View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3968_low_4 (Length: 444)

Name: NF3968_low_4
Description: NF3968
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3968_low_4
NF3968_low_4
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (1-426)||(30020303-30020728)
chr2 (1-426)||(30039967-30040392)
chr2 (1-426)||(30109445-30109870)
chr2 (1-426)||(30121144-30121569)
chr2 (1-426)||(30234105-30234530)
chr2 (1-426)||(30102915-30103340)
chr2 (1-426)||(30078721-30079134)
chr2 (1-426)||(30136161-30136574)
chr2 (104-427)||(30009127-30009450)
chr2 (104-427)||(30065624-30065947)
chr2 (105-425)||(30168612-30168932)
chr2 (138-423)||(30221185-30221470)
chr2 (105-411)||(30187043-30187349)
chr2 (111-411)||(30276943-30277243)
chr2 (138-425)||(30787720-30788007)
chr2 (138-425)||(30249370-30249657)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Original strand, 30020303 - 30020728
Alignment:
Q  1 attagaatctaacactctatttcaattgaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttctcatgggagttattaat 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30020303 attagaatctaactctctatttcaatagaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttgtcatgggagttattaat 30020402  T
Q  101 aacattgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattg 200  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30020403 aactttgctactaaaagtgctgaatttactgttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaagatgacaactg 30020502  T
Q  201 atgtccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020503 atgtccaacatttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgatgaggccagaaggaacggagaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 30020602  T
Q  301 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020603 gaacacagtggacaacactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 30020702  T
Q  401 acaaggcaccagctaagtaggaagat 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  30020703 acaaggcaccagctaagtaggaagat 30020728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 30040392 - 30039967
Alignment:
Q  1 attagaatctaacactctatttcaattgaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttctcatgggagttattaat 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  30040392 attagaatctaactctctatttcaatagaaaaaattctataaactcaaattggtggctagcaaaggggtgaccatggatgttatcatgggagttattact 30040293  T
Q  101 aacattgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattg 200  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30040292 aactttgctactaaaactgccgaatttacggttgaagctattggtcgtcaatttggttacatactttattacaagggcaaccttaccaggatgacaactg 30040193  T
Q  201 atgtccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30040192 atgtccaacgtgtggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgatgaggtcagaaggaacggagaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 30040093  T
Q  301 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30040092 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 30039993  T
Q  401 acaaggcaccagctaagtaggaagat 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  30039992 acaaggcaccagctaagtaggaagat 30039967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 30109870 - 30109445
Alignment:
Q  1 attagaatctaacactctatttcaattgaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttctcatgggagttattaat 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  30109870 attagaatctaactctctatttcaatagaaaaaattctataaactcaaattggtggctagcaaaggggtgaccatggatgttatcatgggagttattact 30109771  T
Q  101 aacattgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattg 200  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30109770 aactttgctactaaaactgccgaatttacggttgaagctattggtcgtcaatttggttacatactttattacaagggcaaccttaccaggatgacaactg 30109671  T
Q  201 atgtccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30109670 atgtccaacgtgtggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgatgaggtcagaaggaacggagaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 30109571  T
Q  301 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30109570 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 30109471  T
Q  401 acaaggcaccagctaagtaggaagat 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  30109470 acaaggcaccagctaagtaggaagat 30109445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 30121569 - 30121144
Alignment:
Q  1 attagaatctaacactctatttcaattgaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttctcatgggagttattaat 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30121569 attagaatctaactctctatttcaatagaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttgtcatgggagttattaat 30121470  T
Q  101 aacattgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattg 200  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30121469 aactttgctactaaaagtgctgaatttactgttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaagatgacaactg 30121370  T
