View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4002_low_26 (Length: 229)

Name: NF4002_low_26
Description: NF4002
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4002_low_26
NF4002_low_26
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (1-223)||(10436619-10436841)
chr3 (1-223)||(20406069-20406291)
chr3 (1-220)||(15029774-15029993)
chr3 (31-227)||(53459125-53459321)
chr3 (1-144)||(28432662-28432805)
chr3 (7-79)||(20692272-20692344)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (1-223)||(26676589-26676811)
chr1 (1-212)||(20505346-20505557)
chr1 (1-223)||(33676684-33676906)
chr1 (1-223)||(46731760-46731981)
chr1 (1-138)||(28756666-28756803)
chr1 (1-227)||(27007575-27007801)
chr1 (1-223)||(31911736-31911958)
chr1 (1-227)||(19228077-19228302)
chr1 (1-223)||(34549051-34549273)
chr1 (1-148)||(33936202-33936349)
chr1 (1-227)||(4532265-4532491)
chr1 (1-227)||(15759647-15759873)
chr1 (1-82)||(51534656-51534737)
chr1 (4-67)||(52022615-52022678)
chr1 (170-223)||(52022558-52022611)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-223)||(9932284-9932506)
chr8 (1-223)||(13781032-13781253)
chr8 (1-148)||(25582769-25582916)
chr8 (1-227)||(13089965-13090191)
chr8 (1-227)||(4034479-4034705)
chr8 (1-227)||(8444438-8444664)
chr8 (1-227)||(24503750-24503976)
chr8 (1-148)||(45540090-45540237)
chr8 (7-79)||(33574293-33574365)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (5-227)||(40858212-40858434)
chr7 (1-158)||(40871492-40871649)
chr7 (1-227)||(9942780-9943006)
chr7 (1-227)||(32575159-32575385)
chr7 (3-227)||(1031920-1032144)
chr7 (1-227)||(18299633-18299859)
chr7 (1-227)||(38141929-38142155)
chr7 (1-227)||(19323914-19324140)
chr7 (1-158)||(17194070-17194226)
chr7 (1-225)||(29126043-29126265)
chr7 (1-223)||(15669385-15669607)
chr7 (1-225)||(29626605-29626829)
chr7 (1-76)||(8123965-8124040)
chr7 (1-104)||(12623094-12623197)
chr7 (7-227)||(41767942-41768162)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (3-223)||(26369125-26369345)
chr5 (1-219)||(22580579-22580800)
chr5 (5-227)||(19021086-19021308)
chr5 (1-227)||(22639255-22639481)
chr5 (1-227)||(40973459-40973685)
chr5 (1-166)||(25982366-25982531)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (1-223)||(47590643-47590865)
chr4 (1-226)||(56024732-56024957)
chr4 (1-223)||(48640424-48640646)
chr4 (1-197)||(40850529-40850726)
chr4 (1-227)||(37870836-37871062)
chr4 (1-227)||(42718266-42718492)
chr4 (1-227)||(43498993-43499219)
chr4 (1-227)||(36651919-36652145)
chr4 (1-224)||(39059899-39060122)
chr4 (1-227)||(7743268-7743494)
chr4 (1-227)||(9896684-9896910)
chr4 (31-227)||(40346001-40346197)
chr4 (53-140)||(23106851-23106938)
chr4 (31-218)||(50771504-50771691)
chr4 (1-227)||(30598418-30598644)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-227)||(6029016-6029242)
chr6 (1-171)||(18972798-18972969)
chr6 (1-223)||(12912438-12912660)
chr6 (1-227)||(24393600-24393826)
chr6 (1-227)||(7093612-7093838)
chr6 (95-227)||(32737327-32737459)
chr6 (14-141)||(30987203-30987330)
chr6 (7-227)||(8753110-8753330)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (63-223)||(29739803-29739963)
chr2 (1-168)||(2380809-2380976)
chr2 (1-227)||(11031474-11031700)
chr2 (1-227)||(6764116-6764342)
chr2 (1-227)||(12410483-12410709)
chr2 (1-227)||(37647661-37647887)
chr2 (1-227)||(12422543-12422769)
chr2 (4-164)||(7901155-7901309)
chr2 (1-87)||(3044166-3044252)
chr2 (2-227)||(27271344-27271560)
chr2 (1-74)||(34394669-34394742)
[»] scaffold0300 (1 HSPs)
scaffold0300 (1-227)||(9273-9499)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (1-158)||(94633-94790)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (1-171)||(23539-23710)
[»] scaffold0432 (1 HSPs)
scaffold0432 (1-227)||(8789-9016)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 10436619 - 10436841
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10436619 tggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 10436718  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10436719 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcagagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 10436818  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  10436819 gccaaattgatacaaatggtctg 10436841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 20406291 - 20406069
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20406291 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagccactagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgcttaatcgaagcttctgtttggt 20406192  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  20406191 gaaaaatccgagcattcctttcaagtcaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcggttgttttttgagaagcctcctaaagt 20406092  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  20406091 gccaaattgatataaatggtctg 20406069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 15029993 - 15029774
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15029993 tggtaggagaaaccaaaactatgatgattcgctttcaaccaccaataagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttttgtttggt 15029894  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  15029893 gaaaaacccaagcattcatttcaagccaaatcacccacgcataagataaccttataagattaaaagcgaagcgattgtttttttagaagcctcctaagat 15029794  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggt 220  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  15029793 gccaaattgatataaatggt 15029774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Original strand, 53459125 - 53459321
Alignment:
Q  31 gctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaa 130  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||| | ||| || ||| |||| ||||| |||||||  || ||||| | |||||    
T  53459125 gctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgattgaacgaggcctctttttgatgaaagacccgagtgtttctttctatccaaa 53459224  T
Q  131 tcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||||||| |  ||||| |||| |||||  ||||| ||| |||| || || || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  53459225 tcacccacacacaagaaagtcatatgagattaaaagttgagcggttgcttttggaaaacccgcctaaggtgtcaaattgatacaaatgatctgacac 53459321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 28432805 - 28432662
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    ||||| |||||| |||| |||||| | ||  |||||||||||||||| |||| |||||||| ||| || || ||||||| |  ||| |  |||  ||| |    
T  28432805 tggtaagagaaagcaaagctaggacggttctctttcagccaccagtatgattaaagcttaattttgtcgagtaattgatgaggcgaggtctcttattgat 28432706  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaa 144  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  28432705 gaaagacccgagcatttctttcaatccaaatcactcacacacaa 28432662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 79
Target Start/End: Original strand, 20692272 - 20692344
Alignment:
Q  7 gagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgat 79  Q
    ||||||||||   ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |||| ||| || || |||||||    
T  20692272 gagaaaacaaggttaggacgattcgttttcagccaccagtaagattgaaggttaattttgtcgagtaattgat 20692344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 26676811 - 26676589
