View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3985_high_20 (Length: 331)

Name: NF3985_high_20
Description: NF3985
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3985_high_20
NF3985_high_20
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (19-323)||(1541486-1541790)
chr7 (19-312)||(1604237-1604530)
chr7 (19-323)||(1088490-1088794)
chr7 (19-323)||(1595896-1596200)
chr7 (22-323)||(1557433-1557734)
chr7 (19-323)||(1105839-1106143)
chr7 (19-323)||(1550720-1551024)
chr7 (23-323)||(2321032-2321332)
chr7 (25-323)||(2329530-2329828)
chr7 (25-323)||(2337429-2337727)
chr7 (22-323)||(3955481-3955782)
chr7 (19-323)||(9532072-9532375)
chr7 (19-323)||(30792145-30792450)
[»] scaffold0491 (2 HSPs)
scaffold0491 (21-323)||(1138-1440)
scaffold0491 (19-323)||(6023-6327)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (21-323)||(18739259-18739561)
chr8 (21-323)||(18744223-18744525)
chr8 (19-323)||(18749182-18749486)
chr8 (19-323)||(18723530-18723834)
chr8 (132-181)||(18732996-18733045)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (19-323)||(19250247-19250550)
chr1 (19-301)||(41668811-41669093)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (19-301)||(42977737-42978019)
chr4 (60-301)||(54122784-54123025)
chr4 (60-301)||(48712437-48712677)
chr4 (129-325)||(16880134-16880331)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (19-270)||(36620505-36620753)
chr5 (60-301)||(8873098-8873340)
chr5 (19-270)||(39102251-39102501)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (60-301)||(31657883-31658124)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-301)||(1257677-1257959)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Original strand, 1541486 - 1541790
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541486 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 1541585  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541586 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 1541685  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatg 318  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541686 ggcaacaacctttccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctccggttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatg 1541785  T
Q  319 atgtc 323  Q
    |||||    
T  1541786 atgtc 1541790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 19 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1604530 - 1604237
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1604530 tctacatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttca 1604431  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  1604430 caatatgtcggtgctttatttctgataatattttcacttcatttttgaaactctcatcaaaagatggaacctcttcttcatagccgtgaagtttctttaa 1604331  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgct 312  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1604330 ggcaacaaccttgccacttggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttccgttgct 1604237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 1088794 - 1088490
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1088794 tctacatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttca 1088695  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1088694 caatatgtttgtgctttatttctgataatattctcacttcatttttgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 1088595  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatg 318  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||     
T  1088594 ggcaacaaccttgccacttggtaattgtgccttgtaaacacttctatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcaaagtcctctgttgctttaata 1088495  T
Q  319 atgtc 323  Q
    |||||    
T  1088494 atgtc 1088490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 1596200 - 1595896
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1596200 tctacatcatcatacaagacagagaacaggcttcctttctccatgtactgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttca 1596101  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1596100 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttttgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 1596001  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatg 318  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  1596000 ggcaacaacctttccacttggtaattgtgccctgtaaacacttccatatgctcccgttccaatgcaatatctcatgtcaaagtcttctgttgctttgatt 1595901  T
Q  319 atgtc 323  Q
    |||||    
T  1595900 atgtc 1595896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 22 - 323
Target Start/End: Original strand, 1557433 - 1557734
Alignment:
Q  22 acatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaa 121  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  1557433 acatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgatatatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcacga 1557532  T
Q  122 tatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaaggc 221  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1557533 tatgtttgtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcagcttcatagccgtgaagtttctttaaagc 1557632  T
Q  222 aacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatgatg 321  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1557633 aacaacattaccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcaaagtcttctgttgctttgatgatg 1557732  T
Q  322 tc 323  Q
    ||    
T  1557733 tc 1557734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 1106143 - 1105839
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1106143 tctacatcatcatacaagatagagaacaggcttcctttctccatgtactgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttca 1106044  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1106043 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttttgaaactctcatcaaaagatggaacctcgacttcatagccgtgaagtttctttaa 1105944  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatg 318  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  1105943 ggcaacaaccttgccacttggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctccagttccaatgcaatatctcatgtcaaagtcttccgttgctttgatt 1105844  T
