View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3992_high_34 (Length: 331)

Name: NF3992_high_34
Description: NF3992
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3992_high_34
NF3992_high_34
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (17-300)||(4711925-4712208)
chr7 (22-300)||(4845870-4846148)
chr7 (45-283)||(4666917-4667155)
chr7 (17-263)||(4662990-4663233)
chr7 (63-306)||(4653476-4653719)
chr7 (47-218)||(4630971-4631142)
chr7 (63-260)||(4636859-4637056)
chr7 (63-260)||(4697086-4697283)
chr7 (63-321)||(4783731-4783989)
chr7 (63-299)||(4816160-4816396)
chr7 (63-257)||(4863927-4864121)
chr7 (167-317)||(4647471-4647619)
chr7 (148-260)||(4643673-4643785)
chr7 (145-263)||(4672675-4672793)
chr7 (55-128)||(4672837-4672910)
chr7 (47-121)||(4643848-4643922)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (55-300)||(18925630-18925875)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 280; Significance: 1e-157; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 17 - 300
Target Start/End: Original strand, 4711925 - 4712208
Alignment:
Q  17 cacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711925 cacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactgcaag 4712024  T
Q  117 aagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagttt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712025 aagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagttt 4712124  T
Q  217 gatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712125 gatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 4712208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 22 - 300
Target Start/End: Original strand, 4845870 - 4846148
Alignment:
Q  22 agtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagtt 121  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4845870 agtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagtt 4845969  T
Q  122 atggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatct 221  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845970 atggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatct 4846069  T
Q  222 gcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  4846070 gcttaccaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaactatatgctgatgtgatt 4846148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 45 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 4667155 - 4666917
Alignment:
Q  45 tgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggat 144  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||| ||    
T  4667155 tgatcatccaaactatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaat 4667056  T
Q  145 tataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgata 244  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||||||    
T  4667055 tataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgattggcatatcaagaatccaggtgata 4666956  T
Q  245 gagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaac 283  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||    
T  4666955 gagtttttcagatttttatagatgatattatggctgaac 4666917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 4663233 - 4662990
Alignment:
Q  17 cacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaag 116  Q
    ||||||||||||||| || || ||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  4663233 cacaaagtgtatcaagtgattttgga---gatcatctaaactatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaag 4663137  T
Q  117 aagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagttt 216  Q
    || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||  |||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  4663136 aaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagttt 4663037  T
Q  217 gatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttat 263  Q
    |||| |  |||||  ||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  4663036 gatccgaatatcataaataaaggtgatagaatgtttcagatttttat 4662990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 63 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 4653719 - 4653476
Alignment:
Q  63 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 162  Q
    ||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  4653719 aaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaat 4653620  T
Q  163 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 262  Q
    ||| ||||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4653619 ttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatattta 4653520  T
Q  263 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgg 306  Q
    |  ||||| | |||||||||| | | |||||||||||| |||||    
T  4653519 tacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgtgatttcatgg 4653476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 47 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 4631142 - 4630971
Alignment:
Q  47 atcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggatta 146  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  4631142 atcatctaaactatttaaacaataccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggatta 4631043  T
Q  147 taatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 218  Q
     |||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4631042 caatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagtttga 4630971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 63 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 4637056 - 4636859
Alignment:
Q  63 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 162  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||     
T  4637056 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaac 4636957  T
Q  163 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 260  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  4636956 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatatt 4636859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 63 - 260
Target Start/End: Original strand, 4697086 - 4697283
Alignment:
Q  63 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 162  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||    
T  4697086 aaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaat 4697185  T
Q  163 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 260  Q
    ||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  4697186 ttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttcaaatatt 4697283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 63 - 321
Target Start/End: Original strand, 4783731 - 4783989
Alignment:
Q  63 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 162  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  4783731 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaac 4783830  T
Q  163 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 262  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || |    
T  4783831 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttca 4783930  T
Q  263 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttg 321  Q
    |  |||||| ||||||||||||    ||||||||||| |  |||  |||||||||||||    
T  4783931 tagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtgctcctttg 4783989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 63 - 299
Target Start/End: Original strand, 4816160 - 4816396
Alignment:
Q  63 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 162  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  4816160 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaac 4816259  T
Q  163 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 262  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || |    
T  4816260 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttca 4816359  T
Q  263 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgat 299  Q
    |  |||||| |||||||||||  |  |||||||||||    
T  4816360 tagatgatagtttggctgaactttttgctgatgtgat 4816396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 63 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 4864121 - 4863927
Alignment:
Q  63 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 162  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||  | |||  |||||||| || |||||||||||||||    
T  4864121 aaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaat 4864022  T
Q  163 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagat 257  Q
    ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||  ||||||||    
T  4864021 tttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagat 4863927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 167 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 4647619 - 4647471
Alignment:
Q  167 aagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaa 266  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||| ||||||  |||||||| ||||||||| || |||||  |    
T  4647619 aagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatataaagaattcaggtgatacagtttttcatatgtttataga 4647522  T
Q  267 tgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcc 317  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4647521 tgatattttggctgaacattatgctgatgtgattgcatgggctggtgctcc 4647471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 148 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 4643785 - 4643673
Alignment:
Q  148 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 247  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||    
T  4643785 aatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagag 4643686  T
Q  248 tttttcagatatt 260  Q
    | |||||||||||    
T  4643685 tctttcagatatt 4643673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 145 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 4672793 - 4672675
Alignment:
Q  145 tataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgata 244  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||| ||||||||    
T  4672793 tataatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgata 4672694  T
Q  245 gagtttttcagatatttat 263  Q
    |||  |||||||| |||||    
T  4672693 gagcctttcagatttttat 4672675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 55 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 4672910 - 4672837
Alignment:
Q  55 aactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaat 128  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  4672910 aactttttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 4643922 - 4643848
Alignment:
Q  47 atcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagtt 121  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  4643922 atcatctaaactatttaaaaaatgccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 55 - 300
Target Start/End: Original strand, 18925630 - 18925875
Alignment:
Q  55 aactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaa 154  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  18925630 aactatataaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaa 18925729  T
Q  155 cttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttca 254  Q
    ||||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  || ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  18925730 cttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttca 18925829  T
Q  255 gatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 300  Q
    ||| |||||  |||||| ||||||||||| | | ||||||||||||    
T  18925830 gatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgatt 18925875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University