View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3965_low_1 (Length: 726)

Name: NF3965_low_1
Description: NF3965
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3965_low_1
NF3965_low_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (14-709)||(38567460-38568164)
chr1 (545-709)||(38526859-38527023)
chr1 (14-244)||(38526332-38526562)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (317-398)||(10859936-10860016)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 709
Target Start/End: Original strand, 38567460 - 38568164
Alignment:
Q  14 atcacattaatcactgtgcctccattatatcctttttccatgaccatctttgcaccaaaccatacagccaaagcataacctaggaacataagaaacataa 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38567460 atcacattaatcaccgtgcctccattatatcctttttccatgaccatctttgcaccaaaccatacagccaaagcataacctaggaacataagaaacataa 38567559  T
Q  114 atgtgcctacacctactccagatataaaaccttcaaaaactcctgatttgtaaccatctacaagatgtttgctgtaattagctactgcttgcttttcacc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38567560 atgtgcctacacctactccagatataaaaccttcaaaaactcctgatttgtaaccatctacaagatgtttgctgtaattagctactgcttgcttttcacc 38567659  T
Q  214 agtaaaggaagcaacctgaaaatacacacaacatgaggaaggaaattaggctacatgtttatcatagcactgccacacataagcagcaagaaaataaaaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38567660 agtaaaggaagcaacctgaaaatacacacaacacgaggaaggaagttaggctacatgtttatcatagcactgccacacataagcagcaagaaaataaaaa 38567759  T
Q  314 gcaacatgtatgtttcgttccactactggactgaggcaaaattaattttagaagtgtagaaatgaatttgatatgtttggatgttatcaaatatagttga 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38567760 gcaacatgtatgtttcgttccactactggactgaggcaaaattaattttagaagtgtagaaatgaatttgatatgtttggatgttatcaaatatagttga 38567859  T
Q  414 ttttgacccacttttaaacctcaaaattattgttcaacacacttttgcatgaattttacgttcaatttttagccacagtcaatttttgttactgtagaac 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38567860 ttttgacccacttttaaacctcaaatttattgttcaacacacttttgcatgaattttacgttcaacttttagccacagtcaatttttgttactgcagaac 38567959  T
Q  514 caaactcacactta---------gaagtttgcaaatttacttctgacaacataccgttcttattgagccaattgtctgttcaacaacatgtgcagctttt 604  Q
    ||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38567960 caaactcacacttagaagttattgaagtttgcaaatttacttctgacaacataccgttcttattgagccaattgtctgttcaacaacatgcgcagctttt 38568059  T
Q  605 gcataagcagtttgacctttagaagccatcctgcctatgattacagccatggcagcacccgacacaacaagaagtggaagtgttgacatcaatacaacag 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38568060 gcataagcagtttgacctttagaagccatcctgcctatgattacagccatggcagcacccgacacaacaagaagtggaagtgttgacatcaatacaacag 38568159  T
Q  705 taaga 709  Q
    |||||    
T  38568160 taaga 38568164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 545 - 709
Target Start/End: Original strand, 38526859 - 38527023
Alignment:
Q  545 ttctgacaacataccgttcttattgagccaattgtctgttcaacaacatgtgcagcttttgcataagcagtttgacctttagaagccatcctgcctatga 644  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38526859 ttctaacagcataccgttcttattgagccaatggtctgttcaacaacatgtgcagcttttgcataagcagtttgacctttagaagccattctgcctatga 38526958  T
Q  645 ttacagccatggcagcacccgacacaacaagaagtggaagtgttgacatcaatacaacagtaaga 709  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  38526959 taacagccatggcagcacctgacacaacaagaaatggaagtgttgacatcataacaacagtaaga 38527023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 14 - 244
Target Start/End: Original strand, 38526332 - 38526562
Alignment:
Q  14 atcacattaatcactgtgcctccattatatcctttttccatgaccatctttgcaccaaaccatacagccaaagcataacctaggaacataagaaacataa 113  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||| |||| ||||||||    
T  38526332 atcacattaatcacggtgccaccattatatcctttttcaatgatcatctttgcaccaaaccatactgccaaagcataaccacagaaaataacaaacataa 38526431  T
Q  114 atgtgcctacacctactccagatataaaaccttcaaaaactcctgatttgtaaccatctacaagatgtttgctgtaattagctactgcttgcttttcacc 213  Q
     ||||||||  ||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||    
T  38526432 ctgtgcctagtcctgctccagctatagtaccttcaaaaactcctgatttgtaagcatctacaagaaatttgctataactagatactgcttgcttttcccc 38526531  T
Q  214 agtaaaggaagcaacctgaaaatacacacaa 244  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  38526532 agtaaaggatgcaacctgaaaatatacacaa 38526562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 317 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 10860016 - 10859936
Alignment:
Q  317 acatgtatgtttcgttccactactggactgaggcaaaattaattttagaagtgtagaaatgaatttgatatgtttggatgtt 398  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||  |||||| |||||    
T  10860016 acatgtatgtttggttccacttttggaa-gaggcaaaattcattatagaggtgtagaaatgattttgacctgtttgaatgtt 10859936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University