View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3960_high_6 (Length: 415)

Name: NF3960_high_6
Description: NF3960
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3960_high_6
NF3960_high_6
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-400)||(44007662-44008062)
chr8 (227-386)||(12575798-12575959)
chr8 (306-391)||(13096686-13096771)
chr8 (247-336)||(41779225-41779315)
chr8 (162-199)||(1743981-1744017)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (227-400)||(40017563-40017738)
chr2 (227-398)||(32576173-32576345)
chr2 (244-391)||(23673838-23673986)
chr2 (250-400)||(36326534-36326683)
chr2 (227-400)||(31527975-31528150)
chr2 (266-399)||(13709696-13709830)
chr2 (306-400)||(16294565-16294660)
chr2 (290-400)||(31626199-31626310)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (250-396)||(23107597-23107744)
chr7 (247-400)||(11279099-11279253)
chr7 (117-369)||(9765267-9765527)
chr7 (247-400)||(23313686-23313840)
chr7 (250-400)||(24783015-24783166)
chr7 (247-398)||(46846799-46846948)
chr7 (227-400)||(17863579-17863754)
chr7 (227-400)||(17866838-17867013)
chr7 (247-398)||(33312601-33312753)
chr7 (250-400)||(294474-294625)
chr7 (227-400)||(6966733-6966908)
chr7 (247-400)||(36843422-36843576)
chr7 (247-368)||(35773047-35773170)
chr7 (270-397)||(36222790-36222919)
chr7 (106-203)||(17601264-17601362)
chr7 (227-400)||(23760093-23760268)
chr7 (100-140)||(23107446-23107486)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (247-398)||(13979097-13979245)
chr3 (247-398)||(39563996-39564148)
chr3 (227-400)||(22626797-22626972)
chr3 (117-211)||(25491789-25491882)
chr3 (117-206)||(19868568-19868656)
chr3 (227-400)||(11139053-11139228)
chr3 (117-211)||(11270642-11270739)
chr3 (81-221)||(10959465-10959597)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (247-397)||(16883283-16883434)
chr6 (244-400)||(20527647-20527804)
chr6 (227-398)||(19665150-19665324)
chr6 (227-400)||(22221310-22221484)
chr6 (227-400)||(14790204-14790379)
chr6 (227-400)||(14795232-14795407)
chr6 (227-398)||(1838059-1838233)
chr6 (227-391)||(15534674-15534841)
chr6 (227-400)||(22247145-22247319)
chr6 (227-400)||(32704739-32704913)
chr6 (227-400)||(13017674-13017849)
chr6 (250-391)||(32426978-32427120)
chr6 (119-200)||(20527856-20527934)
chr6 (247-320)||(15537890-15537962)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (250-400)||(13492872-13493023)
chr1 (250-397)||(13495597-13495745)
chr1 (247-399)||(27282593-27282746)
chr1 (100-400)||(34065794-34066105)
chr1 (247-400)||(1936234-1936388)
chr1 (247-400)||(16190656-16190815)
chr1 (296-398)||(32506341-32506444)
chr1 (112-189)||(41159330-41159407)
chr1 (227-332)||(10759707-10759814)
chr1 (81-127)||(3088245-3088291)
chr1 (324-391)||(22104863-22104930)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (227-400)||(26712830-26713004)
chr5 (227-400)||(26982568-26982742)
chr5 (247-391)||(11989311-11989456)
chr5 (250-400)||(14616913-14617064)
chr5 (247-400)||(22159350-22159505)
chr5 (227-400)||(34405434-34405609)
chr5 (247-397)||(33574695-33574846)
chr5 (247-400)||(15532685-15532839)
chr5 (247-400)||(15542867-15543021)
chr5 (271-384)||(7650448-7650562)
[»] scaffold0567 (1 HSPs)
scaffold0567 (244-398)||(6297-6451)
[»] scaffold0500 (1 HSPs)
scaffold0500 (247-400)||(2298-2452)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (249-400)||(26063177-26063330)
chr4 (250-391)||(26060197-26060339)
chr4 (248-400)||(12171590-12171743)
chr4 (227-400)||(647688-647863)
chr4 (247-400)||(650960-651114)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (247-400)||(7477-7631)
[»] scaffold0665 (1 HSPs)
scaffold0665 (227-399)||(130-304)
[»] scaffold0352 (1 HSPs)
scaffold0352 (247-400)||(3088-3246)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (325-400)||(24668-24743)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 44007662 - 44008062
Alignment:
Q  1 aagacacgttttggggatcacgaccagggaacgnnnnnnng-agaacagaggaattcacgatttggcaacaaaaggtataactacggcatgaaaaagaag 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||       | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44007662 aagacacgttttggggattacgaccagggaacgtttttttggagaacagaggaattcacgatttggcaacaaaaggtacaactacggcatgaaaaagaag 44007761  T
Q  100 aacaacgattagaaagaaaattcaggagcaacgttggcaactacgaaactctcgatttcgttttctttttatgttgtttatttttatgaaacatgagtag 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44007762 aacaacgattagaaagaaaattcaggagcaacattggcaactacgaaactctcggtttcgttttctttttatgttgtttatttttatgaaacatgagtag 44007861  T
Q  200 ctaagcttttagtgtggttgagactaagatgtaatcctatggttccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttatt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44007862 ctaagcttttagtgtggttgagactaagatgtaatcctatggttccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttatt 44007961  T
Q  300 actctttgtttaatgcttttttatgtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctgg 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44007962 actctttgtttaatgcttttttatgtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgactctgg 44008061  T
Q  400 c 400  Q
    |    
T  44008062 c 44008062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 227 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 12575959 - 12575798
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctat-ggttccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    ||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| | |||| || ||||||| |||     
T  12575959 gatgtaatcctataggaaccctaatttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtctagtttttattcatattactttgtgttcaacgctttttgtatc 12575860  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatga 386  Q
    ||||||||| || | |  ||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  12575859 tttatcatcaacaactagccctaactttatgaatatgcaaattgatcttagagattgaatga 12575798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 306 - 391
Target Start/End: Original strand, 13096686 - 13096771
Alignment:
Q  306 tgtttaatgcttttttatgtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacact 391  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  13096686 tgtttaatgcttttgtatgtttatcatcgactactatccctagctttatgaatatgcaaattgatcttagagattgaatgatcact 13096771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 247 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 41779315 - 41779225
