View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3992_high_5 (Length: 575)

Name: NF3992_high_5
Description: NF3992
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3992_high_5
NF3992_high_5
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (12-558)||(2621183-2621715)
chr6 (12-558)||(2589602-2590148)
chr6 (34-479)||(2571325-2571770)
chr6 (55-479)||(2674837-2675261)
chr6 (87-471)||(2435859-2436243)
chr6 (37-476)||(2449033-2449472)
chr6 (34-481)||(2642967-2643414)
chr6 (244-480)||(2598288-2598524)
chr6 (339-439)||(33788355-33788455)
chr6 (399-466)||(3431225-3431292)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (309-430)||(27731253-27731374)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (330-375)||(31440455-31440500)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 460; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 460; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 2621715 - 2621183
Alignment:
12 acatcatcactgcctcgcgttgttgagttgaaagagttagatggactcacgagtctacaaccacccgtgttttgcatgtgatctttattcatgatagatg 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
2621715 acatcatcactgcctcgcgttgttgagttgaaagagttagatggactcacgagtctacaaccactcatgttttgcatgtgatctctattcatgatagatg 2621616  T
112 gggtgtcatcgatttggtccttttttgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttc 211  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2621615 gggtgtcatcggtttggtccttttttgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttc 2621516  T
212 tgcgatcataccattttgaacaaccgcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttg 311  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
2621515 cgcgatcataccattttgaacaaccgcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcgatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttg 2621416  T
312 tctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2621415 tctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaaaagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaa 2621316  T
412 tggaaatcctttgcttttgcccccctgacatttgaactcctctctccccaacctgcagtagtaaacatgcggctaataatgtgtcacccttgaagtagga 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||| | ||||||||    
2621315 tggaaatcctttgcttttgccccccagacatttgaactcctctctccccaacctgcagtagta--------------aatgtgtcacccatcaagtagga 2621230  T
512 atataagaattttaaatgtgaataagttaatttgaggagcaattttt 558  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2621229 atataagaattttaaatgtgaataagttaatttgaggagcaattttt 2621183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 2590148 - 2589602
Alignment:
12 acatcatcactgcctcgcgttgttgagttgaaagagttagatggactcacgagtctacaaccacccgtgttttgcatgtgatctttattcatgatagatg 111  Q
    ||||||||| ||||||| |||| |||||| || ||| |||| ||||| ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2590148 acatcatcattgcctcgtgttgctgagttcaaggagctagaaggactaacgagtctacaagtactcgtgttttgcatgtgatctttattcatgatagatg 2590049  T
112 gggtgtcatcgatttggtccttttttgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttc 211  Q
    ||||||| ||  ||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||    
2590048 gggtgtcgtcagtttcgtccctttttgtttgttgaagacgaacaagggaggcataaattgaattgtcatcttgcacgaggctttcgtgagatcctatttc 2589949  T
212 tgcgatcataccattttgaacaaccgcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttg 311  Q
        ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
2589948 cataatcttaccattttgaacaactgcaatgatgtctgcattttggatggtagataggcggtgagcgatgatgatggtggtgcgtccaacggtagctttg 2589849  T
312 tctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaa 411  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2589848 tctagagcttcttggacaaccctttctgattcagaatcgagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaa 2589749  T
412 tggaaatcctttgcttttgcccccctgacatttgaactcctctctccccaacctgcagtagtaaacatgcggctaataatgtgtcacccttgaagtagga 511  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||| || | ||||||||    
2589748 tggcaatcctttgcttttgcccccctgacatttgtactcctctctctctaacctgtagtagtaaagatgcagctgataatgtgtcagccatcaagtagga 2589649  T
512 atataagaattttaaatgtgaataagttaatttgaggagcaattttt 558  Q
    ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
2589648 ataaaagaactttaaatgtgactaagttaatttgaggagcaattttt 2589602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 34 - 479
Target Start/End: Original strand, 2571325 - 2571770
Alignment:
34 ttgagttgaaagagttagatggactcacgagtctacaaccacccgtgttttgcatgtgatctttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtcctt 133  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||| || || |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||    
2571325 ttgagttgaaagagctagaatgactcacaagtctacgactactcgtgatttccatgtgatctctattcatgatagatggagtgtcatcactttggtcatt 2571424  T
134 ttttgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaaca 233  Q
    | | ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||   || || ||||||||||||     