Q  201 atgtccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30121369 atgtccaacatttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgatgaggccagaaggaacggagaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 30121270  T
Q  301 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30121269 gaacacagtggacaacactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 30121170  T
Q  401 acaaggcaccagctaagtaggaagat 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  30121169 acaaggcaccagctaagtaggaagat 30121144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 30234530 - 30234105
Alignment:
Q  1 attagaatctaacactctatttcaattgaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttctcatgggagttattaat 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  30234530 attagaatctaactctctatttcaatagaaaaaattctataaactcaaattggtggctagcaaaggggtgaccatggatgttatcatgggagttattact 30234431  T
Q  101 aacattgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattg 200  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30234430 aactttgctactaaaactgccgaatttacggttgaagctattggtcgtcaatttggttacatactttattacaagggcaaccttaccaggatgacaactg 30234331  T
Q  201 atgtccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30234330 atgtccaacgtgtggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgatgaggtcagaaggaacggagaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 30234231  T
Q  301 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30234230 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 30234131  T
Q  401 acaaggcaccagctaagtaggaagat 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  30234130 acaaggcaccagctaagtaggaagat 30234105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 30103340 - 30102915
Alignment:
Q  1 attagaatctaacactctatttcaattgaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttctcatgggagttattaat 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30103340 attagaatctaactctctatttcaatagaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttgtcatgggagttattaat 30103241  T
Q  101 aacattgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattg 200  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30103240 aactttgctactaaaagtgctgaatttactgttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaagatgacaactg 30103141  T
Q  201 atgtccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30103140 atgtccaacatttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgatgaggccagaaggaacggtgaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 30103041  T
Q  301 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 400  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30103040 gaacacagtggacatcactgttgctgatgcaaatgaatttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 30102941  T
Q  401 acaaggcaccagctaagtaggaagat 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  30102940 acaaggcaccagctaagtaggaagat 30102915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Original strand, 30078721 - 30079134
Alignment:
Q  1 attagaatctaacactctatttcaattgaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttctcatgggagttattaat 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  30078721 attagaatctaactctctatttcaatagaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttgtcatgggagttattatt 30078820  T
Q  101 aacattgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattg 200  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30078821 aactttgctactaagactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttg------------attacaagggcaaccttaccaagatgacaactg 30078908  T
Q  201 atgtccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30078909 atgtccaacatttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgatgaggccagaaggaacggagaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 30079008  T
Q  301 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30079009 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 30079108  T
Q  401 acaaggcaccagctaagtaggaagat 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  30079109 acaaggcaccagctaagtaggaagat 30079134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 30136574 - 30136161
Alignment:
Q  1 attagaatctaacactctatttcaattgaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttctcatgggagttattaat 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  30136574 attagaatctaactctctatttcaatagaaaaaattctataaactcaaattggtagctagcaaaggggtgaccatggatgttgtcatgggagttattatt 30136475  T
Q  101 aacattgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattg 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||            ||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30136474 aactttgctactaaaactgctgaatttacggttgaagctattcgtcgtcaatttg------------attacaagggcaaccttaccaagatgacaactg 30136387  T