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgac 336  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| | | ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41779315 taatttgttgaactcctttaaatatcaatgaaagtttagtctttatccatgttactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgac 41779225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 162 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 1744017 - 1743981
Alignment:
Q  162 ttctttttatgttgtttatttttatgaaacatgagtag 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1744017 ttctttttatgttgtttatttttatg-aacatgagtag 1743981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Original strand, 40017563 - 40017738
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||| ||||    
T  40017563 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatttcaatgaaagtttagtctttattcatattaccttgtgtttaatgctttttgtatg 40017662  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40017663 tttatcatcgactactgaccctatctttatgaatatgcaaattgatcgtagagattgaatgaccactgaccctggc 40017738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 227 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 32576345 - 32576173
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctat-ggttccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    ||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  32576345 gatgtaatcctataggaaccctaatttgttgaactcctttgaatttcaatgaaagtttagtctttatccatattactttttg-ttaatgctttttgcatg 32576247  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctg 398  Q
    |||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  32576246 tttatcattgactactgatcctaactttatgaatatgcaaattgatcgtatagattgaatgatcactgaccctg 32576173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 244 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 23673986 - 23673838
Alignment:
Q  244 ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattga 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |    
T  23673986 ccttaatttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtctagttttaattcatattactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactactaa 23673887  T
Q  343 ccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacact 391  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  23673886 ccctaactttatgaatatgcaaattgatcttagagattgaatgaccact 23673838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 250 - 400
Target Start/End: Original strand, 36326534 - 36326683
Alignment:
Q  250 tttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttttatgtttatcatcgactattgaccctagc 349  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||| || |||| ||||||| | |||||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||    
T  36326534 tttgttgaactcatttgaatatcaatgaaagtctagttttaattcatattactttatgtttaatgctttttg-tgtttatcatcgactactaaccctagc 36326632  T
Q  350 tttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||| |||||||| || | |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  36326633 tttatgaatatgcaaatcgatcttagagattgaatgaccactaaccctggc 36326683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Original strand, 31527975 - 31528150
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatg-cttttttatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||| | || |||||| ||| | || |    
T  31527975 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaacatcaatgaaagtttagtttttattcttattactttgtgcttaatgccttatgtacg 31528074  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||| || ||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  31528075 tttatgatagactattaaccctagcgttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 31528150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 266 - 399
Target Start/End: Original strand, 13709696 - 13709830
Alignment:
Q  266 gaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaa 364  Q
    |||| ||||| ||||| || | || |||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||    
T  13709696 gaatatcaatgaaagtctaattttaattcatattactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactactaaccctagctttatgaatatgtaa 13709795  T
Q  365 attgaccgtagagattgaatgaacactgaccctgg 399  Q
    ||||| | |||||||||||||| |||| |||||||    
T  13709796 attgatcttagagattgaatgaccactaaccctgg 13709830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 306 - 400
Target Start/End: Original strand, 16294565 - 16294660
Alignment:
Q  306 tgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| || |||||    
T  16294565 tgtttaatgctttgtgtatgtttatcatcgactactaaccctagctttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaactctggc 16294660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 290 - 400
Target Start/End: Original strand, 31626199 - 31626310
Alignment:
Q  290 tattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaac 388  Q
    ||||| |||||| || ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||   |||| ||||||||| |    
T  31626199 tattcatattaccctgtgtttaatgttttatgtatgtttatcatcgactattaaccctagctttatgaatatacatattgattatagaaattgaatgacc 31626298  T
Q  389 actgaccctggc 400  Q
    ||| ||||||||    
T  31626299 actaaccctggc 31626310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 250 - 396
Target Start/End: Original strand, 23107597 - 23107744
Alignment:
Q  250 tttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctag 348  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||     
T  23107597 tttgttgaactcctttgaatttcaatgaaagtttagtctttattcatattactttttgtttaatgctttttgcatgtttatcatcgactattaaccctaa 23107696  T
Q  349 ctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccc 396  Q
    | ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||    
T  23107697 cgttatgaatatgcaaattgatagtagagattgaatgaccactgaccc 23107744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Original strand, 11279099 - 11279253
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||  | || |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  11279099 taatttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtttagtctttattcatattaccttgtgcttaatgctttttgtatgtttatcatcgactactaaccc 11279198  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  11279199 tagctttatgaacatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 11279253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 117 - 369
Target Start/End: Original strand, 9765267 - 9765527
Alignment:
Q  117 aaattcaggagcaacgttggcaactacgaaactctcgatttcgttttctttttatgttgtttatttttatgaaacatgagtagctaagcttttagtgtgg 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| || ||  | |||    
T  9765267 aaattcaggagcaacgtcggcaactaggaaactctcggctttgttttctttttatgttgtttatttctatgaat-atgagtagctaaactctt--tatgg 9765363  T
Q  217 ttgagactaagatg---------taatcctatg-gttccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactcttt 306  Q
