View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3999_low_3 (Length: 724)

Name: NF3999_low_3
Description: NF3999
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3999_low_3
NF3999_low_3
[»] chr2 (27 HSPs)
chr2 (48-234)||(15590311-15590497)
chr2 (234-407)||(32599247-32599430)
chr2 (235-406)||(13696965-13697146)
chr2 (235-404)||(36272661-36272840)
chr2 (235-407)||(17823579-17823761)
chr2 (408-550)||(15590041-15590184)
chr2 (233-407)||(36709190-36709373)
chr2 (233-407)||(33555360-33555545)
chr2 (234-407)||(14242523-14242697)
chr2 (233-409)||(40095261-40095446)
chr2 (290-406)||(42061295-42061412)
chr2 (295-407)||(23860234-23860346)
chr2 (455-550)||(15652095-15652189)
chr2 (455-550)||(15641037-15641131)
chr2 (238-407)||(24475714-24475883)
chr2 (235-407)||(3121610-3121782)
chr2 (353-408)||(14945864-14945919)
chr2 (455-550)||(15621205-15621299)
chr2 (233-408)||(5562935-5563117)
chr2 (326-405)||(40216411-40216490)
chr2 (235-293)||(4434592-4434650)
chr2 (651-697)||(15589968-15590014)
chr2 (235-273)||(23860198-23860236)
chr2 (235-270)||(42061237-42061272)
chr2 (330-407)||(4434695-4434772)
chr2 (326-407)||(33299979-33300060)
chr2 (234-294)||(40216531-40216592)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (234-407)||(13988247-13988430)
chr5 (234-407)||(36890377-36890559)
chr5 (233-410)||(11247189-11247376)
chr5 (233-407)||(15285329-15285503)
chr5 (327-405)||(43100310-43100388)
chr5 (238-407)||(35905994-35906163)
chr5 (326-405)||(12248275-12248354)
chr5 (233-294)||(20151497-20151558)
chr5 (233-291)||(12248398-12248457)
chr5 (234-294)||(8076377-8076438)
chr5 (342-407)||(20151384-20151449)
chr5 (235-283)||(43100208-43100256)
chr5 (330-405)||(33687649-33687724)
[»] chr4 (28 HSPs)
chr4 (235-407)||(37605691-37605873)
chr4 (234-407)||(55281208-55281391)
chr4 (235-406)||(25164471-25164652)
chr4 (234-408)||(17044002-17044185)
chr4 (235-407)||(45995895-45996076)
chr4 (234-407)||(43749092-43749277)
chr4 (235-408)||(5817380-5817563)
chr4 (235-404)||(3287087-3287262)
chr4 (233-307)||(5208412-5208486)
chr4 (232-410)||(51579578-51579765)
chr4 (234-407)||(42179148-42179319)
chr4 (233-409)||(24059133-24059317)
chr4 (227-294)||(39631002-39631069)
chr4 (294-404)||(51579323-51579432)
chr4 (233-408)||(22364469-22364644)
chr4 (233-407)||(50498210-50498384)
chr4 (328-408)||(20107109-20107190)
chr4 (342-407)||(25784025-25784090)
chr4 (234-283)||(51293081-51293130)
chr4 (358-408)||(39631271-39631321)
chr4 (342-406)||(32290215-32290279)
chr4 (287-407)||(32525084-32525204)
chr4 (310-403)||(36851231-36851322)
chr4 (239-321)||(53456316-53456398)
chr4 (310-402)||(41277220-41277312)
chr4 (233-291)||(14149958-14150017)
chr4 (337-405)||(48525328-48525396)
chr4 (235-294)||(48525448-48525508)
[»] chr1 (26 HSPs)
chr1 (233-408)||(1994952-1995136)
chr1 (227-408)||(27325619-27325811)
chr1 (233-408)||(44797465-44797649)
chr1 (233-407)||(2402923-2403107)
chr1 (224-403)||(29637199-29637388)
chr1 (243-408)||(1673368-1673543)
chr1 (233-410)||(32267463-32267650)
chr1 (233-407)||(526907-527081)
chr1 (233-407)||(39858347-39858521)
chr1 (234-406)||(13276473-13276645)
chr1 (234-294)||(40030909-40030969)
chr1 (326-408)||(6487727-6487809)
chr1 (235-407)||(46845666-46845838)
chr1 (327-411)||(7178213-7178297)
chr1 (234-404)||(40314095-40314265)
chr1 (310-405)||(26040972-26041065)
chr1 (355-407)||(40030838-40030890)
chr1 (326-401)||(29731194-29731269)
chr1 (234-294)||(15066019-15066080)
chr1 (326-405)||(47571664-47571743)
chr1 (355-404)||(15225121-15225170)
chr1 (310-407)||(40294816-40294913)
chr1 (234-294)||(47571562-47571623)
chr1 (335-407)||(49430574-49430646)
chr1 (236-294)||(29731310-29731369)
chr1 (233-294)||(19989359-19989420)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (227-408)||(30922702-30922893)
chr7 (233-409)||(46576240-46576426)
chr7 (234-410)||(33496496-33496682)
chr7 (236-407)||(51938-52118)
chr7 (235-408)||(38754897-38755078)
chr7 (239-411)||(48460655-48460830)
chr7 (233-408)||(31741042-31741217)
chr7 (330-405)||(28713679-28713754)
chr7 (330-405)||(38349564-38349639)
chr7 (235-405)||(42974395-42974558)
chr7 (233-407)||(47480012-47480194)
chr7 (337-400)||(11752604-11752667)
chr7 (231-283)||(38349455-38349507)
chr7 (326-405)||(37536416-37536495)
chr7 (237-275)||(43659258-43659296)
chr7 (234-283)||(28713811-28713860)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (235-407)||(34792651-34792833)
chr6 (233-408)||(14313985-14314169)
chr6 (234-407)||(9045833-9046015)
chr6 (233-404)||(1244554-1244735)
chr6 (231-407)||(23915972-23916148)
chr6 (233-408)||(9521810-9522000)
chr6 (351-406)||(16717991-16718046)
chr6 (235-401)||(29429590-29429756)
chr6 (328-401)||(12748217-12748290)
chr6 (235-291)||(16718122-16718179)
chr6 (232-294)||(12748334-12748397)
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (233-406)||(43065903-43066085)
chr8 (234-407)||(14342186-14342371)
chr8 (234-410)||(1993638-1993825)
chr8 (233-294)||(4076767-4076828)
chr8 (326-407)||(4077062-4077143)
chr8 (326-405)||(11904855-11904934)
chr8 (246-407)||(2599531-2599692)
chr8 (326-408)||(28897994-28898076)
chr8 (326-399)||(8368472-8368545)
chr8 (326-408)||(45413639-45413721)
chr8 (326-402)||(41075698-41075774)
chr8 (326-407)||(10391406-10391487)
chr8 (326-402)||(31774729-31774805)
chr8 (342-405)||(12142083-12142146)
chr8 (287-406)||(27497174-27497291)
chr8 (232-294)||(35200678-35200741)
chr8 (326-404)||(35200559-35200637)
chr8 (291-408)||(45502661-45502778)
chr8 (235-283)||(11904987-11905035)
chr8 (226-283)||(31774861-31774917)
chr8 (287-360)||(5749091-5749162)
chr8 (327-373)||(10592010-10592056)
chr8 (336-402)||(16465723-16465789)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (235-404)||(38247801-38247979)
chr3 (235-407)||(50989203-50989385)
chr3 (235-407)||(51092335-51092517)
chr3 (233-407)||(9271110-9271296)
chr3 (237-406)||(12224006-12224184)
chr3 (235-408)||(48034808-48034992)
chr3 (228-410)||(8496703-8496896)
chr3 (286-403)||(33288136-33288253)
chr3 (302-406)||(23004757-23004859)
chr3 (287-399)||(54713532-54713644)
chr3 (297-407)||(8330665-8330774)
chr3 (356-407)||(29915090-29915141)
chr3 (356-407)||(29964243-29964294)
chr3 (330-405)||(36674624-36674699)
chr3 (234-294)||(23004877-23004938)
chr3 (234-294)||(46135647-46135708)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (235-407)||(10232-10413)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (233-402)||(3054-3231)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 135; Significance: 6e-70; HSPs: 27)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 48 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 15590497 - 15590311
Alignment:
Q  48 aatggaagaaattactatccaaaatagttgaagatggacccttaatagaggattttactaaaaattatatgggtaaattgtggatttaaaattactatcc 147  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || |||| |||||||||||||||    
T  15590497 aatggaaggaattactatccaaaatagttgaagatggatccttaatagaggattttactaaaaatgataagggtaagttatggaattaaaattactatcc 15590398  T
Q  148 aaaacagtcctttctattatagagtttaacaaaattaattacttttaagtgtctttcaattaatctgttccttacaatttaaaataa 234  Q
    ||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15590397 aaaacagacatttatattacagagtttaacaaaactaattacttttaagtgtttttcaattaatctgttccttacaatttaaaataa 15590311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 234 - 407
Target Start/End: Original strand, 32599247 - 32599430
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||| |    
T  32599247 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 32599346  T
Q  324 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32599347 agggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 32599430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 235 - 406
Target Start/End: Original strand, 13696965 - 13697146
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  13696965 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 13697064  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 406  Q
     | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13697065 ggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 13697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 235 - 404
Target Start/End: Original strand, 36272661 - 36272840
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  36272661 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgtg 36272760  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 404  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  36272761 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 235 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 17823761 - 17823579
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  17823761 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggg 17823662  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
     ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  17823661 gggaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactc 17823579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 408 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 15590184 - 15590041
Alignment:
Q  408 aaatggctaactaatcaataaacaaaaataaatatcaagcagagaaattccttaagaagaaagctaacaatttcctaggtatttgc-aaaagcaattgca 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  15590184 aaatggctaactaatcaataaacaaaaataagtatcaagcagagaaattccttatgaacaatgcaaacaatttcataggtatttgcaaaaaacaattgca 15590085  T
Q  507 ctgtaaacttggtagtaaactaaatacgatcaaatgaagggaag 550  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15590084 ctgtaaacttggtagtaaattaaatacgatcaaatgaagggaag 15590041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 233 - 407
Target Start/End: Original strand, 36709190 - 36709373
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||          ||||||||||||||| ||||||||||||     
T  36709190 aaggataatgtttcatgtacacatttttttccatacaaacattgtaccactccatatgagaatgtgtgacagacaatacatgtgag-ttttttgtgtgtg 36709288  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    || ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  36709289 gggggaccacaatgacatttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacataccacctaagatggtctatgtatcagtactc 36709373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 233 - 407
