View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3992_high_10 (Length: 462)

Name: NF3992_high_10
Description: NF3992
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3992_high_10
NF3992_high_10
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (23-462)||(2449085-2449524)
chr6 (27-462)||(2674768-2675206)
chr6 (27-450)||(2571280-2571703)
chr6 (75-462)||(2621303-2621690)
chr6 (52-462)||(2642947-2643357)
chr6 (27-462)||(2435906-2436329)
chr6 (83-462)||(2589736-2590115)
chr6 (295-450)||(2598301-2598456)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 2449524 - 2449085
Alignment:
Q  23 agtacaacaacattgttacagttaacgacatcaccactaccatgtgtcattaagttgaaagagctagaacgactcacgagtgtatgactacacgtgtttt 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2449524 agtacaacaacattgttacagttaacgacatcaccactaccatgtgtcattaagttgaaagagctagaacgactcacgagtgtatcactacacgtgtttt 2449425  T
Q  123 ggatgtgatctctattcatgataggtggagtgtggtcactttggtcatttctagtttgttgaagacgaacgagggaggtgtaaagagagctgtcattttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2449424 ggatgtgatctctattcatgataggtggagtgtggtcactttggtcatttctagtttgttgaagacgaacgagggaggtgtaaagagagctgtcattttg 2449325  T
Q  223 cataaggctttcgtgagatcctgtttccacgatcttaccatttttaacgattgcaatgatatctgcagttctgatggtggataagcggtgagcgatgata 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2449324 cataaggctttcgtgagatcctgtttccacgatcttaccattttgaacgattgcaatgatatctgcagttctgatggtggataagcggtgagcgatgata 2449225  T
Q  323 atggtggtgcgttcaactgtggctttctcaaaagcttcttggacaacttgttcggattcaaaatctagtgcacttgttgcttcgtctagcaatagaattc 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2449224 atggtggtgcgttcaactgtggctttctcaaaagcttcttggacaactcgttcggattcaaaatctagtgcacttgttgcttcgtctagcaatagaattc 2449125  T
Q  423 ttggatttttgattatggctcttgcaatggaaatcctttg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2449124 ttggatttttgattatggctcttgcaatggaaatcctttg 2449085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 27 - 462
Target Start/End: Original strand, 2674768 - 2675206
Alignment:
Q  27 caacaacattgttacagttaacgacatcaccactaccatgtgtcattaagttgaaagagct---agaacgactcacgagtgtatgactacacgtgttttg 123  Q
    |||||||||||||| | |||| || |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||| || |||||| |||||||||    
T  2674768 caacaacattgttataattaaggatatcatcaccaccatgtgtcattgagttgaaagagctgctagaacgacttacgagtctacgactactcgtgttttg 2674867  T
Q  124 gatgtgatctctattcatgataggtggagtgtggtcactttggtcatttctagtttgttgaagacgaacgagggaggtgtaaagagagctgtcattttgc 223  Q
     |||||| ||||||||||||||| ||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  2674868 catgtgacctctattcatgatagatggagtgtcatcagtttgatcatttctagtttgttggagacgaacgagggaggtgtaaagagaattttcattttgc 2674967  T
Q  224 ataaggctttcgtgagatcctgtttccacgatcttaccatttttaacgattgcaatgatatctgcagttctgatggtggataagcggtgagcgatgataa 323  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  || | ||||||||| |||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||| |    
T  2674968 atgaggctttcgtgagatcccgtttccatgatcttaccattttggacaactgcaatgatgtctgcattttggatggttgataagcggtgagcgatgatga 2675067  T
Q  324 tggtggtgcgttcaactgtggctttctcaaaagcttcttggacaacttgttcggattcaaaatctagtgcacttgttgcttcgtctagcaatagaattct 423  Q
    ||||||||||| |||| |  ||||| || | ||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |    
T  2675068 tggtggtgcgtccaaccgccgctttgtctagagcttcttgaacaactcgttcggattcagaatcaagtgcacttgttgcttcatctagtaataaaatttt 2675167  T
Q  424 tggatttttgattatggctcttgcaatggaaatcctttg 462  Q
     ||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2675168 aggcatttttattatggctcttgcaatggcaatcctttg 2675206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 27 - 450
Target Start/End: Original strand, 2571280 - 2571703
Alignment:
Q  27 caacaacattgttacagttaacgacatcaccactaccatgtgtcattaagttgaaagagctagaacgactcacgagtgtatgactacacgtgttttggat 126  Q
    ||||| |||||||| | ||||||| |||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||| |||| |||  ||    
T  2571280 caacatcattgttataattaacgatatcatcaccaccgtgtgtcattgagttgaaagagctagaatgactcacaagtctacgactactcgtgatttccat 2571379  T
