattgaatgtcaggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtaccagcagatcttgcacctagatatcgtggtag 511  Q
    |||||  | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  20120 ttaatgggataattgaatgccaggattgtatcggagcaattgactgtacacatatacgtgtcaaagttccaacagaacttgcacctagataccgtggtag 20021  T
Q  512 aaaagattaccctacacaaaatgtcttggttgaatgcacatttgacttgaaatttacttatgtcttggttggatgggaaggaac 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20020 aaaagattaccctacacaaaatgtactcgctgcgtgcacatttgacttgaaatttacatatgtcttggttggatgggaaggaac 19937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 12 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 22530378 - 22529800
Alignment:
Q  12 ctaatgaaacatattataggaagtgatcgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaaactttcttaaacttgtgcaccttattacgagatcgcggtg 111  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22530378 ctaatgaaacatataataggtagtgaccgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaagctttcgtaaacttgtgcaccttattacgagatcacggtg 22530279  T
Q  112 gacttacacatacacgaagggcgtctattgaggaacaagtagcaaaatttcttcacatggtaggacataatgtgagaaatcgtgtgatgtctttcttctt 211  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  22530278 ggcttacacatacacgaagagcatctatcgaggaacaagtagccaaatttcttcacacagtcggacataacgtcagaaatcgtgtgttgtccttcttctt 22530179  T
Q  212 tagacgttctggtgaaacggttagtcgtcattttcatagagtactagatgctttgatagaggtggaggggatatttctgaaacaacctgatggtacacaa 311  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |  | |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  22530178 tagacgctcaggtgaaacaattagtcgtcattttcatagagtattagatgctttgatagaattggaagacaaatttttgaaacaacctgatggaacacaa 22530079  T
Q  312 attcctccagagatacttaacaacaataggttctacccgtattttaaggtaaacagatatcgtgtcttacacaaatattaataagttgtgttctgcactt 411  Q
     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  | | |   ||||||||||     |  ||||||| |||| | |||||    
T  22530078 gtgcctccagagatacgtaacaacaataggttctacccatatttcaaggtaagaata-agtttgtcttacac----ttcgataagttatgttatacactt 22529984  T
Q  412 ttaatatgttaattgaatgtcaggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtaccagcagatcttgcacctagatatcgtggtag 511  Q
    |||||  | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  22529983 ttaatgggataattgaatgccaggattgtatcggagcaattgactgtacacatatacgtgtcaaagttccaacagaacttgcacctagataccgtggtag 22529884  T
Q  512 aaaagattaccctacacaaaatgtcttggttgaatgcacatttgacttgaaatttacttatgtcttggttggatgggaaggaac 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22529883 aaaagattaccctacacaaaatgtactcgctgcgtgcacatttgacttgaaatttacatatgtcttggttggatgggaaggaac 22529800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 12 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 25992987 - 25992409
Alignment:
Q  12 ctaatgaaacatattataggaagtgatcgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaaactttcttaaacttgtgcaccttattacgagatcgcggtg 111  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25992987 ctaatgaaacatataataggtagtgaccgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaagctttcgtaaacttgtgcaccttattacgagatcacggtg 25992888  T
Q  112 gacttacacatacacgaagggcgtctattgaggaacaagtagcaaaatttcttcacatggtaggacataatgtgagaaatcgtgtgatgtctttcttctt 211  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  25992887 ggcttacacatacacgaagagcatctatcgaggaacaagtagccaaatttcttcacacagtcggacataacgtcagaaatcgtgtgttgtccttcttctt 25992788  T
Q  212 tagacgttctggtgaaacggttagtcgtcattttcatagagtactagatgctttgatagaggtggaggggatatttctgaaacaacctgatggtacacaa 311  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |  | |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  25992787 tagacgctcaggtgaaacaattagtcgtcattttcatagagtattagatgctttgatagaattggaagacaaatttttgaaacaacctgatggaacacaa 25992688  T
Q  312 attcctccagagatacttaacaacaataggttctacccgtattttaaggtaaacagatatcgtgtcttacacaaatattaataagttgtgttctgcactt 411  Q
     | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||  | | |   ||||||||||     |  ||||||| |||| | |||||    
T  25992687 gtgcctccagagatacgtaacaacaacaggttctacccatatttcaaggtaagaata-agtttgtcttacac----ttcgataagttatgttatacactt 25992593  T
Q  412 ttaatatgttaattgaatgtcaggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtaccagcagatcttgcacctagatatcgtggtag 511  Q
    |||||  | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  25992592 ttaatgggataattgaatgccaggattgtatcggagcaattgactgtacacatatacgtgtcaaagttccaacagaacttgcacctagataccgtggtag 25992493  T
Q  512 aaaagattaccctacacaaaatgtcttggttgaatgcacatttgacttgaaatttacttatgtcttggttggatgggaaggaac 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25992492 aaaagattaccctacacaaaatgtactcgctgcgtgcacatttgacttgaaatttacatatgtcttggttggatgggaaggaac 25992409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 12 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 22535063 - 22534804
Alignment:
Q  12 ctaatgaaacatattataggaagtgatcgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaaactttcttaaacttgtgcaccttattacgagatcgcggtg 111  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22535063 ctaatgaaacatataataggtagtgaccgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaagctttcgtaaacttgtgcaccttattacgagatcacggtg 22534964  T
Q  112 gacttacacatacacgaagggcgtctattgaggaacaagtagcaaaatttcttcacatggtaggacataatgtgagaaatcgtgtgatgtctttcttctt 211  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  22534963 ggcttacacatacacgaagagcatctatcgaggaacaagtagccaaatttcttcacacagtcggacataacgtcagaaatcgtgtgttgtccttcttctt 22534864  T
Q  212 tagacgttctggtgaaacggttagtcgtcattttcatagagtactagatgctttgataga 271  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22534863 tagacgctcaggtgaaacaattagtcgtcattttcatagagtattagatgctttgataga 22534804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 289 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 22533312 - 22533011
Alignment:
Q  289 tgaaacaacctgatggtacacaaattcctccagagatacttaacaacaataggttctacccgtattttaaggtaaacagatatcgtgtcttacacaaata 388  Q
    |||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  | |  |  ||||||||||         
T  22533312 tgaaacaacctgatggaacacaagtgccttcagagatacgtaacaacaataggttgtacccatatttcaaggtaagaataagtt-tgtcttacact---- 22533218  T
Q  389 ttaataagttgtgttctgcacttttaatatgttaattgaatgtcaggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtaccagcagat 488  Q
    |  ||||||| |||| | ||||||||||  | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| ||| ||||     
T  22533217 tcgataagttatgttatacacttttaatgggataattgaatgccaggattgtatcggagcaattgactgtacacatatacgtgtcaaagttccaacagaa 22533118  T
Q  489 cttgcacctagatatcgtggtagaaaagattaccctacacaaaatgtcttggttgaatgcacatttgacttgaaatttacttatgtcttggttggatggg 588  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22533117 cttgcacctagataccgtggtagaaaagattaccctacacaaaatgtattcgctgcgtgcacatttgacttgaaatttacatatgtcttggttggatggg 22533018  T
Q  589 aaggaac 595  Q
    |||||||    
T  22533017 aaggaac 22533011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 433 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 21267432 - 21267383
Alignment:
Q  433 aggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtacca 482  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  21267432 aggactgcgttggagcaattgattgtacacatgttcgtgtaaaagtacca 21267383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 12 - 595
Target Start/End: Original strand, 20984278 - 20984856
Alignment:
Q  12 ctaatgaaacatattataggaagtgatcgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaaactttcttaaacttgtgcaccttattacgagatcgcggtg 111  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20984278 ctaatgaaacatataataggtagtgaccgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaagctttcgtaaacttgtgcaccttattacgagatcacggtg 20984377  T
