View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3999_low_1 (Length: 1205)

Name: NF3999_low_1
Description: NF3999
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3999_low_1
NF3999_low_1
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (114-1187)||(14175041-14176114)
chr4 (114-1187)||(28609763-28610837)
chr4 (19-120)||(14174786-14174887)
chr4 (19-120)||(28610990-28611091)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (114-1187)||(12931771-12932844)
chr8 (19-120)||(12931516-12931617)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (711-1187)||(15298159-15298634)
chr7 (531-707)||(15290614-15290789)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (121-829)||(24874000-24874710)
chr3 (839-986)||(24872015-24872161)
chr3 (36-114)||(24876227-24876305)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (523-1187)||(38995420-38996083)
chr5 (121-455)||(38996099-38996435)
chr5 (55-120)||(38996632-38996697)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1014; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1014; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 114 - 1187
Target Start/End: Original strand, 14175041 - 14176114
Alignment:
Q  114 agtgctttcactgcggcgaagaaggtcacatcaaaagaaattgcaaatcttggaagaacaaagaaaagaaggaccggaggaatcaaagaccagacgaaga 213  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175041 agtgttttcactgcggcgaagaaggtcacatcaaaagaaattgcaaatcttggaagaacaaagaaaagaaggaccggaggaatcaaagaccagacgaaga 14175140  T
Q  214 tgaaaataccacaaccccagtagttgatggggaagtggtgttgctttcagttgaagaagaagaatgtcatgttgcagattcatgtgttgaatgggtcatt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175141 tgaaaataccacaaccccagtagttgatggggaagtggtgttgctttctgttgaagaagaagaatgtcatgttgcagattcatgtgttgaatgggtcatt 14175240  T
Q  314 gactcagcagcttcttatcatgctacttccaacaaagaattctttacgatgtataaagtaggagactttggcaaagtaaagatgggcaataatagcattg 413  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175241 gactcagcagcttcttatcacgctacttccaataaagaattctttacaatgtacaaagtaggagactttggcaaagtaaagatgggcaataatagcattg 14175340  T
Q  414 cagatattgttggaattggtgatgtgtgtgttcaaaccaataccggttttacactaacactgaaggacgtgagacatgtgccagatttgcgtctaaatct 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175341 cagatattgttggaattggtgatgtgtgtgttcaaaccaataccggttttacactaacactgaaggacgtgcgacatgtgccagatttgcgtctaaatct 14175440  T
Q  514 aatctctgtccatgctcttgatttagccggatttcaaaacaactttggtgatggaaaatggaaacttaccaaaggatcgttgatgattgctagaggcgcc 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14175441 aatctctgtccatgctcttgatttagccggatttcaaaacaactttggtgatggaaaatggaaacttaccaaaggatcgttgatgattgctagaggcgtc 14175540  T
Q  614 gtgtattcaacgctttacaaaactcaagtcaagctgatcaaagatggcttgaatgcggtcgagaatgttactttgccagatttgtggcataaaacgctgg 713  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14175541 gtgtattcgacgctttacaaaactcaagtcaagctgatcaaagatggcttgaatgcggtcgagaatgttgctttgccagatttgtggcataaaaggctgg 14175640  T
Q  714 ctcatctaagtgaaaaaggattgcaaattttgtcaaggaagtccctcattccgtctgacaaaggtactaagttgaatccttgtgattactgtttgtttgg 813  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14175641 ctcatttaagtgaaaaaggattgcaaattttgtcaaggaagtccctcattccgtctgacaaaggtactaagttgaatccttgtgattattgtttgtttgg 14175740  T
Q  814 caagcaacatagagtttctttcagcagaacttcaaagctgaaagataataaattggatatggtgtattctgatgtgtgtggacccatggaagtggagact 913  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175741 caagcaacatagagtttctttcagcagaacttcaaagctgaaagataataaattggatatggtgtattctgatgtgtgtggacccatggaagtggagact 14175840  T
Q  914 cttggtggtagcagatattttgtgacgtttattgatgatgcttccagaaaggtgtgggtttacttccttaaaagtaaggatcaggtgtttcagtacttca 1013  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175841 cttggtggtagcagatattttgtgacgtttattgatgatgcttcaagaaaggtgtgggtgtacttccttaaaagtaaggatcaggtgtttcagtacttca 14175940  T