Q  319 atgtc 323  Q
    |||||    
T  1105843 atgtc 1105839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Original strand, 1550720 - 1551024
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  1550720 tctacatcgtcatacaagacagtgaacaagcttcctctctccatgtactgatagatcaaaaacatgattctcttgtgcaagcagaatccatgaagcttca 1550819  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  1550820 caatatgtcggtgctttatttctgtcaatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacgtctgcttcatagccatgaagtttctttaa 1550919  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatg 318  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  1550920 ggcgacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctccggttccaatgcaatatctcatgtcaaagtcttctgttgctttaata 1551019  T
Q  319 atgtc 323  Q
    |||||    
T  1551020 atgtc 1551024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 23 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 2321332 - 2321032
Alignment:
Q  23 catcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaat 122  Q
    |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321332 catcatcatacaagacggagaacaaacttcctctctccatgtaatggtagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaat 2321233  T
Q  123 atgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaaggca 222  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2321232 atttcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctaaaactttcatcaaaagctggcagctctgcttcatagccgtgaagtttcttcaaggca 2321133  T
Q  223 acaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatgatgt 322  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||| | |||||||    
T  2321132 acaacttttccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctaatgtcaaaatcttccgttgctctaatgatgt 2321033  T
Q  323 c 323  Q
    |    
T  2321032 c 2321032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 25 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 2329828 - 2329530
Alignment:
Q  25 tcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatat 124  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||| |  || ||||||||||||||||| ||||    
T  2329828 tcatcatacaagacagagaacaagctacctttctccatgtactcgtagatcaaaaacatgattcttctgtggagacagaatccataaagcttcacgatat 2329729  T
Q  125 gtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaaggcaac 224  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  2329728 gccggtgctttatatctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctctgcttcatagccgtgaagtttctttattgcaac 2329629  T
Q  225 aaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatgatgtc 323  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  2329628 aacttttccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatacaatatctaatgtcaaagtcttctgttgctttaatgatgtc 2329530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 25 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 2337727 - 2337429
Alignment:
Q  25 tcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatat 124  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||| |  || ||||||||||||||||| ||||    
T  2337727 tcatcatacaagccagagaacaagctacctttctccatgtactcgtagatcaaaaacatgattcttctgtggagacagaatccataaagcttcacgatat 2337628  T
Q  125 gtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaaggcaac 224  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  2337627 gtcggtgctttatatctgataatattttcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctctgcttcatagccgtgaagtttctttattgcaac 2337528  T
Q  225 aaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatgatgtc 323  Q
    ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  2337527 aacttttccacatggtaattgtgccttataaacacttccatatgctcctgtcccaatgcaatatctaatgtcaaagtcttctgttgctttaataatgtc 2337429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 22 - 323
Target Start/End: Original strand, 3955481 - 3955782
Alignment:
Q  22 acatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaa 121  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3955481 acatcatcatgcaagacggagaacaagcttcctttttccatatactgatagatcaaaaacataactcttttatgcaaacaaaatccataaagcttcacaa 3955580  T
Q  122 tatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaaggc 221  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| ||||  |||||||| ||||  ||    
T  3955581 tatttctgtgctttatttctgataatattttcacttcatttctaaaactttcatcaagagatggcacctctgcttcgtagctatgaagtttttttagtgc 3955680  T
Q  222 aacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatgatg 321  Q
    |||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  3955681 aacaaatttaccacttggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctccttttccaatgcaatatttaatgtcaaagtcttttgttgctctaatgatg 3955780  T
Q  322 tc 323  Q
    ||    
T  3955781 tc 3955782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Original strand, 9532072 - 9532375
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||| || |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |    
T  9532072 tctacatcatcatacaaaaacgagaacaaacttcctttctc-acgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtacaatcataatccataaagcttaa 9532170  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    |||||| |  ||| ||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  9532171 caatatttatgtgatttattttttataatattctcgcttcatttttgaaactcgcatcaaaagatggcacctctgcttcatagatgtgaagtttctttaa 9532270  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatg 318  Q
    ||| ||||| ||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| |||| || | ||||||| ||     
T  9532271 ggcgacaactttgtcacatggtaattgagtcttgtatacacttccatatgctcctgtccatatgcaatatctaatgtcaaagtgttgtattgctttaata 9532370  T
Q  319 atgtc 323  Q