Target Start/End: Original strand, 33555360 - 33555545
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagcttttttgt-gtgt 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||| |||||| | ||||    
T  33555360 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttttttgtgt 33555459  T
Q  322 aggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
     || ||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||||||||||||    
T  33555460 ggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtgtgtaagtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactactc 33555545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 234 - 407
Target Start/End: Original strand, 14242523 - 14242697
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatg----------tgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  14242523 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtctgagaggcaatacatgtgagcttttttgtgtgt-g 14242621  T
Q  324 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    | | |        ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14242622 gggta--------acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactactc 14242697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 233 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 40095446 - 40095261
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatg----------tgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||          ||||||||||||||||| || ||||||||||||     
T  40095446 aaggataatgtttcatgtacaca-ttttttccatacatacactgtaccactctatgcgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttttgtgtgtg 40095348  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaa 409  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40095347 gggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactactcaa 40095261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 290 - 406
Target Start/End: Original strand, 42061295 - 42061412
Alignment:
Q  290 gagagacaatacatgtgagcttttt-tgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagtt 388  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||  |    
T  42061295 gagagacaatacatgtgagttttttgtgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagt 42061394  T
Q  389 ggtctatgtatcactact 406  Q
    | ||||||||||||||||    
T  42061395 gctctatgtatcactact 42061412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 23860234 - 23860346
Alignment:
Q  295 acaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtcta 394  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  23860234 acaataaatgtgagtttttttgtgtgtggggggatcacaagaacacttgtcaaaatagtgtgtgagtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtcta 23860333  T
Q  395 tgtatcactactc 407  Q
    |||||||||||||    
T  23860334 tgtatcactactc 23860346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 455 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 15652189 - 15652095
Alignment:
Q  455 ttccttaagaagaaagctaacaatttcctaggtatttgcaaaagcaattgcactgtaaacttggtagtaaactaaatacgatcaaatgaagggaag 550  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15652189 ttccttatgaacaaagctaacaatttcctgagtatttgcaaaaacaattgcactg-aaacttgggagtaaactaaatacgatcgaatgaagggaag 15652095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 455 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 15641131 - 15641037
Alignment:
Q  455 ttccttaagaagaaagctaacaatttcctaggtatttgcaaaagcaattgcactgtaaacttggtagtaaactaaatacgatcaaatgaagggaag 550  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  15641131 ttccttatgaacaaagctaacaatttcctgagtatttgcaaaaacaattgcactg-aaacttgggagtaaactcaatacgatcgaatgaagggaag 15641037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 238 - 407
Target Start/End: Original strand, 24475714 - 24475883
Alignment:
Q  238 taatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaagg 336  Q
    |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||| |||||||    || | ||||| ||| ||||||||  | |||| ||| ||    
T  24475714 taatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccacgtgagagtgtgtaaaagtgag-tttcttgtgtgtgtggggactacatgg 24475812  T
Q  337 acacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  24475813 acacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 24475883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 235 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 3121782 - 3121610
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccaca 333  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | ||||||||    
T  3121782 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtggggaccaca 3121684  T
Q  334 aggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
     |||||| ||||| |||| ||| || ||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  3121683 tggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 3121610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 353 - 408
Target Start/End: Original strand, 14945864 - 14945919
Alignment:
Q  353 tgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14945864 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 14945919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 455 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 15621299 - 15621205
Alignment:
Q  455 ttccttaagaagaaagctaacaatttcctaggtatttgcaaaagcaattgcactgtaaacttggtagtaaactaaatacgatcaaatgaagggaag 550  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||| || |||| ||||||||||||    
T  15621299 ttccttatgaacaaagctaacaatttcctgagtatttgcaaaaacaaatgcactg-aaacttgggagtaacctaagtaagatcgaatgaagggaag 15621205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 233 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 5563117 - 5562935
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag-------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggt 325  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||||       || ||| || |||| ||||||||||||  |     
T  5563117 aaggataatgttttatgtatacatttttttctatacacacattgtactatcctatgtgagagttatgagacgataaatatgagtttttttgtgtgtgtgg 5563018  T
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
     |||||||  ||||| |||||||||||| | ||  |||| || |||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  5563017 agaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactactca 5562935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 326 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 40216490 - 40216411
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||| ||| |||||||||    
T  40216490 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactac 40216411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 293
Target Start/End: Original strand, 4434592 - 4434650
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga 293  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  4434592 ggataatgtttcatgaacactattttttccatacacacattgtaccacctcatgtgaga 4434650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 651 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 15590014 - 15589968
Alignment:
Q  651 gtctttatcctaacctgacccacaaacaaatcctaaaagtcttgcac 697  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15590014 gtctttatcataacctgacccacaaacaaatccttaaagtcttgcac 15589968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 273
Target Start/End: Original strand, 23860198 - 23860236
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacaca 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23860198 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacaca 23860236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 235 - 270
Target Start/End: Original strand, 42061237 - 42061272
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacac 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42061237 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacac 42061272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 407
Target Start/End: Original strand, 4434695 - 4434772
Alignment:
Q  330 cacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |||| |||||| ||||| |||  |||||||  ||||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  4434695 cacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactactc 4434772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 326 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 33300060 - 33299979
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |||||||| | |||| ||||| |||| | | |||||||| || |||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  33300060 ggaccacatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcactactc 33299979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 234 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 40216592 - 40216531
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 294  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40216592 aggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagag 40216531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 234 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 13988430 - 13988247
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||  |||||||||||| |    
T  13988430 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 13988331  T
Q  324 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13988330 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 13988247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 234 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 36890559 - 36890377
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||||| |||||||||||| |    
T  36890559 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcgatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 36890460  T
Q  324 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36890459 g-ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 36890377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 233 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 11247376 - 11247189
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||||    