    |||||||| |||||         |||||||||| |  || |||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| |||| ||||||| ||||||| | |    
T  9765364 ttgagacttagatgaatatgatgtaatcctatgagaaccctaatttgttgaacttctttgaatatgaataaaagtctagtttttattcatattactttat 9765463  T
Q  307 gtttaatgc-ttttttatgtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattga 369  Q
    ||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||    
T  9765464 gtttaatgcgttttgcatgtttaccatcgactattaaccctagctttatggatatgcaaattga 9765527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 23313840 - 23313686
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||    
T  23313840 taatttgttaaactcctttgaatatcaatgaaagtctagtctttattcatgttactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactacaaaccc 23313741  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  23313740 tagctttatgaatatgcaaattgatcttagagattgaatgaccactaaccttggc 23313686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 250 - 400
Target Start/End: Original strand, 24783015 - 24783166
Alignment:
Q  250 tttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctag 348  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| || || | ||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | ||| |||    
T  24783015 tttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtctagttttaatccatattactttatgtttgatgctttttgtatgtttatcatcgactactaaccatag 24783114  T
Q  349 ctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  24783115 ctttatgaatatgcaaattgatcttagagattgaatgaccactaaccctggc 24783166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 247 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 46846948 - 46846799
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  46846948 taatttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtttagtctttattcatattaccttgtgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactattaaccc 46846849  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctg 398  Q
    |||||   |||| ||||| ||||| | | || ||||||||| |||| ||||||    
T  46846848 tagct---tgaacatgcatattgatcatggaaattgaatgatcactaaccctg 46846799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 17863754 - 17863579
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||| ||||||||| ||||    
T  17863754 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatatcattgaaagtctagttttaattcatattactttatgttttatgctttttgtatg 17863655  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  17863654 tttatcattgactactaaccctagctttatgaatatgcaaactgatcttagagattaaatgaccactaaccctggc 17863579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 17867013 - 17866838
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||| ||||||||| ||||    
T  17867013 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatatcattgaaagtctagttttaattcatattactttatgttttatgctttttgtatg 17866914  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  17866913 tttatcattgactactaaccctagctttatgaatatgcaaactgatcttagagattaaatgaccactaaccctggc 17866838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 247 - 398
Target Start/End: Original strand, 33312601 - 33312753
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    |||||||||||||||| |||||  | ||| ||| |||||||||||||| ||||||  | |||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||    
T  33312601 taatttgttgaactccattgaacattaatgaaaatttagtctttattcatattaccttgtgtttaatgccttatgtatgtttatcatcgactattaaccc 33312700  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctg 398  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||    
T  33312701 tagctttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctg 33312753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 250 - 400
Target Start/End: Original strand, 294474 - 294625
Alignment:
Q  250 tttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctag 348  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || | || |||| ||||||| | |||||||||||| || ||||||||||||  |||||| || ||||    
T  294474 tttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtataattttaattcatattactttatgtttaatgcttattgtatgtttatcatgaactattaactctag 294573  T
Q  349 ctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
     |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  294574 ttttatgaatatgcaaattgatcttagagattgaatgaccactaaccctggc 294625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Original strand, 6966733 - 6966908
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||| ||||||||| ||||    
T  6966733 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatatcattgaaagtctagttttaattcatattactttatgttttatgctttttgtatg 6966832  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||| || |||| ||| | |||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  6966833 tttatcattgactactaaccctagctttatgaatattcaaactgatcttagagattaaatgaccactaaccctggc 6966908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 36843576 - 36843422
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tat-gtttatcatcgactattgacc 344  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| | |||    
T  36843576 taatttgttgaactc-tttgaatgtcaatgaaagtctagtttttattcatattactttgtgtttaatgctttttatattgtttatcattgactactaacc 36843478  T
Q  345 ctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||| |||| | ||||||    
T  36843477 ctagctttatgaatatgcaaattgatgttagagattgaatgaccactaatcctggc 36843422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 247 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 35773170 - 35773047
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-ta-tgtttatcatcgactattgacc 344  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||| | |||| |||||||||| || ||||||||||| |||| | |||    
T  35773170 taatttgttgaactcatttgaatgtcaatgaaagtttagtttttattcatattactttgtgttaaatgctttttgtattgtttatcatcaactactaacc 35773071  T
Q  345 ctagctttatgaaaatgcaaattg 368  Q
    ||| ||||||||| ||| ||||||    
T  35773070 ctaactttatgaatatgtaaattg 35773047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 270 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 36222919 - 36222790
Alignment:
Q  270 ttcaattaaagtttagtcttta-ttcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaatt 367  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||| |||    
T  36222919 ttcaatgaaagtttagtctttaattcatattaccttgtgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactactagccctagctttatgaacatgcatatt 36222820  T
Q  368 gaccgtagagattgaatgaacactgaccct 397  Q
    || | | || ||||||||| |||| |||||    
