View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3992_low_21 (Length: 414)

Name: NF3992_low_21
Description: NF3992
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3992_low_21
NF3992_low_21
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-386)||(2621808-2622193)
chr6 (7-386)||(2590259-2590638)
chr6 (1-388)||(2642450-2642837)
chr6 (5-414)||(2674261-2674670)
chr6 (5-404)||(2570783-2571182)
chr6 (9-414)||(2449607-2450012)
chr6 (143-387)||(2436538-2436782)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (225-363)||(17871576-17871714)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Original strand, 2621808 - 2622193
Alignment:
Q  1 ttcaaaggttgttggcaatgaatggaccagagtggaagcaaacatgcttgggctgtataaatgcgattttagtcggtgcaattcaacctgtgttttcatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621808 ttcaaaggttgttggcaatgaatggaccagagtggaagcaaacatgcttgggctgtataaatgcgattttagtcggtgcaattcaacctgtgttttcatt 2621907  T
Q  101 tggattggggtcggttatatcggtttattttttggagaacaatgatgagatcaagaagcaaattaggatttatgcactttgttttctagggttggctgtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621908 tggattggggtcggttatatcggtttattttttggagaaccatgatgagatcaagaagcaaattaggatttatgcactttgttttctagggttggctgtt 2622007  T
Q  201 atctcaatggttgttaatgtgcttcaacattatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagagggttagagaaagaatgttttccaagatactca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  2622008 atctcaatggttgttaatgtgcttcaacattatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagaggattagagaaaagatgttttctaagatactca 2622107  T
Q  301 cttttgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattccacaggtgctatttgttctagacttgacaaagaaaccaatgtggtatgt 386  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  2622108 catttgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattctacaggttctgtttgctctagacttgccaaagaagccaatgtggtatgt 2622193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 7 - 386
Target Start/End: Original strand, 2590259 - 2590638
Alignment:
Q  7 ggttgttggcaatgaatggaccagagtggaagcaaacatgcttgggctgtataaatgcgattttagtcggtgcaattcaacctgtgttttcatttggatt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  2590259 ggttgttggcaatgaatggaccagagtggaagcaaacatgtttgggttgtataaatgcggttttatttggtgcaattcaacctgtgtattcttttggatt 2590358  T
Q  107 ggggtcggttatatcggtttattttttggagaacaatgatgagatcaagaagcaaattaggatttatgcactttgttttctagggttggctgttatctca 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2590359 ggggtcggttatatcggtttattttttggagaaccatgatgagatcaagaagcaaattaggatttatgcactttgttttctagggttggctgttatctca 2590458  T
Q  207 atggttgttaatgtgcttcaacattatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagagggttagagaaagaatgttttccaagatactcacttttg 306  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  2590459 atggttgttaatgtacttcaacattatagctttgcttacatgggagaatacttgactaagagggttagagaacgaatgttttccaagatactcacatttg 2590558  T
Q  307 aagttggttggtttgatgaagatcaaaattccacaggtgctatttgttctagacttgacaaagaaaccaatgtggtatgt 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  2590559 aagttggttggtttgatgaagatcaaaattctacaggttctgtttgctctagacttgccaaagaagccaatgtggtatgt 2590638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 2642837 - 2642450
Alignment:
Q  1 ttcaaaggttgttggcaatgaatggaccagagtggaagcaaacatgcttgggctgtataaatgcgattttagtcggtgcaattcaacctgtgttttcatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||| | ||| ||    
T  2642837 ttcaaaggttgttggcaatgaatgtgccagagtggaagcaagcatgtttgggttgtataaatgcggttttattcggtgcgattcgacctgtatattcgtt 2642738  T
Q  101 tggattggggtcggttatatcggtttattttttggagaacaatgatgagatcaagaagcaaattaggatttatgcactttgttttctagggttggctgtt 200  Q
     | | ||||||| |||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2642737 cgcaatggggtcagttatatcagtttattttttggaagaccatgatgagatcaagaggcaaattaggatctatgcattttgttttctagggttggctgtt 2642638  T
Q  201 atctcaatggttgttaatgtgcttcaacattatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagagggttagagaaagaatgttttccaagatactca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2642637 atctcaatggttgttaatgtgcttcaacattatagctttgcttacatgggagaatacttgactaagagggttagagaacgaatgttttccaagatactca 2642538  T
Q  301 cttttgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattccacaggtgctatttgttctagacttgacaaagaaaccaatgtggtatgtta 388  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||    
T  2642537 catttgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattctacaggtgttgtttgctctagacttgccaaagaagctaatatggtatgtta 2642450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 5 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 2674670 - 2674261
Alignment:
Q  5 aaggttgttggcaatgaatggaccagagtggaagcaaacatgcttgggctgtataaatgcgattttagtcggtgcaattcaacctgtgttttcatttgga 104  Q
    |||||||||||| |||||||  || || ||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||| |    
T  2674670 aaggttgttggctatgaatgtgcctgaatggaagcaagcatgtttgggttgtataaatgcagttttattcggtgcaattcaacctgtatattcgtttgca 2674571  T
Q  105 ttggggtcggttatatcggtttattttttggagaacaatgatgagatcaagaagcaaattaggatttatgcactttgttttctagggttggctgttatct 204  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  2674570 ttggggtcggttgtatcagtttattttctggaggaccatgatgagattaagaagcaaattaggatctatgtgttttgttttctagggttggctgttatct 2674471  T
Q  205 caatggttgttaatgtgcttcaacattatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagagggttagagaaagaatgttttccaagatactcacttt 304  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2674470 cattggttgttaatgtacttcaacattatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagagggttagagaaaggatgttttccaagatactcacttt 2674371  T