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26676811 tggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 26676712  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26676711 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatattagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 26676612  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  26676611 gccaaattgatacaaatggtctg 26676589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 20505557 - 20505346
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20505557 tggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 20505458  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20505457 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaagat 20505358  T
Q  201 gccaaattgata 212  Q
    ||||||||||||    
T  20505357 gccaaattgata 20505346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 33676684 - 33676906
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33676684 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagccactagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaaacttctgtttggt 33676783  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  33676784 gaaaaacctgagcattcctttcaagccaaatcactcacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcatatggt 33676883  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  33676884 gccaaattgatacaaatggtctg 33676906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 46731981 - 46731760
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  46731981 tggtaggagaaaacaaaattaggacgatttgctttcagtcaccagcaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttttgtttggt 46731882  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  46731881 gaaaaacccgattattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcagagcggttg-tttttgagaagcctcctaaggt 46731783  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    || ||||||||| ||||||||||    
T  46731782 gcgaaattgatataaatggtctg 46731760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 138
Target Start/End: Original strand, 28756666 - 28756803
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28756666 tggtaggagaaaacaaaactaggatgatttgctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctaacaattgattaatcgaagcttctgtttggt 28756765  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccac 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28756766 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccac 28756803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 27007575 - 27007801
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||| |||| || |||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  27007575 tggtaggagaaaacaaaactagaaaaattcgctttcagctaccaatatgattgaaatttaactctatctagcaattgattaaacgaagattctttttggt 27007674  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||| ||||| ||  |||| ||||||||  |||||||    
T  27007675 gaaagacccgaacattcatttcaagccaaatcacccacacacaagatagtcatataagtttaaaagctgagcggttacttttggagaagccgtctaaggt 27007774  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  27007775 gccaaattgatacaaatggtctgacac 27007801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 31911736 - 31911958
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  31911736 tggtaggagaaaacaaaactatgacgattcactttcagccactagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaaacgaaacttctttttggt 31911835  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| | | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||| ||| | || |||||||| | ||| ||    
T  31911836 gaaagatctgagcattcctttcaagtcaaatcacccatacacaagatagccaaataagattaaaagctgagcggttgctattagagaagccgcataatgt 31911935  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    | |||||||||| ||||||||||    
T  31911936 gtcaaattgatataaatggtctg 31911958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 19228077 - 19228302
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  19228077 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttaccttcagccaccgataagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggt 19228176  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || || | || ||| ||| | ||||| ||||| || || |  |||||    
T  19228177 gaaagatccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacatgatagccaaat-aggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgctaaaggt 19228275  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  19228276 gccaaattgatataaatggtctgacac 19228302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 34549273 - 34549051
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  34549273 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggt 34549174  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
     ||| | || | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    |||||    
T  34549173 taaagatcctatcattcctttcaagccatatcacccacacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggt 34549074  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  34549073 gccaaattgatataaatggtctg 34549051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 33936349 - 33936202
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||  ||||||    
T  33936349 tggtaagagaaaacaaaactatgacgattcgctttcagttatcagtaagattgaagcttaactttatttagcaattgattaaacgaatcttcattttggt 33936250  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagata 148  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33936249 gaaagatccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagata 33936202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 4532265 - 4532491
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||| ||||||    
T  4532265 tggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgattggtgcttaactttatctaacaattgattaaaagaagtttctttttggt 4532364  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  || ||||||| || ||  ||||| ||| | || |||||||| || |||||    
T  4532365 gaaatatgcgagcattcctttcaagtcagatcacccacacacaagatagtcaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgccaaaggt 4532464  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    | |||| ||||| ||||||||| ||||    
T  4532465 gtcaaactgatataaatggtctaacac 4532491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 15759873 - 15759647
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||| ||||  ||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||| | |||  | ||| |||| |    
T  15759873 tggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgattgaacgagacctctttttgat 15759774  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |||||||  || ||||| | |||||||||| |||||||||| | |||||| |||| |||||  ||||| ||| |||| || || || ||||||||    
T  15759773 gaaagacccgagtgtttctttctatccaaatcacctacacacaagaaagccatatgagattaaaagttgagcggttgcttttggaaaacccgcctaaggt 15759674  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  15759673 gccaaattgatacaaatgatctgacac 15759647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 82
Target Start/End: Original strand, 51534656 - 51534737
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaa 82  Q
    |||||||||||| ||||||||||  | || |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  51534656 tggtaggagaaaccaaaactaggtcggttcgctttcagccaccaatatgattggagcttaactttatctaacaattgattaa 51534737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 4 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 52022678 - 52022615
