View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3999_low_4 (Length: 681)

Name: NF3999_low_4
Description: NF3999
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3999_low_4
NF3999_low_4
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (18-191)||(35255835-35256006)
chr7 (191-366)||(46576241-46576426)
chr7 (191-365)||(30922709-30922893)
chr7 (190-367)||(33496496-33496683)
chr7 (193-364)||(51938-52118)
chr7 (244-365)||(38754959-38755078)
chr7 (196-368)||(48460655-48460830)
chr7 (191-365)||(31741042-31741216)
chr7 (192-362)||(42974395-42974558)
chr7 (287-362)||(28713679-28713754)
chr7 (287-362)||(38349564-38349639)
chr7 (248-364)||(47480081-47480194)
chr7 (294-357)||(11752604-11752667)
chr7 (190-240)||(28713811-28713861)
chr7 (194-232)||(43659258-43659296)
chr7 (191-240)||(38349458-38349507)
chr7 (283-362)||(37536416-37536495)
chr7 (194-240)||(37536317-37536363)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (188-364)||(13988247-13988433)
chr5 (190-364)||(36890377-36890560)
chr5 (191-367)||(11247189-11247375)
chr5 (191-364)||(15285329-15285502)
chr5 (284-362)||(43100310-43100388)
chr5 (195-364)||(35905994-35906163)
chr5 (283-362)||(12248275-12248354)
chr5 (191-248)||(12248398-12248456)
chr5 (191-251)||(8076377-8076438)
chr5 (192-240)||(43100208-43100256)
chr5 (299-364)||(20151384-20151449)
chr5 (191-251)||(20151497-20151557)
chr5 (192-251)||(1447748-1447806)
chr5 (287-362)||(33687649-33687724)
[»] chr2 (28 HSPs)
chr2 (188-364)||(32599244-32599430)
chr2 (187-363)||(13696960-13697146)
chr2 (187-361)||(36272656-36272840)
chr2 (365-507)||(15590041-15590184)
chr2 (192-364)||(17823579-17823761)
chr2 (191-364)||(36709191-36709373)
chr2 (185-364)||(14242517-14242697)
chr2 (191-364)||(33555361-33555545)
chr2 (191-366)||(40095261-40095445)
chr2 (247-363)||(42061295-42061412)
chr2 (252-364)||(23860234-23860346)
chr2 (412-507)||(15652095-15652189)
chr2 (412-507)||(15641037-15641131)
chr2 (195-364)||(24475714-24475883)
chr2 (192-364)||(3121610-3121782)
chr2 (310-365)||(14945864-14945919)
chr2 (412-507)||(15621205-15621299)
chr2 (192-250)||(4434592-4434650)
chr2 (188-251)||(40216531-40216595)
chr2 (187-364)||(33299979-33300158)
chr2 (272-362)||(40216411-40216499)
chr2 (608-654)||(15589968-15590014)
chr2 (191-365)||(5562935-5563116)
chr2 (192-230)||(23860198-23860236)
chr2 (287-364)||(4434695-4434772)
chr2 (192-227)||(42061237-42061272)
chr2 (191-251)||(14945735-14945796)
chr2 (244-364)||(25333144-25333264)
[»] chr4 (32 HSPs)
chr4 (192-364)||(37605691-37605873)
chr4 (190-364)||(55281208-55281392)
chr4 (190-365)||(17044002-17044186)
chr4 (192-363)||(25164471-25164652)
chr4 (192-364)||(45995895-45996076)
chr4 (188-364)||(43749092-43749280)
chr4 (192-365)||(5817380-5817563)
chr4 (187-364)||(42179144-42179319)
chr4 (192-361)||(3287087-3287262)
chr4 (183-367)||(51579578-51579771)
chr4 (191-264)||(5208412-5208485)
chr4 (191-365)||(22364470-22364644)
chr4 (191-366)||(24059134-24059317)
chr4 (191-364)||(50498210-50498383)
chr4 (251-361)||(51579323-51579432)
chr4 (285-365)||(20107109-20107190)
chr4 (299-364)||(25784025-25784090)
chr4 (191-251)||(39631009-39631069)
chr4 (315-365)||(39631271-39631321)
chr4 (190-240)||(51293080-51293130)
chr4 (196-278)||(53456316-53456398)
chr4 (196-363)||(32290215-32290377)
chr4 (244-364)||(32525084-32525204)
chr4 (191-248)||(14149959-14150017)
chr4 (267-360)||(36851231-36851322)
chr4 (267-359)||(41277220-41277312)
chr4 (192-251)||(48525448-48525508)
chr4 (294-362)||(48525328-48525396)
chr4 (191-229)||(20107233-20107271)
chr4 (191-251)||(25783908-25783968)
chr4 (192-271)||(40309282-40309362)
chr4 (192-271)||(40328823-40328903)
[»] chr1 (29 HSPs)
chr1 (191-365)||(1994952-1995135)
chr1 (189-365)||(27325624-27325811)
chr1 (191-365)||(44797466-44797649)
chr1 (191-364)||(2402924-2403107)
chr1 (193-360)||(29637211-29637388)
chr1 (200-365)||(1673368-1673543)
chr1 (191-367)||(32267464-32267650)
chr1 (191-364)||(526908-527081)
chr1 (187-363)||(13276469-13276645)
chr1 (191-364)||(39858347-39858520)
chr1 (186-251)||(40030909-40030974)
chr1 (187-364)||(46845661-46845838)
chr1 (283-365)||(6487727-6487809)
chr1 (189-361)||(40314095-40314267)
chr1 (284-368)||(7178213-7178297)
chr1 (190-251)||(15066018-15066080)
chr1 (267-362)||(26040972-26041065)
chr1 (312-364)||(40030838-40030890)
chr1 (188-251)||(47571559-47571623)
chr1 (283-358)||(29731194-29731269)
chr1 (193-251)||(29731310-29731369)
chr1 (272-362)||(47571655-47571743)
chr1 (312-361)||(15225121-15225170)
chr1 (267-364)||(40294816-40294913)
chr1 (292-364)||(49430574-49430646)
chr1 (191-242)||(49430483-49430534)
chr1 (191-251)||(19989359-19989419)
chr1 (204-252)||(26041092-26041141)
chr1 (193-248)||(48489574-48489630)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (192-364)||(34792651-34792833)
chr6 (190-364)||(9045833-9046016)
chr6 (191-365)||(14313986-14314169)
chr6 (191-361)||(1244555-1244735)
chr6 (191-364)||(23915972-23916145)
chr6 (192-358)||(29429590-29429756)
chr6 (310-365)||(9521945-9522000)
chr6 (308-363)||(16717991-16718046)
chr6 (192-248)||(16718122-16718179)
chr6 (285-358)||(12748217-12748290)
chr6 (191-251)||(12748334-12748395)
chr6 (191-238)||(9521811-9521858)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (192-361)||(38247801-38247979)
chr3 (192-364)||(50989203-50989385)
chr3 (192-364)||(51092335-51092517)
chr3 (188-363)||(12224000-12224184)
chr3 (191-364)||(9271110-9271295)
chr3 (187-365)||(48034803-48034992)
chr3 (194-367)||(8496703-8496887)
chr3 (243-360)||(33288136-33288253)
chr3 (185-363)||(23004757-23004944)
chr3 (244-356)||(54713532-54713644)
chr3 (254-364)||(8330665-8330774)
chr3 (313-364)||(29915090-29915141)
chr3 (313-364)||(29964243-29964294)
chr3 (287-362)||(36674624-36674699)
chr3 (189-251)||(46135647-46135710)
chr3 (192-240)||(36674519-36674567)
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (190-364)||(14342185-14342371)
chr8 (191-363)||(43065904-43066085)
chr8 (189-367)||(1993636-1993825)
chr8 (203-364)||(2599531-2599692)
chr8 (192-365)||(28897994-28898167)
chr8 (283-364)||(4077062-4077143)
chr8 (191-251)||(4076768-4076828)
chr8 (283-362)||(11904855-11904934)
chr8 (283-356)||(8368472-8368545)
chr8 (283-365)||(45413639-45413721)
chr8 (283-359)||(41075698-41075774)
chr8 (283-364)||(10391406-10391487)
chr8 (191-251)||(35200678-35200739)
chr8 (192-240)||(11904987-11905035)
chr8 (283-359)||(31774729-31774805)
chr8 (299-362)||(12142083-12142146)
chr8 (244-363)||(27497174-27497291)
chr8 (283-361)||(35200559-35200637)
chr8 (248-365)||(45502661-45502778)
chr8 (244-317)||(5749091-5749162)
chr8 (284-330)||(10592010-10592056)
chr8 (293-359)||(16465723-16465789)
chr8 (299-363)||(44081068-44081132)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (192-364)||(10232-10413)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (191-359)||(3055-3231)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 159; Significance: 3e-84; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 35256006 - 35255835
Alignment:
Q  18 gttacaagagatgcacaaattgtgtcaaaattttgacagctgtcagttataaattaagttggagatgttgtccttaatttggtgtatataccatattagt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  35256006 gttacaagagatgcacaaattgtgtcaaaattttgacagctgtcagttataaattaagttggagatgttgtccttaatttggtg--tataccatattagt 35255909  T
Q  118 tggttataataattcatgaaaatatgtgtatttttatgataattttttaaattgaattgaccttgaaaatttta 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35255908 tggttataataattcatgaaaatatgtgtatttttatgataattttttaaattgaattaaccttgaaaatttta 35255835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 191 - 366
Target Start/End: Original strand, 46576241 - 46576426
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||  |||||||||||| |    
T  46576241 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 46576340  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaa 366  Q
    | | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46576341 gggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaa 46576426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 191 - 365
Target Start/End: Original strand, 30922709 - 30922893
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  30922709 aggataatgtttcatgtacatacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 30922808  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  30922809 ggggactacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgaatgtacatgtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcactactca 30922893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 190 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 33496683 - 33496496
Alignment:
Q  190 taggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgta 279  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||||| |||| ||||||||||||     
T  33496683 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtg 33496584  T
Q  280 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 367  Q
    || ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  33496583 gggggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctactcaaa 33496496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 193 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 52118 - 51938
Alignment:
Q  193 gataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcca----------tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggt 282  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||          || |||||| ||||||| |||| |||||| ||||| |      
T  52118 gataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactacatatgagagtgtgagagagataatacatatgag-ttttttttgtgtggaa 52020  T
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| | | | | ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52019 ggaccacaaggatacttgttaaaattgtatatagatgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 244 - 365
Target Start/End: Original strand, 38754959 - 38755078
Alignment:
Q  244 tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaag 343  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||  || |||| |||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  38754959 tgtgagagacaataaatgtgagtttttttgtgtgtggg--gatcacatggacacatgtcataattatgtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaag 38755056  T
Q  344 ttggtctatgtatcactactca 365  Q
     |||||||||||||| ||||||    
T  38755057 gtggtctatgtatcattactca 38755078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 196 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 48460830 - 48460655
Alignment:
Q  196 aatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtgga 285  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||          |||||||    ||| ||| |||||||   | |||    
T  48460830 aatgttttatgtacacacttttttccacacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatac----gagttttattgtgtg---gggga 48460738  T
Q  286 ccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaat 368  Q
     || ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48460737 tcataaggacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaat 48460655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 191 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 31741216 - 31741042
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 289  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  | ||||| ||| ||||||||  | ||| |||    
T  31741216 aggataatgtttcatgaacatccttttttctatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgag-tttcttgtgtgtgtggggagcac 31741118  T
Q  290 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    |  ||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  31741117 atagacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactca 31741042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 192 - 362
Target Start/End: Original strand, 42974395 - 42974558
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccaca 290  Q
    ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||        |||||| ||||||||||||  | |||||| |    
T  42974395 ggataatgtttcatgaacacctttgtttccatacacacattgtac-actcccatgtaagagtg------tgtgag-ttttttgtgtgtgtggggaccata 42974486  T
Q  291 aggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
     | |||| ||||| |||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  42974487 tgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 42974558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 287 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 28713754 - 28713679
Alignment:
Q  287 cacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  28713754 cacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 28713679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 287 - 362
Target Start/End: Original strand, 38349564 - 38349639
Alignment:
Q  287 cacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  38349564 cacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactac 38349639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 248 - 364
Target Start/End: Original strand, 47480081 - 47480194
Alignment:
Q  248 agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttgg 347  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||| ||   |||| | |||||| ||||| |||| | | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  47480081 agagacaataaatgtaagtttttttgtgtgtggga--accatatggacacatgtcacaattgtat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtgg 47480177  T
Q  348 tctatgtatcactactc 364  Q
    ||||||||||| |||||    
T  47480178 tctatgtatcattactc 47480194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 294 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 11752667 - 11752604
Alignment:
Q  294 acacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatc 357  Q
    |||| ||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  11752667 acacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 28713861 - 28713811
Alignment:
Q  190 taggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccact 240  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||||||||    
T  28713861 taggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacatattgtaccact 28713811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 194 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 43659296 - 43659258
Alignment:
Q  194 ataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacatt 232  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43659296 ataatgtttcatgaacacccttttttccatacacacatt 43659258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 240
Target Start/End: Original strand, 38349458 - 38349507
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccact 240  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||    
T  38349458 aggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccact 38349507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 362
Target Start/End: Original strand, 37536416 - 37536495
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    ||||| || |||||| ||||| |||||| |||||||||||| ||| || || ||||||||| || | |||||||||||||    
T  37536416 ggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacatgtgatatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 37536495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 194 - 240
Target Start/End: Original strand, 37536317 - 37536363
Alignment:
Q  194 ataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccact 240  Q
    ||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||    
T  37536317 ataatgtttcatgaacaccattttctctatacacacattgtaccact 37536363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 120; Significance: 5e-61; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 188 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 13988433 - 13988247
Alignment:
Q  188 tttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtg 277  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||  |||||||||||    
T  13988433 tttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtg 13988334  T
Q  278 taggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13988333 tggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 13988247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 190 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 36890560 - 36890377
Alignment:
Q  190 taggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgta 279  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||||| ||||||||||||     
T  36890560 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcgatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg 36890461  T
Q  280 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36890460 gg-ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 36890377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 191 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 11247375 - 11247189
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11247375 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtag 11247276  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 367  Q
    | ||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| || ||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  11247275 ggggatcacaaagacatttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactactcaaa 11247189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 191 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 15285502 - 15285329
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 289  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | |||||||    
T  15285502 aggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtggggaccac 15285404  T
Q  290 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    | |||||| ||||| |||| ||| || ||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  15285403 atggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 15285329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 284 - 362
Target Start/End: Original strand, 43100310 - 43100388
Alignment:
Q  284 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  43100310 gaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactac 43100388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 195 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 35906163 - 35905994
Alignment:
Q  195 taatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagacaatacatgtgagcttttt-tgtgtgtaggtggaccacaag 292  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||||||||    || | ||||| || || ||||||||||  ||| ||| |    
T  35906163 taatgtttcatgaacacccttttctccatacatactatgtaccactctcatgtgagagtgtgtaaaagtgagtttcttgtgtgtgtagg--gactacatg 35906066  T
Q  293 gacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    ||||| ||||| |||| | | |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  35906065 gacacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 35905994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 283 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 12248354 - 12248275
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||| || | |||||||||||||    
T  12248354 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactac 12248275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 12248456 - 12248398
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtga 248  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||    
T  12248456 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtga 12248398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 191 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 8076438 - 8076377
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 251  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  8076438 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacatacattgtaccacttccatgtgagag 8076377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 192 - 240
Target Start/End: Original strand, 43100208 - 43100256
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccact 240  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  43100208 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccact 43100256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 299 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 20151449 - 20151384
Alignment:
Q  299 tgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||| || | ||||||  |||||||||||||| |||||    
T  20151449 tgtcataattatgtgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatcattactc 20151384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 191 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 20151557 - 20151497
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag 251  Q
    |||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  20151557 aggataatatttcatgtacacctttttttccatacatacattataccaccccatgtgagag 20151497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 192 - 251
Target Start/End: Original strand, 1447748 - 1447806
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag 251  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  | |||||||||    
T  1447748 ggataatgtttcatgaacac-cttttttctatacacacgttgtaccatccaatgtgagag 1447806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 287 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 33687724 - 33687649
Alignment:
Q  287 cacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| | ||| ||||||||||||| || ||||||||| || | |||||||||||||    
T  33687724 cacatggacacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 33687649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 120; Significance: 5e-61; HSPs: 28)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 188 - 364
Target Start/End: Original strand, 32599244 - 32599430
Alignment:
Q  188 tttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtg 277  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||    
T  32599244 tttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttttgtgtg 32599343  T
Q  278 taggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32599344 tggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 32599430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 187 - 363