Q  305 tgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattccacaggtgctatttgttctagacttgacaaagaaaccaatgtggtatgttattttaaatttttgttt 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||| ||||||  | ||||||||||||| | || ||||| |||||    
T  2674370 tgaagttggttggtttgatgaagatcgaaattctacaggttctgtttgctctagacttgccaaagatgctaatgtggtatgttctcttcaatttctgttt 2674271  T
Q  405 taatttgcat 414  Q
     | |||||||    
T  2674270 aactttgcat 2674261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 5 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 2571182 - 2570783
Alignment:
Q  5 aaggttgttggcaatgaatggaccagagtggaagcaaacatgcttgggctgtataaatgcgattttagtcggtgcaattcaacctgtgttttcatttgga 104  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||| | |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||| |    
T  2571182 aaggttgttggccatgaatgggccagagtggaagcaagcatgtttgggttgttttaatgcggttttattcggtgcgattcaacctgtgtattcgtttgca 2571083  T
Q  105 ttggggtcggttatatcggtttattttttggagaacaatgatgagatcaagaagcaaattaggatttatgcactttgttttctagggttggctgttatct 204  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| | ||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||| |    
T  2571082 atggggtcggttatatcagtttattttattgaggaccacgatgagatcaagaaacaaattaggatttatggtttttgttttctagggctggctgttattt 2570983  T
Q  205 caatggttgttaatgtgcttcaacattatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagagggttagagaaagaatgttttccaagatactcacttt 304  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  2570982 caatggttattaatatgcttcaacattatagctttgcttacatgggagagtatttgactaagagggttagagaaaaaatgttttctaagatactcacatt 2570883  T
Q  305 tgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattccacaggtgctatttgttctagacttgacaaagaaaccaatgtggtatgttattttaaatttttgttt 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||| | || ||||| |||||    
T  2570882 tgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattctacaggttctgtttgctctagacttgccaaagatgccaatgtggtatgttctcttcaatttctgttt 2570783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 9 - 414
Target Start/End: Original strand, 2449607 - 2450012
Alignment:
Q  9 ttgttggcaatgaatggaccagagtggaagcaaacatgcttgggctgtataaatgcgattttagtcggtgcaattcaacctgtgttttcatttggattgg 108  Q
    ||||| ||||||||||  ||||| ||||||||| | || ||||| | | | |||||| |||||   |||||  || ||||  |||||||||||| | |||    
T  2449607 ttgttagcaatgaatgtgccagaatggaagcaagcgtgtttgggatttttgaatgcggttttatctggtgcggttgaaccgatgttttcatttgcaatgg 2449706  T
Q  109 ggtcggttatatcggtttattttttggagaacaatgatgagatcaagaagcaaattaggatttatgcactttgttttctagggttggctgttatc-tcaa 207  Q
    ||||   ||| || ||||||||| |  | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||| ||  ||||| ||||    
T  2449707 ggtcaactatttctgtttattttcttaacaaccatgatgagatcaagaagcagattaggatttatatgctttgttttctagggttagcc-ttatcctcaa 2449805  T
Q  208 tggttgttaatgtgcttcaacattatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagagggttagagaaagaatgttttccaagatactcacttttga 307  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2449806 tggtttttaatgtgcttcagcattattgttttgcatacatgggagagtacttaactaagagggttagagaaagagtgttttccaagatactcacttttga 2449905  T
Q  308 agttggttggtttgatgaagatcaaaattccacaggtgctatttgttctagacttgacaaagaaaccaatgtggtatgttattttaaatttttgttttaa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  2449906 agttggttggtttgatgaagatcaaaattctacaggtgctatttgttctagacttgacaaagaaaccaatgtggtatgttctcttaaatttttgttttaa 2450005  T
Q  408 tttgcat 414  Q
    |||||||    
T  2450006 tttgcat 2450012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 143 - 387
Target Start/End: Original strand, 2436538 - 2436782
Alignment:
Q  143 tgatgagatcaagaagcaaattaggatttatgcactttgttttctagggttggctgttatctcaatggttgttaatgtgcttcaacattatagctttgct 242  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |   ||| || ||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  2436538 tgatgagatgaagaagcagattaggatgtatgctttttgttttctagggttggctttggcctctattgttttcaatatgcttgaacagtatagctttgct 2436637  T
Q  243 tacatgggagagtacttgactaagagggttagagaaagaatgttttccaagatactcacttttgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattccacag 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |    
T  2436638 tacatgggagagtacttgactaagaggattagagaaagaatgttttccaagatactcacttttgaagttggttggtttgatgaggatcaaaattctacgg 2436737  T
Q  343 gtgctatttgttctagacttgacaaagaaaccaatgtggtatgtt 387  Q
    ||| |||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  2436738 gtgttatttgctctagacttgccaaagaagccaacgtggtatgtt 2436782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 225 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 17871714 - 17871576
Alignment:
Q  225 caacattatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagagggttagagaaagaatgttttccaagatactcacttttgaagttggttggtttgatg 324  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||  | || ||||| || |||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |||     
T  17871714 caacattataacttcgcttacatgggagaatatttgactaaacgtgtgagagagagcatgttttctaaaatgctcacgtttgaagttgggtggttcgatc 17871615  T
Q  325 aagatcaaaattccacaggtgctatttgttctagacttg 363  Q
      ||  |||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  17871614 gtgaagaaaattccagtggtgctatttgttctcgacttg 17871576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University