Q  1014 aaaggtttcatgcgatggtggagagatcgactggtaaatctttgaagtgtcttcgttcggataatgggggtgaatatacttcccatgaatttaaaagtta 1113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175941 aaaggtttcatgcgatggtggagagatcgactggtaaatctttgaagtgtcttcgttcggataatgggggtgaatatacttcccatgaatttaaaagtta 14176040  T
Q  1114 ttgttctgagcacggcatcagacatgagaagacggttcctggcaccccacaacataatggtgtagctgaaagaa 1187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176041 ttgttctgagcacggcatcagacatgagaagacggttcctggcaccccacaacataatggtgtagctgaaagaa 14176114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 991; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 114 - 1187
Target Start/End: Complemental strand, 28610837 - 28609763
Alignment:
Q  114 agtgctttcactgcggcgaagaaggtcacatcaaaagaaattgcaaatcttggaagaacaaagaaaagaaggaccggaggaatcaaagaccagacgaaga 213  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610837 agtgttttcactgcggcgaagaaggtcacatcaaaagaaattgcaaatcttggaagaacaaagaaaagaaggaccggaggaatcaaagaccagacgaaga 28610738  T
Q  214 tgaaaataccacaaccccagtagttgatggggaagtggtgttgctttcagttgaagaagaagaatgtcatgttgcagattcatgtgttgaatgggtcatt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28610737 tgaaaataccacaaccccagtagttgatggggaagtggtgttgctttctgttgaagaagaagaatgtcatcttgcagattcatgtgtttaatgggtcatt 28610638  T
Q  314 gactcagcagcttcttatcatgctacttccaacaaagaattctttacgatgtataaagtaggagactttggcaaagtaaagatgggcaataatagcattg 413  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610637 gactcagcagcttcttatcacgctacttccaataaagaattctttacgatgtacaaagtaggagactttggcaaagtaaagatgggcaataatagcattg 28610538  T
Q  414 cagatattgttggaattggtgatgtgtgtgttcaaaccaataccggttttacactaacactgaaggacgtgagacatgtgccagatttgcgtctaaatct 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610537 cagatattgttggaattggtgatgtgtgtgttcaaaccaataccgattttacactaacactgaaggacgtgcgacatgtgccagatttgcgtctaaatct 28610438  T
Q  514 aatctctgtccatgctcttgatttagccggatttcaaaacaactttggtgatggaaaatggaaacttaccaaaggatcgttgatgattgctagaggcgcc 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610437 aatctctgtccatgctcttgatttagccggatttcaaaacaactttggtgatggaaaatggaaacttaccaaaggatcgttgatgattgctagaggcgcc 28610338  T
Q  614 gtgtattcaacgctttacaaaactcaagtcaagctgatcaaagatggcttgaatgcggtcgagaatgttactttgccagatttgtggcataaaacgctgg 713  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28610337 gtgtattcgacgctttacaaaactcaagtcaagctgatcaaagatggcttgaatgcggtcgagaatgttgctttgccagatttgtggcataaaaggctgg 28610238  T
Q  714 ctcatctaagtgaaaaaggattgcaaattttgtcaaggaagtccctcattccgtctgacaaaggtactaagttgaatccttgtgattactgtttgtttgg 813  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28610237 ctcatttaagtgaaaaaggattgcaaattttgtcaaggaagtccctcattccgtctggcaaaggtactaagttgaatccttgtgattattgtttgtttgg 28610138  T
Q  814 caagcaacatagagtttctttcagcagaacttcaaagctgaaagataataaattggatatggtgtattctgatgtgtgtggacccatggaagtggagact 913  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610137 caagcaacatagagtttctttcagcagaacttcaaagctgaaaggtaataaattggatatggtgtattctgatgtgtgtggacccatggaagtggagact 28610038  T
Q  914 cttggtggtagcagatattttgtgacg-tttattgatgatgcttccagaaaggtgtgggtttacttccttaaaagtaaggatcaggtgtttcagtacttc 1012  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28610037 cttggtggtagcagatattttgtgacgttttattgatgatgcttcaagaaaggtgtgggtgtacttccttaaaagtaaggatcgggtgtttcagtacttc 28609938  T
Q  1013 aaaaggtttcatgcgatggtggagagatcgactggtaaatctttgaagtgtcttcgttcggataatgggggtgaatatacttcccatgaatttaaaagtt 1112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28609937 aaaaggtttcatgcgatggtggagagatcgactggtaaatctttgaagtgtcttcgttcggataatgggggtgaatatacttcccatgaatttaaaagtt 28609838  T