T  11247376 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgta 11247277  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 410  Q
    || ||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| || ||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  11247276 gggggatcacaaagacatttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactactcaaa 11247189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 233 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 15285503 - 15285329
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggacca 331  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | ||||||    
T  15285503 aaggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtggggacca 15285405  T
Q  332 caaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    || |||||| ||||| |||| ||| || ||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  15285404 catggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 15285329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 327 - 405
Target Start/End: Original strand, 43100310 - 43100388
Alignment:
Q  327 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  43100310 gaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactac 43100388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 238 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 35906163 - 35905994
Alignment:
Q  238 taatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagacaatacatgtgagcttttt-tgtgtgtaggtggaccacaag 335  Q
    |||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||||||||    || | ||||| || || ||||||||||  ||| ||| |    
T  35906163 taatgtttcatgaacacccttttctccatacatactatgtaccactctcatgtgagagtgtgtaaaagtgagtttcttgtgtgtgtagg--gactacatg 35906066  T
Q  336 gacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    ||||| ||||| |||| | | |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  35906065 gacacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 35905994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 326 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 12248354 - 12248275
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||| || | |||||||||||||    
T  12248354 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactac 12248275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 233 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 20151558 - 20151497
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag 294  Q
    ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  20151558 aaggataatatttcatgtacacctttttttccatacatacattataccaccccatgtgagag 20151497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 233 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 12248457 - 12248398
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtga 291  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||    
T  12248457 aaggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtga 12248398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 234 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 8076438 - 8076377
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 294  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  8076438 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacatacattgtaccacttccatgtgagag 8076377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 20151449 - 20151384
Alignment:
Q  342 tgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||| || | ||||||  |||||||||||||| |||||    
T  20151449 tgtcataattatgtgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatcattactc 20151384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 235 - 283
Target Start/End: Original strand, 43100208 - 43100256
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact 283  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  43100208 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccact 43100256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 330 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 33687724 - 33687649
Alignment:
Q  330 cacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| | ||| ||||||||||||| || ||||||||| || | |||||||||||||    
T  33687724 cacatggacacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 33687649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 120; Significance: 5e-61; HSPs: 28)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 235 - 407
Target Start/End: Original strand, 37605691 - 37605873
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  37605691 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 37605790  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37605791 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 37605873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 234 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 55281391 - 55281208
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||  |||||||||||| |    
T  55281391 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 55281292  T
Q  324 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  55281291 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 55281208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 235 - 406
Target Start/End: Original strand, 25164471 - 25164652
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  25164471 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgga 25164570  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 406  Q
     | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25164571 ggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 25164652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 234 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 17044185 - 17044002
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||| ||  |||||||||||| |    
T  17044185 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttttgtgtgtgg 17044086  T
Q  324 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17044085 g-gaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 17044002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 235 - 407
Target Start/End: Original strand, 45995895 - 45996076
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  45995895 ggataatgtttcatgtacacatttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggg 45995994  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
     | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45995995 ag-accacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 45996076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 234 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 43749277 - 43749092
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||          |||||| ||||||||||||||||||||      
T  43749277 aggataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccactccatgtaagagtgtgtgagggacaatatatgtgagcttttttgtgtgtgt 43749178  T
Q  324 gt--ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43749177 ggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 43749092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 235 - 408
Target Start/End: Original strand, 5817380 - 5817563
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtga----------gagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |          ||||||||| || |||| ||||| ||||||  |    
T  5817380 ggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtaccaccccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttggtgtgtgtg 5817479  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
     |||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5817480 gggaccacatggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 5817563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 235 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 3287262 - 3287087
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacactttttt-ccatacacacattgtaccactccatgtgagag------aca-atacatgtgagcttttttgtgtgtaggtg 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      | | ||| ||  ||| |||||| ||||| |       
T  3287262 ggataatgtttcatgtacacactttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagata-atacgagttttttt-tgtgtggaga 3287165  T
Q  327 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 404  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  3287164 gaccacaaggactcttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 233 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 5208486 - 5208412
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagacaatacatgtga 307  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5208486 aaggataatgttttatgtacacactttttttcatacacatattgtaccactccatgtgagagacaatacatgtga 5208412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 232 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 51579765 - 51579578
Alignment:
Q  232 taaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgt 321  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||          |||||| ||||||| |||||||| |||    
T  51579765 taaggataatgttttatgtaaacactttctttcatacacacattgtaccaccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtgagtttttttgtatgt 51579666  T
Q  322 aggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 410  Q
      | | | |||| |||||| ||||| |||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51579665 gtgggaatcacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactactcaaa 51579578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 234 - 407
Target Start/End: Original strand, 42179148 - 42179319
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 332  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||| |  |  | ||||| ||||||||||||  | |||||||    
T  42179148 aggataatgtttcatgaacatcctttttttcatacacactatgtaccactcctatgtgagagtc--tgaaagtgag-ttttttgtgtgtgtggggaccac 42179244  T
Q  333 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    | |||||| ||||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  42179245 atggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 42179319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 233 - 409