Alignment:
Q  4 taggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttat 67  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||||    
T  52022678 taggagaaaacaaaactaggacaattcgctttcggccgtcagtaagattgaagcttaactttat 52022615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 52022611 - 52022558
Alignment:
Q  170 agcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52022611 agcggttgcttttggagaagccgcctaaggtgccaaattgatataaatggtctg 52022558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 9932284 - 9932506
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9932284 tggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 9932383  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9932384 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 9932483  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||||| ||| ||||||||||    
T  9932484 gccaaattaataaaaatggtctg 9932506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 13781032 - 13781253
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||| ||||||    
T  13781032 tggtaggagaaaacaaaattaggacgatttgctttcagccac-agtaagattgaagcttaactttatttaacaattaagtaatcgaagcttctatttggt 13781130  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  13781131 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcatccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcggttgttttttgaaaagcctcctaaggt 13781230  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  13781231 gccaaattgatataaatggtctg 13781253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Original strand, 25582769 - 25582916
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25582769 tggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 25582868  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagata 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25582869 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagata 25582916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 13089965 - 13090191
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  13089965 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggt 13090064  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    |||||    
T  13090065 gaaagatccgatcattcctttcaagccaaatcacccacacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggt 13090164  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||    
T  13090165 gtcaaattgatataaatggtctgacac 13090191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 4034479 - 4034705
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  4034479 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatccagcaattgattaaaagaagcttctttttggt 4034578  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    |||||    
T  4034579 gaaagatctgatcattcctttcaagccaaatcacccacacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggt 4034678  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||    
T  4034679 gccaaattgatataaatggcctgacac 4034705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 8444438 - 8444664
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  8444438 tggtaagagaaaacaaaactaggtcgattcgctttcagccaccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 8444537  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||  ||||| ||| | || |||||||| |  |||||    
T  8444538 gaaatatgcgagcattcctttcaaggcagatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgctaaaggt 8444637  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  8444638 gccaaattgatataaatggtctaacac 8444664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 24503976 - 24503750
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  24503976 tggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcaaccaccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 24503877  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||  ||||| ||| | || |||||||  |  ||| |    
T  24503876 gaaatatgcgaacattactttcaagacaaatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagcagctaaagat 24503777  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  24503776 gccaaattgatataaatggtctaacac 24503750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 45540237 - 45540090
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |  | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  45540237 tggtaggagaaaacaaaactaaggcggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 45540138  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagata 148  Q
    ||||    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  45540137 gaaatgttcgagcattcctttcaagctagatcacccacacacaagata 45540090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 79
Target Start/End: Original strand, 33574293 - 33574365
Alignment:
Q  7 gagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgat 79  Q
    ||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||| || || |||||||    
T  33574293 gagaaaacaaagctaggacgattcgctttcaaccaccagaaagattgaagtttaattttgtcgagtaattgat 33574365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 5 - 227
Target Start/End: Original strand, 40858212 - 40858434
Alignment:
Q  5 aggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaa 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40858212 aggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccatcagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaa 40858311  T
Q  105 aacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgcca 204  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40858312 aacccgagcattcatttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgcca 40858411  T
Q  205 aattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  40858412 aattgatacaaatggtctgacac 40858434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Original strand, 40871492 - 40871649
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  40871492 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggt 40871591  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataag 158  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||    
T  40871592 gaaagatccgatcattcctttcaagccaaatcacccacacaaatgatagccaaataag 40871649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 9942780 - 9943006
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  9942780 tggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 9942879  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||| || ||  ||| | ||| | |  |||||||| |  |||||    
T  9942880 gaaatatgcaagcatttctttcaagccagatcacccacacacaagatagtcaaataagattaagagttgagtgtttgctgtcagagaagccgctaaaggt 9942979  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  9942980 gccaaattgatataaatggtctaacac 9943006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 32575385 - 32575159
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||| ||||  ||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||| | ||| || ||| |||| |    
T  32575385 tggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgattgaacgaggcctctttttgat 32575286  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |||||||  || ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||||||| |||| || || || ||||||||    