2571425 tctagtttgttggagacgaacaagggatgtgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctatcgtgagatcccatttccatgaccagaccattttgaacg 2571524  T
234 accgcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactc 333  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |  |||||||||| |||||||||||| ||||    
2571525 accgcaataatgtctgcattttggatggtagataagcggtgagcgatgatgatggtggttcgtccaactgcagctttgtctagagcttcttggacgactc 2571624  T
334 tttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctttgcttttgccc 433  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||    
2571625 gttcggattcagaatcgagtgcacttgttgcttcgtctaacaatagaatttttggcatttttatgatggctcttgcaattgcaattctttgcttttgtcc 2571724  T
434 ccctgacatttgaactcctctctccccaacctgcagtagtaaacat 479  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
2571725 ccctgacatttgaactcccctctccccaacctgtagtagtaaacat 2571770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 55 - 479
Target Start/End: Original strand, 2674837 - 2675261
Alignment:
55 gactcacgagtctacaaccacccgtgttttgcatgtgatctttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtccttttttgtttgctggagacgaac 154  Q
    |||| |||||||||| || || |||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||| | ||||| |||||||||||    
2674837 gacttacgagtctacgactactcgtgttttgcatgtgacctctattcatgatagatggagtgtcatcagtttgatcatttctagtttgttggagacgaac 2674936  T
155 aagggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaacaaccgcaatgatgtctgcattt 254  Q
     ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||   |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
2674937 gagggaggtgtaaagagaattttcattttgcatgaggctttcgtgagatcccgtttccatgatcttaccattttggacaactgcaatgatgtctgcattt 2675036  T
255 tgaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtg 354  Q
    || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||    
2675037 tggatggttgataagcggtgagcgatgatgatggtggtgcgtccaaccgccgctttgtctagagcttcttgaacaactcgttcggattcagaatcaagtg 2675136  T
355 cacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctttgcttttgcccccctgacatttgaactcctct 454  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
2675137 cacttgttgcttcatctagtaataaaattttaggcatttttattatggctcttgcaatggcaatcctttgtttttgtccccctgacatctgaactcctct 2675236  T
455 ctccccaacctgcagtagtaaacat 479  Q
    |||||||||||| |||| |||||||    
2675237 ctccccaacctgtagtaataaacat 2675261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 87 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 2436243 - 2435859
Alignment:
87 atgtgatctttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtccttttttgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcattttgca 186  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||| ||||| || || |||||| |||| ||||| | |||||  ||| ||||||||||||    
2436243 atgtgatgtttattcatgatagatagggtatcaccgtcttggtcatttttggtgtgttggagatgaactagggatgtgtaaatggaactgtcattttgca 2436144  T
187 tgaggctttcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaacaaccgcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgatgat 286  Q
    |||||||||| ||||||||||||||   |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
2436143 tgaggctttcgtgagatcctgtttccatgatcttaccattttgaacaactgcaatgatgtctgcattttggatggtggataagcggtgagcgatgatgat 2436044  T
287 ggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaattttt 386  Q
    |||||||||||||||    |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
2436043 ggtggtgcgtccaactacagctttgtctagagcttcttggacaactcgttcagattcagaatcgagagcacttgttgcttcgtctagcaatagaattttt 2435944  T
387 ggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctttgcttttgcccccctgacatttgaactcctctctccccaacctgcagta 471  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||    
2435943 ggcatttttactatggctcttgcaatggcaatcctttgcttttgtcccccagacatttgaattcccctctccccaacctgtagta 2435859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 37 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 2449472 - 2449033
Alignment:
37 agttgaaagagttagatggactcacgagtctacaaccacccgtgttttgcatgtgatctttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtccttttt 136  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||  || || ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||  ||  ||||||| ||| |    
2449472 agttgaaagagctagaacgactcacgagtgtatcactacacgtgttttggatgtgatctctattcatgataggtggagtgtggtcactttggtcatttct 2449373  T
137 tgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaacaacc 236  Q
     ||||| || |||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |      
2449372 agtttgttgaagacgaacgagggaggtgtaaagagagctgtcattttgcataaggctttcgtgagatcctgtttccacgatcttaccattttgaacgatt 2449273  T
237 gcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactcttt 336  Q
    |||||||| |||||| ||   |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||    