    |||||    
T  9532371 atgtc 9532375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 30792450 - 30792145
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattctttt-gtgcaagcaaaatccataaagcttc 117  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||     
T  30792450 tctacatcatcatacaaaacaaagaactagcttcttttctctacgtattgatagatcaaaaacacgattctttttgtgcaagcagaatctataaagctta 30792351  T
Q  118 acaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttcttta 217  Q
    ||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||   | |||||||||  || |  | |||||||  ||||||||||| ||    
T  30792350 acaatatttatgtgctttatttatgataatattctcacttcatttatgaaacttgtaacaaaagatgacacatttgtttcatagttgtgaagtttctata 30792251  T
Q  218 aggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgat 317  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| || | |||||| |||||| ||| | ||| |||  | ||| ||||||| ||||| |||| || ||||||||| ||    
T  30792250 aggcaacaactttgccacatgataaatgagtcttgtatacactttcatgtcctcatgtctcgatgtaatatctaatgtcaaagtgttatgttgctttaat 30792151  T
Q  318 gatgtc 323  Q
     |||||    
T  30792150 aatgtc 30792145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 2)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 21 - 323
Target Start/End: Original strand, 1138 - 1440
Alignment:
Q  21 tacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcaca 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1138 tacatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcaca 1237  T
Q  121 atatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaagg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  1238 atatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactatcatcaaaagatggaacctctgcttcatagcggtgaagtttctttaagg 1337  T
Q  221 caacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatgat 320  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1338 caacaaccttgccacttggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcaaagtcttctgttgctttgatgat 1437  T
Q  321 gtc 323  Q
    |||    
T  1438 gtc 1440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Original strand, 6023 - 6327
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  6023 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctatccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaaaccataaagcttca 6122  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    | ||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6123 cgatatgtttgtgctttatttctgttaaaattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctctgcttcatagccgtgaagtttctttaa 6222  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatg 318  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||     
T  6223 ggcaacaaccttgccacttggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatacaatatctcatgtcaaagtcttctgtcgctttgatt 6322  T
Q  319 atgtc 323  Q
    |||||    
T  6323 atgtc 6327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 21 - 323
Target Start/End: Original strand, 18739259 - 18739561
Alignment:
Q  21 tacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcaca 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18739259 tacatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcaca 18739358  T
Q  121 atatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaagg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18739359 atatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactatcatcaaaagatggaacctctgcttcatagcggtgaagtttctttaagg 18739458  T
Q  221 caacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatgat 320  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18739459 caacaaccttgccacttggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcaaagtcttctgttgctttgatgat 18739558  T
Q  321 gtc 323  Q
    |||    
T  18739559 gtc 18739561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 21 - 323
Target Start/End: Original strand, 18744223 - 18744525
Alignment:
Q  21 tacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcaca 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18744223 tacatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttcaca 18744322  T
Q  121 atatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaagg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18744323 atatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactatcatcaaaagatggaacctctgcttcatagcggtgaagtttctttaagg 18744422  T
Q  221 caacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatgat 320  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18744423 caacaaccttgccacttggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcaaagtcttctgttgctttgatgat 18744522  T
Q  321 gtc 323  Q
    |||    
T  18744523 gtc 18744525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Original strand, 18749182 - 18749486
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18749182 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctatccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttca 18749281  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    ||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18749282 caatatgtttgtgctttatttctgttaaaattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctctgcttcatagccgtgaagtttctttaa 18749381  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatg 318  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||     
T  18749382 ggcaacaaccttgccacttggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatacaatatctcatgtcaaagtcttctgtcgctttgatt 18749481  T
Q  319 atgtc 323  Q
    |||||    
T  18749482 atgtc 18749486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Original strand, 18723530 - 18723834