T  32575285 gaaagacccgagtgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcgattgcttttggaaaacccgcctaaggt 32575186  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  32575185 gccaaattgatacaaatgatctgacac 32575159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 1032144 - 1031920
Alignment:
Q  3 gtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtga 102  Q
    |||||||||||||||||||   || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  1032144 gtaggagaaaacaaaactattgtggttcgctttcagccaccagtatgattgaagcttaactttatctaataattgattaaaagaagcttctttttggtga 1032045  T
Q  103 aaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgc 202  Q
    || |  ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||| |||||||  | ||  ||||| ||||| || |||||||| |  |||||||    
T  1032044 aatattcgagcgttcctttcaagctagatcacccacacacaatatagccaaataagattcagagttgagcgtttgttgttagagaagccgctaaaggtgc 1031945  T
Q  203 caaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
     ||||||||| ||||| ||||||||    
T  1031944 taaattgatataaatgatctgacac 1031920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 18299633 - 18299859
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||| |||| |||||| | ||  |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||  | ||| || ||| |||| |    
T  18299633 tggtaggaaaaagcaaagctaggacggttccctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgatggaacgaggcctctttttgat 18299732  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| ||||||||  | ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| || || || ||||||||    
T  18299733 gaaagacccgagcgattctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcggttgcttttggaaaacccacctaaggt 18299832  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  18299833 gccaaattgatacaaatgatctgacac 18299859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 38142155 - 38141929
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||| ||||  ||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||  |||||| | | ||| || ||| |||| |    
T  38142155 tggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctaataattgaatgaacgaggcctctttttgat 38142056  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |||||||  || ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| || || || ||||||||    
T  38142055 gaaagacccgagtgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcggttgcttttggaaaacccgcctaaggt 38141956  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  38141955 gccaaattgatacaaatgatctgacac 38141929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 19324140 - 19323914
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||| ||||  ||||| | || ||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||| | ||| || ||| |||| |    
T  19324140 tggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccggtatgattgaagtttaattttatctagtaattgattgaacgaggcctctttttgat 19324041  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| || | |||||  ||||| ||| |||| || || || ||||||||    
T  19324040 gaaagacccgagcgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgaggttaaaagttgagcggttgcttttggaaaacccgcctaaggt 19323941  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  19323940 gccaaattcatacaaatgatctgacac 19323914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Original strand, 17194070 - 17194226
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||| |||||||||| || ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |  |||||    
T  17194070 tggtaggagagaacaaaactatgacgattttctttcagccaccagtgagattgaagcttaactttatctagcaattgattaaaagaagctttttattggt 17194169  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataag 158  Q
     ||| |    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  17194170 -aaagatttaagcattcctttcaagtcaaatcactcacacacaagataaccaaataag 17194226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 29126043 - 29126265
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||| ||||  ||||| | || ||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||| |||||||| | ||| || ||| |||| |    
T  29126043 tggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaaatttaattttatctagtaattgattgaacgaggcctctttttgat 29126142  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |||||||  || ||||| | ||||||||||  ||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| || || || ||||||||    
T  29126143 gaaagacccgagtgtttctttctatccaaatcacc--cacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcggttgcttttggaaaacccgcctaaggt 29126240  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgac 225  Q
    |||||||||||||||||| ||||||    
T  29126241 gccaaattgatacaaatgatctgac 29126265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15669607 - 15669385
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||| ||||  ||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||| | | | || ||| ||||      
T  15669607 tggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgattgaacaaggcctctttttgaa 15669508  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |||||||  || ||||| | | ||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||  ||||| ||| |||| || || || ||||||||    
T  15669507 gaaagacccgagtgtttctttctatcgaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagttgagcggttgcttttggaaaacccgcctaaggt 15669408  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  15669407 gccaaattgatacaaatgatctg 15669385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 29626829 - 29626605
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||| ||||  ||||| | || ||||||||||| |||||  ||||||| |||| |||||| || |||||| | | ||| || ||| |||| |    
T  29626829 tggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccatcagtattattgaagtttaattttatcaagtaattgaatgaacgaggcctctttttgat 29626730  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| | |||||  || ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| || || || ||||||||    
T  29626729 gaaagatccgagtgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcggttgcttttggaaaacccgcctaaggt 29626630  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgac 225  Q
    |||||||||||||||||| ||||||    
T  29626629 gccaaattgatacaaatgatctgac 29626605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 8124040 - 8123965
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaatt 76  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8124040 tggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcaaccaccagtaagattgaagcttaactttatctaacaatt 8123965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 104
Target Start/End: Original strand, 12623094 - 12623197
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||| || ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||    
T  12623094 tggtagaagaaaacaaaactaggacgatttgccttcggccacaagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgtttaaaagaagcctctttttggt 12623193  T
Q  101 gaaa 104  Q
    ||||    
T  12623194 gaaa 12623197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 227
Target Start/End: Original strand, 41767942 - 41768162
Alignment:
Q  7 gagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaag-cttctgtttggtgaaaa 105  Q
    ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||| ||| || || ||||||| ||  |  | ||||| |||||| |||     
T  41767942 gagaaaacaaagctaggacgattcgctttcagccatcagaaagattgaagtttaattttgtcgagtaattgatcaagagtggccttct-tttggttaaag 41768040  T
Q  106 acccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaa 205  Q
    | |||||  || ||||| | |||||||||||| |||||||| | |||||| || | |||||| |||||| |  |||| ||| | || | || |||| |||    
T  41768041 atccgagtgtttctttcgatccaaatcacccaaacacaagaaagccatatgaggttaaaagctgagcgaatacttttggagtacccccatacggtgtcaa 41768140  T
Q  206 attgatacaaatggtctgacac 227  Q
    ||||||  ||||||||| ||||    
T  41768141 attgatgtaaatggtctcacac 41768162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 3 - 223
Target Start/End: Original strand, 26369125 - 26369345
Alignment:
Q  3 gtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtga 102  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26369125 gtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtga 26369224  T
Q  103 aaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgc 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26369225 aaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagtggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgc 26369324  T
Q  203 caaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||| || |||||||||||    
T  26369325 caaattaatgcaaatggtctg 26369345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 22580579 - 22580800
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagcca---ccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgttt 97  Q
    |||||||| |||  ||||||||||  ||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || | |||    
T  22580579 tggtaggaaaaagtaaaactaggactattcgctttcagccagcaccagtaagattgaagcttcactttatctagcaattgattaaacgaagtttatattt 22580678  T
Q  98 ggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaa 197  Q
    | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||| |||  ||| |||||||| |||||    
T  22580679 gttgaaagacccgaacattcctttcaagccaaatcacccgcacacaagatagccatataagattaaaagttgagcggttgcgtttggagaagccgcctaa 22580778  T
Q  198 ggtgccaaattgatacaaatgg 219  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  22580779 ggtgccaaattgatataaatgg 22580800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 5 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 19021308 - 19021086
Alignment:
Q  5 aggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaa 104  Q
    |||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||    
T  19021308 aggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaa 19021209  T
Q  105 aacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgcca 204  Q
     |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||  ||||| ||| | || |||||||| |  |||||||||    
T  19021208 tatgcgagcatttctttcaagccagatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgctaaaggtgcca 19021109  T
Q  205 aattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||| ||||||||| ||||    
T  19021108 aattgatataaatggtctaacac 19021086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 22639481 - 22639255
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  22639481 tggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcactttcagccaccaatatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 22639382  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||  ||||| ||| | || |||||||| |  |||||    
T  22639381 gaaatatgcgagcattcctttcaagccagatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagaagagcgtttgctgttagagaagccgctaaaggt 22639282  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    | |||||||||| ||||||||| ||||    
T  22639281 ggcaaattgatataaatggtctaacac 22639255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 40973459 - 40973685
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| |||  |||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||  | ||| || ||| |||| |    
T  40973459 tggtaggaaaaagtaaaactaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgatggaacgaggcctctttttgat 40973558  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |||||||| || ||||| | |||||| |||||||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| || || || ||||||||    
T  40973559 gaaagacccgagcgtttctttctatccaaataacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcggttgcttttggaaaacccacctaaggt 40973658  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  40973659 gccaaattgatacaaatgatctgacac 40973685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Original strand, 25982366 - 25982531
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| |||||||| || ||| | || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||  | |||  | ||| |||| |    
T  25982366 tggtaggaaaaaacaaagcttggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgatggaacgagacctctttttgat 25982465  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaag 166  Q
    |||| || || || || ||||| | |||||||||||||||| |||| | |||||| |||| |||||    
T  25982466 gaaagacacgggcgtttctttctatccaaatcacccacacagaagaaagccatatgagattaaaag 25982531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 47590643 - 47590865
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47590643 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagccaccaataagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaaacttctgtttggt 47590742  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47590743 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataatcatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 47590842  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  47590843 gccaaattgatacaaatggtctg 47590865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 56024957 - 56024732
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56024957 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 56024858  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  56024857 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcaaccacacacaagataaccatataagatgaaaagcgaagcggttgtttttttagaagcctcctaaggt 56024758  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgaca 226  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||    
T  56024757 gccaaaatgatataaatggtctgaca 56024732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 48640646 - 48640424
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48640646 tggtaggagaaaacaaaactatgacgatttgctttcagccaccagtaagattgaagattaactttatctagcagttgattaatcgaagcttctgtttggt 48640547  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  48640546 gaaaaacccgagcattcatttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagaagaaaagcggagctgttgttttttgagaagcctcttaaggt 48640447  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  48640446 gccaaattgatataaatggtctg 48640424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 40850726 - 40850529
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40850726 tggtaggaaaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 40850627  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgtt-ttttgagaagcctcctaa 197  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  40850626 gaaaaatccgagcattcatttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcagagcgattgtttttttgataagcctcctaa 40850529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 37870836 - 37871062
