View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3999_low_2 (Length: 938)

Name: NF3999_low_2
Description: NF3999
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3999_low_2
NF3999_low_2
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (1-928)||(39238908-39239836)
chr7 (4-405)||(39257239-39257640)
chr7 (4-370)||(39177578-39177944)
chr7 (624-834)||(39177261-39177471)
chr7 (639-807)||(39256998-39257166)
chr7 (4-342)||(39223686-39224024)
chr7 (628-748)||(39194131-39194251)
chr7 (145-324)||(39194387-39194566)
chr7 (145-303)||(39216107-39216265)
chr7 (115-344)||(39245316-39245545)
chr7 (628-748)||(39215804-39215924)
chr7 (628-748)||(39223421-39223541)
chr7 (630-730)||(39260327-39260427)
chr7 (638-730)||(39250839-39250931)
chr7 (638-730)||(39244904-39244996)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 864; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 864; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 928
Target Start/End: Complemental strand, 39239836 - 39238908
Alignment:
Q  1 gctgaccaatttgatgactttgatcccaaagagaaacccgataagttgtccttcttcaattggtggttttttagcattttgattggtgtcctttttgcta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39239836 gctgaccaatttgatgactttgatcccaaagagaaatccgataagttgtccttcttcaattggtggttttttagcattttgattggtgtcctttttgcta 39239737  T
Q  101 ccactttcttggtttacatacaagacaatattggttgggaacttggatatggccttccaaccattggccttgcattttcaatattggtgtttttattagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39239736 ccactttcttggtttacatacaagacaatattggttgggaacttggatatggccttccaaccattggccttgcattttcaatattggtgtttttattagg 39239637  T
Q  201 aacaccatattatagacacaaattgcctccaggcagccctataacaaggatgcttcaagtctttgtggctgctataagaaaatggaaggcacgtgtccca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39239636 aacaccatattatagacacaaattgcctccaggcagccctataacaaggatgcttcaagtctttgtggctgctataagaaaatggaaggcacgtgtccca 39239537  T
Q  301 gaagataaaaaggagctccatgagctgagtatggaagagtatacatgtaatggtagaaccagaattgatcacacgtcgtttttcaggttgagtctaatta 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39239536 gaagataaaaaggagctacatgagctgagtatggaagagtatacatgtaatggtagaaccagaattgatcacacgtcgtttttcaggttgagtctaatta 39239437  T
Q  401 cttttatctcctaaaaatgtgtccttggtgtggtgacaacgcaannnnnnncactgcacaa-tctcactaaattttgttggtcttttacaaatttggtgg 499  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||       |||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39239436 cttttatctcctaaaaatgtgtccatggtgtggtgacaacacaatttttttcactgcacgagtctcgctaaattttgttggtcttttacaaatttggtgg 39239337  T
Q  500 cgtccatacgaatatcaatcaatataatagattgttaaagactgtatactgctaacattatttatttgtttttacatgaaacgaaaatttggcttgaact 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39239336 cgtccatacgaatatcaatcaatataatagattgttaaagactgtatactgctaacattatttaattgtttttacatgaaacgaaaatttggcttgaact 39239237  T
Q  600 agctattgtgcatactcatcctcctctctgcttgcagcttccttgacaaagcggctataaagaccggacaaaaatcaacatggatgctttgtacagtaac 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39239236 agctattgtgcatactcatcctcctctctgcttgcagtttccttgacaaagcggctataaagaccggacaaaaatcaacatggatgctttgtacagtgac 39239137  T
Q  700 acaaattgaggaaactaagcaaatgacaaaactggttcctatttcgattttcacaattattccaagcaccttgggaatgcacattttcacactcttcgtt 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39239136 acaaattgaggaaactaagcaaatgacaaaactggttcctatttcgattttcacaattattccaagcaccttgggaatgcacattttcacactcttcgtt 39239037  T
Q  800 aaacaaggcatgacactggacaacaaaatgggacctcgttttaatatctctccaggaagtctctcgtcaattacaattatcttcatgttgatattcattg 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39239036 aaacaaggcatgacactggacaacaaaatgggacctcgttttaatatctctccaggaagtctctcgtcaattacaattatcttcatgttgatattcattg 39238937  T
Q  900 caatctatgattgtatttttgtgcctatg 928  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39238936 caatctatgattgtatttttgtgcctatg 39238908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 39257640 - 39257239
Alignment:
