View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3985_low_4 (Length: 731)

Name: NF3985_low_4
Description: NF3985
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3985_low_4
NF3985_low_4
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (10-713)||(54687867-54688570)
chr3 (10-661)||(54699864-54700503)
chr3 (201-713)||(54692448-54692971)
chr3 (54-136)||(54693016-54693102)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 676; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 676; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 54688570 - 54687867
Alignment:
Q  10 aagaatatggggtaaataaccttttggattgttccttaaggctattagatgtgtgtagtgcagctaaagatgctttaattcacacaaaagaatgcacaag 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54688570 aagaaaatggggtaaataaccttttggatggttccttaaggctattagatgtgtgtagtgcagctaaagatgctttaattcacacaaaagaatgcacaag 54688471  T
Q  110 ggaacttcaatccctcataagaagaagcaaaagaagaggaagcggtgaagtcgaactcacttcagaagttaagaagttcttgatatccaggaaggtagtg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54688470 ggaacttcaatccctcataagaagaagcaaaagaagaggaagcggtgaagtcgaactcacttcagaagttaagaagttcttgatatccaggaaggtagtg 54688371  T
Q  210 agaaagtcaatctccaaaaccttggtaaatttgaagggaaatgccaaaaatagcaacatcttatctacaaacaaagaccatcaaacagtggctttgatta 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54688370 agaaagtcaatctccaaaaccttggtaaatttgaagggaaatgccaaaaatagcaacatcttatctacaaacaaagaccatcaaacagtggctttgatta 54688271  T
Q  310 acttattacaagatgttgaagtggcaaccctatctacatttcagacaatattgcaatttatatcagggaccacacagtcaaagtcaaacagctggggttc 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54688270 acttattacaagatgttgaagtggcaaccctatctacatttcaggcagtattgcaatttatatcagggaccacacagtcaaagtcaaacagctggggttc 54688171  T
Q  410 catttccaagttaattcagcccaaaagagtttcctgctccctagtggcagatgaaagtgaatttgcccaagtggatggagcattgcagtcttttgtactt 509  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54688170 catttccaagctaattcagcccaaaagagtttcctgctccctagtggcagatgaaagtgaatttgcccaagtggatggagcattgcagtcttttatactt 54688071  T
Q  510 accaagaatagaaaacttgaagccatcaatgatctccaaaatcacttagagaaagcagagtcatgcattcaagaccttgaagaagggcttgagtttctat 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54688070 accaagaatagaaaacttgaagccatcaatgatctccaaagtcacttagagaaagcagagtcatgcattcaagaccttgaagaagggcttgagtttctat 54687971  T
Q  610 tcaggcgtctcattaaaattagagtttcacttcttaatattctcaaccattaaatggaagtttatggggatcaaaattttgtagcaacatagatacactt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54687970 tcaggcgtctcattaaaattagagtttcacttcttaatattctcaaccattaaatggaagtttatggggatcaaaattttgtagcaacatagatacactt 54687871  T
Q  710 gtac 713  Q
    ||||    
T  54687870 gtac 54687867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 54700503 - 54699864
Alignment:
Q  10 aagaatatggggtaaataaccttttggattgttccttaaggctattagatgtgtgtagtgcagctaaagatgctttaattcacacaaaagaatgcacaag 109  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || ||||||||||| |||||    
T  54700503 aagaaaattgggtaaataacctcttggatggatccttaaggctattagatgtgtgtagcgcagccaaagatgctttactgcatacaaaagaatgtacaag 54700404  T
Q  110 ggaacttcaatccctcataagaagaagcaaaagaagaggaagcggtgaagtcgaactcacttcagaagttaagaagttcttgatatccaggaaggtagtg 209  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||          |||   | || | | || |||||| |||| | |||||| ||| ||| ||| || |||||||||    
T  54700403 ggaacttcaatccatcataagaagaagg---------gga---gatggattggagctcactgcagaggctaagaaattcatgacatcaagaaaggtagtg 54700316  T
Q  210 agaaagtcaatctccaaaaccttggtaaatttgaagggaaatgccaaaaatagcaacatcttatctacaaacaaagaccatcaaacagtggctttgatta 309  Q
    | |||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  54700315 aaaaaggccatctccaaagccttggcaaatttgaagggaaataccaaacatagcaacatcttatctacaaacaatgaccatcaaacagtggctttgatta 54700216  T
