View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3962_high_7 (Length: 482)

Name: NF3962_high_7
Description: NF3962
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3962_high_7
NF3962_high_7
[»] chr7 (26 HSPs)
chr7 (1-322)||(22805419-22805740)
chr7 (1-322)||(22815137-22815458)
chr7 (1-322)||(22889402-22889723)
chr7 (1-322)||(22876026-22876347)
chr7 (1-322)||(22898373-22898694)
chr7 (1-322)||(22809754-22810075)
chr7 (1-322)||(22840162-22840483)
chr7 (1-322)||(22831141-22831462)
chr7 (1-322)||(22880674-22880995)
chr7 (1-322)||(22894054-22894375)
chr7 (322-469)||(22805212-22805359)
chr7 (6-320)||(22842264-22842590)
chr7 (88-322)||(22885704-22885934)
chr7 (1-174)||(22858677-22858850)
chr7 (1-317)||(22913783-22914099)
chr7 (319-469)||(22889195-22889345)
chr7 (229-322)||(22858572-22858665)
chr7 (319-466)||(22830937-22831084)
chr7 (321-469)||(22814930-22815078)
chr7 (398-466)||(22880497-22880565)
chr7 (398-469)||(22875819-22875890)
chr7 (313-469)||(22898166-22898322)
chr7 (313-466)||(22839958-22840111)
chr7 (398-466)||(22858368-22858436)
chr7 (313-469)||(22893847-22894003)
chr7 (435-469)||(22913568-22913602)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-322)||(21150283-21150604)
chr1 (313-469)||(21150655-21150811)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 26)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22805740 - 22805419
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| || | | || ||| ||||||||| ||||    
T  22805740 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcagatggcatactaagactcaccaatgatacagaacaagtaataggtcatgctttctatcc 22805641  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22805640 aaatccaatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccaccttttactggc 22805541  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||     
T  22805540 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaataccttggtctctttaatgattccaacaatggaaacagtg 22805441  T
Q  301 gcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22805440 gcaaccatgtttttggtgttga 22805419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22815458 - 22815137
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  |  |||||| |||||||| ||||    
T  22815458 catcacatttaaatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaatgatacagaaagagccaaaggatatgctttctatcc 22815359  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  22815358 aaatcctatagttttcaaaaacacttccaatgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtgtttgcaataagacctcaatatccaccttttagtggc 22815259  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22815258 caaggaattgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaagtcaataccttggtctctttaacgattccaacaatggaaacagta 22815159  T
Q  301 gcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  22815158 acaaccatgtttttggtgttga 22815137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22889723 - 22889402
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  || |||||||||| |||| ||||    
T  22889723 catcacatttatatcttgatggtattgctgagttaactacaaatggcttactaaaactcaccaatgatacagaaagagacaaaggacatggtttctatcc 22889624  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  | ||  ||||    
T  22889623 aaatccaatagttttcaaaaacacttccagtgaaagcgtgtcttctttctcaactacttttttatttgccataatacctcaatatgcaaatattggtggc 22889524  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  22889523 catggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactaccaagtcaataccttggtctctttaacgattccaacagtggaaacagta 22889424  T
Q  301 gcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22889423 gcaaccatgtttttggtgttga 22889402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22876347 - 22876026
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||| |||| ||||    
T  22876347 catcaaatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaatgatacagaatatgaaaaaggacatggtttctatcc 22876248  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||| |||     
T  22876247 aaatcctatagttttcaaaaacacttccaatggaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataagacctcaatatccaactattagtggt 22876148  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
     ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  22876147 gatggaattgtttttgttgtttctcctacaaaagggctaccaaactcactaccacgtcaataccttggtctctttaacaattcaaacaatggaaacagta 22876048  T
Q  301 gcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22876047 gcaaccatgtttttggtgttga 22876026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22898694 - 22898373
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||  |  | ||||||| |||||||||| ||||    
T  22898694 catcacatttatatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttacttagactcaccaatgataccaagcaagaaaaagcacatgctttctatcc 22898595  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  | ||| ||||    
T  22898594 aaatcctatagttttcaagaacacttctaatggaagtgtttcttctttctcaactacttttgtgtttgccataagacctcaatatccaactcttagtggc 22898495  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||    
T  22898494 catggaattgtttttgttgtctctcctacaaaagggctaccaaattcactacaaagtcaataccttggtctctttaacaaatccaacaatggaaatagta 22898395  T
Q  301 gcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22898394 gcaaccatgtttttggtgttga 22898373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22810075 - 22809754
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||| ||||    