Q  1113 attgttctgagcacggcatcagacatgagaagacggttcctggcaccccacaacataatggtgtagctgaaagaa 1187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28609837 attgttctgagcacggcatcagacatgagaagacggttcctggcaccccacaacataatggtgtagctgaaagaa 28609763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 14174887 - 14174786
Alignment:
Q  19 ttacctgggacaaagtgagtgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtttcccaactttccggcaaagaactcaaaagtaacagtgc 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  14174887 ttacctgggacaaagtgagcgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtctcccaactttctggcaaagaactcaaaagtaatagtgc 14174788  T
Q  119 tt 120  Q
    ||    
T  14174787 tt 14174786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 120
Target Start/End: Original strand, 28610990 - 28611091
Alignment:
Q  19 ttacctgggacaaagtgagtgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtttcccaactttccggcaaagaactcaaaagtaacagtgc 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  28610990 ttacctgggacaaagtgagcgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtctcccaactttctggcaaagaactcaaaagtaatagtgc 28611089  T
Q  119 tt 120  Q
    ||    
T  28611090 tt 28611091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 982; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 982; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 114 - 1187
Target Start/End: Original strand, 12931771 - 12932844
Alignment:
Q  114 agtgctttcactgcggcgaagaaggtcacatcaaaagaaattgcaaatcttggaagaacaaagaaaagaaggaccggaggaatcaaagaccagacgaaga 213  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931771 agtgttttcactgcaacgaagaaggtcacatcaaaagaaattgcaaatcttggaagaacaaagaaaagaaagaccggaggaatcaaagaccagacgaaga 12931870  T
Q  214 tgaaaataccacaaccccagtagttgatggggaagtggtgttgctttcagttgaagaagaagaatgtcatgttgcagattcatgtgttgaatgggtcatt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931871 tgaaaataccacaaccccagtagttgatggggaagtggtgttgttttctgttgaagaagaagaatgtcatgttgcagattcatgtgttgaatgggtcatt 12931970  T
Q  314 gactcagcagcttcttatcatgctacttccaacaaagaattctttacgatgtataaagtaggagactttggcaaagtaaagatgggcaataatagcattg 413  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931971 gactcagcagcttcttatcacgctacttccaataaagaattctttacgatgtacaaagtaggagactttggcaaagtaaagatgggcaataatagcattg 12932070  T
Q  414 cagatattgttggaattggtgatgtgtgtgttcaaaccaataccggttttacactaacactgaaggacgtgagacatgtgccagatttgcgtctaaatct 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932071 cagatattgttggaattggtgatgtgtgtgttcaaaccaataccggttttacactaacactgaagaacgtgcgacatgtgccagatttgcgtctaaatct 12932170  T
Q  514 aatctctgtccatgctcttgatttagccggatttcaaaacaactttggtgatggaaaatggaaacttaccaaaggatcgttgatgattgctagaggcgcc 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  12932171 aatctctgtccatgctcttgatttagccggatttcaaaacaactttggtgatggaaaatggaaacttaccaaaggatcgttgatgattgctagaggcgtc 12932270  T
Q  614 gtgtattcaacgctttacaaaactcaagtcaagctgatcaaagatggcttgaatgcggtcgagaatgttactttgccagatttgtggcataaaacgctgg 713  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  12932271 gtgtattcgacgctttacaaaactcaagtcaagctgatcaaagatggcttgaatgcggccgagaatgttgctttggcagatttgtggcataaaaggctgg 12932370  T
Q  714 ctcatctaagtgaaaaaggattgcaaattttgtcaaggaagtccctcattccgtctgacaaaggtactaagttgaatccttgtgattactgtttgtttgg 813  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12932371 ctcatttaagtgaaaaaggattgcaaattttgtcaaggaagtccctcattccgtctgacaaaggtactaagttgaatccttgtgattattgtttgtttgg 12932470  T
Q  814 caagcaacatagagtttctttcagcagaacttcaaagctgaaagataataaattggatatggtgtattctgatgtgtgtggacccatggaagtggagact 913  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932471 caagcaacatagagtttctttcagcagaacttcaaagctgaaagataataaattggatatggtgtattctgatgtgtgtggacccatggaagtggagact 12932570  T