Q  310 acttattacaagatgttgaagtggcaaccctatctacatttcagacaatattgcaatttatatcagggaccacacagtcaaagtcaaacagctggggttc 409  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  54700215 gcttattacaagatgttgaagtggcaaccctatctacatttcagacaatattgcaatttatctcggggacaacacagtcaaaatcaaacagctggggttc 54700116  T
Q  410 catttccaagttaattcagcccaaaagagtttcctgctccctagtggcagatgaaagtgaatttgcccaagtggatggagcattgcagtcttttgtactt 509  Q
    |||||||||  | |||||||| ||||||||| | ||||| ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||    
T  54700115 catttccaaacttattcagccgaaaagagttgcttgctcactattgacagatgaaagtgaattttcccaagtggatgtagcattgcagtcctttgtattt 54700016  T
Q  510 accaagaatagaaaacttgaagccatcaatgatctccaaaatcacttagagaaagcagagtcatgcattcaagaccttgaagaagggcttgagtttctat 609  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |    
T  54700015 accaagaatagaaaagttgaaggcatcaatgatctccaaaaccacttggagaaaacagagtcgtgccttcaagacattgaagaagggcttgagtttttgt 54699916  T
Q  610 tcaggcgtctcattaaaattagagtttcacttcttaatattctcaaccatta 661  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  54699915 ttaggcgtctcattaaaattagagtctcacttcttaatatcctcaaccatta 54699864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 201 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 54692971 - 54692448
Alignment:
Q  201 aaggtagtgagaaagtcaatctccaaaaccttggtaaatttgaagggaaatgccaaaaatagcaacatcttatctacaaacaaagaccatcaaacagtgg 300  Q
    |||||||||| |||| | || |||||| |||||  |||||||||||| | | ||||| ||   |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||     
T  54692971 aaggtagtgaaaaaggccatttccaaagccttgacaaatttgaagggcactaccaaatattataacatcttgtctacaaacaaagaccatcaatcagtga 54692872  T
Q  301 -----ctttgattaacttattacaagatgttgaagtggcaaccctatctacatttcagacaatattgcaatttatatcagggaccacacagtcaaagtca 395  Q
         | ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||| |||| ||||||| || ||||| | ||||||||||||||||    
T  54692871 agtgacattgattaacttattacaagatgttgaattggctacactatctacatttgagataatactgcaattcatctcaggtagcacacagtcaaagtca 54692772  T
Q  396 aacagctggggttccatttccaagttaattcagcc---caaaagagtttcctgctccctagtggcagatgaaagtgaatttgcccaag--tggatggagc 490  Q
    ||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||    ||||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||||||| | ||||  |||||| |||    
T  54692771 aacacttggctttccatttccaagctaattcagcctaataaaagagtttcttgctcactattggcagaagagagtgaattttctcaagtatggatgtagc 54692672  T
Q  491 attgcagtcttttgtacttaccaagaatagaaaacttgaagccatcaatgatctccaaaatcacttagagaaagcagagtcatgcattcaagaccttgaa 590  Q
    |||||| || |||||  ||| ||||| ||| ||  ||||||   | ||||||||||||||  | || ||||||   ||||  || ||||||||| | |||    
T  54692671 attgcaatcctttgtgtttaacaagattagcaagtttgaagaagtaaatgatctccaaaacaaattggagaaaatggagttgtgtattcaagacttcgaa 54692572  T
Q  591 gaagggcttgagtttct-attcaggcgtctcattaaaattagagtttcacttcttaatattctcaaccattaaatggaagtttatggggatcaaaatttt 689  Q
    |||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |  ||||||| ||||||||||||    
T  54692571 gaagggcttgagtttctgttttaggcgtctcattaaaatcagagtttcaattcttaatagtctcaaccattagatgaatatttatggtgatcaaaatttt 54692472  T
Q  690 gtagcaacatagatacacttgtac 713  Q
    |||| || ||||||||||||||||    
T  54692471 gtagtaatatagatacacttgtac 54692448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 54 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 54693102 - 54693016
Alignment:
Q  54 ttagatgtgtgtagtgcagctaa----agatgctttaattcacacaaaagaatgcacaagggaacttcaatccctcataagaagaag 136  Q
    ||||||||||| |||||||||||    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  54693102 ttagatgtgtgcagtgcagctaattaaagatgctttacttcacacaaaagaatgcacaagggaacttcagtccatcataagaagaag 54693016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University