View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3957_low_2 (Length: 439)

Name: NF3957_low_2
Description: NF3957
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3957_low_2
NF3957_low_2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-427)||(30047793-30048218)
chr8 (1-427)||(7160150-7160575)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-427)||(39950958-39951383)
chr7 (1-427)||(26219692-26220117)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-427)||(197797-198222)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-427)||(3944047-3944472)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-427)||(22363675-22364100)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 30047793 - 30048218
Alignment:
Q  1 gttgatgaaaatgcgtattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtnnnnnnntctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30047793 gttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaa-tctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 30047891  T
Q  101 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccatttcttaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgtgaatgaacctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30047892 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgagaatgaacctt 30047991  T
Q  201 ctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaactcactcaaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30047992 ctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaactcactcaaag 30048091  T
Q  301 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaatacaaagcaaggcttgttgtgaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30048092 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaa 30048191  T
Q  401 agatattctcaaatggctggaattgat 427  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  30048192 ggatattctcaaatggctggaattgat 30048218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 7160150 - 7160575
Alignment:
Q  1 gttgatgaaaatgcgtattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtnnnnnnntctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7160150 gttgatgaaaatgcatattgggattggaaaaatgatgaggttcaaagaagtacagaa-tctgctgaaagtgctcatgacaaacaagaggacacaacaaat 7160248  T
Q  101 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccatttcttaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgtgaatgaacctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7160249 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgtgaattaacctt 7160348  T
Q  201 ctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaactcactcaaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7160349 ctagttttgaagaagcttcattaataacataatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgagaactcactcaaag 7160448  T
Q  301 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaatacaaagcaaggcttgttgtgaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7160449 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacaaaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaa 7160548  T
Q  401 agatattctcaaatggctggaattgat 427  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  7160549 ggatattctcaaatggctggaattgat 7160575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 39951383 - 39950958
Alignment:
Q  1 gttgatgaaaatgcgtattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtnnnnnnntctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951383 gttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaattatgaggttcaaagaagtacaaaa-tctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 39951285  T
Q  101 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccatttcttaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgtgaatgaacctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951284 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgtgaatgaacctt 39951185  T
Q  201 ctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaactcactcaaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951184 ctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaactcactcaaag 39951085  T
Q  301 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaatacaaagcaaggcttgttgtgaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39951084 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaa 39950985  T
Q  401 agatattctcaaatggctggaattgat 427  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  39950984 ggatattctcaaatggctggaattgat 39950958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 26220117 - 26219692
Alignment:
Q  1 gttgatgaaaatgcgtattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtnnnnnnntctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 100  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||  |||       |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  26220117 gttgatgaaaatgcatattcggattgagaaaatgatgaggtttaaattagtacaaaa-tctgctgaaattgctcctgacaaacaagagcacataacaaat 26220019  T
Q  101 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccatttcttaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaa-ttgcaattttgttgtgaatgaacct 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||    
T  26220018 gaagatgaaaatcagatagctgaatttgattccccaattctaaggagcaaatctctggctgaagtttatgaaaaattgcaattttgttgtgaataagcct 26219919  T
Q  200 tctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaactcactcaaa 299  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||    
T  26219918 tctagttt-gaagaagtttcattgctaacagaatggaaagatgaaatgaaggaggagctactaactattaataaaaatggtacttgggaactcacttcaa 26219820  T
Q  300 gacctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaatacaaagcaaggcttgttgtgaa 399  Q
    |||| || ||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  26219819 gacccaatgataaaaatgtaatagatgttaaatgggtttatagaaccaagttaaatcctgatggttccattcacaaacacaaagcaaggcttgctgtgaa 26219720  T
Q  400 aagatattctcaaatggctggaattgat 427  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||    
T  26219719 aggatattctcaaatgactggaattgat 26219692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 198222 - 197797
Alignment:
Q  1 gttgatgaaaatgcgtattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtnnnnnnntctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198222 gttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaa-tctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 198124  T
Q  101 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccatttcttaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgtgaatgaacctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  198123 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgagaatgaacctt 198024  T
Q  201 ctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaactcactcaaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  198023 ctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaactcactcaaag 197924  T
Q  301 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaatacaaagcaaggcttgttgtgaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  197923 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaa 197824  T
Q  401 agatattctcaaatggctggaattgat 427  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  197823 ggatattctcaaatggctggaattgat 197797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 3944047 - 3944472
Alignment:
Q  1 gttgatgaaaatgcgtattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtnnnnnnntctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944047 gttgatgaaaatgcatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaa-tctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 3944145  T
Q  101 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccatttcttaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgtgaatgaacctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3944146 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccctaattctaaagagcaaatctctgtctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgagaatgaacctt 3944245  T
Q  201 ctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaactcactcaaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944246 ctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaactcactcaaag 3944345  T
Q  301 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaatacaaagcaaggcttgttgtgaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3944346 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaa 3944445  T
Q  401 agatattctcaaatggctggaattgat 427  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  3944446 ggatattctcaaatggctggaattgat 3944472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 22363675 - 22364100
Alignment:
Q  1 gttgatgaaaatgcgtattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtnnnnnnntctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 100  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22363675 gttgatgaaaatgtatattgggattgggaaaatgatgaggttcaaagaagtacaaaa-tctgctgaaagtgctcatgacaaacaagagcacacaacaaat 22363773  T
Q  101 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccatttcttaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgtgaatgaacctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22363774 gaagatgaaaatcagatagctgaatctgattccccaattctaaagagcaaatctctggctgaagtttatgaaaattgcaattttgttgtgaatgaacctt 22363873  T
Q  201 ctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggtacatgggaactcactcaaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22363874 ctagttttgaagaagcttcattgataacagaatggaaagatgcaatgaaggaggagctgctggccattaataaaaatggcacatgggaactcactcaaag 22363973  T
Q  301 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggctccattcacaaatacaaagcaaggcttgttgtgaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  22363974 acctaaagataaaaatgtgataggagttaaatgggtttacagaaccaagttaaatcctgatggatccattcacaaacacaaaacaaggcttgttgtgaaa 22364073  T
Q  401 agatattctcaaatggctggaattgat 427  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||    
T  22364074 ggatattctcaaatggctagaattgat 22364100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University