Target Start/End: Original strand, 13696960 - 13697146
Alignment:
Q  187 ttttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgt 276  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  13696960 tttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgt 13697059  T
Q  277 gtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 363  Q
    || || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13697060 gtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 13697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 187 - 361
Target Start/End: Original strand, 36272656 - 36272840
Alignment:
Q  187 ttttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgt 276  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| ||||||||||    
T  36272656 tttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtgt 36272755  T
Q  277 gtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 361  Q
    ||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  36272756 gtgtggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 365 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 15590184 - 15590041
Alignment:
Q  365 aaatggctaactaatcaataaacaaaaataaatatcaagcagagaaattccttaagaagaaagctaacaatttcctaggtatttgc-aaaagcaattgca 463  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  15590184 aaatggctaactaatcaataaacaaaaataagtatcaagcagagaaattccttatgaacaatgcaaacaatttcataggtatttgcaaaaaacaattgca 15590085  T
Q  464 ctgtaaacttggtagtaaactaaatacgatcaaatgaagggaag 507  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15590084 ctgtaaacttggtagtaaattaaatacgatcaaatgaagggaag 15590041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 192 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 17823761 - 17823579
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 281  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  17823761 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggg 17823662  T
Q  282 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
     ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  17823661 gggaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactc 17823579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 191 - 364
Target Start/End: Original strand, 36709191 - 36709373
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||          ||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  36709191 aggataatgtttcatgtacacatttttttccatacaaacattgtaccactccatatgagaatgtgtgacagacaatacatgtgag-ttttttgtgtgtgg 36709289  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    | ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  36709290 ggggaccacaatgacatttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacataccacctaagatggtctatgtatcagtactc 36709373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 185 - 364
Target Start/End: Original strand, 14242517 - 14242697
Alignment:
Q  185 aattttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatg----------tgagagacaatacatgtgagcttttttgt 274  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14242517 aattttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtctgagaggcaatacatgtgagcttttttgt 14242616  T
Q  275 gtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |||| || | |        ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14242617 gtgt-ggggta--------acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactactc 14242697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 191 - 364
Target Start/End: Original strand, 33555361 - 33555545
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagcttttttgt-gtgta 279  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||| |||||| | ||||     
T  33555361 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttttttgtgtg 33555460  T
Q  280 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||||||||||||    
T  33555461 gggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtgtgtaagtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactactc 33555545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 191 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 40095445 - 40095261
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatg----------tgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||          ||||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  40095445 aggataatgtttcatgtacaca-ttttttccatacatacactgtaccactctatgcgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttttgtgtgtgg 40095347  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaa 366  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40095346 ggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactactcaa 40095261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 247 - 363
Target Start/End: Original strand, 42061295 - 42061412
Alignment:
Q  247 gagagacaatacatgtgagcttttt-tgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagtt 345  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||  |    
T  42061295 gagagacaatacatgtgagttttttgtgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagt 42061394  T
Q  346 ggtctatgtatcactact 363  Q
    | ||||||||||||||||    
T  42061395 gctctatgtatcactact 42061412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 252 - 364
Target Start/End: Original strand, 23860234 - 23860346
Alignment:
Q  252 acaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtcta 351  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  23860234 acaataaatgtgagtttttttgtgtgtggggggatcacaagaacacttgtcaaaatagtgtgtgagtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtcta 23860333  T
Q  352 tgtatcactactc 364  Q
    |||||||||||||    
T  23860334 tgtatcactactc 23860346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 412 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 15652189 - 15652095
Alignment:
Q  412 ttccttaagaagaaagctaacaatttcctaggtatttgcaaaagcaattgcactgtaaacttggtagtaaactaaatacgatcaaatgaagggaag 507  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15652189 ttccttatgaacaaagctaacaatttcctgagtatttgcaaaaacaattgcactg-aaacttgggagtaaactaaatacgatcgaatgaagggaag 15652095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 412 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 15641131 - 15641037
Alignment:
Q  412 ttccttaagaagaaagctaacaatttcctaggtatttgcaaaagcaattgcactgtaaacttggtagtaaactaaatacgatcaaatgaagggaag 507  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  15641131 ttccttatgaacaaagctaacaatttcctgagtatttgcaaaaacaattgcactg-aaacttgggagtaaactcaatacgatcgaatgaagggaag 15641037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 195 - 364
Target Start/End: Original strand, 24475714 - 24475883
Alignment:
Q  195 taatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaagg 293  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||| |||||||    || | ||||| ||| ||||||||  | |||| ||| ||    
T  24475714 taatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccacgtgagagtgtgtaaaagtgag-tttcttgtgtgtgtggggactacatgg 24475812  T
Q  294 acacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  24475813 acacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 24475883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 192 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 3121782 - 3121610
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccaca 290  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | ||||||||    
T  3121782 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtggggaccaca 3121684  T
Q  291 aggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
     |||||| ||||| |||| ||| || ||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  3121683 tggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 3121610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 310 - 365
Target Start/End: Original strand, 14945864 - 14945919
Alignment:
Q  310 tgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14945864 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 14945919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 15621299 - 15621205
Alignment:
Q  412 ttccttaagaagaaagctaacaatttcctaggtatttgcaaaagcaattgcactgtaaacttggtagtaaactaaatacgatcaaatgaagggaag 507  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||| || |||| ||||||||||||    
T  15621299 ttccttatgaacaaagctaacaatttcctgagtatttgcaaaaacaaatgcactg-aaacttgggagtaacctaagtaagatcgaatgaagggaag 15621205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 250
Target Start/End: Original strand, 4434592 - 4434650
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga 250  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  4434592 ggataatgtttcatgaacactattttttccatacacacattgtaccacctcatgtgaga 4434650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 188 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 40216595 - 40216531
Alignment:
Q  188 tttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 251  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40216595 tttaggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagag 40216531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 33300158 - 33299979
Alignment:
Q  187 ttttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttt-tgtgtgtaggtgg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | || | |||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  | ||||| || || |||||||  | ||    
T  33300158 ttttaggataatgtttcatgaacaccgtattcttcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtgtgggg 33300059  T
Q  285 accacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |||||| | |||| ||||| |||| | | |||||||| || |||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  33300058 accacatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcactactc 33299979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 272 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 40216499 - 40216411
Alignment:
Q  272 tgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||| ||| |||||||||    
T  40216499 tgtgtgtagg--gaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactac 40216411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 608 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 15590014 - 15589968
Alignment:
Q  608 gtctttatcctaacctgacccacaaacaaatcctaaaagtcttgcac 654  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15590014 gtctttatcataacctgacccacaaacaaatccttaaagtcttgcac 15589968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 191 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 5563116 - 5562935
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag-------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtg 283  Q
    |||||||||||| ||| | ||| ||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||||       || ||| || |||| ||||||||||||  |      
T  5563116 aggataatgttttatgtatacatttttttctatacacacattgtactatcctatgtgagagttatgagacgataaatatgagtttttttgtgtgtgtgga 5563017  T
Q  284 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||| | ||  |||| || |||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  5563016 gaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactactca 5562935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 192 - 230