T  36222819 gatcatggaaattgaatgaccactaaccct 36222790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 203
Target Start/End: Original strand, 17601264 - 17601362
Alignment:
Q  106 gattagaaagaaaattcaggagcaacgttggcaactacgaaactctcgatttcgttttcttt--ttatgttgtttatttttatgaaacatgagtagctaa 203  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| | |||||| | |||||||| |  ||  ||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  17601264 gattagaaagaaatttcaggagcaacatcggcaacaaggaaactcttgggtttattttcttttcttatgttgtttatttctatg-aacatgagtagctaa 17601362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 23760268 - 23760093
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaat-gcttttttatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||| ||||||| ||||||| | || ||| |  ||| | || |    
T  23760268 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaacattaatgaaagtttagtttttattcatattactttgtgcttagtaccttatgtacg 23760169  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||| || ||||||| | |||||| |  |||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  23760168 tttatgatagactattaatcctagcgtcgtgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 23760093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 100 - 140
Target Start/End: Original strand, 23107446 - 23107486
Alignment:
Q  100 aacaacgattagaaagaaaattcaggagcaacgttggcaac 140  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23107446 aacaatgatttgaaagaaaattcaggagcaacgtcggcaac 23107486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 247 - 398
Target Start/End: Original strand, 13979097 - 13979245
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttttatgtttatcatcgactattgaccct 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||  |||||    ||||||||||||| |||||||    
T  13979097 taatttgttgaactcctttgaatttaaatgaaagtttagtcttttttcatattactttttgtttaatg--tttttcgtattatcatcgactactgaccct 13979194  T
Q  347 agctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctg 398  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  13979195 agctttatgaaa-tgcaaattgatcgtagagattgaatgaccactgaccctg 13979245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 247 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 39564148 - 39563996
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||    
T  39564148 taatttgttgaactcctttgaacattaatgaaagtttagtctttattcatattaccttgtgtttaatgctttatgtatgtttatcattgactattaaccc 39564049  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctg 398  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||    
T  39564048 tagctttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctg 39563996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 22626972 - 22626797
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatg-cttttttatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||| ||||||| | || |||||| ||| | ||||    
T  22626972 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaacatcaatgaaagtttagtttttattcatattactttgtgcttaatgccttatgtatg 22626873  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||| || ||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  22626872 tttatgatagactattaaccctagcgttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 22626797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 117 - 211
Target Start/End: Original strand, 25491789 - 25491882
Alignment:
Q  117 aaattcaggagcaacgttggcaactacgaaactctcgatttcgttttctttttatgttgtttatttttatgaaacatgagtagctaagcttttag 211  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  25491789 aaattcaggagcaacgtccgcaactacgaaactctcggttttgttttctttttatgttgtttaattctatg-aacatgagtagctaagctcttag 25491882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 117 - 206
Target Start/End: Original strand, 19868568 - 19868656
Alignment:
Q  117 aaattcaggagcaacgttggcaactacgaaactctcgatttcgttttctttttatgttgtttatttttatgaaacatgagtagctaagct 206  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  19868568 aaattcaagagcaacgtcggcaactatgaaactctcggttttgttttctttttatgttgtttatttctatg-aacatgagtagctaagct 19868656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 11139228 - 11139053
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatg-cttttttatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||| ||||||| | || |||||| ||| | ||||    
T  11139228 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaacatcaatgaaagtttagtttttattcatattactttgtgcttaatgccttatgtatg 11139129  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||| ||  |||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||  |||| ||||||||    
T  11139128 tttatgataaactattaaccctagcgttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatggccactaaccctggc 11139053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 117 - 211
Target Start/End: Original strand, 11270642 - 11270739
Alignment:
Q  117 aaattcaggagcaacgttggcaactacgaaactctcg-----atttcgttttctttttatgttgtttatttttatgaaacatgagtagctaagcttttag 211  Q
    ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||      |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||    
T  11270642 aaattcaggagcaagatcggcaactacgaaactctcggttttgtttccttttctttttatgttgtttatttctatg-aacatgag-agttaagcttttag 11270739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 81 - 221
Target Start/End: Original strand, 10959465 - 10959597
Alignment:
Q  81 ctacggcatgaaaaagaagaacaacgattagaaagaaaattcaggagcaacgttggcaactacgaaactctcgatttcgttttctttt-tatgttgttt- 178  Q
    ||||| |||| | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||        |||||||||||||||||| |||  ||||||||| | ||||||||     
T  10959465 ctacgacatgtacaagaagaacagcgattagaaagcaaattcaggag--------gcaactacgaaactctcggttta-ttttcttttctctgttgtttt 10959555  T
Q  179 atttttatgaaacatgagtagctaagcttttagtgtggttgag 221  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |||||    
T  10959556 aattttatgaa-catgagtagctaaggttttagtttgattgag 10959597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 84; Significance: 9e-40; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 247 - 397
Target Start/End: Original strand, 16883283 - 16883434
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | ||||| | | ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  16883283 taatttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtctagtctttattcatgttactttatctttaatgctttttgtatgtttatcatcgactactaaccc 16883382  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccct 397  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||| |||||    
T  16883383 tagctttatgaatatgcaaattgatcttagagattgaatgaccactaaccct 16883434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 244 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 20527804 - 20527647
