View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3991_low_2 (Length: 648)

Name: NF3991_low_2
Description: NF3991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3991_low_2
NF3991_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-648)||(5273730-5274372)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 5274372 - 5273730
Alignment:
Q  9 agcaaaggttaatgaacttgttagtacaacatacaccacaaagagacaaagaccgttctccacggttgctatgtcggttttaaaaatacttataagaata 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274372 agcaaaggttaatgaacttgttagtacaacatacaccacaaagagacaaagaccgttctccacggttgctatgtcggttttaaaaatacttataagaata 5274273  T
Q  109 tttttcagattcatcccacgatgtat----acccaacctaattgtgacttcaaattttttattaacttaacacaattccttttaatttgtttattatata 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274272 tttttcagattcatcccacgatgtatgtatacccaacctaattgtgacttcaaattttttattaacttaacacaattccttttaatttgtttattatata 5274173  T
Q  205 catggagactcccacgttcgttgttcaaatttcataattaaacgcgcatgctaagctcgcactttttcttctaactcctaactatcactatcaccataat 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274172 catggagactcccacgttcgttgttcaaatttcataattaaacgcgcatgctaagctcgcactttttcttctaactcctaactatcactatcaccataat 5274073  T
Q  305 ttaataaaaaatatttataattaatctaactaatgatcatctctcaatcattagacttagactccctacctcttgtttcaattctaaataagtgtaatta 404  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274072 t-aatcaaaaatatttataattaatctaactaatgatcatctctcaatcattagacttagactccctacctcttgtttcaattctaaataagtgtaatta 5273974  T
Q  405 acaatgtttaaattaaaaccatattgaagaattatattattgtaaattatcatatcataaactttggtcccatatgagttgtcgtttgctttgtatatgg 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5273973 acaatgtttaaattaaaaccatattgaagaattatattattgtaaattatcatatcataaactttggtcccatatgagttgtcgtttgctttgtatatgg 5273874  T
Q  505 tcactcagtggacttccctaagttttagttacatagaactaggacaaatccattacaataattacaattttaatatttctatttacatattaagtcaatg 604  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5273873 ccactcagtggacttccctaagttttagttacatagaactaggacaaatccattacaataattacaattttaatatttctatttacatattaagtcaatg 5273774  T
Q  605 cttatactactaacatttttcttgtgattgagtataaatatgtc 648  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5273773 cttatactactaacatttttcttgtgattgagtataaatatgtc 5273730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University