Q  112 gacttacacatacacgaagggcgtctattgaggaacaagtagcaaaatttcttcacatggtaggacataatgtgagaaatcgtgtgatgtctttcttctt 211  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  20984378 ggcttacacatacacgaagagcatctatcgaggaacaagtagccaaatttcttcacacagtcggacataacgtcagaaatcgtgtgttgtccttcttctt 20984477  T
Q  212 tagacgttctggtgaaacggttagtcgtcattttcatagagtactagatgctttgatagaggtggaggggatatttctgaaacaacctgatggtacacaa 311  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |  | |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  20984478 tagacgctcaggtgaaacaattagtcgtcattttcatagagtattagatgctttgatagaattggaagacaaatttttgaaacaacctgatggaacacaa 20984577  T
Q  312 attcctccagagatacttaacaacaataggttctacccgtattttaaggtaaacagatatcgtgtcttacacaaatattaataagttgtgttctgcactt 411  Q
     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  | | |   ||||||||||     |  ||||||| |||| | |||||    
T  20984578 gtgcctccagagatacgtaacaacaataggttctacccatatttcaaggtaagaata-agtttgtcttacac----ttcgataagttatgttatacactt 20984672  T
Q  412 ttaatatgttaattgaatgtcaggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtaccagcagatcttgcacctagatatcgtggtag 511  Q
    |||||  | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  20984673 ttaatgggataattgaatgccaggattgtatcggagcaattgactgtacacatatacgtgtcaaagttccaacagaacttgcacctagataccgtggtag 20984772  T
Q  512 aaaagattaccctacacaaaatgtcttggttgaatgcacatttgacttgaaatttacttatgtcttggttggatgggaaggaac 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20984773 aaaagattaccctacacaaaatgtactcgctgcgtgcacatttgacttgaaatttacatatgtcttggttggatgggaaggaac 20984856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 12 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 49367456 - 49366877
Alignment:
Q  12 ctaatgaaacatattataggaagtgatcgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaaactttcttaaacttgtgcaccttattacgagatcgcggtg 111  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  49367456 ctaatgaaacatataataggtagtgaccgatgttatgatataatttgtatgagtcccaaagctttcgtaaacttgtgcaccttattacgagatcacggtg 49367357  T
Q  112 gacttacacatacacgaagggcgtctattgaggaacaagtagcaaaatttcttcacatggtaggacataatgtgagaaatcgtgtgatgtctttcttctt 211  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  49367356 ggcttacacatacacgaagagcatctatcgaggaacaagtagccaaatttcttcacacagtcggacataacgtcagaaatcgtgtgttgtccttcttctt 49367257  T
Q  212 tagacgttctggtgaaacggttagtcgtcattttcatagagtactagatgctttgatagaggtggaggggatatttctgaaacaacctgatggtacacaa 311  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||| |  | |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  49367256 tagacgctcaggtgaaacaattagtcgtcattttcatagagtattagatactttgatagaattggaagacaaatttttgaaacaacctgatggaacacaa 49367157  T
Q  312 attcctccagagatacttaacaacaat-aggttctacccgtattttaaggtaaacagatatcgtgtcttacacaaatattaataagttgtgttctgcact 410  Q
     | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||  | | |   ||||||||||     |  ||||||| |||| | ||||    
T  49367156 gtgcctccagagatacgtaacaacaataaggttctacccatatttcaaggtaagaata-agtttgtcttacac----ttcgataagttatgttatacact 49367062  T
Q  411 tttaatatgttaattgaatgtcaggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtaccagcagatcttgcacctagatatcgtggta 510  Q
    ||||||  | |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||  |||||||| | ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||    
T  49367061 tttaatgggataattgaatgccaggattgtatcggagcaattgaccgtacacatatacgtgtcaaagttccaacagaacttgcacctagataccgtggta 49366962  T
Q  511 gaaaagattaccctacacaaaatgtcttggttgaatgcacatttgacttgaaatttacttatgtcttggttggatgggaaggaac 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49366961 gaaaagattaccctacacaaaatgtactcgctgcgtgcacatttgacttgaaatttacatatgtcttggttggatgggaaggaac 49366877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 442 - 482
Target Start/End: Original strand, 8407250 - 8407290
Alignment:
