View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3960_high_1 (Length: 699)

Name: NF3960_high_1
Description: NF3960
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3960_high_1
NF3960_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-691)||(54324005-54324678)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 691
Target Start/End: Original strand, 54324005 - 54324678
Alignment:
Q  18 atgtggtccatttaaaggcatgcaacaatgtcataggnnnnnnngttatcatttggtgtttttgctagttcctgtgttactatttggcacacctgtgata 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54324005 atgtggtccatttaaaggcatgcaacaatgtcataggaaaaaaagttatcatttggtgtttttgctagttcctgtgttactatttggcacacctgtgata 54324104  T
Q  118 tgcatgtgtaggaactccataataatcaagtcaaaagtgaaaaagaaacttcaagccgttagtaacagatgtgacttggaggatgaagaagtggaaacaa 217  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54324105 tgcatgtgtagggactccataataatcaagtcaaaagtgaagaagaaacttcaagccgttagtaacagatgtgacttggaggatgaagaagtggaaacaa 54324204  T
Q  218 aagagatcaagcatccaagaatttcatatagacaacttagagaagccactggagggttcaatgcttcaagccttatcggttcaggtctgtttggacgagt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  54324205 aagagatcaagcatccaagaatttcatatagacaacttagagaagccactggagggttcaatgcttcaagccttatcggttcaggtcagtttggacgagt 54324304  T
Q  318 ttacaaaggtgtcttcctagataatacaagagtagcagtgaaagtattagatacaacaaaagataatgagatatcatggagctttagaagggaatgccaa 417  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54324305 ttacaaaggtgtcctcctagataatacaagagtagcagtgaaagtattagatgcaacaaaagataatgagatatcatggagctttagaagggaatgccaa 54324404  T
Q  418 atccttaaaaagataaggcacagaaatttaataaggatcattacaatttgcaacaaacaagaatttaaggctattgttcttccactgatgtcaaatggta 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54324405 atccttaaaaagataaggcacagaaatttaataaggatcattacaatttgcaacaaacaagaatttaaggctattgttcttccactgatgtcaaatggta 54324504  T
Q  518 gtcttgagaggaacctatatgatccaaaccatgagttaagtcataggttagatgtgattcaattagtgaggatttgtagtgatgtagctgagggaatgtg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54324505 gtcttgagaggaacctatatgatccaaaccatgagttaagtcataggttagatgtgattcaattagtgaggatttgtagtgatgtagctgagggaatgtg 54324604  T
Q  618 ttatctgcaccattattctcctgtgaaagttgtgcattgtgatcttaagcctagcaatatactacttgatgatg 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54324605 ttatctgcaccattattctcctgtgaaagttgtgcattgtgatcttaagcctagcaatatactacttgatgatg 54324678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University