Target Start/End: Original strand, 23860198 - 23860236
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacaca 230  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23860198 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacaca 23860236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 287 - 364
Target Start/End: Original strand, 4434695 - 4434772
Alignment:
Q  287 cacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |||| |||||| ||||| |||  |||||||  ||||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  4434695 cacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactactc 4434772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 192 - 227
Target Start/End: Original strand, 42061237 - 42061272
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacac 227  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42061237 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacac 42061272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 251
Target Start/End: Original strand, 14945735 - 14945796
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagag 251  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||   ||||||||||| |||||||||    
T  14945735 aggataatgtttcatgaacacccttttcttcatacacattatgtaccactcctatgtgagag 14945796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25333264 - 25333144
Alignment:
Q  244 tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaag 343  Q
    |||| ||| ||||| ||||||| |||||| |||||  | ||| |||| | |||| ||||| || | ||||| | |||||||||||||||| | | | |||    
T  25333264 tgtgtgaggcaataaatgtgagtttttttttgtgtgtgaggatcacatgaacacatgtcacaaatgtgtgttgatgtacaagtggtacatgcgatccaag 25333165  T
Q  344 ttggtctatgtatcactactc 364  Q
     |||||||||||| |||||||    
T  25333164 gtggtctatgtataactactc 25333144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 32)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 192 - 364
Target Start/End: Original strand, 37605691 - 37605873
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 281  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  37605691 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 37605790  T
Q  282 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37605791 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 37605873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 190 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 55281392 - 55281208
Alignment:
Q  190 taggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagcttttttgtgtgta 279  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||  ||||||||||||     
T  55281392 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 55281293  T
Q  280 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  55281292 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 55281208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 190 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 17044186 - 17044002
Alignment:
Q  190 taggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgta 279  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||| ||  ||||||||||||     
T  17044186 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttttgtgtgtg 17044087  T
Q  280 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17044086 gg-gaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 17044002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 192 - 363
Target Start/End: Original strand, 25164471 - 25164652
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 281  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  25164471 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgga 25164570  T
Q  282 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 363  Q
     | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25164571 ggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 25164652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 192 - 364
Target Start/End: Original strand, 45995895 - 45996076
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 281  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  45995895 ggataatgtttcatgtacacatttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggg 45995994  T
Q  282 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
     | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45995995 ag-accacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 45996076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 188 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 43749280 - 43749092
Alignment:
Q  188 tttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtg 277  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||          |||||| |||||||||||||||||||    
T  43749280 tttaggataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccactccatgtaagagtgtgtgagggacaatatatgtgagcttttttgtgtg 43749181  T
Q  278 taggt--ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43749180 tgtggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 43749092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 192 - 365
Target Start/End: Original strand, 5817380 - 5817563
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtga----------gagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 281  Q
    ||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |          ||||||||| || |||| ||||| ||||||  |    
T  5817380 ggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtaccaccccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttggtgtgtgtg 5817479  T
Q  282 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
     |||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5817480 gggaccacatggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 5817563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 187 - 364
Target Start/End: Original strand, 42179144 - 42179319
Alignment:
Q  187 ttttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtgga 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||| |  |  | ||||| ||||||||||||  | |||    
T  42179144 ttttaggataatgtttcatgaacatcctttttttcatacacactatgtaccactcctatgtgagagtc--tgaaagtgag-ttttttgtgtgtgtgggga 42179240  T
Q  286 ccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    ||||| |||||| ||||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  42179241 ccacatggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 42179319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 192 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 3287262 - 3287087
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacactttttt-ccatacacacattgtaccactccatgtgagag------aca-atacatgtgagcttttttgtgtgtaggtg 283  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      | | ||| ||  ||| |||||| ||||| |       
T  3287262 ggataatgtttcatgtacacactttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagata-atacgagttttttt-tgtgtggaga 3287165  T
Q  284 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 361  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  3287164 gaccacaaggactcttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 183 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 51579771 - 51579578
Alignment:
Q  183 aaaattttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagctttttt 272  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| | ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||          |||||| ||||||| ||||||    
T  51579771 aaaatttaaggataatgttttatgtaaacactttctttcatacacacattgtaccaccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtgagttttttt 51579672  T
Q  273 gtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 367  Q
    || |||  | | | |||| |||||| ||||| |||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51579671 gtatgtgtgggaatcacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactactcaaa 51579578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 191 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 5208485 - 5208412
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagacaatacatgtga 264  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5208485 aggataatgttttatgtacacactttttttcatacacatattgtaccactccatgtgagagacaatacatgtga 5208412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 191 - 365
Target Start/End: Original strand, 22364470 - 22364644
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 289  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |   ||||||||||| |||||||||   ||| | ||||| ||| ||||||||  | |||||||    
T  22364470 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacatattatgtaccactcccatgtgagagtgtataaaagtgag-tttcttgtgtgttaggggaccac 22364568  T
Q  290 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    | |||||| | ||| |||| | | |||||||| |||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  22364569 atggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcactactca 22364644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 191 - 366
Target Start/End: Original strand, 24059134 - 24059317
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||          |||||| |||  |  |||||||||||| |    
T  24059134 aggataatgttttatgtacacactttcttccatacacacattgtaccaccccatgtaagagtgtgtaagagacaataaatgatattttttttgtgtgtgg 24059233  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaa 366  Q
    |   |||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||| || ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24059234 ga--accacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactcaa 24059317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 191 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 50498383 - 50498210
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 289  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||  | ||||||||| || ||||||    |  ||||||| ||| ||||||||  | |||||||    
T  50498383 aggataatgtttcatgaacaccattttctccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtgtgtggggaccac 50498285  T
Q  290 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    | |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||    
T  50498284 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcactactc 50498210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 251 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 51579432 - 51579323
Alignment:
Q  251 gacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtct 350  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| |||  | | |||||| |||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  51579432 gacaataaatgtgag-ttttttgtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct 51579334  T
Q  351 atgtatcacta 361  Q
    |||||||||||    
T  51579333 atgtatcacta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 285 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 20107190 - 20107109
Alignment:
Q  285 accacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggg-tgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    |||||| |||||| ||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20107190 accacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 20107109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 299 - 364
Target Start/End: Original strand, 25784025 - 25784090
Alignment:
Q  299 tgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25784025 tgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcactactc 25784090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 191 - 251
Target Start/End: Original strand, 39631009 - 39631069
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag 251  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  39631009 aggataatgtttcatgtacatacttttttccatatacacattgtaccactctatgtgagag 39631069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 315 - 365
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631321
Alignment:
Q  315 gggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 39631321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 190 - 240
Target Start/End: Original strand, 51293080 - 51293130
Alignment:
Q  190 taggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccact 240  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51293080 taggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccact 51293130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 196 - 278
Target Start/End: Original strand, 53456316 - 53456398
Alignment:
Q  196 aatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgt 278  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||  ||||||||||||    
T  53456316 aatgtttcatgaaaacccttttttccgtgcacacattgtaccacaccatgtgagagacataaaatgtgattttttttgtgtgt 53456398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 196 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 32290377 - 32290215
Alignment:
Q  196 aatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaagga 294  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  ||||||||| |||||||||||   ||  | ||||  ||| ||||||||  | |||||||| ||     
T  32290377 aatgtttcatgaacactcttttctccatacatactatgtaccactcccatgtgagagtgtatgaaagtga-atttcttgtgtgtgtgaggaccacatgg- 32290280  T
Q  295 cacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 363  Q
        ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32290279 ----tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 32290215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 244 - 364
Target Start/End: Original strand, 32525084 - 32525204
Alignment:
Q  244 tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaag 343  Q
    ||||||||| |||| |||  || |||| |||||||  ||||| ||||  ||||| | ||| |||| ||||||| |||| |||||||| || |||||||||    
T  32525084 tgtgagagataataaatgacagtttttgtgtgtgtgtgtggaacacatagacacatatcacaattgtgtgtggatgtataagtggtatatgccacctaag 32525183  T
Q  344 ttggtctatgtatcactactc 364  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  32525184 atggtctatgtatcactactc 32525204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 248
Target Start/End: Original strand, 14149959 - 14150017
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtga 248  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||    
T  14149959 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtga 14150017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 36851322 - 36851231
Alignment:
Q  267 ttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcact 360  Q
    ||||||||||||  | |||| ||| |||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||    
T  36851322 ttttttgtgtgt--gaggactacatggacacatgtcacaatcatgcgtgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcact 36851231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 41277312 - 41277220
Alignment:
Q  267 ttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcac 359  Q
    ||||||||||||  | |||||||| | |||| ||||| |||| | |||||||||||| |||||||||  |||||||| || ||||||||||||    
T  41277312 ttttttgtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcac 41277220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 192 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 48525508 - 48525448
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 251  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48525508 ggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagag 48525448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 294 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 48525396 - 48525328
Alignment:
Q  294 acacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    |||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||  |||| |||||||||||||    
T  48525396 acacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 48525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 191 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 20107271 - 20107233
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacac 229  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  20107271 aggataatgtttcatgaacaccctttttttcatacacac 20107233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 251
Target Start/End: Original strand, 25783908 - 25783968
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag 251  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||| ||||||||  | |||||||||    
T  25783908 aggataatgtttcatgaacatctttttttctatacacacgttgtaccatcctatgtgagag 25783968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 271
Target Start/End: Original strand, 40309282 - 40309362
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtacca-ctccatgtgagagacaatacatgtgagcttttt 271  Q
    ||||||||||||||  | || ||||| | |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| ||| ||| |||||    
T  40309282 ggataatgtttcatagatacccttttcttcatacacacattgtaccatccccatgtgaaagacaataaatgcgagtttttt 40309362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 271
Target Start/End: Original strand, 40328823 - 40328903
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtacca-ctccatgtgagagacaatacatgtgagcttttt 271  Q
    ||||||||||||||  | || ||||| | |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| ||| ||| |||||    
T  40328823 ggataatgtttcatagatacccttttcttcatacacacattgtaccatccccatgtgaaagacaataaatgcgagtttttt 40328903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 29)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 191 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 1995135 - 1994952
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||| |    
T  1995135 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgt-g 1995037  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1995036 gaggaccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 1994952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 189 - 365
Target Start/End: Original strand, 27325624 - 27325811
Alignment:
Q  189 ttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg-----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgtg 277  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  27325624 ttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtg 27325723  T
Q  278 taggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    | || | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27325724 tgggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 27325811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 191 - 365
Target Start/End: Original strand, 44797466 - 44797649
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||          |||||||||||||| |||||||||| | |    
T  44797466 aggataatgtttcatgtacacacttttttctatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtttgg 44797565  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44797566 g-ggaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 44797649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 191 - 364
Target Start/End: Original strand, 2402924 - 2403107
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||          ||||||||||||||| |||||| ||||| |    
T  2402924 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccattccatgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgtgg 2403023  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    | |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2403024 ggggaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactactc 2403107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 193 - 360
Target Start/End: Original strand, 29637211 - 29637388
Alignment:
Q  193 gataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggt 282  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||          |||||||||| |||| |||||||||||| ||     
T  29637211 gataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccaccacatatgagagtgtgagagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtggga 29637310  T
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcact 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  29637311 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 200 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 1673543 - 1673368
Alignment:
Q  200 tttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgt----------gagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 289  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||          |||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | |||||    
T  1673543 tttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccatttcatgtaagagtgtatgagagacaatacatatgagtttttttgtatgtaggggaaccac 1673444  T
Q  290 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1673443 aaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 1673368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 191 - 367
Target Start/End: Original strand, 32267464 - 32267650
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagaga----------caatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||           ||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  32267464 aggataatatttcatgtacacacttttttccatacacacattgtactactccatgtgagagtgtgtgagagccaatacatgtgagtttttttgtatgtgg 32267563  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 367  Q
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  32267564 aaggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactactcaaa 32267650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 191 - 364
Target Start/End: Original strand, 526908 - 527081
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 289  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | |||||||    
T  526908 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtggggaccac 527006  T
Q  290 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    | |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  527007 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 527081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 187 - 363
Target Start/End: Original strand, 13276469 - 13276645
Alignment:
Q  187 ttttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtgga 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  | ||||| ||| ||||||||  | | |    