2449272 gcaatgatatctgcagttctgatggtggataagcggtgagcgatgataatggtggtgcgttcaactgtggctttctcaaaagcttcttggacaactcgtt 2449173  T
337 cggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctttgcttttgcccccc 436  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
2449172 cggattcaaaatctagtgcacttgttgcttcgtctagcaatagaattcttggatttttgattatggctcttgcaatggaaatcctttgcttttgtccccc 2449073  T
437 tgacatttgaactcctctctccccaacctgcagtagtaaa 476  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||    
2449072 tgacatttgtactcccctctccccaacctatagtagtaaa 2449033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 34 - 481
Target Start/End: Original strand, 2642967 - 2643414
Alignment:
34 ttgagttgaaagagttagatggactcacgagtctacaaccacccgtgttttgcatgtgatctttattcatgatagatggggtgtcatcgatttggtcctt 133  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| || || |||||||||||||||| || | |||||||||||||  | ||| ||  ||||||| ||    
2642967 ttgagttgaaagagctagaacgactcacgagtctacgactactcgtgttttgcatgtgacctctgttcatgatagatgcagggtcctcattttggtcatt 2643066  T
134 ttttgtttgctggagacgaacaagggaggcgtaaagagaattgtcattttgcatgaggctttcatgagatcctgtttctgcgatcataccattttgaaca 233  Q
    | | ||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||| |||||||||    ||| | ||||||||||      
2643067 tctagtttgttggagacgaacgagagaggtgtaaagagaattttcatcttgcgcgaggctttcatgagttcctgtttccattatcttgccattttgaaac 2643166  T
234 accgcaatgatgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactc 333  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||| ||    
2643167 actgcaatgatgtcagcattttggatggtggataggcgatgagcgatgatgatggttgtgcgtccaactgcgactttgtctagagcgtcttggacaattc 2643266  T
334 tttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctttgcttttgccc 433  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || | ||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
2643267 gttcggattcagaatcaagtgcacttgtcgcttcgtccaacaataaaattttaggcatttttattatggctcttgcaatggcaatcctttgtttttgccc 2643366  T
434 ccctgacatttgaactcctctctccccaacctgcagtagtaaacatgc 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
2643367 ccctgacatttgaactcctctctccccaacctgtagtagtaaacatgc 2643414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 244 - 480
Target Start/End: Original strand, 2598288 - 2598524
Alignment:
244 tgtctgcattttgaatggtggataagcggtgagcaatgatgatggtggtgcgtccaacggtggctttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattc 343  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||    
2598288 tgtctgcattttggatggtagataatcggtgagcgatgatgatggtggtgcgtccaactgaagctttgtctagagcttcttggacgactcgttcggattc 2598387  T
344 agaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctttgcttttgcccccctgacatt 443  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||    
2598388 agaatcgagtgcacttgttgcttcgtctaacaatagaatttttggcatttttatgatggctcttgcaattgcaattctttgcttttgtccccctgacatt 2598487  T
444 tgaactcctctctccccaacctgcagtagtaaacatg 480  Q
    || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
2598488 tgtactcccctctccccaacctgtagtagtaaacatg 2598524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 339 - 439
Target Start/End: Original strand, 33788355 - 33788455
Alignment:
339 gattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttgcaatggaaatcctttgcttttgcccccctg 438  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||  ||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| || ||||    
33788355 gattcagagtcaagtgcactagttgcttcatcaagcagaagaattactggattttttatgatagctcttgcaatggctattctttgcttttgtcctcctg 33788454  T
439 a 439  Q
    |    
33788455 a 33788455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 399 - 466
Target Start/End: Original strand, 3431225 - 3431292
Alignment:
399 atagctcttgcaatggaaatcctttgcttttgcccccctgacatttgaactcctctctccccaacctg 466  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||| || || || | ||||||||||| ||| ||||||||    
3431225 atagctcttgcaattgcaatcctttgcttttgtccaccagataattgaactcctcgctcaccaacctg 3431292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 309 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 27731374 - 27731253
Alignment:
309 ttgtctaaagcttcttggacaactctttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagcaatagaatttttggcatttttatgatagctcttg 408  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||  || |||  ||||||||||    
27731374 ttgtctaaagcttgttgtacaacacgttccgattcgacatctagtgcacttgttgcttcatcaagcaataatattttagggtttcttaaaatagctcttg 27731275  T
409 caatggaaatcctttgcttttg 430  Q
    ||||||  | ||||||||||||    
27731274 caatggccaccctttgcttttg 27731253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 330 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 31440500 - 31440455
Alignment:
330 actctttcggattcagaatctagtgcacttgttgcttcatctagca 375  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||    
31440500 actctttcggattgagaatccagtgcacttgttgcttcatcaagca 31440455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University