T  22810075 catcacatttatatcttgatggtattgctgagttaaccccagatggcttactaagactcaccaatgatacagaacatgaaaaaggacatgctttctatcc 22809976  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||| |  |    
T  22809975 aaatcctgtagttttcaaaaacactatcagtgaaagtgtatcttctttctcaactacttttgtatttgccataagacctcaatatccaactcttagttcc 22809876  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||| ||| |||||  | ||| |||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  22809875 catggaattgtatttgttgtttcacctacaaaagggctgccaaattcaaaagcaagtcaatatcttggtctctttaaccaatccaacaatggaaacagta 22809776  T
Q  301 gcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    | ||||||||||| ||||||||    
T  22809775 gtaaccatgttttcggtgttga 22809754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22840483 - 22840162
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||   ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| || | ||||||||||| |||||| ||||    
T  22840483 catcaaatttatatcttgatggtaccgctgagttagcctcaactggcttactaagactcaccaatgatacaaaacaagaaaaaggacaagctttctatcc 22840384  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||  | ||| ||||    
T  22840383 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagcggaagtgtttcttctttctcaactacttttgtattttccataaaatcttcatatccaactcttagtggc 22840284  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||     
T  22840283 catggaattgttttcgttatttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaagtcaataccttggtctctttaaccaatccaacattggaaacggtg 22840184  T
Q  301 gcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22840183 gcaaccatgtttttggtgttga 22840162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22831462 - 22831141
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||       || | || | |||||||| ||||    
T  22831462 catcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatcc 22831363  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| | |    ||||||  | ||| ||||    
T  22831362 aaatcatatagtttttaaaaacacttcgaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgtatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggc 22831263  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||    
T  22831262 catggaattgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagta 22831163  T
Q  301 gcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  22831162 gcaaccatgtttttggtgttga 22831141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22880995 - 22880674
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||  |  |||||| |||||||| ||||    
T  22880995 catcacatttatatcttgatggtattgctaaggtaaactcaaatggcttactaagactcaccaatgacacagaaagagccaaaggatatgctttctatcc 22880896  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||   ||| ||  |  |  ||||    
T  22880895 aaatcctatagttttcaaaaacacttccaatgaaagtgtgtattctttctcaactacttttgtatttgccatcaaatctaggtatacagctacttgtggc 22880796  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||| || ||  || ||||| |||||||| ||    
T  22880795 catggacttgtttttgttgtttcaccaacaaaagggctaccaaattcgctaccaagtaaataccttggtctctttgacactttcaacactggaaacatta 22880696  T
Q  301 gcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  22880695 gcaaccatgtttttgctgttga 22880674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22894375 - 22894054
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||||||| | ||  || | ||||||| |||||||||| ||||    
T  22894375 catctcatttgtatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttactaagactcaccaatgacaccaaacaagaaaaagcacatgctttctatcc 22894276  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||  || || ||||    
T  22894275 aaaccctatagttttgaagaacacttccaatggaagtgtttcttcattctcaactacttttgtatttgccataagacatcaaggtccaacttatagtggc 22894176  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |  |  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||   ||    
T  22894175 catggaattgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactccaaggttcataccttggtctctttgacgattccaacaatggaaatccta 22894076  T
Q  301 gcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  22894075 gcaaccacgtttttggtgttga 22894054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 322 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 22805359 - 22805212
Alignment:
Q  322 atatcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaactgtagacctttccagtggaaatccaataca 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22805359 atatcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaacagtagacctttccagtggaaatcctataca 22805260  T
Q  422 ggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 469  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805259 ggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 22805212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 6 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 22842590 - 22842264
Alignment:
Q  6 catttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatccaaatc 105  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||| ||||| || |  | ||||| ||||||||  ||||||| |    
T  22842590 catttgtatcttgatggtattgctgagttaacctcaggtggcttaccaagactcaccaatgatacaaaacaatacaaaggtcatgctttatatccaaaac 22842491  T
Q  106 ctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatcc---act---ttttactgg 199  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| | ||||   |||   | ||| |||    
T  22842490 caatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttttatttgccataaaatctccagatccagaactaactcttagtgg 22842391  T
Q  200 ccatggaattgttt--ttgtt----ctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatgga 293  Q