Q  201 atgtccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30136386 atgtccaacatttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgatgaggccagaaggaacggggaagagattgaaaatattgtccagaattggtt 30136287  T
Q  301 gaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30136286 gaacacagtggacaacactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgc 30136187  T
Q  401 acaaggcaccagctaagtaggaagat 426  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||    
T  30136186 acaaggcaccagctaagtaagaagat 30136161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 104 - 427
Target Start/End: Original strand, 30009127 - 30009450
Alignment:
Q  104 attgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattgatg 203  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||| ||||  | ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||  | ||||| || |||||    
T  30009127 attgctgctaaaattgctgaaattatggttgcacctattggacgtcaatttcgttacatactctactacaaggactaccttaaaaagatgaaaactgatg 30009226  T
Q  204 tccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaa 303  Q
    ||||    ||||||||||| ||| ||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||     
T  30009227 tccagaagttggagggaattaaaaacagtgtgcaacacactgttgatgaggctagaaggaacggagaagagattgaaaatgttgtccaaaattggatgag 30009326  T
Q  304 cacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcaca 403  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||| || |||| |||||||| || | ||||||||| || |||||    
T  30009327 caaagtggacaacacttttgcggaggcaaataaactaattgacaatgaagaccttgcaataggtcaacgttctatgcgaaactttcccaatctgcgcaca 30009426  T
Q  404 aggcaccagctaagtaggaagatt 427  Q
    ||||| ||||| || | |||||||    
T  30009427 aggcatcagctgagcaagaagatt 30009450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 104 - 427
Target Start/End: Original strand, 30065624 - 30065947
Alignment:
Q  104 attgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattgatg 203  Q
    |||||| |||||  ||||||| ||| ||||  | ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||  | ||||| || |||||    
T  30065624 attgctgctaaatttgctgaaattatggttgcacctattggacgtcaatttcgttacatactctactacaaggactaccttaaaaagatgaaaactgatg 30065723  T
Q  204 tccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaa 303  Q
    |||||    |||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||     
T  30065724 tccaaaagatggagggaataaaaaacagtgtgcaacacactgttgatgaggctagaaggaacggagaagagattgaaaatgttgtccaaaattggatgag 30065823  T
Q  304 cacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcaca 403  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||| || |||| |||||||| || | ||||||||| || |||||    
T  30065824 caaagtggacaacacttttgcggaggcaaataaactaattgacaatgaagaccttgcaataggtcaacgttctatgcgaaactttcccaatctgagcaca 30065923  T
Q  404 aggcaccagctaagtaggaagatt 427  Q
    ||||| ||||| || | |||||||    
T  30065924 aggcatcagctgagcaagaagatt 30065947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 105 - 425
Target Start/End: Original strand, 30168612 - 30168932
Alignment:
Q  105 ttgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattgatgt 204  Q
    ||||| |||||| |||||| | || ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||   ||||||| || | ||||    
T  30168612 ttgctgctaaaattgctgagtatatggttgtacctattggtcgtcaatttggttacatactctactacaagcgaaaccttgaaaggatgaaaactaatgt 30168711  T
Q  205 ccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaac 304  Q
    ||||    ||||||||| |||||  | | ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||    
T  30168712 ccaaaagctggagggaacaaaagctagtgtgcaacacactgttgatgaggctagaagcaacggagaagagattgagaatattgttcagaactggatgaac 30168811  T
Q  305 acagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaa 404  Q
    | |||||||| ||  ||||| ||||||||| |||| | |||   |||||||| |||||||| ||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||    
T  30168812 aaagtggacatcatggttgctgaggcaaataaactcactgaatctgaaggccatgcaaaagttcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaa 30168911  T
Q  405 ggcaccagctaagtaggaaga 425  Q
    |||||||||| || |||||||    
T  30168912 ggcaccagctgagcaggaaga 30168932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 138 - 423
Target Start/End: Original strand, 30221185 - 30221470
Alignment:
Q  138 ctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattgatgtccaacgtttggagggaataaaagacattttgca 237  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||   ||||||| |||||| ||||||    | || |||  ||||||   | ||||    
T  30221185 ctattggttgtcaatttggttacatactatactacaaaggaaaccttcaaaggatgaaaattgaggtccaaaagctcgaaggatcaaaagatcatgtgca 30221284  T
Q  238 acacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaa 337  Q
     |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    ||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  30221285 gcacagtgttgatgaggctagaaggaacggagaagagattgaaaatattgtcctgaagtggctgaatggtgtggacaacactgttgctgaggcaaagaaa 30221384  T
Q  338 ctaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaggaa 423  Q