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  37870836 tggtaggagaaaacaaaaccaggacgatttgccttcagccactagtaagattgaaacttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggt 37870935  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    |||||    
T  37870936 gaaagatccgatcattcctttcaagccaaatcactcacacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggt 37871035  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  37871036 gccaaattgatataaatgatctgacac 37871062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 42718492 - 42718266
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||  | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||   |||||||| ||||||    
T  42718492 tggtaggagaaaacaaaattaggtcggttcgctttcagccaccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaataagcttctttttggt 42718393  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||  ||||| ||||| || || ||||| |  |||||    
T  42718392 gaaatatgcgagcatttctttcaagccagatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgttgttagaaaagccgctaaaggt 42718293  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  42718292 gccaaattgatataaatggtctaacac 42718266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 43499219 - 43498993
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  43499219 tggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 43499120  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||  |  ||||| ||| | || |||||||| |  |||||    
T  43499119 gaaatatgcgagcatttctttcacgccagatcacccacacacaagatagccaaataagattaagtgttgagcgtttgctattagagaagccgctaaaggt 43499020  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  43499019 gccaaattgatataaatggtctaacac 43498993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 36651919 - 36652145
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |  | || |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  36651919 tggtaggagaaaacaaaactaagtcggttcgctttcagccaccaatatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 36652018  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||  ||| | ||| | || |||||||| |  |||||    
T  36652019 gaaatatgcgagcatttctttcaagccagatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagttgagtgtttgctgttagagaagccgctaaaggt 36652118  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  36652119 gccaaattgatataaatggtctaacac 36652145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 39059899 - 39060122
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  39059899 tggtaggagaaaacaaaacttgggtggttcgctttcagtcaccagtatgattgaagcttaattttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 39059998  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    | || |  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  || ||||||| || ||| ||||| ||| | || || ||||| |  |||||    
T  39059999 ggaatattcgagcattcctttcaagtcagatcacccacacacaagatagtcaaataagattaagagctgagcgtttgctgttagaaaagccgctaaaggt 39060098  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctga 224  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  39060099 gccaaattgatataaatgatctga 39060122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 7743494 - 7743268
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  7743494 tggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcaaccaccagtatgattgaagcttaactttatttaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 7743395  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    | || |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||| || ||  ||||| ||| | || ||||||||    |||||    
T  7743394 ggaatatgcgagcatttctttcaagccagatcacccacacgcaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgttaaaggt 7743295  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  7743294 gccaaattgatataaatggtctaacac 7743268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 9896684 - 9896910
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||  | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||   |||||||| ||||||    
T  9896684 tggtaggagaaaacaaaacttgggcggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaactttatctaacaattgattaaaataagcttctttttggt 9896783  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    | || |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||   |||| |||   || |||||||| |  |||||    
T  9896784 ggaatattcgagcattcctttcaagccagatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagattagcgtttgccgttagagaagccactaaaggt 9896883  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  9896884 gccaaattgatataaatgatctgacac 9896910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Original strand, 40346001 - 40346197
Alignment:
Q  31 gctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaa 130  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||| | | ||| || ||| |||| ||||| |||||||  || ||||| | |||||    
T  40346001 gctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgaatgaacgaggcctctttttgatgaaagacccgagtgtttctttctatccaaa 40346100  T
Q  131 tcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| || || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40346101 tcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcggttgcttttggaaaacccgcctaaggtgccaaattgatacaaatgatctgacac 40346197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 53 - 140
Target Start/End: Original strand, 23106851 - 23106938
Alignment:
Q  53 gaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacac 140  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23106851 gaagcttaattttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaagatccgagcattcctttcaagccaaatcacccacac 23106938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 31 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 50771691 - 50771504
Alignment:
Q  31 gctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaa 130  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||| |||||||| | |||  | ||| |||| ||||| || ||||  || ||||| |||||||    
T  50771691 gctttcagccaccagtatgattgaagtataattttatctagtaattgattgaacgagacctctttttgatgaaagactcgagtgtttctttctagccaaa 50771592  T
Q  131 tcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaaattgatacaaatg 218  Q
    |||||||||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||| ||| ||||  | || |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  50771591 tcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcggttgcttttgaaaaatctgcctaaggtgccaaattgatacaaatg 50771504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 30598418 - 30598644
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||| ||||  |||| || || ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| || |||||||| | |||  | ||| |||| |    
T  30598418 tggtaggaaaaagcaaaggtaggttggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatccagtaattgattgaacgatacctctttttgat 30598517  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| ||| | |  || ||||| | ||||||||||||||||||||| |  ||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| || ||  |  |||||||    
