View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3997_high_2 (Length: 330)

Name: NF3997_high_2
Description: NF3997
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3997_high_2
NF3997_high_2
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (16-330)||(1868461-1868775)
chr1 (16-330)||(1842852-1843166)
chr1 (16-330)||(1856866-1857177)
chr1 (16-330)||(1815867-1816178)
chr1 (16-327)||(9161689-9162000)
chr1 (16-327)||(9155777-9156088)
chr1 (17-226)||(9170516-9170725)
chr1 (17-226)||(9200083-9200292)
chr1 (47-327)||(9229514-9229794)
chr1 (16-330)||(9218598-9218912)
chr1 (17-330)||(9118449-9118762)
chr1 (278-330)||(9170777-9170829)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (242-330)||(37572123-37572211)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (287-327)||(40568423-40568463)
chr3 (287-327)||(40591329-40591369)
chr3 (275-327)||(40597811-40597863)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 16 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 1868775 - 1868461
Alignment:
16 agttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagaga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
1868775 agttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagaga 1868676  T
116 atgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgag 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1868675 atgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgag 1868576  T
216 ttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1868575 ttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgt 1868476  T
316 ctctaaacaacaccc 330  Q
    |||||||||||||||    
1868475 ctctaaacaacaccc 1868461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 16 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 1843166 - 1842852
Alignment:
16 agttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagaga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||    
1843166 agttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaattggaaccaatcttgaagctccaaaatctgatactttggctgtgttggttctatctaagaga 1843067  T
116 atgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgag 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
1843066 atgttatcactcttgacatctctatggattattggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagtttcagctacctctgcggctatcttaagacgag 1842967  T
216 ttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1842966 ttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgt 1842867  T
316 ctctaaacaacaccc 330  Q
    |||||||||||||||    
1842866 ctctaaacaacaccc 1842852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 16 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 1857177 - 1856866
Alignment:
16 agttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagaga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1857177 agttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagaga 1857078  T
116 atgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgag 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
1857077 atgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgag 1856978  T
216 ttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgt 315  Q
    | ||||| |||  || |||   | | |||| || |||||| |||||  ||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
1856977 tcttccaagttggatcatt---cgtcttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgt 1856881  T
316 ctctaaacaacaccc 330  Q
     |||| |||||||||    
1856880 ttctagacaacaccc 1856866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 330
Target Start/End: Original strand, 1815867 - 1816178
Alignment:
16 agttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagaga 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
1815867 agttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagaga 1815966  T
116 atgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgag 215  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| | |||||| |||||| ||||||||||  | |||||| |||||||||    
1815967 atgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctatcctaagacgag 1816066  T
216 ttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgt 315  Q
    ||||||| ||   ||  ||   | | |||| ||||||| | | |||  ||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
1816067 ttttccaagtaagatcgtt---cgtcttaccttgtgtgcgaagaaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgt 1816163  T
316 ctctaaacaacaccc 330  Q
     |||| |||||||||    
1816164 ttctagacaacaccc 1816178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 327
Target Start/End: Original strand, 9161689 - 9162000
Alignment:
16 agttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagaga 115  Q
    ||||||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||  |||   |  |||||||||||    
9161689 agttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaacctcgaagctccaaaatcagaaacttttgcattgtaattgtcatctaagaga 9161788  T
116 atgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgag 215  Q
    |||||   |||||| |||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||| | |||  |||||| |||||||| | ||| |    
9161789 atgttggtactcttaacatctctatggataataggtattgatgcagatgaatgtaaatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgtg 9161888  T
216 ttttccatgtttcattattcaccttattacttt-gt-gtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttct 313  Q
    |||||||||||  ||| ||  | ||||  |||| ||  | ||||| ||| |  |||| || |||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||    
9161889 ttttccatgttggattgtttgctttat--ctttagtattatgtatgaaatcgaaaagtgtaccattgctaacgaattcatacaccaacgaaggaacttct 9161986  T
314 gtctctaaacaaca 327  Q
    ||||||||||||||    
9161987 gtctctaaacaaca 9162000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 327
Target Start/End: Original strand, 9155777 - 9156088
Alignment:
16 agttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagaga 115  Q
    ||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||| || ||||   |  |||| ||||||    
9155777 agttccttgaaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagaga 9155876  T
116 atgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgag 215  Q
    |||||   ||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||| |||| | |||  |||||| |||||||| | ||| |    
9155877 atgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacggg 9155976  T
216 ttttccatgtttcattattcaccttattacttt-gt-gtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttct 313  Q
    |||||||||||  ||| ||    ||||  |||| ||  | ||||| ||| || |||| || |||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||    
9155977 ttttccatgttggattgtttgttttat--ctttagtactatgtatgaaatcaaaaagtgtaccattgctaacgaattcataaaccaaggaaggaacttct 9156074  T
