View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3963_low_15 (Length: 459)

Name: NF3963_low_15
Description: NF3963
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3963_low_15
NF3963_low_15
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-439)||(43828497-43828935)
chr8 (1-352)||(43821118-43821469)
chr8 (5-225)||(43813959-43814179)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-149)||(31809831-31809979)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 43828935 - 43828497
Alignment:
Q  1 atcaaaaacttatgaaagtgcaagttcgttgtctctaacgacatttacatcactattgattgaatttgtagcaaggcttcaaaatttagtggattcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43828935 atcaaaaacttatgaaagtgcaagttcgttgtctctaacgacatttacatcactattgattgaatttgtagcaaggcttcaaaatttagtggattcattt 43828836  T
Q  101 gaagaattgggtgagaaagctaactttaaggacccccttgaacaacaaggtgccatagcatctggctggtttaggaggagattgtttaactgctttatat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43828835 gaagaattgggtgagaaagctaactttaaggacccccttgaacaacaaggtgccatagcatctggctggtttaggaggagattgtttaactgctttatat 43828736  T
Q  201 cccaggattgacaaatggagtatgaaaagaggtaaattttcttaacaagtagatcaactccagaaatttccataaagttttgaaactatttgatatttca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43828735 cccaggattgacaaatggagtatgaaaagaggtaaattttcttaacaagtagatcaactccagaaatttccataaagttttgaaactatttgatatttca 43828636  T
Q  301 tcatgtgacatcaaatggacttataaaaatgttttaaaaatgatcagaagtgaacctaaagacgacggcaaagttggttggatgcagcggaggatggcga 400  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43828635 tcatgtgacatcaaatggactcataaaaatgttttaaaaatgatcagaagtgaacctaaagacgacggcaaagttggttggatgcagcggaggatggcga 43828536  T
Q  401 ctgctcattagagggaatgttattcctacaaggactaca 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43828535 ctgctcattagagggaatgttattcctacaaggactaca 43828497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 43821469 - 43821118
Alignment:
Q  1 atcaaaaacttatgaaagtgcaagttcgttgtctctaacgacatttacatcactattgattgaatttgtagcaaggcttcaaaatttagtggattcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43821469 atcaaaaacttatgaaagtgcaagttcgttgtctctaacgacatttacatcacttctgatagaatttgtagcaaggcttcaaaatttagtggactcattt 43821370  T
Q  101 gaagaattgggtgagaaagctaactttaaggacccccttgaacaacaaggtgccatagcatctggctggtttaggaggagattgtttaactgctttatat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||  | || |||||| ||||| |||  ||||||||||||| ||| | ||    
T  43821369 gaagaattgggtgagaaagctaattttaaggacccccttgaaaaacaaggcgcggtggcctctggcgggttttggacaagattgtttaactacttcagat 43821270  T
Q  201 cccaggattgacaaatggagtatgaaaagaggtaaattttcttaacaagtagatcaactccagaaatttccataaagttttgaaactatttgatatttca 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||  |||||| || ||| ||||||||| |||||| | ||||    
T  43821269 cctaggattgacaaatggagtatgaaaagaggtaaattttcttattgagtaaatcaactccgcaaattttcaaaaacttttgaaacaatttgacacttca 43821170  T
Q  301 tcatgtgacatcaaatggacttataaaaatgttttaaaaatgatcagaagtg 352  Q
    ||| || || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  43821169 tcaagtaacttcaaatagacttatgaaaatgttttaaaaatgatccgaagtg 43821118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 43814179 - 43813959
Alignment:
Q  5 aaaacttatgaaagtgcaagttcgttgtctctaacgacatttacatcactattgattgaatttgtagcaaggcttcaaaatttagtggattcatttgaag 104  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  43814179 aaaacttatgaaagtgctagttcattgtctctaactacatttacatcacttttgattgaatttgtagcaaggcttcaaaatttggtggatgcatttgaag 43814080  T
Q  105 aattgggtgagaaagctaactttaaggacccccttgaacaacaaggtgccatagcatctggctggtttaggaggagattgtttaactgctttatatccca 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   || | || ||  ||||| |||  ||||| ||||||||||| | |||| |    
T  43814079 aattgggtgagaaagctaactttaaggacccccttgaacaacaaagtgtggtaacctcgggtgggttttggaccagattatttaactgcttcaaatccta 43813980  T
Q  205 ggattgacaaatggagtatga 225  Q
    ||||||| |||||||||||||    
T  43813979 ggattgaaaaatggagtatga 43813959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 149
Target Start/End: Original strand, 31809831 - 31809979
Alignment:
Q  1 atcaaaaacttatgaaagtgcaagttcgttgtctctaacgacatttacatcactattgattgaatttgtagcaaggcttcaaaatttagtggattcattt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||  || |  | |||||  |||||||  ||||||||||||| || ||||| |||||  | || ||||| |||    
T  31809831 atcaaaaacctatgaaagtgctagttcgttaactttggcaacattctcatcacttctgattgaatttgtggctaggctacaaaaccttgttgattctttt 31809930  T
Q  101 gaagaattgggtgagaaagctaactttaaggacccccttgaacaacaag 149  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  31809931 gaagaattaggtgagaaagcgaagtttaaggaccctcttgaacaacaag 31809979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University