View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3998_high_2 (Length: 1079)

Name: NF3998_high_2
Description: NF3998
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3998_high_2
NF3998_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-1073)||(44851472-44852534)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 875; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 875; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1073
Target Start/End: Complemental strand, 44852534 - 44851472
Alignment:
Q  17 catccatcatatgaggcacccaagaaaagtaaaacctcgttctactcagtgctgcaaaatgtaaatgtaaatacaaagcactaaaacgcgtgaacctcgt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44852534 catccatcatatgaggcacccaagaaaagtaaaacctcgttctactcagtgctgcaaaatgtaaatgtaaatacaaagcactaaaacgcgtgaacctcgt 44852435  T
Q  117 ggtatcttttactagnnnnnnnn---------tactatatcagcctagttatgatctagtttaaaatgattctctaccatttgaattaactttttatatg 207  Q
    |||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44852434 ggtatcttttactagaaaaaaaaaaataaaaatactatatcagcctagttatgatctagtttaaaatgattctctaccatttgaattaactttttatatg 44852335  T
Q  208 agagcaccaaaataaatgtatattacagannnnnnnnnnnnnngtttcttaatgtattctcaatgcataaattttaatttatatttataagaatcaaaga 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44852334 agagcaccaaaataaatgtatattacagattttttttttttttgtttcttaatgtattctcaatgcataaattttaatttatatttataagaatcaaaga 44852235  T
Q  308 tcaaatttctgatcagacgtttaaaagactctaggcgtttatcacttagaccacacaaatttggtataacccattgattgtgaaacatcattcaaaagtt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44852234 tcaaatttctgatcagacgtttaaaagactcaaggcgtttatcacttagaccacacaaatttggtataacccattgattgtgaaatatcattcaaaagtt 44852135  T
Q  408 acatgcaatcattcaagatttctcaaaagattgattttgtctaccactaatttcttctcaccacagcatagctatgaactacacgcattcatgtttgtga 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44852134 acatgcaatcattcaagatttctcaaaagattgattttgtctaccactaatttcttctcaccacagcatagctatgaactacacgcattcatgtttgtga 44852035  T
Q  508 actatccataacaaaactttaaattgcagtcgcagttacttcataatttttaatactattgatagtca----taag---tgtgtatgatgtaatctcaac 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||   |||||||||||||||||||||    
T  44852034 actatccataacaaaactttaaattgcagtcgcagttacttcataatttttaatactattgatagtcactgttaagtcatgtgtatgatgtaatctcaac 44851935  T
Q  601 tgctgttgcattagcgcatatattgcgtgtaagtatacaaagggtagggacgtagtattgcgtgtcagtaagggatggatataaataaaggtgggaaata 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44851934 tgctgttgcattagcgcatatattgcgtgtaagtatacaaagggtagggacgtagtattgcgtgtcagtatgggatggatataaataaaggtgggaaata 44851835  T
Q  701 gaaagatgccaaatttaaaaactacctgaaattgatatgtgggatgtttgtagcatgcgatatatgaacaatacattttgttacattcttctagacaaca 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44851834 gaaagatgccaaatttaaaaactacctgaaattgatatgtgggatgtttgtagcatgcgatatatgaacaatacattttgttacattcttctagacaaca 44851735  T
Q  801 gacacatnnnnnnnnnncacttgaatcaatcaagaaggggcaacaggaatcctttcatcagaaaaaatgctcctcgtaaagtgtaaaatagatgaagaca 900  Q
    |||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44851734 gacacataaaaaa----------aatcaatcaagaaggggcaacaggaatcctttcatcagaaaaaatgctcctcgtaaagtgtaaaatagatgaagaca 44851645  T
Q  901 taggtaactcctcaagctcatcgaaaaaatcaaattcttctgatttagatgctgacatattctttaactgtgcatagcagagtggctcttcctctaagag 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44851644 taggtaactcctcaagctcatcgaaaaaatcaaattcttctgatttagatgctgacatattctttaactgtgcatagcagagtggctcttcctctaagag 44851545  T
Q  1001 aagatctattttgtcaatatggcttttttctatatttagtttgaaaggatcttcttggtctatgatgatgtcc 1073  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44851544 aagatctattttgtcaatatggcttttttctatatttagtttgaaaggatcttcttggtctataatgatgtcc 44851472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University