    ||| || |||||||  |||||    ||||| || |||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  22842390 ccacgggattgttttgttgtttcaactttcacctacaaaagggcaaccaaattcactaccaggtcaataccttggtctctttaacaattccaacaatgga 22842291  T
Q  294 aacagtagcaaccatgtttttggtgtt 320  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  22842290 aatagtagcaaccatgtttttggtgtt 22842264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 88 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22885934 - 22885704
Alignment:
Q  88 atgctttccatccaaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatcc 187  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |||| | || |||||||    
T  22885934 atgctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacact--cagtgaaagtgtgtcttctttctcaactaattctttatttgctataaaatcttaatatcc 22885837  T
Q  188 actttttactggccatggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaac 287  Q
    |  |  || |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  22885836 aactcatagtggccatggaattgtttttgttatttcacctacaaaagggctaccaaattcactacaatattaataccttggtctc--taacaattccaac 22885739  T
Q  288 aatggaaacagtagcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  22885738 aatggaaacagtagcagccatgtttttggtattga 22885704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 22858850 - 22858677
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||      | || | || |||||||||| ||||    
T  22858850 catcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcaactggcttactaagactcaccaatgatatcgggcaagatacagcacatgctttctatcc 22858751  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataa 174  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22858750 aaatcctatagttttcaaaaacacttctagtgaaactgtgtcttctttctcaactacttttttatttgccataa 22858677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 22914099 - 22913783
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| | | |||||| || ||  | |  |||| || ||||||||| ||||    
T  22914099 catcacatttatatcttgatggtgttgctgaattaacctcaaatggtttactaagattaaccaatgattcaagacaacaaaagggtcatgctttctatcc 22914000  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    ||| |||||||||||||| ||       |||   | ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | || | | |||   | ||| ||||    
T  22913999 aaaccctatagttttcaacaatggaagtagtagtaatgtatcttctttctctactacttttgtttttgccataaaatctgagtttcctaatcttagtggc 22913900  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||  | || || || |||||||||||||  |    
T  22913899 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggttaccaaattcactaccaagtcaataccttggtctattcaatgaatcaaacaatggaaacaaca 22913800  T
Q  301 gcaaccatgtttttggt 317  Q
      |||||||||||||||    
T  22913799 ataaccatgtttttggt 22913783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 319 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 22889345 - 22889195
Alignment:
Q  319 ttgatatcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaactgtagacctttccagtggaaatccaat 418  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||  |||||| ||||||  ||||| |||| | |||||||| |||    | ||  ||||||||||||| | || ||    
T  22889345 ttgatatcaatgatttgaaatcagctgattcaactcctgcaggatattatgatggttatggtcaattcaaggatttatccctttccagtggataccctat 22889246  T
Q  419 acaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 469  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22889245 gcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 22889195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 229 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22858665 - 22858572
Alignment:
Q  229 caaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagtagcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  22858665 caaaagggctaccagattcacttccaaaccaataccttggtccctttaacgattccaacattggaaacactagcaaccatgtgtttgctgttga 22858572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 319 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 22831084 - 22830937
Alignment:
Q  319 ttgatatcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaactgtagacctttccagtggaaatccaat 418  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |   |||||| ||||||  ||||| ||||||  ||||| | |||| | | ||  |||| |||||||| |||| ||    
T  22831084 ttgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctat 22830985  T
Q  419 acaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttac 466  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22830984 gcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttac 22830937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 321 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 22815078 - 22814930
Alignment:
Q  321 gatatcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaactgtagacctttccagtggaaatccaatac 420  Q
    ||||||||| || ||||||||| |   |||||| ||||||  |||||  |||||||||||||| ||||     ||  |||||||| ||||  ||| ||||    
T  22815078 gatatcaattatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattataatgatcatggtcaattcagggagttatccctttccaatggatttcctatac 22814979  T
Q  421 aggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 469  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22814978 aggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 22814930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 398 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 22880565 - 22880497
Alignment:
Q  398 cctttccagtggaaatccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttac 466  Q