T  30598518 gaaagacctgtgtgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagtcatatgagattaaaagctgagcggttgcttttggaaaactcgtctaaggt 30598617  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  30598618 gccaaattgatacaaatgatctgacac 30598644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 6029242 - 6029016
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6029242 tggtaggagaaaacaaaactaggacgattcgctttcagccactaataagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 6029143  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6029142 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccaaacacaagataaccatatacgatcaaaaacggagcgattgtttcttgagaagcctcctaaggt 6029043  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||    
T  6029042 gccaaattgatataaatggtccgacac 6029016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 18972798 - 18972969
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatcta-gcaattgattaatcgaagcttctgtttgg 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  18972798 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagccacgagtaagattgaagcttaactttatcaaagcaattgattaaacgaagcttctttttgg 18972897  T
Q  100 tgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggag 171  Q
    ||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||    
T  18972898 tgaaagattagagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagcggag 18972969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 12912438 - 12912660
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  12912438 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggt 12912537  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| | || | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    |||||    
T  12912538 gaaagatccaatcattcctttcaagccatatcacccacacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggt 12912637  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  12912638 gccaaattgatataaatggtctg 12912660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 24393826 - 24393600
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  24393826 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttactttcagccaccagtaagattgaggcttaactttatcaaacaattgattaaacgaagcttctttttggt 24393727  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||| | ||||| || || || || |   || |    
T  24393726 gaaagattccagcattcctttcatgccaaatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagcggagtgtttgttgttagaaaaaccgctatagtt 24393627  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||    
T  24393626 gccaaattgatataaattgtctgacac 24393600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 7093838 - 7093612
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||| ||||  ||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||| | | ||| || ||| |||| |    
T  7093838 tggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgaatgaacgaggcctctttttgat 7093739  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| ||| |||  || ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| || || || ||||||||    
T  7093738 gaaagacctgagtgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcggttgcttttggaaaacccgcctaaggt 7093639  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  7093638 gccaaattgatacaaatgatctgacac 7093612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 227
Target Start/End: Original strand, 32737327 - 32737459
Alignment:
Q  95 tttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcc 194  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| || | |||||| |||||  | ||||| || || || ||    
T  32737327 tttggtgaaagacccgagcgtttctttcaatccaaatcactcacacacaagatagccatatgaggttaaaagctgagcggatatttttagaaaatccacc 32737426  T
Q  195 taaggtgccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||  ||| ||||||||  ||||| ||||||||    
T  32737427 taaaatgctaaattgatttaaatgatctgacac 32737459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 14 - 141
Target Start/End: Original strand, 30987203 - 30987330
Alignment:
Q  14 caaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagc 113  Q
    |||| |||||| | || |||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||| ||||||| || ||| | |||| ||||| |||||| | | ||    
T  30987203 caaagctaggacggtttgctttcagccaccaatatgattgaagtttaattttatctagtaattgatgaaacgaggtttctttttggagaaaaatctgggc 30987302  T
Q  114 attcctttcaagccaaatcacccacaca 141  Q
    ||| ||| ||  ||||||||||||||||    
T  30987303 atttcttccagcccaaatcacccacaca 30987330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 227
Target Start/End: Original strand, 8753110 - 8753330
Alignment:
Q  7 gagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaag-cttctgtttggtgaaaa 105  Q
    ||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||| || || ||||||| ||  |  | ||||| |||||| |||     
T  8753110 gagaaaacaaagctaggacgattcgctttcaaccaccagaaagattgaagtttaattttgtcgagtaattgatcaagagtggccttct-tttggttaaag 8753208  T
Q  106 acccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaa 205  Q
    |||||||| || ||||| | ||| |||||||| |||||||| | |||||| || | |||||| || ||| |  |||| ||| | || || | ||||||||    
T  8753209 acccgagcgtttctttcgatccagatcacccaaacacaagaaagccatatgaggttaaaagctgaacgaatacttttggagtaccccccaatggtgccaa 8753308  T
Q  206 attgatacaaatggtctgacac 227  Q
    ||| ||  ||||||||||||||    
T  8753309 attaatgtaaatggtctgacac 8753330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 129; Significance: 6e-67; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 63 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 29739963 - 29739803
Alignment:
Q  63 tttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatga 162  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  29739963 tttatctgtcaattgattaatcgaagcttttgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcactcacacacaaaataaccatataagatga 29739864  T
Q  163 aaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaaattgatacaaatggtctg 223  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  29739863 aaagcggagcggttgttttttgagaagcctcctaagatgccaaattgatataaatggtctg 29739803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Original strand, 2380809 - 2380976
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2380809 tggtaggagaaaacgaaactaggacgatttgctttcagccaccagtaaaattgaagtttaactttatctagcaattgattaattgaagcttctgtttggt 2380908  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcg 168  Q
    |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2380909 gaaaagtctgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataaaatgaaaagcg 2380976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 11031700 - 11031474
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  11031700 tggtaggagaaaacaaaattaggacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggt 11031601  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | || ||| ||| | ||||| ||||| || || |  |||||    
T  11031600 gaaagatccgagcattcctttcaagtcaaatcacccacacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgctaaaggt 11031501  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11031500 gccaaattgatataaatgatctgacac 11031474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 6764342 - 6764116