Q  127 gtgatctctattcatgataggtggagtgtggtcactttggtcatttctagtttgttgaagacgaacgagggaggtgtaaagagagctgtcattttgcata 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||     
T  2571380 gtgatctctattcatgatagatggagtgtcatcactttggtcatttctagtttgttggagacgaacaagggatgtgtaaagagaattgtcattttgcatg 2571479  T
Q  227 aggctttcgtgagatcctgtttccacgatcttaccatttttaacgattgcaatgatatctgcagttctgatggtggataagcggtgagcgatgataatgg 326  Q
    ||||| |||||||||||  |||||| || |  |||||||| |||||  ||||| || |||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  2571480 aggctatcgtgagatcccatttccatgaccagaccattttgaacgaccgcaataatgtctgcattttggatggtagataagcggtgagcgatgatgatgg 2571579  T
Q  327 tggtgcgttcaactgtggctttctcaaaagcttcttggacaacttgttcggattcaaaatctagtgcacttgttgcttcgtctagcaatagaattcttgg 426  Q
    |||| ||| ||||||  ||||| || | |||||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  2571580 tggttcgtccaactgcagctttgtctagagcttcttggacgactcgttcggattcagaatcgagtgcacttgttgcttcgtctaacaatagaatttttgg 2571679  T
Q  427 atttttgattatggctcttgcaat 450  Q
      |||| || ||||||||||||||    
T  2571680 catttttatgatggctcttgcaat 2571703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 75 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 2621690 - 2621303
Alignment:
Q  75 agttgaaagagctagaacgactcacgagtgtatgactacacgtgttttggatgtgatctctattcatgataggtggagtgtggtcactttggtcatttct 174  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||  || || | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||  ||||||| ||| |    
T  2621690 agttgaaagagttagatggactcacgagtctacaaccactcatgttttgcatgtgatctctattcatgatagatggggtgtcatcggtttggtccttttt 2621591  T
Q  175 agtttgttgaagacgaacgagggaggtgtaaagagagctgtcattttgcataaggctttcgtgagatcctgtttccacgatcttaccatttttaacgatt 274  Q
     ||||| || |||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |      
T  2621590 tgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttccgcgatcataccattttgaacaacc 2621491  T
Q  275 gcaatgatatctgcagttctgatggtggataagcggtgagcgatgataatggtggtgcgttcaactgtggctttctcaaaagcttcttggacaacttgtt 374  Q
    |||||||| |||||| ||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||  ||    
T  2621490 gcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcgatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactcttt 2621391  T
Q  375 cggattcaaaatctagtgcacttgttgcttcgtctagcaatagaattcttggatttttgattatggctcttgcaatggaaatcctttg 462  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||  |||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  2621390 cggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaaaagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctttg 2621303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 52 - 462
Target Start/End: Original strand, 2642947 - 2643357
Alignment:
Q  52 atcaccactaccatgtgtcattaagttgaaagagctagaacgactcacgagtgtatgactacacgtgttttggatgtgatctctattcatgataggtgga 151  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||| || |    
T  2642947 atcatcaccaccatgtgtcattgagttgaaagagctagaacgactcacgagtctacgactactcgtgttttgcatgtgacctctgttcatgatagatgca 2643046  T
Q  152 gtgtggtcactttggtcatttctagtttgttgaagacgaacgagggaggtgtaaagagagctgtcattttgcataaggctttcgtgagatcctgtttcca 251  Q
    | ||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||| ||||   |||||||| |||| |||||||||||    
T  2643047 gggtcctcattttggtcatttctagtttgttggagacgaacgagagaggtgtaaagagaattttcatcttgcgcgaggctttcatgagttcctgtttcca 2643146  T
Q  252 cgatcttaccatttttaacgattgcaatgatatctgcagttctgatggtggataagcggtgagcgatgataatggtggtgcgttcaactgtggctttctc 351  Q
      ||||| ||||||| ||  | ||||||||| || ||| ||  ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||| | |||| ||    
T  2643147 ttatcttgccattttgaaacactgcaatgatgtcagcattttggatggtggataggcgatgagcgatgatgatggttgtgcgtccaactgcgactttgtc 2643246  T
Q  352 aaaagcttcttggacaacttgttcggattcaaaatctagtgcacttgttgcttcgtctagcaatagaattcttggatttttgattatggctcttgcaatg 451  Q
     | ||| |||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| | ||||| |||| | ||  |||| ||||||||||||||||||    
