View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4000_low_14 (Length: 246)
Name: NF4000_low_14
Description: NF4000
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4000_low_14 |
 | |
|
| [»] scaffold0416 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 4475546 - 4475355
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatataaaaaactataaga |
111 |
Q |
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|
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| T |
4475546 |
atgaaataaaaaaaaattgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatataaaaaagtataaga |
4475447 |
T |
|
| Q |
112 |
aaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
203 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4475446 |
aaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
4475355 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Original strand, 39665429 - 39665623
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatata---aaaaactata |
108 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |
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| T |
39665429 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattgttttaaatggcagaaggtataaagagaaatacaaattacataacaatatataaaaaaagtata |
39665528 |
T |
|
| Q |
109 |
agaaaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
203 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39665529 |
agaaaaatgcataacatattgttaatttatgaaacaaatttagttgataagttttgatttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
39665623 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 28620039 - 28619855
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatataaaaaactataaga |
111 |
Q |
| |
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|
|
| T |
28620039 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataagg-------agaaatacaaattacataaccatataaaaaagtataaga |
28619947 |
T |
|
| Q |
112 |
aaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
203 |
Q |
| |
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||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28619946 |
aaaatgcataatatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttatcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
28619855 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 38694114 - 38693930
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatataaaaaactataaga |
111 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
38694114 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattaatttaaatggcataagg-------agaaatacaaattacataaccatataaaaaagtataaga |
38694022 |
T |
|
| Q |
112 |
aaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
203 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38694021 |
aaaatgcataatatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttggcttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
38693930 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 12 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 9118106 - 9118010
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatataaaaaactataaga |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
9118106 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataag-------gagaaatacaaattacataaccatataaaaaagtataaga |
9118014 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 41321106 - 41320915
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatataaaaaactataaga |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
41321106 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaattacagattacataaccatataaaaaagtataaga |
41321007 |
T |
|
| Q |
112 |
aaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41321006 |
aaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
41320915 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Original strand, 13855595 - 13855789
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatata---aaaaactata |
108 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
13855595 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacatgattgttttaaatggcagaaggtataaagagaaatacaaattacataacaatatataaaaaaagtata |
13855694 |
T |
|
| Q |
109 |
agaaaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
203 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13855695 |
agaaaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
13855789 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Original strand, 6643896 - 6644090
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatata---aaaaactata |
108 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
6643896 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattgttttaaatgacagaaggtataaagagaaatacaaattacataacaatatataaaaaaagtata |
6643995 |
T |
|
| Q |
109 |
agaaaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6643996 |
agaaaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataaattttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
6644090 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Original strand, 7548445 - 7548628
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatataaaaaactataaga |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
7548445 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataa-------agagaaatacaaattacataaccatataaaaaagtataaga |
7548537 |
T |
|
| Q |
112 |
aaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttct |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7548538 |
aaaatgcataatatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttct |
7548628 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 3996794 - 3996599
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataac----catataaaaaactat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| |
|
|
| T |
3996794 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacaattgttttaaatggcagaaggtataaagagaaatacaaattacattacaatatatataaaaaagtat |
3996695 |
T |
|
| Q |
108 |
aagaaaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
203 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3996694 |
aagaaaaatgcataacctattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
3996599 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 149; Significance: 8e-79; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 23396725 - 23396531
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatataaaaaac---tata |
108 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| |||| |
|
|
| T |
23396725 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattgttttaaatggtagaaggtataaagagaaataaaaattacataacaatatataaaaaaggtata |
23396626 |
T |
|
| Q |
109 |
agaaaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
203 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23396625 |
agaaaaatgcataacttattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
23396531 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 11146520 - 11146325
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatata----aaaaactat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |
|
|
| T |
11146520 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattgttttaaatggtagaaggtataaagagaaatacaaattacataacaatatataaaaaaaagtat |
11146421 |
T |
|
| Q |
108 |
aagaaaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
203 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11146420 |
aagaaaaatgcataacatattgttaatatgtgaaaagaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
11146325 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 12 - 162
Target Start/End: Original strand, 5253012 - 5253162
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattattttaaatggcataaggtataaagagaaatacaaattacataaccatataaaaaactataaga |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
5253012 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacaattattttaaatggcgtaaggtataaagagaaatacaaattacataaccatgtaaaaaagtataaga |
5253111 |
T |
|
| Q |
112 |
aaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttt |
162 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5253112 |
aaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttt |
5253162 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0416 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0416
Description:
Target: scaffold0416; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 111 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 5856 - 5769
Alignment:
| Q |
111 |
aaaaatgcataacatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagttttgacttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5856 |
aaaaatgcataatatattgttaatttgtgaaacaaatttagttgataagtt-----ttttttgtcaacaacaaaattctaaatattatttctt |
5769 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0416; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 5913 - 5876
Alignment:
| Q |
12 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattat |
49 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5913 |
atgaaataaaataaatttgtatgattatacacgattat |
5876 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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