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  6764342 tggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgattgaagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 6764243  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||  ||||| ||| | || |||||||| |  |||||    
T  6764242 gaaatatgcgagcatttctttcaagccagatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgctaaaggt 6764143  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  6764142 gccaaattgatataaatggtctaacac 6764116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 12410709 - 12410483
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  12410709 tggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 12410610  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||  ||||| ||| | || |||||||| |  ||| |    
T  12410609 gaaatatgcgagcatttctttcaagccatatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgctaaagat 12410510  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  12410509 gccaaattgatataaatggtctaacac 12410483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 37647887 - 37647661
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  37647887 tggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 37647788  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||| || ||  ||||| ||| | || |||||||| |  |||||    
T  37647787 gaaatatacgagcatttctttcaagccagatcacccacacacaggatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgctaaaggt 37647688  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  37647687 gccaaattgatataaatggtctaacac 37647661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 12422769 - 12422543
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  12422769 tggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggt 12422670  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaa-gg 199  Q
    |||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||  ||||| ||| | || |||||| || |||| |     
T  12422669 gaaatatgcgagcatttctttcaagccatatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaag-ctgctaatgt 12422571  T
Q  200 tgccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  12422570 tgccaaattgatataaatggtctaacac 12422543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Original strand, 7901155 - 7901309
Alignment:
Q  4 taggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagctt----aactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttgg 99  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  7901155 taggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagccaccagtaagattgaagcttgcttaactttatctaacaattgattaattgaagcttctgtttgg 7901254  T
Q  100 tgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||          ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7901255 tgaaaaacccgagcattcctt----------tcatccacacacaagataaccatataagatgaaa 7901309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 3044252 - 3044166
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaa 87  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3044252 tggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaa 3044166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 2 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 27271560 - 27271344
Alignment:
Q  2 ggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || | |||||||||||||||  |||| |||||         || |||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  27271560 ggtaggagaaaacaaaactaggacggttcgttttcagccaccagtataattggagctt---------taacaattgattaaaagaagcttctttttggtg 27271470  T
Q  102 aaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtg 201  Q
    ||| |  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||| || ||| ||||| ||| | || || ||||| |  ||||||    
T  27271469 aaatattcgagcatttcttttaagccaaatcacccacacacaagttaggcaaataagattaagagctgagcgtttgctgttagaaaagccgctaaaggtg 27271370  T
Q  202 ccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||    
T  27271369 ccaaattgatataaatggtctgacac 27271344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Original strand, 34394669 - 34394742
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaa 74  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34394669 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttcaaccaatagtaagattgaagcttatctttatctagcaa 34394742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0300 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0300
Description:

Target: scaffold0300; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 9499 - 9273
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||| ||||||    
T  9499 tggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgattgaagcttaactttatctaacaattgattaaaataagcttctttttggt 9400  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggt 200  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||  ||||| ||| | || |||||||  |  |||||    
T  9399 gaaatatgcgagcattcctttcaagccagatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagctgctaaaggt 9300  T
Q  201 gccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  9299 gccaaattgatataaatggtctaacac 9273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 102; Significance: 8e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 94790 - 94633
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  94790 tggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggt 94691  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataag 158  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||    
T  94690 gaaagatccgatcattcctttcaagccaaatcacccacacaaatgatagccaaataag 94633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 23710 - 23539
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatcta-gcaattgattaatcgaagcttctgtttgg 99  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  23710 tggtaggagaaaacaaaactatgacgatttgctttcagccacgagtaagaatgaagcttaactttatcaaagcaattgattaaacgaagcttctttttgg 23611  T
Q  100 tgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggag 171  Q
    ||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||    
T  23610 tgaaagatttgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagatagccaaataagattaagagcggag 23539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0432 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0432
Description:

Target: scaffold0432; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 9016 - 8789
Alignment:
Q  1 tggtaggagaaaacaaaactaggatgattagctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggt 100  Q
    |||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||| || ||| || ||| || | |    
T  9016 tggtaggaaaaagcaaagctaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgatgaaacgaggcctcttttagat 8917  T
Q  101 gaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataaccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttg-agaagcctcctaagg 199  Q
    |||| |||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| | | || || |||||||    
T  8916 gaaagacccgagcgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcggttgcttttggaaaaacccacctaagg 8817  T
Q  200 tgccaaattgatacaaatggtctgacac 227  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8816 tgccaaattgatacaaatgatctgacac 8789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University