T  2643247 tagagcgtcttggacaattcgttcggattcagaatcaagtgcacttgtcgcttcgtccaacaataaaattttaggcatttttattatggctcttgcaatg 2643346  T
Q  452 gaaatcctttg 462  Q
    | |||||||||    
T  2643347 gcaatcctttg 2643357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 27 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 2436329 - 2435906
Alignment:
Q  27 caacaacattgttacagttaacgacatcaccactaccatgtgtcattaagttgaaagagctagaacgactcacgagtgtatgactacacgtgttttggat 126  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | | ||  ||||            ||    
T  2436329 caacaacattgttataattaacgacatcaccaccaccatgtgtcattgagttgaaagagctagaacgactcaaaaatctacaacta------------at 2436242  T
Q  127 gtgatctctattcatgataggtggagtgtggtcactttggtcatttctagtttgttgaagacgaacgagggaggtgtaaagagagctgtcattttgcata 226  Q
    ||||| | |||||||||||| | | || |   |   |||||||||| | || ||||| ||| |||| ||||| |||||||  || ||||||||||||||     
T  2436241 gtgatgtttattcatgatagatagggtatcaccgtcttggtcatttttggtgtgttggagatgaactagggatgtgtaaatggaactgtcattttgcatg 2436142  T
Q  227 aggctttcgtgagatcctgtttccacgatcttaccatttttaacgattgcaatgatatctgcagttctgatggtggataagcggtgagcgatgataatgg 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2436141 aggctttcgtgagatcctgtttccatgatcttaccattttgaacaactgcaatgatgtctgcattttggatggtggataagcggtgagcgatgatgatgg 2436042  T
Q  327 tggtgcgttcaactgtggctttctcaaaagcttcttggacaacttgttcggattcaaaatctagtgcacttgttgcttcgtctagcaatagaattcttgg 426  Q
    |||||||| |||||   ||||| || | |||||||||||||||| |||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2436041 tggtgcgtccaactacagctttgtctagagcttcttggacaactcgttcagattcagaatcgagagcacttgttgcttcgtctagcaatagaatttttgg 2435942  T
Q  427 atttttgattatggctcttgcaatggaaatcctttg 462  Q
      |||| | ||||||||||||||||| |||||||||    
T  2435941 catttttactatggctcttgcaatggcaatcctttg 2435906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 83 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 2590115 - 2589736
Alignment:
Q  83 gagctagaacgactcacgagtgtatgactacacgtgttttggatgtgatctctattcatgataggtggagtgtggtcactttggtcatttctagtttgtt 182  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||  | ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||| ||| |||  || | |||||||    
T  2590115 gagctagaaggactaacgagtctacaagtactcgtgttttgcatgtgatctttattcatgatagatggggtgtcgtcagtttcgtccctttttgtttgtt 2590016  T
Q  183 gaagacgaacgagggaggtgtaaagagagctgtcattttgcataaggctttcgtgagatcctgtttccacgatcttaccatttttaacgattgcaatgat 282  Q
    |||||||||| |||||||  ||||  ||  |||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  2590015 gaagacgaacaagggaggcataaattgaattgtcatcttgcacgaggctttcgtgagatcctatttccataatcttaccattttgaacaactgcaatgat 2589916  T
Q  283 atctgcagttctgatggtggataagcggtgagcgatgataatggtggtgcgttcaactgtggctttctcaaaagcttcttggacaacttgttcggattca 382  Q
     |||||| ||  |||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||| || | |||||||||||||||   ||| ||||||    
T  2589915 gtctgcattttggatggtagataggcggtgagcgatgatgatggtggtgcgtccaacggtagctttgtctagagcttcttggacaaccctttctgattca 2589816  T
Q  383 aaatctagtgcacttgttgcttcgtctagcaatagaattcttggatttttgattatggctcttgcaatggaaatcctttg 462  Q
     |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| || || ||||||||||||| |||||||||    
T  2589815 gaatcgagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggcaatcctttg 2589736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 295 - 450
Target Start/End: Original strand, 2598301 - 2598456
Alignment:
Q  295 gatggtggataagcggtgagcgatgataatggtggtgcgttcaactgtggctttctcaaaagcttcttggacaacttgttcggattcaaaatctagtgca 394  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||| || | |||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  2598301 gatggtagataatcggtgagcgatgatgatggtggtgcgtccaactgaagctttgtctagagcttcttggacgactcgttcggattcagaatcgagtgca 2598400  T
Q  395 cttgttgcttcgtctagcaatagaattcttggatttttgattatggctcttgcaat 450  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||| || ||||||||||||||    
T  2598401 cttgttgcttcgtctaacaatagaatttttggcatttttatgatggctcttgcaat 2598456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University