Alignment:
Q  244 ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattga 342  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||| ||||||| | | ||||||||||||| |||||||||||||||||  | |    
T  20527804 ccttaatgtgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtctaatctttattcatattactttatatttaatgctttttgtatgtttatcatcgactcctaa 20527705  T
Q  343 ccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  20527704 ccctagctttatgaatatgcaaattgattttagagattgaatgaccactaaccctggc 20527647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 227 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 19665324 - 19665150
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tat- 323  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| | |||| |||||||||| |||     
T  19665324 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcatttgaatgtcaatgaaagtctagtttttattcatattactttgtgttaaatgctttttgtatt 19665225  T
Q  324 gtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctg 398  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||| |||| ||||||    
T  19665224 gtttatcatcgactactaaccctagctttatgaatatgcaaattgatgttagagattgaatgatcactaaccctg 19665150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Original strand, 22221310 - 22221484
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggttccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatg-cttttttatgt 325  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||| ||||||| ||||||  | ||||||||| ||| | |||||    
T  22221310 gatgtaatcctatggaaccctaatttgttgaactcttttgaacatcaatgaaagtttagtttttattcatattaccttgtgtttaatgccttatgtatgt 22221409  T
Q  326 ttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||| || ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  22221410 ttatgatagactattaaccctagctttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 22221484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Original strand, 14790204 - 14790379
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||| ||||||||| ||||    
T  14790204 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatatcattgaaagtctagttttaattcatattactttatgttttatgctttttgtatg 14790303  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  14790304 tttatcattgactactaaccctagctttatgaatatgcaaactgatcttagagattaaatgaccactaaccctggc 14790379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Original strand, 14795232 - 14795407
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||| ||||||||| ||||    
T  14795232 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatatcattgaaagtctagttttaattcatattactttatgttttatgctttttgtatg 14795331  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  14795332 tttatcattgactactaaccctagctttatgaatatgcaaactgatcttagagattaaatgaccactaaccctggc 14795407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 227 - 398
Target Start/End: Original strand, 1838059 - 1838233
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tat- 323  Q
    |||||||||||||||   || |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| | |||| |||||||||| |||     
T  1838059 gatgtaatcctatgggaaccctaatttattgaactcctttgaatgtcaatgaaagtctagtttttattcatattactttgtgttaaatgctttttgtatt 1838158  T
Q  324 gtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctg 398  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||||   |||||||||||||| |||| ||||||    
T  1838159 gtttatcatcgactactaaccctaactttatgaatatgcaaattgatgttagagattgaatgaccactaaccctg 1838233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 227 - 391
Target Start/End: Original strand, 15534674 - 15534841
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-ta-t 323  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| | |||| |||||||||| || |    
T  15534674 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatgtcaatgaaagtctagtttttattcatattactttgtgttaaatgctttttgtatt 15534773  T
Q  324 gtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacact 391  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||||||   |||||||||| ||| ||||    
T  15534774 gtttatcatcgactactaaccctagctttatgaatatgaaaattgatgttagagattgagtgaccact 15534841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Original strand, 22247145 - 22247319
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggttccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatg-cttttttatgt 325  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||| || ||||||| ||||||  | ||||||||| ||| | |||||    
T  22247145 gatgtaatcctatggaaccctaatttgttgaactcttttgaacatcaatgaaagtttggtttttattcatattaccttgtgtttaatgccttatgtatgt 22247244  T
Q  326 ttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||| || ||||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  22247245 ttatgatagactattaaccatagctttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 22247319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 32704913 - 32704739
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| || | ||  |||||| | ||||||||| ||||| ||||    
T  32704913 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtctagttttaagtca-attactttatgtttaatgttttttgtatg 32704815  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  32704814 tttatcattgactactaaccctagctttatgaatatgcaaactgatcttagagattaaatgaccactaaccctggc 32704739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 13017849 - 13017674
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatg-cttttttatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||| ||||||| ||||||| | || |||||| ||| | || |    
T  13017849 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaacataaatgaaagtttagtttttattcatattactttgtgcttaatgccttatgtacg 13017750  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||| || ||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  13017749 tttatgatagactattaaccctagcgttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 13017674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 250 - 391
Target Start/End: Original strand, 32426978 - 32427120
Alignment:
Q  250 tttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctag 348  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| || |||  ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| | | ||||| |    
T  32426978 tttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtctagttttaatttatattactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgaccactaaccctgg 32427077  T
Q  349 ctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacact 391  Q
    ||||| ||  |||||||| || | |||||||||||||| ||||    