Q  914 cttggtggtagcagatattttgtgacgtttattgatgatgcttccagaaaggtgtgggtttacttccttaaaagtaaggatcaggtgtttcagtacttca 1013  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12932571 cttggtggtagcagatattttgtgacgtttattgatgatgcttcaagaaaggtgtgggtgtacttccttaaaagtaaggatcaggtgtttcagtaattca 12932670  T
Q  1014 aaaggtttcatgcgatggtggagagatcgactggtaaatctttgaagtgtcttcgttcggataatgggggtgaatatacttcccatgaatttaaaagtta 1113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932671 aaaggtttcatgcgatggtggagagatcgactggtaaatctttgaagtgtcttcgttcggataatgggggtgaatatacttcccatgaatttaaaagtta 12932770  T
Q  1114 ttgttctgagcacggcatcagacatgagaagacggttcctggcaccccacaacataatggtgtagctgaaagaa 1187  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932771 ttgttctgagcacgacatcagacatgagaagacggttcctggcaccccacaacataatggtgtagctgaaagaa 12932844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 12931617 - 12931516
Alignment:
Q  19 ttacctgggacaaagtgagtgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtttcccaactttccggcaaagaactcaaaagtaacagtgc 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  12931617 ttacctgggacaaagtgagcgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtctcccaactttttggcaaagaactcaaaagtaatagtgc 12931518  T
Q  119 tt 120  Q
    ||    
T  12931517 tt 12931516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 711 - 1187
Target Start/End: Original strand, 15298159 - 15298634
Alignment:
Q  711 tggctcatctaagtgaaaaaggattgcaaattttgtcaaggaagtccctcattccgtctgacaaaggtactaagttgaatccttgtgattactgtttgtt 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15298159 tggctcatctaagtgaaaaaggattgcaaattttgtcaaggaagtccctcattccatctgaaaaaggtactaagttgaatccttgtgcttactgtttgtt 15298258  T
Q  811 tggcaagcaacatagagtttctttcagcagaacttcaaagctgaaagataataaattggatatggtgtattctgatgtgtgtggacccatggaagtggag 910  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  15298259 tagcaagcaacatagagtttctttcagcagaacttcaaagctgaaagataataaattggatatggggtattctaatgtgtgtggaccaatggaagtggag 15298358  T
Q  911 actcttggtggtagcagatattttgtgacgtttattgatgatgcttccagaaaggtgtgggtttacttccttaaaagtaaggatcaggtgtttcagtact 1010  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15298359 ac-cttggtggtagcagatattttgtgacgtttattaatgatacttccagaaaggtgtgggtgtacttccttaaaagtaaggatcaagtgtttcagtact 15298457  T
Q  1011 tcaaaaggtttcatgcgatggtggagagatcgactggtaaatctttgaagtgtcttcgttcggataatgggggtgaatatacttcccatgaatttaaaag 1110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15298458 tcaaaaggtttcatgcgatggtggagagagcgactggtaaatctttgaagtgtcttcattcggataatgggggtgaatatacttcccatgaatttaaaag 15298557  T
Q  1111 ttattgttctgagcacggcatcagacatgagaagacggttcctggcaccccacaacataatggtgtagctgaaagaa 1187  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15298558 ttattgttttgagcacgacatcagacatgagaagacggttcctggcaccccacaacataatggtgtagctgaaagaa 15298634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 531 - 707
Target Start/End: Original strand, 15290614 - 15290789
Alignment:
Q  531 ttgatttagccggatttcaaaacaactttggtgatggaaaatggaaacttaccaaaggatcgttgatgattgctagaggcgccgtgtattcaacgcttta 630  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| || |||||    
T  15290614 ttgatttagccggatttcaaaacaactttggtgatggaaaatggaaacttaccaaaggatcgttgatggttactagaggcgccgtgtattcgacacttta 15290713  T
Q  631 caaaactcaagtcaagctgatcaaagatggcttgaatgcggtcgagaatgttactttgccagatttgtggcataaaa 707  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  15290714 caaaactcaagtcaagttgatcaaagagggcttg-atgcagtcgagaatgttgctttgccaaatttgtggcataaaa 15290789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 121 - 829
Target Start/End: Complemental strand, 24874710 - 24874000
Alignment:
Q  121 tcactgcggcgaagaaggtcacatcaaaagaaattgcaaatcttggaagaacaaagaaaagaaggaccggaggaatcaaagaccagacgaagatgaaaat 220  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||||   |||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  24874710 tcactgcggcaaagaaggtcacataaaaagaaattgaaaacaatggaagagcaaagaaaagaaggataagaggaatcaaatgccatacgaagatgaaaat 24874611  T