Target Start/End: Original strand, 24059133 - 24059317
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcca----------tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||          ||| |||||||||| |||  |  ||||||||||||     
T  24059133 aaggataatgttttatgtacacactttcttccatacacacattgtaccaccccatgtaagagtgtgtaagagacaataaatgatattttttttgtgtgt- 24059231  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaa 409  Q
     | | |||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||| || ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24059232 -gggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactcaa 24059317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 227 - 294
Target Start/End: Original strand, 39631002 - 39631069
Alignment:
Q  227 taaaataaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag 294  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  39631002 taaaaaaaggataatgtttcatgtacatacttttttccatatacacattgtaccactctatgtgagag 39631069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 294 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 51579432 - 51579323
Alignment:
Q  294 gacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtct 393  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| |||  | | |||||| |||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  51579432 gacaataaatgtgag-ttttttgtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct 51579334  T
Q  394 atgtatcacta 404  Q
    |||||||||||    
T  51579333 atgtatcacta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 233 - 408
Target Start/End: Original strand, 22364469 - 22364644
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggacca 331  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |   ||||||||||| |||||||||   ||| | ||||| ||| ||||||||  | ||||||    
T  22364469 aaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacatattatgtaccactcccatgtgagagtgtataaaagtgag-tttcttgtgtgttaggggacca 22364567  T
Q  332 caaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    || |||||| | ||| |||| | | |||||||| |||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  22364568 catggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcactactca 22364644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 233 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 50498384 - 50498210
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggacca 331  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||| ||  | ||||||||| || ||||||    |  ||||||| ||| ||||||||  | ||||||    
T  50498384 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtgtgtggggacca 50498286  T
Q  332 caaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    || |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||    
T  50498285 catggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcactactc 50498210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 328 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 20107190 - 20107109
Alignment:
Q  328 accacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggg-tgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    |||||| |||||| ||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20107190 accacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 20107109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 342 - 407
Target Start/End: Original strand, 25784025 - 25784090
Alignment:
Q  342 tgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25784025 tgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcactactc 25784090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 234 - 283
Target Start/End: Original strand, 51293081 - 51293130
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51293081 aggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccact 51293130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 358 - 408
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631321
Alignment:
Q  358 gggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 39631321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 342 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 32290279 - 32290215
Alignment:
Q  342 tgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 406  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32290279 tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 32290215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 287 - 407
Target Start/End: Original strand, 32525084 - 32525204
Alignment:
Q  287 tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaag 386  Q
    ||||||||| |||| |||  || |||| |||||||  ||||| ||||  ||||| | ||| |||| ||||||| |||| |||||||| || |||||||||    
T  32525084 tgtgagagataataaatgacagtttttgtgtgtgtgtgtggaacacatagacacatatcacaattgtgtgtggatgtataagtggtatatgccacctaag 32525183  T
Q  387 ttggtctatgtatcactactc 407  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  32525184 atggtctatgtatcactactc 32525204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 310 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 36851322 - 36851231
Alignment:
Q  310 ttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcact 403  Q
    ||||||||||||  | |||| ||| |||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||    
T  36851322 ttttttgtgtgt--gaggactacatggacacatgtcacaatcatgcgtgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcact 36851231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 239 - 321
Target Start/End: Original strand, 53456316 - 53456398
Alignment:
Q  239 aatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgt 321  Q
    ||||||||||| | || ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||  ||||||||||||    
T  53456316 aatgtttcatgaaaacccttttttccgtgcacacattgtaccacaccatgtgagagacataaaatgtgattttttttgtgtgt 53456398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 310 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 41277312 - 41277220
Alignment:
Q  310 ttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcac 402  Q
    ||||||||||||  | |||||||| | |||| ||||| |||| | |||||||||||| |||||||||  |||||||| || ||||||||||||    
T  41277312 ttttttgtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcac 41277220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 233 - 291
Target Start/End: Original strand, 14149958 - 14150017
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtga 291  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||    
T  14149958 aaggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtga 14150017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 337 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 48525396 - 48525328
Alignment:
Q  337 acacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    |||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||  |||| |||||||||||||    
T  48525396 acacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 48525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 235 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 48525508 - 48525448
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 294  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48525508 ggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagag 48525448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 26)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 233 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 1995136 - 1994952
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| ||||||||||||     
T  1995136 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgt- 1995038  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1995037 ggaggaccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 1994952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 227 - 408
Target Start/End: Original strand, 27325619 - 27325811
Alignment:
Q  227 taaaataaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg-----------agagacaatacatgtgagctttttt 315  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||  ||||||    
T  27325619 taaaattaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgacttttttt 27325718  T
Q  316 gtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    |||||| || | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27325719 gtgtgtgggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 27325811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 233 - 408
Target Start/End: Original strand, 44797465 - 44797649
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||          |||||||||||||| |||||||||| |     
T  44797465 aaggataatgtttcatgtacacacttttttctatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtttg 44797564  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44797565 gg-ggaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 44797649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 233 - 407
Target Start/End: Original strand, 2402923 - 2403107
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||          ||||||||||||||| |||||| |||||     
T  2402923 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccattccatgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgtg 2403022  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    || |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2403023 gggggaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactactc 2403107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 224 - 403
Target Start/End: Original strand, 29637199 - 29637388
Alignment:
Q  224 atttaaaataaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagctttt 313  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||          |||||||||| |||| ||||    
T  29637199 atttaaaagaaagataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccaccacatatgagagtgtgagagagacaatacatatgagttttt 29637298  T
Q  314 ttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcact 403  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  29637299 ttgtgtgtgggaggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 243 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 1673543 - 1673368
Alignment:
Q  243 tttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgt----------gagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||          |||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | |||||    
T  1673543 tttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccatttcatgtaagagtgtatgagagacaatacatatgagtttttttgtatgtaggggaaccac 1673444  T
Q  333 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1673443 aaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 1673368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 233 - 410
Target Start/End: Original strand, 32267463 - 32267650
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagaga----------caatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||           ||||||||||||| |||||||| |||     
T  32267463 aaggataatatttcatgtacacacttttttccatacacacattgtactactccatgtgagagtgtgtgagagccaatacatgtgagtttttttgtatgtg 32267562  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 410  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  32267563 gaaggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactactcaaa 32267650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 233 - 407
Target Start/End: Original strand, 526907 - 527081
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggacca 331  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | ||||||    
T  526907 aaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtggggacca 527005  T
Q  332 caaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    || |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  527006 catggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 527081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 233 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 39858521 - 39858347
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggacca 331  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| || |||||||   |  | ||||| ||| ||||||||  | ||||||    
T  39858521 aaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatatgagagagtgtgaaagtgag-tttcttgtgtgtgtggggacca 39858423  T
Q  332 caaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    || |||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39858422 catggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39858347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 234 - 406
Target Start/End: Original strand, 13276473 - 13276645
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 332  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  | ||||| ||| ||||||||  | | |||||    
T  13276473 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgag-tttcttgtgtgtgtgggtaccac 13276571  T
Q  333 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 406  Q
    | |||||| ||||| |||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13276572 atggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactact 13276645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 234 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 40030969 - 40030909
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40030969 aggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagag 40030909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 326 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 6487809 - 6487727
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6487809 ggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactactca 6487727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 235 - 407
Target Start/End: Original strand, 46845666 - 46845838
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccaca 333  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||   ||||||||||| |||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | ||||||||    
T  46845666 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacattatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtggggaccaca 46845764  T
Q  334 aggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
     |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  46845765 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 46845838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 327 - 411
Target Start/End: Original strand, 7178213 - 7178297
Alignment:
Q  327 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaat 411  Q
    |||||||  ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  7178213 gaccacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactacccaaat 7178297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 234 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 40314265 - 40314095
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 332  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||  | ||||||||| || ||||||    |  ||||||| ||||||||||||  | |||||||    
T  40314265 aggataatgtttcatgaacaccattttttccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgag-ttttttgtgtgtgtggggaccac 40314167  T
Q  333 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 404  Q
    | |||||| ||||| |||| ||| ||| |||| || |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  40314166 atggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcacta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 310 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 26041065 - 26040972
Alignment:
Q  310 ttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    |||||||||||| ||  ||||||  |||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||    
T  26041065 ttttttgtgtgtggg--gaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactac 26040972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 355 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 40030890 - 40030838
Alignment:
Q  355 tgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  40030890 tgtgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactactc 40030838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 326 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 29731269 - 29731194
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatca 401  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||| |||||||||    
T  29731269 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 234 - 294
Target Start/End: Original strand, 15066019 - 15066080
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagag 294  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||    
T  15066019 aggataatgtttcatgaacactcttttttccatacatacaatgtaccactctcatgtgagag 15066080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 326 - 405
Target Start/End: Original strand, 47571664 - 47571743
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||  |||||||| |||| ||| |||||||||    
T  47571664 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactac 47571743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 355 - 404
Target Start/End: Original strand, 15225121 - 15225170
Alignment:
Q  355 tgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 404  Q
    |||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  15225121 tgtgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 310 - 407
Target Start/End: Original strand, 40294816 - 40294913
Alignment:
Q  310 ttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    ||||||||||||  | ||||||||  || || ||||| |||| ||| | |||| ||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  40294816 ttttttgtgtgtgtgaggaccacatagatacatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactactc 40294913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 234 - 294
Target Start/End: Original strand, 47571562 - 47571623
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 294  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47571562 aggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagag 47571623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 335 - 407
Target Start/End: Original strand, 49430574 - 49430646
Alignment:
Q  335 ggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |||||| ||||| |||| ||| | | |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  49430574 ggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaccactc 49430646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 29731369 - 29731310
Alignment:
Q  236 gataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 294  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  29731369 gataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtatcacttccatgtgagag 29731310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 233 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 19989420 - 19989359
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagag 294  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19989420 aaggataatgtttcatagacactcttttctc-atacacacattgtaccactctcatgtgagag 19989359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 117; Significance: 3e-59; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 227 - 408
Target Start/End: Original strand, 30922702 - 30922893
Alignment:
Q  227 taaaataaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||| |||||||    
T  30922702 taaaataaggataatgtttcatgtacatacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttg 30922801  T
Q  317 tgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  30922802 tgtgtggggggactacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgaatgtacatgtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcactactca 30922893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 233 - 409
Target Start/End: Original strand, 46576240 - 46576426
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||  ||||||||||||     
T  46576240 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 46576339  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaa 409  Q
    || | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46576340 ggggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaa 46576426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 234 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 33496682 - 33496496
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||||| |||| |||||||||||| |    