    ||||||||||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22880565 cctttccagtggatatcccatgcaggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgaggttac 22880497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 398 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 22875890 - 22875819
Alignment:
Q  398 cctttccagtggaaatccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 469  Q
    ||||| ||||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22875890 ccttttcagtggatatcccatgcaggtatggattgactatgatggagtgaaaaaaaagattgatgttacttt 22875819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 313 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 22898322 - 22898166
Alignment:
Q  313 ttggtgttgatatcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaactgtagacctttccagtggaaa 412  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| |   |||||| ||||||  ||||| |||| | |||||||| |||  | | |   ||||| |||||| ||    
T  22898322 ttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttgacccttttcagtggcaa 22898223  T
Q  413 tccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 469  Q
    ||| || |||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  22898222 tcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttacttt 22898166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 313 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 22840111 - 22839958
Alignment:
Q  313 ttggtgttgatatcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaactgtagacctttccagtggaaa 412  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| |   |||||| ||||||  |||||||||||  ||  || | ||||   | ||  ||| ||||||||| |    
T  22840111 ttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcgattcagggatttatccctctccagtggata 22840012  T
Q  413 tccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttac 466  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22840011 tcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgatgttac 22839958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 398 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 22858436 - 22858368
Alignment:
Q  398 cctttccagtggaaatccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttac 466  Q
    |||||| |||||| |||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22858436 cctttctagtggatatcctatgcaggtatggatagaatatgatggagtgaagaaaaatattgatgttac 22858368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 313 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 22894003 - 22893847
Alignment:
Q  313 ttggtgttgatatcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaactgtagacctttccagtggaaa 412  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| |   |||||| ||||||  ||||| |||| | |||||||| |||  | | ||  ||||  ||||||  |    
T  22894003 ttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatggtaatggtcaattcaagaatataagccttatcagtggcta 22893904  T
Q  413 tccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 469  Q
    ||| || |||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  22893903 tcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttacttt 22893847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 435 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 22913602 - 22913568
Alignment:
Q  435 tatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 469  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913602 tatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 22913568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Original strand, 21150283 - 21150604
Alignment:
Q  1 catcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaattatacacaaaacgaaaaaggacatgctttccatcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||||| |  | |||| ||| ||||||||| ||||    
T  21150283 catcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaagactcactagtgatacagatcatgaaatagggcatgctttctatcc 21150382  T
Q  101 aaatcctatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccactttttactggc 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||  ||||    
T  21150383 aaatcctatagttttcgaaaacacttccggcgaaagtgtgttttctttttcaactacttttgtatttgccataagacctcaatatccaactcttggtggc 21150482  T
Q  201 catggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccacattcactaccaaatcaataccttggtctcattaacgattccaacaatggaaacagta 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  21150483 catggaattgtttttgttatttctcctacaaaagagctaccaaattcactaccaacacaataccttggtctctttaacaattccaacaatggaaacagta 21150582  T
Q  301 gcaaccatgtttttggtgttga 322  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  21150583 gcaaccatgtttttggtgttga 21150604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 313 - 469
Target Start/End: Original strand, 21150655 - 21150811
Alignment:
Q  313 ttggtgttgatatcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaactgtagacctttccagtggaaa 412  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| |  ||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |  | |||    | ||  ||||| ||||||| |    
T  21150655 ttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatgatggattcaatgatttatcccttttcagtggata 21150754  T
Q  413 tccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttacttt 469  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||| ||||||||||    
T  21150755 tcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttacttt 21150811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University