Q  221 accacaaccccagtagttgatggggaagtggtgttgctttcagttgaagaagaagaatgtcatgttgcagattcatgtgttgaatgggtcattgactcag 320  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||| || |||||||||  |||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||  ||||||| ||||||| |    
T  24874610 accacaaccttagtaggtgatggggaaatgatgttgctttttgttgaaaaagaagaatgtcgtattgtagattcatgtgttatatgggtcgttgactctg 24874511  T
Q  321 cagcttcttatcatgctacttccaacaaagaattctttacgatgtataaagtaggagact---ttggcaaagtaaagatgggcaataatagcattgcaga 417  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||   |||||||||| ||||| | ||| ||||  |||| |||    
T  24874510 catcttcttatcatgccacttccaacaaagaattctttgtgatgtacaaagtaggagactttgttggcaaagtcaagatagacaacaataatattgtaga 24874411  T
Q  418 tattgttggaattggtgatgtgtgtgttcaaaccaataccggttttacactaacactgaaggacgtgagacatgtgccagatttgcgtctaaatctaatc 517  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  24874410 tattgttggaattaatgatgtgtgtgttcaaaccaatatcggtttaacaccaacactaaaggacgtgcgacatgtgctagatttgcgtctaaatataatc 24874311  T
Q  518 tctgtccatgctcttgatttagccggatttcaaaacaactttggtgatggaaaatggaaacttaccaaaggatcgttgatgattgctagaggcgccgtgt 617  Q
    || ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | || || |||||||||| | |||||| || |||||| ||  ||||    
T  24874310 tccgtccatgctcttg-tttagctggacttcaaaacaactttggtgatggaaagt-gatacctaccaaaggagcattgatggttactagagacgatgtgt 24874213  T
Q  618 attcaacgctttacaaaactcaagtcaagctgatcaaagatggcttgaatgcggtcgagaatgttactttgccagatttgtggcataaaacgctggctca 717  Q
    || | | ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  24874212 atccgaggctttacaaaaatcaagttaagttgatcaaagattgctcgaatgtggtcaagaatgttgctttgtcagatttgtggcataaaaggatggctca 24874113  T
Q  718 tctaagtg-aaaaaggattgcaaattttgtcaaggaagtccctcattccgtctgacaaaggtactaagttgaatccttgtgattactgtttgtttggcaa 816  Q
     ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||| ||||| ||||||||||||||  |  |||||  |||||||||   ||    
T  24874112 cctaagtgaaaaaaagattgcaaattctgtcaaggaagtccctcgttgcatctcacaaatgtactaagttgaattatcatgattgttgtttgtttttgaa 24874013  T
Q  817 gcaacatagagtt 829  Q
    |||||||||||||    
T  24874012 gcaacatagagtt 24874000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 839 - 986
Target Start/End: Complemental strand, 24872161 - 24872015
Alignment:
Q  839 agaacttcaaagctgaaagataataaattggatatggtgtattctgatgtgtgtggacccatggaagtggagactcttggtggtagcagatattttgtga 938  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||  |||    
T  24872161 agaacctcaaagttgaaa-ataatatattgaatatggtgtattctgctgcgtgcggactcatggaagtggagactcttcgtggtagtatgtatttactga 24872063  T
Q  939 cgtttattgatgatgcttccagaaaggtgtgggtttacttccttaaaa 986  Q
    | ||||| ||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  24872062 catttatcgataatgctttcggaaaggtgtgggtgtacttccttaaaa 24872015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 36 - 114
Target Start/End: Original strand, 24876227 - 24876305
Alignment:
Q  36 agtgctccatctggagcagagttgcttaatgacaccaccaaagtttcccaactttccggcaaagaactcaaaagtaaca 114  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||    
T  24876227 agtgctccatctggagcatagttgcttaacgacactacccaagtttccctattttttggcaaagaactcaaaagtaaca 24876305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 523 - 1187
Target Start/End: Complemental strand, 38996083 - 38995420
Alignment:
Q  523 ccatgctcttgatttagccggatttcaaaacaactttggtgatggaaaatggaaacttaccaaaggatcgttg---atgattgctagaggcgccgtgtat 619  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    ||| |||||| ||||| |||||||    
T  38996083 ccatgctcttgatttagctaaatttcaaaacaattttggtgatggaaaatggaaacttatcaaaggatctttttatatggttgctaaaggcgtcgtgtat 38995984  T