    || ||||||| | | |||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||    
T  30221385 cttattgacactcagggccatgaaaaatctcaatgttctatgagatattttcccaatctgtgcacaaggcatcaactgagtaggaa 30221470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 105 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 30187349 - 30187043
Alignment:
Q  105 ttgctactaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattgatgt 204  Q
    ||||| |||||| |||||| | || ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||   ||||||  || ||||||    
T  30187349 ttgctgctaaaattgctgagtatatggttgtacctattggtcgtcaatttggttacatactctactacaaggacaaccttcaaaggatggaaactgatgt 30187250  T
Q  205 ccaacgtttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaac 304  Q
    ||||    | || |||| |||||| | | |||||| ||| ||||  ||||||||||  || ||| |||||||||||||  |||||||| | ||| |||||    
T  30187249 ccaaaagctagaaggaacaaaagatagtgtgcaacgcaaagttgacgaggctagaaataatggagaagagattgaaaagtttgtccaggactggctgaac 30187150  T
Q  305 acagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaa 404  Q
    |  ||||||||||  ||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| | ||  |||||||| |||||||||    
T  30187149 agtgtggacaacatggttgctgaggcaaagaaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcagtgctctatgggccaccttcccaatctgtgcacaa 30187050  T
Q  405 ggcacca 411  Q
    |||||||    
T  30187049 ggcacca 30187043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 111 - 411
Target Start/End: Original strand, 30276943 - 30277243
Alignment:
Q  111 ctaaaactgctgaatttacggttaaagctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattgatgtccaacg 210  Q
    |||||| | ||||||||||||||  | ||||||| |  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| |||||   | | |||||      
T  30276943 ctaaaatttctgaatttacggttgcacctattggacaacaatttggttacataatatattacaagggcaaccttttaagggtgacagccgctatccaaaa 30277042  T
Q  211 tttggagggaataaaagacattttgcaacacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtg 310  Q
    | |||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||     
T  30277043 tctggagggattaaaagacagtgtgcaacacactgttgatgaggctagacggaatggagaagagattgaaaatatcgtccagaactggctgaacaaagta 30277142  T
Q  311 gacaacactgttgcggaggcaaatgaactaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcacc 410  Q
     || ||||  |||| ||||| ||  |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| || || ||| ||| |||||||||||    
T  30277143 aactacaccattgctgaggccaagaaacttattgacacagaaggccatgcaaaagctcaatgttccatgggacacttccctaatctgtacacaaggcacc 30277242  T
Q  411 a 411  Q
    |    
T  30277243 a 30277243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 138 - 425
Target Start/End: Original strand, 30787720 - 30788007
Alignment:
Q  138 ctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattgatgtccaacgtttggagggaataaaagacattttgca 237  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||| ||  || ||| ||    |||| |||  |||||| |   ||||    
T  30787720 ctattggacgtcaatttggttacatactctactacaagggcaaccttgaaaggatgagaaccgaggtcaaaaagctggaaggatcaaaagatagcatgca 30787819  T
Q  238 acacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaa 337  Q
    |||||  || | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||   |||| ||  ||    
T  30787820 acacaccgtggataaggctagaaggaacggagaagagattgaaaatattgtccaaaattggctgaacaaagtggacaacactcttggtaaggctaagaaa 30787919  T
Q  338 ctaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaggaaga 425  Q
    || |||||   |||||| | |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||| || ||||| |||||||    
T  30787920 cttattgagtctgaaggtcatgcaaaagctcagtgttctatgagacactgtcccaatctgtgtacaaggcatcaactaagcaggaaga 30788007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 138 - 425
Target Start/End: Original strand, 30249370 - 30249657
Alignment:
Q  138 ctattggtcgtcaatttggttacatactctattacaagggcaaccttaccaggatgacaattgatgtccaacgtttggagggaataaaagacattttgca 237  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||   ||||||| || ||| ||| ||  | |||| |||  |||||| |   ||||    
T  30249370 ctattggacgtcaatttggttacatactctactacaagagaaaccttgaaaggatgagaactgaggtcaaaaatctggaaggatcaaaagatagcgtgca 30249469  T
Q  238 acacaatgttgctgaggctagaaggaacggaaaagagattgaaaatattgtccagaattggttgaacacagtggacaacactgttgcggaggcaaatgaa 337  Q
    |||||  |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| || ||||| |||| |||   |||| ||  ||    
T  30249470 acacaccgttgatgaggctagaaggaacgggcaagagattgaaaatattgtgcagaactggctgaacaaagcggacagcactcttggtaaggctaagaaa 30249569  T
Q  338 ctaattgacagtgaaggccgtgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaggaaga 425  Q
    || |||||   |||||| | |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||| || ||||| |||||||    
T  30249570 cttattgagtctgaaggtcatgcaaaagctcagtgttctatgagacactgtcccaatctgtgtacaaggcatcaactaagcaggaaga 30249657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University