T  13276469 ttttaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgag-tttcttgtgtgtgtgggta 13276567  T
Q  286 ccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 363  Q
    ||||| |||||| ||||| |||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13276568 ccacatggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactact 13276645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 191 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 39858520 - 39858347
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 289  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| || |||||||   |  | ||||| ||| ||||||||  | |||||||    
T  39858520 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatatgagagagtgtgaaagtgag-tttcttgtgtgtgtggggaccac 39858422  T
Q  290 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    | |||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39858421 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39858347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 186 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 40030974 - 40030909
Alignment:
Q  186 attttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag 251  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40030974 attttaggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagag 40030909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 187 - 364
Target Start/End: Original strand, 46845661 - 46845838
Alignment:
Q  187 ttttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtgga 285  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||   ||||||||||| |||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | |||    
T  46845661 ttttgggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacattatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtgggga 46845759  T
Q  286 ccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    ||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  46845760 ccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 46845838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 283 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 6487809 - 6487727
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6487809 ggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactactca 6487727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 189 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 40314267 - 40314095
Alignment:
Q  189 ttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggacc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||  | ||||||||| || ||||||    |  ||||||| ||||||||||||  | |||||    
T  40314267 ttaggataatgtttcatgaacaccattttttccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgag-ttttttgtgtgtgtggggacc 40314169  T
Q  288 acaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 361  Q
    ||| |||||| ||||| |||| ||| ||| |||| || |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  40314168 acatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcacta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 284 - 368
Target Start/End: Original strand, 7178213 - 7178297
Alignment:
Q  284 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaat 368  Q
    |||||||  ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  7178213 gaccacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactacccaaat 7178297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 190 - 251
Target Start/End: Original strand, 15066018 - 15066080
Alignment:
Q  190 taggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagag 251  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||    
T  15066018 taggataatgtttcatgaacactcttttttccatacatacaatgtaccactctcatgtgagag 15066080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 267 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 26041065 - 26040972
Alignment:
Q  267 ttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    |||||||||||| ||  ||||||  |||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||    
T  26041065 ttttttgtgtgtggg--gaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactac 26040972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 312 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 40030890 - 40030838
Alignment:
Q  312 tgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  40030890 tgtgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactactc 40030838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 188 - 251
Target Start/End: Original strand, 47571559 - 47571623
Alignment:
Q  188 tttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 251  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47571559 tttaggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagag 47571623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 283 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 29731269 - 29731194
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatca 358  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||| |||||||||    
T  29731269 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 193 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 29731369 - 29731310
Alignment:
Q  193 gataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 251  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  29731369 gataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtatcacttccatgtgagag 29731310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 272 - 362
Target Start/End: Original strand, 47571655 - 47571743
Alignment:
Q  272 tgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||  |||||||| |||| ||| |||||||||    
T  47571655 tgtgtgtagg--gaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactac 47571743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 312 - 361
Target Start/End: Original strand, 15225121 - 15225170
Alignment:
Q  312 tgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 361  Q
    |||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  15225121 tgtgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 364
Target Start/End: Original strand, 40294816 - 40294913
Alignment:
Q  267 ttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    ||||||||||||  | ||||||||  || || ||||| |||| ||| | |||| ||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  40294816 ttttttgtgtgtgtgaggaccacatagatacatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactactc 40294913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 292 - 364
Target Start/End: Original strand, 49430574 - 49430646
Alignment:
Q  292 ggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |||||| ||||| |||| ||| | | |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  49430574 ggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaccactc 49430646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 242
Target Start/End: Original strand, 49430483 - 49430534
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc 242  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  49430483 aggataatatttcatgaacactcttttctccatacacactatgtaccactcc 49430534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 19989419 - 19989359
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagag 251  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19989419 aggataatgtttcatagacactcttttctc-atacacacattgtaccactctcatgtgagag 19989359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 204 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 26041141 - 26041092
Alignment:
Q  204 atgaacacacttttttccatacacacattgtacca-ctccatgtgagaga 252  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26041141 atgaacacccttttctccatacacacattgtaccacctctatgtgagaga 26041092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 193 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 48489630 - 48489574
Alignment:
Q  193 gataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtga 248  Q
    |||||||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  48489630 gataatgtttcatgaacaccattttctctatacatacattgtaccacttccatgtga 48489574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 108; Significance: 7e-54; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 192 - 364
Target Start/End: Original strand, 34792651 - 34792833
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 281  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  34792651 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttgtgtgtgtaga 34792750  T
Q  282 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34792751 gagaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 34792833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 190 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 9046016 - 9045833
Alignment:
Q  190 taggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgta 279  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||| || |||| |||||||     
T  9046016 taggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttgtgtgtgt- 9045918  T
Q  280 ggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9045917 ggaggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 9045833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 191 - 365
Target Start/End: Original strand, 14313986 - 14314169
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtg----------agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||          |||||||||||||||||  |||||||||||| |    
T  14313986 aggataatgtttcatgtacacacttttt-ccatacacacattgtaccactttatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 14314084  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14314085 gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 14314169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 191 - 361
Target Start/End: Original strand, 1244555 - 1244735
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaga----------gacaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||          ||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  1244555 aggataatgtttcatgtacacattttttttcatacacacattgtactacttcatatgagagtgttcgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 1244654  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 361  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||    
T  1244655 ggggaccacaaggacacttgccaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 191 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 23916145 - 23915972
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 289  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | |||||||    
T  23916145 aggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtggggaccac 23916047  T
Q  290 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    | |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  23916046 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactactc 23915972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 192 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 29429756 - 29429590
Alignment:
Q  192 ggataatgttt-catgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccac 289  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||| | |||||||||| || |||||||||  |  | ||||||| ||||||||||| ||| ||||||     
T  29429756 ggataatgttttcataaacacccttttctccgtacatatattgtaccacctctatgtgagagttataaaatgtgagattttttgtgtg-agg-ggaccat 29429659  T
Q  290 aaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatca 358  Q
      |||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| |||||||    
T  29429658 gtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 310 - 365
Target Start/End: Original strand, 9521945 - 9522000
Alignment:
Q  310 tgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||    
T  9521945 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactactca 9522000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 308 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 16718046 - 16717991
Alignment:
Q  308 tatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 363  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  16718046 tatgtgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 16717991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 16718179 - 16718122
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtga 248  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||    
T  16718179 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtga 16718122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 285 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 12748290 - 12748217
Alignment:
Q  285 accacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatca 358  Q
    |||||| |||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||  |||| |||||||||    
T  12748290 accacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 12748395 - 12748334
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 251  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12748395 aggataatgtttcataaacacccttttctttatacacacattgtaccacttccatgtgagag 12748334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 238
Target Start/End: Original strand, 9521811 - 9521858
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtacca 238  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9521811 aggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtacca 9521858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 97; Significance: 3e-47; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 192 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 38247979 - 38247801
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 281  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  38247979 ggataatgtttcatgtacacacttttt-ccatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 38247881  T
Q  282 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 361  Q
     | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  38247880 ggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 192 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 50989385 - 50989203
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 281  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||          |||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  50989385 ggataatgtttcatgtacacatttttttttatacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagg 50989286  T
Q  282 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  50989285 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 50989203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 192 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 51092517 - 51092335
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 281  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||          |||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  51092517 ggataatgtttcatgtacacatttttttttatacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagg 51092418  T
Q  282 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51092417 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51092335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 188 - 363
Target Start/End: Original strand, 12224000 - 12224184
Alignment:
Q  188 tttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcca----------tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtg 277  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||          |||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  12224000 tttagaataatgtttcatgtacacacttttttccatacacac-ttgtaccacttcaggtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttcttgtgtg 12224098  T
Q  278 taggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 363  Q
    |  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  12224099 tgaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 12224184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 191 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 9271295 - 9271110
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||| ||||          |||||||||||||| ||||||||||||      
T  9271295 aggataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccacttcatgtaagagtgtgtgagggacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgt 9271196  T
Q  281 gt--ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9271195 ggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 9271110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 187 - 365
Target Start/End: Original strand, 48034803 - 48034992
Alignment:
Q  187 ttttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgt 276  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||          ||||||||| |||| ||||||||||    
T  48034803 tttttggataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtgt 48034902  T
Q  277 gtaggtgg-accacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    || || || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  48034903 gtgggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactca 48034992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 194 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 8496887 - 8496703
Alignment:
Q  194 ataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagc--ttttttgtgtgtagg 281  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||||| ||||   ||||||| |||| ||    
T  8496887 ataatgtttcatgcacacactttttttcatacacacattctaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatatgagtatttttttgcgtgtggg 8496788  T
Q  282 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 367  Q
     ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  8496787 -ggaccacaaagacacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaatactcaaa 8496703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 243 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 33288253 - 33288136
Alignment:
Q  243 atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaa 342  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||  ||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33288253 atgtgagagacaataaatgtgagtttttttgtgtgtgtgaggaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaa 33288154  T
Q  343 gttggtctatgtatcact 360  Q
    | ||||||||||||||||    
T  33288153 ggtggtctatgtatcact 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 185 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 23004944 - 23004757
Alignment:
Q  185 aattttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagac-----aa-----tacatgtgagcttttttg 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  || |||||| |||||||||||       ||     |  ||||||| |||| ||    
T  23004944 aattttaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgcaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgtgtgaatgtgagtttttatg 23004845  T
Q  274 tgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 363  Q
    ||||| ||  ||||||| | | || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23004844 tgtgtggg--gaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 23004757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 244 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 54713644 - 54713532
Alignment:
Q  244 tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaag 343  Q
    |||||||||||||| || |||| | |||||| |||  | |||  ||| |||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||     
T  54713644 tgtgagagacaataaatatgagttcttttgtatgtgtggggattacatggacacatgtcataattatgtgtggatgttcaagtggtacatgccacctaac 54713545  T
Q  344 ttggtctatgtat 356  Q
     ||||||||||||    
T  54713544 gtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 254 - 364
Target Start/End: Original strand, 8330665 - 8330774
Alignment:
Q  254 aatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatg 353  Q
    |||| ||||||| |||||||||  || | |||||||| |||||  | ||| |||| ||||||  |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  8330665 aataaatgtgag-ttttttgtgcatatggggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatg 8330763  T
Q  354 tatcactactc 364  Q
    |||||||||||    
T  8330764 tatcactactc 8330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 313 - 364
Target Start/End: Original strand, 29915090 - 29915141
Alignment:
Q  313 gtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |||||||||||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  29915090 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29915141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 313 - 364
Target Start/End: Original strand, 29964243 - 29964294
Alignment:
Q  313 gtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |||||||||||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  29964243 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29964294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 287 - 362
Target Start/End: Original strand, 36674624 - 36674699
Alignment:
Q  287 cacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||  |||||||| |||| |||||||||||||    
T  36674624 cacatggacacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactac 36674699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 189 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 46135710 - 46135647
Alignment:
Q  189 ttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagag 251  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  46135710 ttaggataatgtttcatgaacatcattttctccatacacacattgtaccacccctatgtgagag 46135647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 240
Target Start/End: Original strand, 36674519 - 36674567
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccact 240  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||    
T  36674519 ggattatgtttcatgaacatccttttctctatacacacattgtaccact 36674567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 190 - 364
Target Start/End: Original strand, 14342185 - 14342371
Alignment:
Q  190 taggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagctttttt-gtgtgt 278  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||  |||||| |||| |    
T  14342185 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgaattttttttgtgtat 14342284  T
Q  279 aggtggaccacaaggacacttgtcaaaa-ttatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