T  32427078 ctttaggagtatgcaaatcgatcttagagattgaatgaccact 32427120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 119 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 20527934 - 20527856
Alignment:
Q  119 attcaggagcaacgttggcaactacgaaactctcgatttcgttttctttttatgttgtttatttttatgaaacatgagtagc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||  | |||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  20527934 attcaggagcaacgtcggcaactacgaaactctcagttttgttt--tatttatgttgtttatttctatg-aacatgagtagc 20527856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 247 - 320
Target Start/End: Original strand, 15537890 - 15537962
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || | ||||||| || |||| | || ||||||||||||    
T  15537890 taatttgttgaactcctttgaatgtcaatgaaagtctaatttttattcatagtactttatg-ttaatgcttttt 15537962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 84; Significance: 9e-40; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 250 - 400
Target Start/End: Original strand, 13492872 - 13493023
Alignment:
Q  250 tttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctag 348  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  13492872 tttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtctagttttaattcatattactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactactaaccctag 13492971  T
Q  349 ctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  13492972 ctttatgaatatgcaaattgatcttagagattgaatgaccactaaccctggc 13493023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 250 - 397
Target Start/End: Original strand, 13495597 - 13495745
Alignment:
Q  250 tttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctag 348  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  13495597 tttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtctagttttaattcatattactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactactaaccctag 13495696  T
Q  349 ctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccct 397  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||| |||||    
T  13495697 ctttatgaatatgcaaattgatcttagagattgaatgaccactaaccct 13495745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 247 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 27282746 - 27282593
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| || |||| ||||||| | |||||||| |||||| ||| |||||||||||||| | ||||    
T  27282746 taatttgttgaacacctttgaatatcaatgaaagtctagttttaattcatattactttatgtttaatcctttttgtatctttatcatcgactactaaccc 27282647  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctgg 399  Q
    |||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||| |||| |||||||    
T  27282646 tagctttatgaatatgaaaattgatcttagagattgaatgaccactaaccctgg 27282593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 100 - 400
Target Start/End: Original strand, 34065794 - 34066105
Alignment:
Q  100 aacaacgattagaaagaaaattcaggagcaacgttggcaactacgaaactctcgatttcgttttctttt--tatgttgtttatttttatgaaacatgagt 197  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||| |  ||  |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34065794 aacaatgatttgaaagaaaattcaggagcaacgtcggcaacaatgaaattcttgggtttattttcttttcttatgttgtttatttttatgaa-catgagt 34065892  T
Q  198 agctaagcttttagtgtggttgagact------aa---gatgtaatcctatggt--tccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagt 286  Q
    ||||||  || |  ||||||| |||||      ||   ||||||||| |||||   |||| |||||||||||||  ||||||| ||||| ||| | ||||    
T  34065893 agctaaatttctt-tgtggttaagactttgatgaacttgatgtaatcttatgggaatcct-aatttgttgaacttttttgaatatcaatgaaaatctagt 34065990  T
Q  287 ctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatg 385  Q
     || |||| ||||||  | ||||||||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||    
T  34065991 tttaattcatattacgttatgtttaatgctttttgtacgtttatcatcgactactaaccctagctttatgaatatgcaaattgatcttagagattaaatg 34066090  T
Q  386 aacactgaccctggc 400  Q
    | |||| ||||||||    
T  34066091 accactaaccctggc 34066105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Original strand, 1936234 - 1936388
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||| || |||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  1936234 taatttgttgaactcctttgaatatcaatggaagtctagttttaattcatattactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactactaaccc 1936333  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    || ||||||||| ||| ||||||| | |||||||| ||||| |||| ||| ||||    
T  1936334 taactttatgaatatgaaaattgatcttagagattaaatgaccactaaccatggc 1936388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 16190815 - 16190656
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactccttt-----gaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactatt 340  Q
    |||||||||||||||||||     |||| ||||| ||||| |||| || |||  ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  16190815 taatttgttgaactcctttaatttgaatatcaatgaaagtctagttttaatttatattactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactact 16190716  T
Q  341 gaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
     ||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||| |||| ||| ||||    
T  16190715 aaccttagctttatgaatatgcaaattgatcctagagattggatgaccactaaccttggc 16190656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 296 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 32506444 - 32506341
Alignment:
Q  296 tattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgac 394  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||| |||| ||    
T  32506444 tattactttatgtttaatgttttttgtatgtttatcatcgactactaaccctagctttatgaatatgcaaatcgatcttagagattgaatgaccactaac 32506345  T
Q  395 cctg 398  Q
    ||||    
T  32506344 cctg 32506341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 112 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 41159407 - 41159330
Alignment:
Q  112 aaagaaaattcaggagcaacgttggcaactacgaaactctcgatttcgttttctttttatgttgtttatttttatgaa 189  Q
    |||||||||| |||| |||||| | |||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41159407 aaagaaaatttaggaccaacgtcgacaacaacgaaactctcggttttattttctttttatgttgtttatttttatgaa 41159330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 227 - 332
Target Start/End: Original strand, 10759707 - 10759814
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||| ||||||||| ||||    
T  10759707 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatatcattgaaagtctagttttaattcatattactttatgttttatgctttttgtatg 10759806  T
Q  325 tttatcat 332  Q
    ||||||||    
T  10759807 tttatcat 10759814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 3088291 - 3088245