Q  620 tcaacgctttacaaaactcaagtcaagctgatcaaagatggcttgaatgcggtcgagaatgttactttgccagatttgtggcataaaacgctggctcatc 719  Q
    || ||| | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||  ||||||||| |||||||||||    
T  38995983 tcgacgttgtataaaactcaagtcaagctgatcaaagacggcttgaatgcggtcgagaatgatgcttttccaaattttcggcataaaaggctggctcatc 38995884  T
Q  720 taagtgaaaaaggattgcaaa-ttttgtcaaggaagtccctcattccgtctgacaaaggtactaagttgaatccttgtgattactgtttgtttggcaagc 818  Q
    || ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||  |||| |   |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||| ||     
T  38995883 tatgtgaaaaaggattacaaatttttttcaaggaagtctttcatcctacctgacaaaggtaataaattgaatccttgtgattattttttgtttggcgaga 38995784  T
Q  819 aacatagagtttctttcagcagaacttcaaagctgaaagataataaattggatatggtgtattctgatgtgtgtggacccatggaagtggagactcttgg 918  Q
    |||||| ||| || ||  | | ||| |||||||| |||||||||| ||  |||||| |||||| | |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  38995783 aacataaagtatcgttttgtaaaacatcaaagcttaaagataatatatcagatatgatgtattataatgtgtgtagaccaatggaagtggatactcttgg 38995684  T
Q  919 tggtagcagatattttgtgacgtttattgatgatgcttccagaaaggtgtgggtttacttccttaaaagtaaggatcaggtgtttcagtacttcaaaagg 1018  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| || | ||||||| |||||  ||||   || ||||| || |||||||||      
T  38995683 tggtagcaaatattttgtgatgtttattgatgatgcttccacaatggtgcggttgtacttccataaaatcaagg-cgagatgttttaggacttcaaaata 38995585  T
Q  1019 tttcatgcgatggtggagagatcgactggtaaatctttgaagtgtcttcgttcggataatgggggtgaatatacttcccatgaatttaaaagttattgtt 1118  Q
    ||||||  ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    || ||||||||||||||||  |||| ||    
T  38995584 tttcatatgatggtggagagagcgactagtaaacctttgaagtgtatttgttcggataatgggggtga----acatcccatgaatttaaaaaatattatt 38995489  T
Q  1119 ctgagcacggcatcagacatgagaagacggttcctggcaccccacaacataatggtgtagctgaaagaa 1187  Q
     | |||| |||| |||||||||||||||| |  ||  ||||||| |||| ||||||||| | |||||||    
T  38995488 ttaagcagggcaccagacatgagaagacgttatctaacaccccataacaaaatggtgtaacagaaagaa 38995420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 121 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 38996435 - 38996099
Alignment:
Q  121 tcactgcggcgaagaaggtcacatcaaaagaaattgcaaatcttggaagaacaaagaaaagaaggaccggaggaatcaaagaccagacgaagatgaaaat 220  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||   ||||| |||| |||  | ||||||||||||    
T  38996435 tcactgcggcggagaagatcacatccaaagaaattgtaaatcttggaagaaaaaataaaataaggacaataggaaccaaatacctaaggaagatgaaaat 38996336  T
Q  221 accacaacccc-agtagttgatggggaagtggtgttgctttcagttgaagaagaagaatgtcatgttgcagattcatgtgttgaatgggtcattgactca 319  Q
    ||||||||||| |  | || |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||| | |||||||||    
T  38996335 accacaacccccaacacttaatggggaagtggcgttgctttatgttgaagaagaagaatgccatattgcagtttcatttgttgaatggataattgactca 38996236  T
Q  320 gcagcttcttatcatgctacttccaacaaa-gaattctttacgatgtataaagtaggagactttggcaaagtaaagatgggcaataatagcattgcagat 418  Q
     || ||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||| || ||    
T  38996235 acatcttctaatcatgtcacttccaacaaaagaattctttacgatgtacaaagcaggagactttgacaaagtaaatatgggaaatagtagcattacaaat 38996136  T
Q  419 attgttggaattggtgatgtgtgtgttcaaaccaata 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38996135 attgttggaattggtgatgtgtgtgtttaaaccaata 38996099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 55 - 120
Target Start/End: Original strand, 38996632 - 38996697
Alignment:
Q  55 agttgcttaatgacaccaccaaagtttcccaactttccggcaaagaactcaaaagtaacagtgctt 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| || |||||    
T  38996632 agttgcttaatgacaccaccaaagtttcccaacttttcgtaaaagaactcaaaagtagcaatgctt 38996697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University