     || |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14342285 ggggggaccacaaggacacttgtcaaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14342371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 191 - 363
Target Start/End: Original strand, 43065904 - 43066085
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||| |    
T  43065904 aggataatgttttatgtacacatttttttccatacatacattgtaccattccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 43066003  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 363  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43066004 g-ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 43066085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 189 - 367
Target Start/End: Original strand, 1993636 - 1993825
Alignment:
Q  189 ttaggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag----------acaatacatgtgagcttttttg-tgtg 277  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||          |||||||||||||| ||||||  ||||    
T  1993636 ttaggataatgtttcgtgtacacactttttttcatacacacattgtaccatttcatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagttttttttatgtg 1993735  T
Q  278 taggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactcaaa 367  Q
    | ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1993736 tggggagaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaa 1993825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 203 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 2599692 - 2599531
Alignment:
Q  203 catgaacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgt 301  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||||    |  ||||||| ||| |||||| |  | |||||||| | |||| |||    
T  2599692 catgaacaccctttttttcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag-tttcttgtgtatgtggggaccacatgaacacatgt 2599594  T
Q  302 caaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    || |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2599593 cacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 2599531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 192 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 28898167 - 28897994
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccaca 290  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||  |||||||||| ||| ||||||    |  | | ||| ||| ||||||||  | ||||||||    
T  28898167 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactctcatatgagagtgtgtgaaagggag-tttcttgtgtgtgtggggaccaca 28898069  T
Q  291 aggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
     |||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28898068 tggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 28897994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 283 - 364
Target Start/End: Original strand, 4077062 - 4077143
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |||||||||| |||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  4077062 ggaccacaagaacacttatcaaagttgtgtgtgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactactc 4077143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 191 - 251
Target Start/End: Original strand, 4076768 - 4076828
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagag 251  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  4076768 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacatattgtaccactctatgtgagag 4076828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 283 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 11904934 - 11904855
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  11904934 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 11904855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 283 - 356
Target Start/End: Original strand, 8368472 - 8368545
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtat 356  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  8368472 ggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 283 - 365
Target Start/End: Original strand, 45413639 - 45413721
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactca 365  Q
    |||||| | |||||| ||||| |||| ||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45413639 ggaccatatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 45413721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 283 - 359
Target Start/End: Original strand, 41075698 - 41075774
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcac 359  Q
    |||||||| | |||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  41075698 ggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 41075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 283 - 364
Target Start/End: Original strand, 10391406 - 10391487
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||| |||| ||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  10391406 ggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatgccacctaagatgatctatgtatcattactc 10391487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 191 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 35200739 - 35200678
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagag 251  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35200739 aggataatgtttgatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagag 35200678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 192 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 11905035 - 11904987
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccact 240  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  11905035 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccact 11904987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 31774805 - 31774729
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcac 359  Q
    |||||||| | |||| ||||| |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  31774805 ggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 31774729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 299 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 12142146 - 12142083
Alignment:
Q  299 tgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactac 362  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  12142146 tgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 12142083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 244 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 27497291 - 27497174
Alignment:
Q  244 tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaag 343  Q
    |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |   |||||| | |||| ||||  |||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||||     
T  27497291 tgtgtgagacaatatatgtgag-ttttttgtgtgtatggaaaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaa 27497193  T
Q  344 ttggtctatgtatcactact 363  Q
     |||||| ||||||||||||    
T  27497192 gtggtct-tgtatcactact 27497174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 283 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 35200637 - 35200559
Alignment:
Q  283 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcacta 361  Q
    ||||| || |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||  || || ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  35200637 ggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 248 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 45502778 - 45502661
Alignment:
Q  248 agagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttgg 347  Q
    |||| ||||| || |||| |||||| |||||| |  ||||||| |||||| ||||| |||| | | ||  ||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  45502778 agaggcaataaatatgagtttttttttgtgtatggagaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatgtacaagtggtacataccacttaaggtgg 45502679  T
Q  348 tctatgtatcactactca 365  Q
    | ||||||| || |||||    
T  45502678 tttatgtataaccactca 45502661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 244 - 317
Target Start/End: Original strand, 5749091 - 5749162
Alignment:
Q  244 tgtgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtaggtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggg 317  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  | ||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  5749091 tgtgagagacaataaatgtaagtttttttgtgtgt--ggggatcacatggacacatgtcataattatgtgtggg 5749162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 284 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 10592056 - 10592010
Alignment:
Q  284 gaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggta 330  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  10592056 gaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggta 10592010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 359
Target Start/End: Original strand, 16465723 - 16465789
Alignment:
Q  293 gacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcac 359  Q
    ||||| ||||| |||| | ||||||| |||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||    
T  16465723 gacacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 299 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 44081132 - 44081068
Alignment:
Q  299 tgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactact 363  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||| || ||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  44081132 tgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtgtatgtatcactact 44081068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 80; Significance: 4e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 192 - 364
Target Start/End: Original strand, 10232 - 10413
Alignment:
Q  192 ggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgt----------gagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtagg 281  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  10232 ggataatgtttcatgtacgcacttttt-ccatacacacattgtaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgag 10330  T
Q  282 tggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtctatgtatcactactc 364  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  10331 aggaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgaatatacaagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtattactactc 10413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 66; Significance: 8e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 191 - 359
Target Start/End: Original strand, 3055 - 3231
Alignment:
Q  191 aggataatgtttcatgaacacacttttttccatacacacattgtaccactccatg----------tgagagacaatacatgtgagcttttttgtgtgtag 280  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||    
T  3055 aggataatgtttcatatacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtatgagagacaatacatatgaatttttttgtgtg-ag 3153  T
Q  281 gtggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaagttggtc-tatgtatcac 359  Q
      |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||    
T  3154 --ggactacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcatctaagatggtcttatgtatcac 3231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University