View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3943_high_2 (Length: 826)

Name: NF3943_high_2
Description: NF3943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3943_high_2
NF3943_high_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-809)||(52578151-52578946)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 662; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 662; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 809
Target Start/End: Original strand, 52578151 - 52578946
Alignment:
Q  1 tctaccgaaaaaccaatcaatagatcagagaataaaatagtaaaatatatgaacagctatatgatataagggttttttgaatgacaagcacaaacacaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578151 tctaccgaaaaaccaatcaatagatcagagaataaaatagtaaaatatatgaacagctatatgatataagggttttttgaatgacaagcacaaacacaaa 52578250  T
Q  101 cgggaattcaactatcctgaaatacacgaagaaagccagaatgctatccatattatattaactcttgattctttagaagcacatagcaattaaatgagct 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578251 cgggaattcaactatcctgatatacacgaagaaagccagaatgctatccatattatattaactcttgattctttagaagcacatagcaattaaatgagct 52578350  T
Q  201 gtaatttttaacaatacttttaacaaatttttgaagagatagccaacctttgaatttatgtggcatgatttatttcacaaatattgactaagcctcttaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52578351 gtaatttttaacaatacttttaacaaatttttgaagagatagccaacctttgaatttatgtggcatgatttatttcac-aatattgactaagcctcttaa 52578449  T
Q  301 actaaaaagtttactagtttcagtctgtctcgcgtagtatt---nnnnnnnnnnntgaagtggaatttaacacagaagtgtgtattaaatttatgatagc 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||              |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578450 actaaaaagtttactagtttcagtctgtctcgcgcagtattaaaaaaaaaaaaaatgaagtagaatttaacacagaagtgtgtattaaatttatgatagc 52578549  T
Q  398 tccaattgaagttacttagtattacctcaaccttgagctcaccgatggcatcagaaaatgacacaatattggttacgcgtggatcatttgtttgaagata 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578550 tccaattgaagttacttagtattacctcaaccttgagctcaccgatggcatcagaaaatgacacaatattggttacgcgtggatcatttgtttgaagata 52578649  T
Q  498 aacctcttgaaatacactnnnnnnntcaaccccaacaaacgttctctgaaagagcaatatagaataccatattgagagtcatatgatatgatgattaagc 597  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               | |||||||    
T  52578650 aacctcttgaaatacactaaaaaaatcaaccccaacaaacgttctctgaaagagcaatatagaataccatattgag---------------tcattaagc 52578734  T
Q  598 atgtgttgaactattgaacaggtgagtgatccttgttgtgttagataggtattatcaagttggaagtatatttctaaatttatagatgagaaaaatagta 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52578735 atgtgttgaactattgaacaggtgagtgatccttgttgtgttagataggtattatcaagttggaagtatatttctaaatttatagatgagaaacatagta 52578834  T
Q  698 tatgcagctttccattagagatttacttttcagtgacataataataacaacctgaatgggtgatgctgttccaggtcttgtagtgaaaatgagctgccat 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  52578835 tatgcagctttccattagagatttacttttcagtgacataataataacaacctgaatgggtgatgctgttccaggtcttgtggtgaaaatgagctgccat 52578934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University