T  33496682 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtgg 33496583  T
Q  324 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 410  Q
    | ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  33496582 ggggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctactcaaa 33496496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 236 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 52118 - 51938
Alignment:
Q  236 gataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcca----------tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggt 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||          || |||||| ||||||| |||| |||||| ||||| |      
T  52118 gataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactacatatgagagtgtgagagagataatacatatgag-ttttttttgtgtggaa 52020  T
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| | | | | ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52019 ggaccacaaggatacttgttaaaattgtatatagatgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 235 - 408
Target Start/End: Original strand, 38754897 - 38755078
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||          |||||| ||||||| |||||||||||| ||    
T  38754897 ggataatatttcatgtacacctttttttccatacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttttgtgtgtggg 38754996  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
      || |||| |||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  38754997 --gatcacatggacacatgtcataattatgtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactca 38755078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 239 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 48460830 - 48460655
Alignment:
Q  239 aatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtgga 328  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||          |||||||    ||| ||| |||||||   | |||    
T  48460830 aatgttttatgtacacacttttttccacacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatac----gagttttattgtgtg---gggga 48460738  T
Q  329 ccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaat 411  Q
     || ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48460737 tcataaggacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaat 48460655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 233 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 31741217 - 31741042
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggacca 331  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  | ||||| ||| ||||||||  | ||| ||    
T  31741217 aaggataatgtttcatgaacatccttttttctatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgag-tttcttgtgtgtgtggggagca 31741119  T
Q  332 caaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    ||  ||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  31741118 catagacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactca 31741042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 28713754 - 28713679
Alignment:
Q  330 cacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  28713754 cacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 28713679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 405
Target Start/End: Original strand, 38349564 - 38349639
Alignment:
Q  330 cacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  38349564 cacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactac 38349639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 235 - 405
Target Start/End: Original strand, 42974395 - 42974558
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccaca 333  Q
    ||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||        |||||| ||||||||||||  | |||||| |    
T  42974395 ggataatgtttcatgaacacctttgtttccatacacacattgtac-actcccatgtaagagtg------tgtgag-ttttttgtgtgtgtggggaccata 42974486  T
Q  334 aggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
     | |||| ||||| |||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  42974487 tgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 42974558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 233 - 407
Target Start/End: Original strand, 47480012 - 47480194
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgt 321  Q
    ||||| ||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||          |||||| |||| || ||||||||||||    
T  47480012 aaggacaatctttaatgtatacactttcttccatacacacattgtaccacccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagtttttttgtgtgt 47480111  T
Q  322 aggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
     ||   |||| | |||||| ||||| |||| | | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  47480112 ggga--accatatggacacatgtcacaattgtat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 47480194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 337 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 11752667 - 11752604
Alignment:
Q  337 acacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatc 400  Q
    |||| ||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  11752667 acacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 231 - 283
Target Start/End: Original strand, 38349455 - 38349507
Alignment:
Q  231 ataaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact 283  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||  || |||||||||||||||||||    
T  38349455 ataaggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccact 38349507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 326 - 405
Target Start/End: Original strand, 37536416 - 37536495
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    ||||| || |||||| ||||| |||||| |||||||||||| ||| || || ||||||||| || | |||||||||||||    
T  37536416 ggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacatgtgatatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 37536495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 237 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 43659296 - 43659258
Alignment:
Q  237 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacatt 275  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  43659296 ataatgtttcatgaacacccttttttccatacacacatt 43659258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 234 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 28713860 - 28713811
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact 283  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||| |||||||||||    
T  28713860 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacatattgtaccact 28713811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 235 - 407
Target Start/End: Original strand, 34792651 - 34792833
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  34792651 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttgtgtgtgtaga 34792750  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34792751 gagaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 34792833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 233 - 408
Target Start/End: Original strand, 14313985 - 14314169
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||          |||||||||||||||||  ||||||||||||     
T  14313985 aaggataatgtttcatgtacacacttttt-ccatacacacattgtaccactttatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 14314083  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14314084 ggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 14314169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 234 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 9046015 - 9045833
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||| || |||| ||||||| |    
T  9046015 aggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttgtgtgtgt-g 9045917  T
Q  324 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9045916 gaggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 9045833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 233 - 404
Target Start/End: Original strand, 1244554 - 1244735
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||          ||||||||||||||| ||||||||||||     
T  1244554 aaggataatgtttcatgtacacattttttttcatacacacattgtactacttcatatgagagtgttcgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg 1244653  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 404  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||    
T  1244654 gggggaccacaaggacacttgccaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 231 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 23916148 - 23915972
Alignment:
Q  231 ataaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggac 329  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | ||||    
T  23916148 ataaggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtggggac 23916050  T
Q  330 cacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  23916049 cacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactactc 23915972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 233 - 408
Target Start/End: Original strand, 9521810 - 9522000
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtga----------gagacaatacatgtgagcttttt-tgtgtgt 321  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |          ||||||||| || |||| ||||| |||||||    
T  9521810 aaggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtaccatcccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttgtgtgtgt 9521909  T
Q  322 aggtgg--accacaaggacacttgtcaaaattatgtg--tgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    | ||||  | |||| | | |  ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||    
T  9521910 atgtggggatcacatgaatatatgtcacaattatgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactactca 9522000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 351 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 16718046 - 16717991
Alignment:
Q  351 tatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 406  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  16718046 tatgtgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 16717991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 235 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 29429756 - 29429590