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18723530 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctatccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttca 18723629  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    | ||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18723630 ctatatgtttgtgctttatttctgttaaaattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctctgcttcatagccgtgaagtttctttaa 18723729  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatg 318  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||     
T  18723730 ggcaacaaccttgccacttggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatacaatatctcatgtcaaagtcttctgtcgctttgatt 18723829  T
Q  319 atgtc 323  Q
    |||||    
T  18723830 atgtc 18723834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 132 - 181
Target Start/End: Original strand, 18732996 - 18733045
Alignment:
Q  132 ctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaag 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  18732996 ctttatttctgataatattctcacttcatttctaaaactctaatcaaaag 18733045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 6e-62; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 19250550 - 19250247
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  19250550 tctacatcatcatacaaaaccgagaacaagcttcatttttc-atgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcagaatccataaagcttaa 19250452  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    |||||| |  ||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || || ||  ||||||||  ||||| |||||||||    
T  19250451 caatatttatgtgttttatatatgataatattctcacttcaattctgaaactcgcatcaaaagacggcacatctacttcatagttgtgaaatttctttaa 19250352  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatg 318  Q
     || ||||| || |||||||||||| | | |||||| |||||| |||||| ||||||    ||||||||||| ||||| |||| || ||||||||| ||     
T  19250351 agcgacaactttaccacatggtaatcgagtcttgtatacactttcatatgatcctgtcatgatgcaatatctaatgtcaaagtgttgtgttgctttaata 19250252  T
Q  319 atgtc 323  Q
    |||||    
T  19250251 atgtc 19250247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 301
Target Start/End: Original strand, 41668811 - 41669093
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||| ||| |||||||| || ||||| || ||| || | | ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41668811 tctaaatcctcatacaaaactgagaacaaactttcttttttcatgtatcgatagattaaaaacattattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttaa 41668910  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    |||||| |   |||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||  || || |||||||||  |||||||||||||||    
T  41668911 caatatttatctgctttattttttataatattttcacttcaattctgaaactcacatcaaaagatgacacatctgcttcatagttgtgaagtttctttaa 41669010  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagt 301  Q
    ||   |||  |||||||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||  |||  | ||||||||||| ||||| ||||    
T  41669011 ggtggcaaatttgccacatgataattgagtcttgtatacacttccatatgcttatgtcacgatgcaatatctaatgtcaaagt 41669093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 301
Target Start/End: Original strand, 42977737 - 42978019
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||| ||| |||||||| || ||||| || ||| || | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42977737 tctaaatcctcatacaaaaccgagaacaaactttcttttttcatgtattgatagattaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttaa 42977836  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    |||||| |   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||  || || |||||||||  |||||||||||||||    
T  42977837 caatatttatctgctttatttttgataatattctcacttcaattctgaaattcgcatcaaaagatgacacatctgcttcatagttgtgaagtttctttaa 42977936  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagt 301  Q
    ||   |||  |||||||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||  |||  | ||||||||||| ||||| ||||    
T  42977937 ggtggcaaatttgccacatgataattgagtcttgtatacacttccatatgcttatgtcacgatgcaatatctaatgtcaaagt 42978019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 60 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 54123025 - 54122784
Alignment:
Q  60 catgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 159  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |  |||| |   |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  54123025 catgtattgatagattaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatatataaagcttaaagatatttatctgctttattttttataatattctcacttca 54122926  T
Q  160 tttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaaggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacac 259  Q
     || |||||||| ||||||||||||  || || |||||||||  |||||||||||||||||   |||  |||||||||| |||||| | |||||| ||||    
T  54122925 attgtgaaactcacatcaaaagatgacacatctgcttcatagttgtgaagtttctttaaggtggcaaatttgccacatgataattgagtcttgtatacac 54122826  T
Q  260 ttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagt 301  Q
    |||||||||||  |||  | ||||||||||| ||||| ||||    
T  54122825 ttccatatgcttatgtcacgatgcaatatctaatgtcaaagt 54122784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 60 - 301
Target Start/End: Original strand, 48712437 - 48712677
Alignment:
Q  60 catgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 159  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |   || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  48712437 catgtattgatagattgaaaatatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttaacaatatttatctg-tttatttttgataatattctcacttca 48712535  T
Q  160 tttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaaggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacac 259  Q
     |||||||| || |||||||||| |  || || |||| ||||  |||||||||||||||||   |||  |||||||||| |||||| | |||||| ||||    
T  48712536 attctgaaaatcgcatcaaaagaagacacatctgcttaatagttgtgaagtttctttaaggtggcaaatttgccacatgataattgagtcttgtatacac 48712635  T
Q  260 ttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagt 301  Q
    |||||||||||  |||  | ||||||||||| ||||| ||||    