314 gtctctaaacaaca 327  Q
    ||||||||||||||    
9156075 gtctctaaacaaca 9156088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 226
Target Start/End: Original strand, 9170516 - 9170725
Alignment:
17 gttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaa 116  Q
    ||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||   |  |||| |||||||    
9170516 gttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaa 9170615  T
117 tgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctat-cttaagacgag 215  Q
    ||||   |||||| |||||||||||||| || || ||||| ||| ||||||||| ||| |||| |||| |||||  |||||| ||||| |||||| || |    
9170616 tgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttaag-cggg 9170714  T
216 ttttccatgtt 226  Q
    |||||||||||    
9170715 ttttccatgtt 9170725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 226
Target Start/End: Original strand, 9200083 - 9200292
Alignment:
17 gttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaa 116  Q
    ||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||   |  |||| |||||||    
9200083 gttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaa 9200182  T
117 tgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagt 216  Q
    ||||   |||||| |||||||| ||||| || || ||||| |||  |||||||| |||||||| |||| |||||  ||| || |||||| | | ||| ||    
9200183 tgttggtactcttaacatctctgtggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgctatccttaaacgtgt 9200282  T
217 tttccatgtt 226  Q
    ||||||||||    
9200283 tttccatgtt 9200292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 47 - 327
Target Start/End: Original strand, 9229514 - 9229794
Alignment:
47 tgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatga 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||   |  |||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |    
9229514 tgatcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataa 9229613  T
147 tgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattact 246  Q
    | ||||  || ||| ||||||||| |||||||| |||| | ||||  || || |||||| | | ||| ||||||||| || |||||||  |||| | | |    
9229614 ttggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattattttccttttcaat 9229713  T
247 ttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaaca 327  Q
        ||||| || ||| |  ||||||| |||||| ||| |||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||    
9229714 actagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaaca 9229794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 330
Target Start/End: Original strand, 9218598 - 9218912
Alignment:
16 agttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagaga 115  Q
    ||||||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||   |  |||| ||||||    
9218598 agttccttgtaccattgtcgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagaga 9218697  T
116 atgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgag 215  Q
    |||||   |||||| |||||||||||||| || || ||||| |||  |||||||| |||||||| |||  |||||  |||||| |||||| | | ||| |    
9218698 atgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtg 9218797  T
216 ttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgt 315  Q
    ||||||||| |  ||| ||  | ||||   |     | ||||| ||| || |||| || || ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
9218798 ttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcaaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaacgaaggaacttctgt 9218897  T
316 ctctaaacaacaccc 330  Q
    ||| |||||||||||    
9218898 ctccaaacaacaccc 9218912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 9118762 - 9118449
Alignment:
17 gttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaa 116  Q
    |||||||| |||| ||| ||||  || ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||| || ||||   |  |||| |||||||    
9118762 gttccttgtaccactgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatttggaagctccgaaatcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaa 9118663  T
117 tgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaaatatgatagagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagt 216  Q
    ||||   |||||| |||||||||||||| || || | ||| ||| ||||||||| ||| |||| |||| |||||  |||||| |||||| | ||||| ||    
9118662 tgttggtactcttaacatctctatggataattggaaatgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgt 9118563  T
217 tttccatgtttcattattcaccttattactttgt-gtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgt 315  Q
    || |||| ||  |||||| |  ||||| ||| ||  | ||||| ||| |  |||| || || | | |||| |||||||| |||||  |||||||||||||    
9118562 ttcccatcttggattatttattttatt-cttagtattttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgt 9118464  T
316 ctctaaacaacaccc 330  Q
    |||||||||||||||    
9118463 ctctaaacaacaccc 9118449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 278 - 330
Target Start/End: Original strand, 9170777 - 9170829
Alignment:
278 ttggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccc 330  Q
    ||| |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||| |||||||||    
9170777 ttgctaacaaattcgtacaccaatgaaggaacttctgtctctagacaacaccc 9170829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 242 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 37572211 - 37572123
Alignment:
242 ttactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccc 330  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||| |||||||||    
37572211 ttaccttgtgtgtgtataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaaccgaggaacttctgtttctagacaacaccc 37572123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 287 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 40568463 - 40568423
Alignment:
287 aattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaaca 327  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||    
40568463 aattcataaacaagcaagggaacttctgtctctaaacaaca 40568423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 287 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 40591369 - 40591329
Alignment:
287 aattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaaca 327  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||    
40591369 aattcataaacaagcaatggaacttctgtctctaaacaaca 40591329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 275 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 40597863 - 40597811
Alignment:
275 ccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaaca 327  Q
    ||||||| || |||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||    
40597863 ccattgggaataaattcataaacaagcaatggaacttctgtttctaaacaaca 40597811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University