Alignment:
Q  235 ggataatgttt-catgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 332  Q
    ||||||||||| |||  |||| ||||| ||| |||| | |||||||||| || |||||||||  |  | ||||||| ||||||||||| ||| ||||||     
T  29429756 ggataatgttttcataaacacccttttctccgtacatatattgtaccacctctatgtgagagttataaaatgtgagattttttgtgtg-agg-ggaccat 29429659  T
Q  333 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatca 401  Q
      |||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| |||||||    
T  29429658 gtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 328 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 12748290 - 12748217
Alignment:
Q  328 accacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatca 401  Q
    |||||| |||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||  |||| |||||||||    
T  12748290 accacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 16718179 - 16718122
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtga 291  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||    
T  16718179 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtga 16718122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 232 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 12748397 - 12748334
Alignment:
Q  232 taaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 294  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12748397 taaggataatgtttcataaacacccttttctttatacacacattgtaccacttccatgtgagag 12748334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 233 - 406
Target Start/End: Original strand, 43065903 - 43066085
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||          |||||||||||||| ||||||||||||     
T  43065903 aaggataatgttttatgtacacatttttttccatacatacattgtaccattccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg 43066002  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 406  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43066003 gg-ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 43066085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 234 - 407
Target Start/End: Original strand, 14342186 - 14342371
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagctttttt-gtgtgta 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||  |||||| |||| |     
T  14342186 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgaattttttttgtgtatg 14342285  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaa-ttatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    || |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14342286 gggggaccacaaggacacttgtcaaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14342371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 234 - 410
Target Start/End: Original strand, 1993638 - 1993825
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttg-tgtgta 322  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||          |||||||||||||| ||||||  |||||     
T  1993638 aggataatgtttcgtgtacacactttttttcatacacacattgtaccatttcatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagttttttttatgtgtg 1993737  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 410  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1993738 gggagaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaa 1993825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 233 - 294
Target Start/End: Original strand, 4076767 - 4076828
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  4076767 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacatattgtaccactctatgtgagag 4076828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 326 - 407
Target Start/End: Original strand, 4077062 - 4077143
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |||||||||| |||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  4077062 ggaccacaagaacacttatcaaagttgtgtgtgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactactc 4077143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 326 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 11904934 - 11904855
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  11904934 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 11904855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 246 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 2599692 - 2599531
Alignment:
Q  246 catgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgt 344  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | |||||||| | |||| |||    
T  2599692 catgaacaccctttttttcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtggggaccacatgaacacatgt 2599594  T
Q  345 caaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    || |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2599593 cacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 2599531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 326 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 28898076 - 28897994
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28898076 ggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 28897994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 326 - 399
Target Start/End: Original strand, 8368472 - 8368545
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtat 399  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  8368472 ggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 326 - 408
Target Start/End: Original strand, 45413639 - 45413721
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
    |||||| | |||||| ||||| |||| ||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45413639 ggaccatatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 45413721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 326 - 402
Target Start/End: Original strand, 41075698 - 41075774
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcac 402  Q
    |||||||| | |||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  41075698 ggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 41075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 326 - 407
Target Start/End: Original strand, 10391406 - 10391487
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||| |||| ||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  10391406 ggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatgccacctaagatgatctatgtatcattactc 10391487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 326 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 31774805 - 31774729
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcac 402  Q
    |||||||| | |||| ||||| |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  31774805 ggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 31774729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 342 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 12142146 - 12142083
Alignment:
Q  342 tgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  12142146 tgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 12142083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 287 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 27497291 - 27497174
Alignment:
Q  287 tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaag 386  Q
    |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |   |||||| | |||| ||||  |||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||||     
T  27497291 tgtgtgagacaatatatgtgag-ttttttgtgtgtatggaaaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaa 27497193  T
Q  387 ttggtctatgtatcactact 406  Q
     |||||| ||||||||||||    
T  27497192 gtggtct-tgtatcactact 27497174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 232 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 35200741 - 35200678
Alignment:
Q  232 taaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 294  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35200741 taaggataatgtttgatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagag 35200678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 326 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 35200637 - 35200559
Alignment:
Q  326 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 404  Q
    ||||| || |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||  || || ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  35200637 ggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 291 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 45502778 - 45502661
Alignment:
Q  291 agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttgg 390  Q
    |||| ||||| || |||| |||||| |||||| |  ||||||| |||||| ||||| |||| | | ||  ||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  45502778 agaggcaataaatatgagtttttttttgtgtatggagaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatgtacaagtggtacataccacttaaggtgg 45502679  T
Q  391 tctatgtatcactactca 408  Q
    | ||||||| || |||||    
T  45502678 tttatgtataaccactca 45502661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 235 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 11905035 - 11904987
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact 283  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  11905035 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccact 11904987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 226 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 31774917 - 31774861
Alignment:
Q  226 ttaaaataaggataatgtttcatgtacacacttttttc-catacacacattgtaccact 283  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  31774917 ttaaaataaggataatgtttc--gtagacactattttctcatacacacattgtaccact 31774861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 287 - 360
Target Start/End: Original strand, 5749091 - 5749162
Alignment:
Q  287 tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggg 360  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  | ||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  5749091 tgtgagagacaataaatgtaagtttttttgtgtgt--ggggatcacatggacacatgtcataattatgtgtggg 5749162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 327 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 10592056 - 10592010