Q  4 gaccaatttgatgactttgatcccaaagagaaacccgataagttgtccttcttcaattggtggttttttagcattttgattggtgtcctttttgctacca 103  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||||| |  | ||||| | || || |||||||||||||||| ||||||||| || ||  | |||||| | | ||    
T  39257640 gaccaatttgacgagtttgataccaaagagagattctataagctctcttttttcaattggtggttttctagcattttaatcggcatgcttttttccagca 39257541  T
Q  104 ctttcttggtttacatacaagacaatattggttgggaacttggatatggccttccaaccattggccttgcattttcaatattggtgtttttattaggaac 203  Q
    || ||||||||||||||||||||||| | |||||||  || ||||| || ||||||||||||||||||||  |||||||| |   ||||||  |||||||    
T  39257540 ctatcttggtttacatacaagacaatgtgggttggggcctcggatacggacttccaaccattggccttgctgtttcaataataacgttttttgtaggaac 39257441  T
Q  204 accatattatagacacaaattgcctccaggcagccctataacaaggatgcttcaagtctttgtggctgctataagaaaatggaaggcacgtgtcccagaa 303  Q
     |||| |||||| || | ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||| ||| |     
T  39257440 gccattttataggcatagatttccctcaggcagccctataacaaggatgcttcaagtctttgtggctgctatgagaaaatggaagacgcatgttccaaat 39257341  T
Q  304 gataaaaaggagctccatgagctgagtatggaagagtatacatgtaatggtagaaccagaattgatcacacgtcgtttttcaggttgagtctaattactt 403  Q
    |||  |||   | | |||||||| ||||| ||||||||| ||||||| | ||||| || |||||| ||||| || || || ||||||| || ||||||||    
T  39257340 gatccaaaactgttacatgagctaagtatagaagagtatgcatgtaacgctagaaacaaaattgaacacacatctttcttgaggttgaatcgaattactt 39257241  T
Q  404 tt 405  Q
    ||    
T  39257240 tt 39257239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 4 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 39177944 - 39177578
Alignment:
Q  4 gaccaatttgatgactttgatcccaaagagaaacccgataagttgtccttcttcaattggtggttttttagcattttgattggtgtcctttttgctacca 103  Q
    ||||||||||| || || || |||||||||| | || ||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||  | |||  ||| ||  | | ||    
T  39177944 gaccaatttgacgagttcgagcccaaagagagatcctataagctttctttcttcaattggtggttttttagtattttcctgggtaccctattctccaaca 39177845  T
Q  104 ctttcttggtttacatacaagacaatattggttgggaacttggatatggccttccaaccattggccttgcattttcaatattggtgtttttattaggaac 203  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| | |||||||   |||| || ||||||||||||||||| ||||   |||||||||| || ||| |  |||||||    
T  39177844 ctttcttaatttacatacaagacaatgtgggttgggctgttgggtacggccttccaaccattggacttggtatttcaatatttgtttttatggtaggaac 39177745  T
Q  204 accatattatagacacaaattgcctccaggcagccctataacaaggatgcttcaagtctttgtggctgctataagaaaatggaaggcacgtgtcccagaa 303  Q
     ||||  ||||| |||||||||||  |||| |||||| | || |||||||| ||||||| ||||||| || |  |||| |||||  || | |||||||||    
T  39177744 tccattgtataggcacaaattgccctcaggaagccctttgactaggatgctccaagtctatgtggctacttttcgaaagtggaaatcatgcgtcccagaa 39177645  T
Q  304 gataaaaaggagctccatgagctgagtatggaagagtatacatgtaatggtagaaccagaattgatc 370  Q
    |||  ||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||| | ||||| || |||| |||||||||||    
T  39177644 gatccaaaagagctgcatgagttgagtatggaagattatgcttgtaaggggagaaacagaattgatc 39177578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 624 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 39177471 - 39177261
Alignment:
Q  624 tctctgcttgcagcttccttgacaaagcggctataaagaccggacaaaaatcaacatggatgctttgtacagtaacacaaattgaggaaactaagcaaat 723  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||    
T  39177471 tctctacttgtagtttccttgacaaagcagctataaagaccggccaaacgtcgccatggatgctttgtacagtgacacaagttgaggaaaccaaacaaat 39177372  T
Q  724 gacaaaactggttcctatttcgattttcacaattattccaagcaccttgggaatgcacattttcacactcttcgttaaacaaggcatgacactggacaac 823  Q
    ||||||| || ||||||||  ||||   |||||||| |||||||| |||   || ||      |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||     
T  39177371 gacaaaaatgattcctattctgattacaacaattatgccaagcacattgatgattcaatcgaccacactcttcattaaacaaggcatcacactagacaag 39177272  T
Q  824 aaaatgggacc 834  Q
    | |||||||||    
T  39177271 agaatgggacc 39177261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 639 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 39257166 - 39256998
Alignment:
Q  639 tccttgacaaagcggctataaagaccggacaaaaatcaacatggatgctttgtacagtaacacaaattgaggaaactaagcaaatgacaaaactggttcc 738  Q
    ||||||||||||| ||| |||  || || ||||  ||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||  |||||| | ||    
T  39257166 tccttgacaaagcagctgtaacaactggccaaacttcatcatggatgctatgtacagtgacacaagttgaggaaaccaagcaaatgattaaactgatacc 39257067  T
Q  739 tatttcgattttcacaattattccaagcaccttgggaatgcacattttcacactcttcgttaaacaagg 807  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||    |||||||||||| ||||||||||    
T  39257066 tattttgattataacaattattccaagcaccatggtaatgcaatcattcacactcttcattaaacaagg 39256998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 4 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 39224024 - 39223686
Alignment:
Q  4 gaccaatttgatgactttgatcccaaagagaaacccgataagttgtccttcttcaattggtggttttttagcattttgattggtgtcctttttgctacca 103  Q
    ||||||||||| || || || || |||||||   || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||  | | ||    
T  39224024 gaccaatttgacgagttcgagcctaaagagaggacctataagctttccttcttcaattggtggttttttagcattttccttggtacccttttctccaaca 39223925  T
Q  104 ctttcttggtttacatacaagacaatattggttgggaacttggatatggccttccaaccattggccttgcattttcaatattggtgtttttattaggaac 203  Q
    ||||| |  | |||||||||||||   | ||||||    | |||||||||||||| |||  ||| |||||| ||||| ||||||||||| |  |||||||    
T  39223924 ctttcgtaatctacatacaagacagagtcggttggaccgtaggatatggccttcctaccgctgggcttgcagtttcagtattggtgtttctggtaggaac 39223825  T
Q  204 accatattatagacacaaattgcctccaggcagccctataacaaggatgcttcaagtctttgtggctgctataagaaaatggaaggcacgtgtcccagaa 303  Q
     ||||  || || || ||||||||  | |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||  ||| | || | || ||||||    
T  39223824 tccattgtacaggcataaattgccctccggcagccctataactagaatgctccaagtctttgtggcggctatgagaaaggggatgacaagggtaccagaa 39223725  T
Q  304 gataaaaaggagctccatgagctgagtatggaagagtat 342  Q
    |||  ||| ||||| |||||| | || || |||||||||    
T  39223724 gatccaaaagagctacatgagttaagaatagaagagtat 39223686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 628 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 39194251 - 39194131
Alignment:
Q  628 tgcttgcagcttccttgacaaagcggctataaagaccggacaaaaatcaacatggatgctttgtacagtaacacaaattgaggaaactaagcaaatgaca 727  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||| |||||| || ||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||    
T  39194251 tgcttgtagtttccttgacaaagcggctacaaagacaggccaaacttcaccatggatgctttgtacagtgacacaagttgaggaaaccaaacaaatgaca 39194152  T
Q  728 aaactggttcctatttcgatt 748  Q
    ||| || |||| |||| ||||    
T  39194151 aaaatgattccgattttgatt 39194131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 145 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 39194566 - 39194387
Alignment:
Q  145 ggatatggccttccaaccattggccttgcattttcaatattggtgtttttattaggaacaccatattatagacacaaattgcctccaggcagccctataa 244  Q
    |||||||||||||| ||   ||| |||||  ||||| |||| ||||||||  ||||||| ||||  ||||| || ||||||||  |||||||||||||||    
T  39194566 ggatatggccttcctacggctggacttgcggtttcagtattagtgtttttggtaggaactccattgtataggcataaattgccctcaggcagccctataa 39194467  T
Q  245 caaggatgcttcaagtctttgtggctgctataagaaaatggaaggcacgtgtcccagaagataaaaaggagctccatgag 324  Q
    | || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||| | |||| ||||||||||||  ||| ||||| ||||||    
T  39194466 ctagaatgctccaagtctttgtggcagctatgagaaagtggatgacacgggtcccagaagatccaaaagagctacatgag 39194387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 145 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 39216265 - 39216107
Alignment:
Q  145 ggatatggccttccaaccattggccttgcattttcaatattggtgtttttattaggaacaccatattatagacacaaattgcctccaggcagccctataa 244  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||  ||||| ||||||| ||| |  ||||||| ||||  ||||| || ||||||||  ||||||||||||| |    
T  39216265 ggatatggccttcctaccattggacttgcggtttcagtattggtatttctggtaggaactccattgtataggcataaattgccctcaggcagccctatga 39216166  T
Q  245 caaggatgcttcaagtctttgtggctgctataagaaaatggaaggcacgtgtcccagaa 303  Q
    | || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||| | |||| |||||||||    
T  39216165 ctagaatgctacaagtctttgtggcagctatgagaaagtggatgacacgggtcccagaa 39216107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 115 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 39245545 - 39245316
Alignment:
Q  115 tacatacaagacaatattggttgggaacttggatatggccttccaaccattggccttgcattttcaatattggtgtttttattaggaacaccatattata 214  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |  ||||| |||||  ||||||||||    ||||  ||||||| |||||||||||| || |||||||||  |||||    
T  39245545 tacatacaagacaatgttggttttgcccttggttatgggattccaaccatattgcttgttttttcaacattggtgtttttgtttggaacaccaatttata 39245446  T
Q  215 gacacaaattgcctccaggcagccctataacaaggatgcttcaagtctttgtggctgctataagaaaatggaaggcacgtgtcccagaagataaaaagga 314  Q
    |||| ||||||||| | || || ||| |||| || ||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||   |  ||||||| | ||| |||| ||    
T  39245445 gacataaattgccttctggaagtcctttaactagaatggttcaagtctttgttgctgctatgagaaagtggaaattaaatgtcccaaatgatcaaaaaga 39245346  T
Q  315 gctccatgagctgagtatggaagagtatac 344  Q
    ||| |||||| |||| || |||||||||||    
T  39245345 gctgcatgaggtgagcattgaagagtatac 39245316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 628 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 39215924 - 39215804
Alignment:
Q  628 tgcttgcagcttccttgacaaagcggctataaagaccggacaaaaatcaacatggatgctttgtacagtaacacaaattgaggaaactaagcaaatgaca 727  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||| |||||| || ||||  |||  |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||    
T  39215924 tgcttgtagtttccttgacaaagcggctacaaagacaggccaaacttcacaatggatgctttgtacagtgacacaagttgaggaaaccaaacaaatgaca 39215825  T
Q  728 aaactggttcctatttcgatt 748  Q
    ||| || |||| |||| ||||    
T  39215824 aaaatgattccgattttgatt 39215804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 628 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 39223541 - 39223421
Alignment:
Q  628 tgcttgcagcttccttgacaaagcggctataaagaccggacaaaaatcaacatggatgctttgtacagtaacacaaattgaggaaactaagcaaatgaca 727  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||  ||||| || ||||  ||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||    
T  39223541 tgcttgtagtttcctagacaaagcggctacgaagacaggccaaacttcaccgtggatgctttgtacagtgacacaagttgaggaaaccaaacaaatgaca 39223442  T
Q  728 aaactggttcctatttcgatt 748  Q
    ||| || | ||||||| ||||    
T  39223441 aaaatgatacctattttgatt 39223421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 630 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 39260427 - 39260327
Alignment:
Q  630 cttgcagcttccttgacaaagcggctataaagaccggacaaaaatcaacatggatgctttgtacagtaacacaaattgaggaaactaagcaaatgacaaa 729  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| | ||||| || ||||  ||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  39260427 cttgcagattccttgacaaagctgctgtgaagactggccaaacttcaccatggatgctttgtactgtgacacaaattgaagaaaccaaacaaatgacaaa 39260328  T
Q  730 a 730  Q
    |    
T  39260327 a 39260327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 638 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 39250931 - 39250839
Alignment:
Q  638 ttccttgacaaagcggctataaagaccggacaaaaatcaacatggatgctttgtacagtaacacaaattgaggaaactaagcaaatgacaaaa 730  Q
    |||||||||||||| ||  | |||||||  ||||  ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  39250931 ttccttgacaaagctgcagtgaagaccgaccaaacttcaccatggatgctttgtactgtgacacaaattgaggaaacaaaacaaatgacaaaa 39250839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 638 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 39244996 - 39244904
Alignment:
Q  638 ttccttgacaaagcggctataaagaccggacaaaaatcaacatggatgctttgtacagtaacacaaattgaggaaactaagcaaatgacaaaa 730  Q
    |||||||||||||| ||  | |||||||  ||||  ||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  39244996 ttccttgacaaagctgcagtgaagaccgaccaaacttcaccatggatgctttgcactgtgacacaaattgaggaaacaaaacaaatgacaaaa 39244904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University