Alignment:
Q  81 ctacggcatgaaaaagaagaacaacgattagaaagaaaattcaggag 127  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3088291 ctacggcatgtacaagaagaacaacgattagaaagcaaattcaggag 3088245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 324 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 22104930 - 22104863
Alignment:
Q  324 gtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacact 391  Q
    ||||||||||||||| | || ||||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| ||||    
T  22104930 gtttatcatcgactactaactctagctttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccact 22104863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 26713004 - 26712830
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggttccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttt-tttatgt 325  Q
    |||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||| | |||||    
T  26713004 gatgtaatcctacggaaccctaatttgttgaactcctttgaacatcaatgaaagtttagtctttattcatattaccttgtgtttaatgctttatgtatgt 26712905  T
Q  326 ttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  26712904 ttatcattgactattaaccctagctttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 26712830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 26982742 - 26982568
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggttccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttt-tttatgt 325  Q
    |||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||| | |||||    
T  26982742 gatgtaatcctacggaaccctaatttgttgaactcctttgaacatcaatgaaagtttagtctttattcatattaccttgtgtttaatgctttatgtatgt 26982643  T
Q  326 ttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  26982642 ttatcattgactattaaccctagctttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 26982568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 247 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 11989456 - 11989311
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  11989456 taatttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtctagtttttattcatattactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactactaaccc 11989357  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacact 391  Q
    |||||||||||| || |||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  11989356 tagctttatgaatatacaaattgatcttagagattgaatgaccact 11989311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 250 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 14617064 - 14616913
Alignment:
Q  250 tttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctag 348  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||     
T  14617064 tttgttgaactcctttaaatatcaatgaaagtctagttttaattcatattactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgaatactaaccctaa 14616965  T
Q  349 ctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  14616964 ctttatgaatatgcaaattgatcttagagattgaatgaccactaaccatggc 14616913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Original strand, 22159350 - 22159505
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-ta-tgtttatcatcgactattgacc 344  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||| | |||    
T  22159350 taatttgttgaactcctttgaatgtcaatgaaagtctagtttttattcatattactttgtgtttaatgctttttgtattgtttatcatcgactactaacc 22159449  T
Q  345 ctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
     |||||||||||| || ||||||||   |||||||||||||| || | ||||||||    
T  22159450 atagctttatgaatatacaaattgatgttagagattgaatgaccattaaccctggc 22159505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Original strand, 34405434 - 34405609
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||| ||||||||| ||||    
T  34405434 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatatcattgaaagtctagttttaattcatattactttatgttttatgctttttgtatg 34405533  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  34405534 tttatcattgactactaaccctagctttatgaatatgcaaactgatcttagagattaaatgaccactaaccctggc 34405609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 247 - 397
Target Start/End: Original strand, 33574695 - 33574846
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatg-cttttttatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||| ||||||  | ||||||||| ||| | ||||||||| || ||||||| ||||    
T  33574695 taatttgttgaactcctttgaacatcaatgaaagtttagtttttattcatattaccttgtgtttaatgccttatgtatgtttatgatagactattaaccc 33574794  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccct 397  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| |||||    
T  33574795 tagctttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccct 33574846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 15532839 - 15532685
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatg-cttttttatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||| | || |||||| ||| | || |||||| || ||||||| ||||    
T  15532839 taatttgttgaactcctttgaacatcaatgaaagtttagtttttattcttattactttgtgcttaatgccttatgtacgtttatgatagactattaaccc 15532740  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  15532739 tagcgttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 15532685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 15543021 - 15542867
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatg-cttttttatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||| | || |||||| ||| | || |||||| || ||||||| ||||    
T  15543021 taatttgttgaactcctttgaacatcaatgaaagtttagtttttattcttattactttgtgcttaatgccttatgtacgtttatgatagactattaaccc 15542922  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  15542921 tagcgttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 15542867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 271 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 7650562 - 7650448
Alignment:
Q  271 tcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattga 369  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| | ||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  7650562 tcaatgaaagtctagtctttattcatgttactttatgtttaatgttttttgtatgtttatcatcgactactaaccctaactttatgaatatgcaaattga 7650463  T
Q  370 ccgtagagattgaat 384  Q
     | ||||||||||||    
T  7650462 tcttagagattgaat 7650448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0567 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0567
Description:

Target: scaffold0567; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 244 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 6451 - 6297
Alignment:
Q  244 ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattga 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||||||| | ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |    
T  6451 ccttaatttgttgaactcctttgaatatcaatgaaagtc-agtgtttattcatgttactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactactaa 6353  T
Q  343 ccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctg 398  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||    
T  6352 ccctagctttatgaatatgcaaattgatcttagagattgaatgaccactaaccctg 6297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0500 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0500
Description:

Target: scaffold0500; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Original strand, 2298 - 2452
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttt-tttatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||    
T  2298 taatttgttgaactcctttgaacttcaatgaaagtttagtctttattcatattactttgtgtttaatgctttatgtatgtttatcatcaactattaaccc 2397  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | |||| | | ||||| |||| ||||||||    
T  2398 tagctttatgaatatgcatattgatcatagaaaataaatgaccactaaccctggc 2452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 249 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 26063330 - 26063177
Alignment:
Q  249 atttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tat-gtttatcatcgactattgaccct 346  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||    
T  26063330 atttgttgaactcctttgaatgtcaatgaaagtctagtttttattcatattactttgtgtttaatgctttttgtattgtttatcatcgactaataaccct 26063231  T
Q  347 agctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  26063230 agctttatgaatatgcaaattgatgttagagattgaatgaccactaaccctggc 26063177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 250 - 391
Target Start/End: Original strand, 26060197 - 26060339
Alignment:
Q  250 tttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccctag 348  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||  ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  26060197 tttgttgaactcttttgaatatcaataaaagtctagattttattcatattactttatgtttaatgctttttgtatgtttatcatcgactactaaccctag 26060296  T
Q  349 ctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacact 391  Q
    ||| ||||| || |||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  26060297 cttcatgaatatacaaattgatcttagagattgaatgaccact 26060339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 248 - 400
Target Start/End: Original strand, 12171590 - 12171743
Alignment:
Q  248 aatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccct 346  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||| ||||||  | |||||||||| || | ||||||||| || ||||||| |||||    
T  12171590 aatttgttgaactcctttgaacatcaatgaaagtttagtttttattcatattaccttgtgtttaatgccttatgtatgtttatgatagactattaaccct 12171689  T
Q  347 agctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  12171690 agctttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 12171743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 227 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 647863 - 647688
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||| ||||||||| ||||    
T  647863 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatatcattgaaagtctagttttaattcatattactttatgttttatgctttttgtatg 647764  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||| ||||  |||| ||||||||    
T  647763 tttatcattgactactaaccctagctttatgaatatgcaaactgatcttagagattaaatggccactaaccctggc 647688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 651114 - 650960
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||| |  |  | ||||    
T  651114 taatttgttgaactcctttgaatatcattgaaagtctagttttaattcatattactttatgttttatgctttttgtatgtttatcattgtttcctaaccc 651015  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    || ||||||||| ||||||| ||| | |||||||| ||||  |||| ||||||||    
T  651014 taactttatgaatatgcaaactgatcttagagattaaatggccactaaccctggc 650960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 7631 - 7477
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattgaccc 345  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||| ||||||| ||||||| |  |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  7631 taatttgttgaactcctttgaacataaatgaaagtttagtttttattcatattactttgagtttaatgctttatgtatgtttatcatcgactattaaccc 7532  T
Q  346 tagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | ||||  |||| ||| |||| ||||||||    
T  7531 tagctttatgaatatgcatattgatcatagaatttgattgaccactaaccctggc 7477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0665 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0665
Description:

Target: scaffold0665; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 227 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 304 - 130
Alignment:
Q  227 gatgtaatcctatggtt-ccttaatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattactctttgtttaatgcttttt-tatg 324  Q
    |||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| || |||| ||||||| | ||||| ||||||||| ||||    
T  304 gatgtaatcctatgggaaccctaatttgttgaactcctttgaatatcattgaaagtctagttttaattcatattactttatgttttatgctttttgtatg 205  T
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctgg 399  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||| |||||  ||| |||||||    
T  204 tttatcattgactactaaccctagctttatgaatatgcaaactgatcttagagattaaatgactactaaccctgg 130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0352 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0352
Description:

Target: scaffold0352; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 3246 - 3088
Alignment:
Q  247 taatttgttgaactcctttgaatttcaattaaagtttagtctttattcttattac-tctt--tgtttaatgcttttt-tatgtttatcatcgactattga 342  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| || |||||| ||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |    
T  3246 taatttgttgaactcatttgaatttaaatgaaagtttagtctttactcatattacttctttgtgtttaatgttttttgtatgtttatcatcgactactaa 3147  T
Q  343 ccctagc-tttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||| ||| ||||    
T  3146 ccctagcttttatgaatatgcaaattgatcacagaatttgaatgaacactaaccatggc 3088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 325 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 24743 - 24668
Alignment:
Q  325 tttatcatcgactattgaccctagctttatgaaaatgcaaattgaccgtagagattgaatgaacactgaccctggc 400  Q
    ||||| || ||||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  24743 tttatgatagactattaaccatagctttatgaatatgcatattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggc 24668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University