Q  442 ttggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtacca 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  8407250 ttggagcaattgattgtacacatgttcgtgtaaaagtacca 8407290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 12 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 13190807 - 13190229
Alignment:
Q  12 ctaatgaaacatattataggaagtgatcgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaaactttcttaaacttgtgcaccttattacgagatcgcggtg 111  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13190807 ctaatgaaacatataataggtagtgaccgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaagctttcgtaaacttgtgcaccttattacgagatcacggtg 13190708  T
Q  112 gacttacacatacacgaagggcgtctattgaggaacaagtagcaaaatttcttcacatggtaggacataatgtgagaaatcgtgtgatgtctttcttctt 211  Q
    | |||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||    
T  13190707 ggcttacacatacatgaagagcatctatcgaggaacaagtagccaaatttcttcacacagtcggacataatgtcagaaatcgtgtgttgtccttcttctt 13190608  T
Q  212 tagacgttctggtgaaacggttagtcgtcattttcatagagtactagatgctttgatagaggtggaggggatatttctgaaacaacctgatggtacacaa 311  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |  | |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  13190607 tagacgctcaggtgaaacaattagtcgtcattttcatagagtattagatgctttgatagaattggaagacaaatttttgaaacaacctgatggaacacaa 13190508  T
Q  312 attcctccagagatacttaacaacaataggttctacccgtattttaaggtaaacagatatcgtgtcttacacaaatattaataagttgtgttctgcactt 411  Q
     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  | | |   | ||||||||     | ||||| || |||| | |||||    
T  13190507 gtgcctccagagatacgtaacaacaataggttctacccatatttcaaggtaagaata-agtttttcttacac----ttcaataaattatgttatacactt 13190413  T
Q  412 ttaatatgttaattgaatgtcaggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtaccagcagatcttgcacctagatatcgtggtag 511  Q
    |||||  | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  13190412 ttaatgggataattgaatgccaggattgtatcggagcaattgactgtacacatatacgtgtcaaagttccaacagaacttgcacctagataccgtggtag 13190313  T
Q  512 aaaagattaccctacacaaaatgtcttggttgaatgcacatttgacttgaaatttacttatgtcttggttggatgggaaggaac 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13190312 aaaagattaccctacacaaaatgtactcgctgcgtgcacatttgacttgaaatttacatatgtcttggttggatgggaaggaac 13190229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 442 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 37504086 - 37504046
Alignment:
Q  442 ttggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtacca 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  37504086 ttggagcaattgattgtacacatgttcgtgtaaaagtacca 37504046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 441 - 482
Target Start/End: Original strand, 26248093 - 26248134
Alignment:
Q  441 attggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtacca 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  26248093 attggagcaattgattgtacacatgttcgtataaaagtacca 26248134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 12 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 20716677 - 20716099
Alignment:
Q  12 ctaatgaaacatattataggaagtgatcgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaaactttcttaaacttgtgcaccttattacgagatcgcggtg 111  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20716677 ctaatgaaacatataataggtagtgaccgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaagctttcgtaaacttgtgcaccttattacgagatcacggtg 20716578  T
Q  112 gacttacacatacacgaagggcgtctattgaggaacaagtagcaaaatttcttcacatggtaggacataatgtgagaaatcgtgtgatgtctttcttctt 211  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  20716577 ggcttacacatacacgaagagcatctatcgaggaacaagtagccaaatttcttcacacagtcggacataacgtcagaaatcgtgtgttgtccttcttctt 20716478  T
Q  212 tagacgttctggtgaaacggttagtcgtcattttcatagagtactagatgctttgatagaggtggaggggatatttctgaaacaacctgatggtacacaa 311  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |  || ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  20716477 tagacgctcaggtgaaacaattagtcgtcattttcatagagtattagatgctttgatagaattggaagaaatttttttgaaacaacctgatggaacacaa 20716378  T