Alignment:
Q  327 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggta 373  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  10592056 gaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggta 10592010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 336 - 402
Target Start/End: Original strand, 16465723 - 16465789
Alignment:
Q  336 gacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcac 402  Q
    ||||| ||||| |||| | ||||||| |||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||    
T  16465723 gacacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 235 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 38247979 - 38247801
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  38247979 ggataatgtttcatgtacacacttttt-ccatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 38247881  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 404  Q
     | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  38247880 ggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 235 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 50989385 - 50989203
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||          |||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  50989385 ggataatgtttcatgtacacatttttttttatacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagg 50989286  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  50989285 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 50989203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 235 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 51092517 - 51092335
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||          |||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  51092517 ggataatgtttcatgtacacatttttttttatacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagg 51092418  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51092417 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51092335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 233 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 9271296 - 9271110
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||| ||||          |||||||||||||| ||||||||||||     
T  9271296 aaggataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccacttcatgtaagagtgtgtgagggacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg 9271197  T
Q  323 ggt--ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
     |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9271196 tggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 9271110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 237 - 406
Target Start/End: Original strand, 12224006 - 12224184
Alignment:
Q  237 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcca----------tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtg 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||          |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  | |    
T  12224006 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacac-ttgtaccacttcaggtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttcttgtgtgtgaggg 12224104  T
Q  327 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  12224105 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 12224184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 235 - 408
Target Start/End: Original strand, 48034808 - 48034992
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||          ||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  48034808 ggataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtgtgtggg 48034907  T
Q  325 tgg-accacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 408  Q
     || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  48034908 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactca 48034992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 228 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 8496896 - 8496703
Alignment:
Q  228 aaaataaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagc--tttttt 315  Q
    |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||||| ||||   ||||||    
T  8496896 aaaagaagaataatgtttcatgcacacactttttttcatacacacattctaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatatgagtattttttt 8496797  T
Q  316 gtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 410  Q
    | |||| || ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  8496796 gcgtgtggg-ggaccacaaagacacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaatactcaaa 8496703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 286 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 33288253 - 33288136
Alignment:
Q  286 atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaa 385  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||  ||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33288253 atgtgagagacaataaatgtgagtttttttgtgtgtgtgaggaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaa 33288154  T
Q  386 gttggtctatgtatcact 403  Q
    | ||||||||||||||||    
T  33288153 ggtggtctatgtatcact 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 302 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 23004859 - 23004757
Alignment:
Q  302 atgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatca 401  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||  ||||||| | | || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  23004859 atgtgagtttttatgtgtgtggg--gaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 23004762  T
Q  402 ctact 406  Q
    |||||    
T  23004761 ctact 23004757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 287 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 54713644 - 54713532
Alignment:
Q  287 tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaag 386  Q
    |||||||||||||| || |||| | |||||| |||  | |||  ||| |||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||     
T  54713644 tgtgagagacaataaatatgagttcttttgtatgtgtggggattacatggacacatgtcataattatgtgtggatgttcaagtggtacatgccacctaac 54713545  T
Q  387 ttggtctatgtat 399  Q
     ||||||||||||    
T  54713544 gtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 297 - 407
Target Start/End: Original strand, 8330665 - 8330774
Alignment:
Q  297 aatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatg 396  Q
    |||| ||||||| |||||||||  || | |||||||| |||||  | ||| |||| ||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  8330665 aataaatgtgag-ttttttgtgcatatggggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatg 8330763  T
Q  397 tatcactactc 407  Q
    |||||||||||    
T  8330764 tatcactactc 8330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 356 - 407
Target Start/End: Original strand, 29915090 - 29915141
Alignment:
Q  356 gtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |||||||||||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  29915090 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29915141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 356 - 407
Target Start/End: Original strand, 29964243 - 29964294
Alignment:
Q  356 gtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
    |||||||||||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  29964243 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29964294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 330 - 405
Target Start/End: Original strand, 36674624 - 36674699
Alignment:
Q  330 cacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 405  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||  |||||||| |||| |||||||||||||    
T  36674624 cacatggacacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactac 36674699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 234 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 23004938 - 23004877
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 294  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  || ||||| ||||||||||||    
T  23004938 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgcaccacttccatgtgagag 23004877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 234 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 46135708 - 46135647
Alignment:
Q  234 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagag 294  Q
    |||||||||||||||| |||   |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  46135708 aggataatgtttcatgaacatcattttctccatacacacattgtaccacccctatgtgagag 46135647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 235 - 407
Target Start/End: Original strand, 10232 - 10413
Alignment:
Q  235 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgt----------gagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 324  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  10232 ggataatgtttcatgtacgcacttttt-ccatacacacattgtaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgag 10330  T
Q  325 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 407  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  10331 aggaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgaatatacaagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtattactactc 10413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 71; Significance: 9e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 233 - 402
Target Start/End: Original strand, 3054 - 3231
Alignment:
Q  233 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatg----------tgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgta 322  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||| |||  ||||||||||| |    
T  3054 aaggataatgtttcatatacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtatgagagacaatacatatgaatttttttgtgtg-a 3152  T
Q  323 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtc-tatgtatcac 402  Q
    |  |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||    
T  3153 g--ggactacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcatctaagatggtcttatgtatcac 3231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University