T  48712636 ttccatatgcttatgtcacgatgcaatatctaatgtcaaagt 48712677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 129 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 16880331 - 16880134
Alignment:
Q  129 gtgctttatttctgataatattctcac-ttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaaggcaacaac 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  || |   ||||||||  ||||| ||||||||||||  ||||    
T  16880331 gtgctttatttctgataatattctcacattcatttctgaaactcgcatcaaaagatgacacttttacttcatagttgtgaaatttctttaaggcggcaac 16880232  T
Q  228 cttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagtcttctgttgctttgatgatgtcca 325  Q
     |||| | |||||||| | | |||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||||| |||| || |||| |||| || |||||||    
T  16880231 tttgcaagatggtaatcgagtcttgtatacacttccatatgctcttgtgccgatgcaatatctaatgtcaaagtgttgtgtttctttaataatgtcca 16880134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 36620753 - 36620505
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||| ||| |||||||| || ||||| || ||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36620753 tctaaatcctcatacaaaaccgagaacaaactttctcttttcatgtattgatagattaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttaa 36620654  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    |||||| |   |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||   || || |||| ||||  |||||||||||||||    
T  36620653 caatatttatctgctttatttttgataatattctcacttcaattctgaaactcgcatcaaaagat---acatctgcttaatagttgtgaagtttctttaa 36620557  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgct 270  Q
    ||   |||  |||||||||| |||||| | |||||| | |||||||||||||    
T  36620556 ggtggcaaatttgccacatgataattgagtcttgtataaacttccatatgct 36620505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 60 - 301
Target Start/End: Original strand, 8873098 - 8873340
Alignment:
Q  60 catgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaa-tccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttc 158  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |   |||||||||| | ||||||||||||||||    
T  8873098 catgtattgatagattaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaaatccataaagcttaataatatttatctgctttattttttataatattctcacttc 8873197  T
Q  159 atttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaaggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaaca 258  Q
    | ||||||||||  ||||||| ||||  || || |||||||||  |||||||||||||||||   |||  |||||||||| |||||| | |||||| |||    
T  8873198 aattctgaaactggcatcaaacgatgacacatctgcttcatagttgtgaagtttctttaaggtcgcaaatttgccacatgataattgagtcttgtataca 8873297  T
Q  259 cttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagt 301  Q
    ||||||||||||  |||  | ||||||||||| ||||| ||||    
T  8873298 cttccatatgcttatgtcacgatgcaatatctaatgtcaaagt 8873340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Original strand, 39102251 - 39102501
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||| ||| |||||||| || ||||| || ||| |||| | |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39102251 tctaaatcctcatacaaaaccgagaacaaactttctcttttcatgtattgatatattaaaaacatgcttcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttaa 39102350  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    |||||| |   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||  || || |||| ||||  |||||| ||||||||    
T  39102351 caatatttatctgctttatttttgataatattctcacttcaattctaaaactcgcatcaaaagatgacacatctgcttaatagttgtgaag-ttctttaa 39102449  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgct 270  Q
    ||   |||  |||||||||| |||||| | |||||| | |||||||||||||    
T  39102450 ggaggcaaatttgccacatgataattgagtcttgtataaacttccatatgct 39102501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 60 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 31658124 - 31657883
Alignment:
Q  60 catgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttcacaatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttca 159  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31658124 catgtattgatagattaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttaacaatatttatctgctttatttttgataatattctcacttca 31658025  T
Q  160 tttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaaggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacac 259  Q
     |||||||| || ||||||||||||  || ||   ||| |||  |||||||||||||||||  ||||  |||||||||| |||||| | |||||| ||||    
T  31658024 attctgaaattcgcatcaaaagatgacacatctatttcgtagttgtgaagtttctttaaggtgacaaatttgccacatgataattgagtcttgtatacac 31657925  T
Q  260 ttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagt 301  Q
    |||||| ||||  |||  | ||||||||||| ||||| ||||    
T  31657924 ttccatgtgcttatgtcacgatgcaatatctaatgtcaaagt 31657883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 1257959 - 1257677
Alignment:
Q  19 tctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgatagatcaaaaacatgattcttttgtgcaagcaaaatccataaagcttca 118  Q
    |||| ||| |||||||| || ||||| || ||| || | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |    
T  1257959 tctaaatcctcatacaaaaccgagaacaaactttcttttttcatgtattgatagattaaaaacatgattcttttgtgcaaacaaaattcataaagtttaa 1257860  T
Q  119 caatatgtcggtgctttatttctgataatattctcacttcatttctgaaactctcatcaaaagatggaacctcggcttcatagccgtgaagtttctttaa 218  Q
    |||||| |   |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||  || || ||||||||   |||||||||||||||    
T  1257859 caatatttatctgctttatttttgataatattctcacttcaattctgaaactcgcatcaaaaaatgacacatctgcttcatatttgtgaagtttctttaa 1257760  T
Q  219 ggcaacaaccttgccacatggtaattgtgccttgtaaacacttccatatgctcctgttccaatgcaatatctcatgtcgaagt 301  Q
    ||   |||  | |||||||| |||||| | |||||| |||||| ||||||||  |||  | ||||||||||| ||||| ||||    
T  1257759 ggtggcaaattggccacatgataattgagtcttgtatacactttcatatgcttatgtcacgatgcaatatctaatgtcaaagt 1257677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University