Q  312 attcctccagagatacttaacaacaataggttctacccgtattttaaggtaaacagatatcgtgtcttacacaaatattaataagttgtgttctgcactt 411  Q
     | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  | | |   ||||||||||     |  ||||||| |||| | |||||    
T  20716377 gtgcctccagagatatgtaacaacaataggttctacccatatttcaaggtaagaata-agtttgtcttacac----ttcgataagttatgttatacactt 20716283  T
Q  412 ttaatatgttaattgaatgtcaggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtaccagcagatcttgcacctagatatcgtggtag 511  Q
    |||||  | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  20716282 ttaatgggataattgaatgccaggattgtatcggagcaattgactgtacacatatacgtgtcaaagttccaacagaacttgcacctagataccgtggtag 20716183  T
Q  512 aaaagattaccctacacaaaatgtcttggttgaatgcacatttgacttgaaatttacttatgtcttggttggatgggaaggaac 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20716182 aaaagattaccctacacaaaatgtactcgctgcgtgcacatttgacttgaaatttacatatgtcttggttggatgggaaggaac 20716099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 442 - 482
Target Start/End: Original strand, 32038268 - 32038308
Alignment:
Q  442 ttggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtacca 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  32038268 ttggagcaattgattgtacacatgttcgtgtaaaagtacca 32038308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 12 - 595
Target Start/End: Original strand, 33092188 - 33092766
Alignment:
Q  12 ctaatgaaacatattataggaagtgatcgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaaactttcttaaacttgtgcaccttattacgagatcgcggtg 111  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33092188 ctaatgaaacatataataggtagtgaccgatgttatgatataattcgtatgagtcccaaagctttcgtaaacttgtgcaccttattacgagatcacggtg 33092287  T
Q  112 gacttacacatacacgaagggcgtctattgaggaacaagtagcaaaatttcttcacatggtaggacataatgtgagaaatcgtgtgatgtctttcttctt 211  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  33092288 ggcttacacatacacgaagagcatctatcgaggaacaagtagccaaatttcttcacacagtcggacataacgtcagaaatcgtgtgttgtccttcttctt 33092387  T
Q  212 tagacgttctggtgaaacggttagtcgtcattttcatagagtactagatgctttgatagaggtggaggggatatttctgaaacaacctgatggtacacaa 311  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |  | |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  33092388 tagacgctcaggtgaaacaattagtcgtcattttcatagagtattagatgctttgatagaattggaagacaaatttttgaaacaacctgatggaacacaa 33092487  T
Q  312 attcctccagagatacttaacaacaataggttctacccgtattttaaggtaaacagatatcgtgtcttacacaaatattaataagttgtgttctgcactt 411  Q
     | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  | | |   ||||||||||     |  ||||||| |||| | |||||    
T  33092488 gtgcctccaaagatacgtaacaacaataggttctacccatatttcaaggtaagaata-agtttgtcttacac----ttcgataagttatgttatacactt 33092582  T
Q  412 ttaatatgttaattgaatgtcaggactgtattggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtaccagcagatcttgcacctagatatcgtggtag 511  Q
    |||||  | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  33092583 ttaatgggataattgaatgccaggattgtatcggagcaattgactgtacacatatacgtgtcaaagttccaacagaacttgcacctagataccgtggtag 33092682  T
Q  512 aaaagattaccctacacaaaatgtcttggttgaatgcacatttgacttgaaatttacttatgtcttggttggatgggaaggaac 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | | ||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33092683 aaaagattaccctacacaaaatgtactcgctgcgtgcacatttggcttgaaatttacatatgtcttggttggatgggaaggaac 33092766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 442 - 482
Target Start/End: Original strand, 37569027 - 37569067
Alignment:
Q  442 ttggagcaattgattgtacacatgtgcgtgttaaagtacca 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  37569027 ttggagcaattgattgtacacatgttcgtgtaaaagtacca 37569067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University