View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4005_high_9 (Length: 586)

Name: NF4005_high_9
Description: NF4005
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4005_high_9
NF4005_high_9
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (73-497)||(38300943-38301367)
chr8 (73-497)||(38309585-38310009)
chr8 (73-497)||(38317596-38318023)
chr8 (73-494)||(38306846-38307261)
chr8 (103-494)||(38314189-38314580)
chr8 (73-494)||(38321694-38322109)
chr8 (142-494)||(38326406-38326752)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (168-494)||(38849411-38849737)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 73 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 38301367 - 38300943
Alignment:
Q  73 aattgaagaggtttataattcaattgaacagtggttatcaaaccaataaaatcatatctatttacattcaaattccataaattaccattgttaacaaaat 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38301367 aattgaagaggtttataattcaattgaacagtggttatcaaaccaataaaatcatatctatttacattcaaattccataaattaccattattaacaaaat 38301268  T
Q  173 tgtgcaaccaggtgcgagtacacattctagtttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacgcatgagcccatgcaaaactcaaa 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38301267 tgtgcaaccaggtgcgagtacacattctagtttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacgcgtgagcccatgcaaaactcaaa 38301168  T
Q  273 atcggaagcgacggtggtaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaataca 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38301167 atcggaagcgacggtggtaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaataca 38301068  T
Q  373 tccatatcttcatcacaacgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttcccagtttcattaacaagctgttgatggtgcactt 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38301067 tccatatcttcatcacaacgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttcccagtttcagtaacaagctgttgatggtgcactt 38300968  T
Q  473 tcaattcctattatatttcacacgt 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  38300967 tcaattcctattatatttcacacgt 38300943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 73 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 38310009 - 38309585
Alignment:
Q  73 aattgaagaggtttataattcaattgaacagtggttatcaaaccaataaaatcatatctatttacattcaaattccataaattaccattgttaacaaaat 172  Q
    |||||| |||| | |||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||    
T  38310009 aattgaggaggataataattaaattgaacagtggctatcaaaacaattaaatcatatatatttacattcaaattacataaattaccattgccaacaaaat 38309910  T
Q  173 tgtgcaaccaggtgcgagtacacattctagtttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacgcatgagcccatgcaaaactcaaa 272  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  38309909 tgtgcaaccaagtgcgagtacatattctagtttccacattatttggcaacatacgatctttatatttgttaaacacacgtgagcccatgcaaaactcaaa 38309810  T
Q  273 atcggaagcgacggtggtaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaataca 372  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38309809 atcagatgcgacagtggtaatgggaaaacttaacaagtcgcaggccagaattgatagatccggaaatcgattattatttctcttccaccactgtaataca 38309710  T
Q  373 tccatatcttcatcacaacgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttcccagtttcattaacaagctgttgatggtgcactt 472  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||  | ||||||||||    
T  38309709 tccatatcttcataacaatgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttgagatttttcagtttcagtaacaagctgccgttggtgcactt 38309610  T
Q  473 tcaattcctattatatttcacacgt 497  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  38309609 tcaattcctattatatctcacacgt 38309585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 73 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 38318023 - 38317596
Alignment:
Q  73 aattgaagaggtttataattcaattgaacagtggttatcaaaccaataaaatcatatctatttacattcaaattccataa---attaccattgttaacaa 169  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||| || ||||||||| |  |||| |||||||| |||||||||| |||   ||||    |||||||| | | ||||    
T  38318023 aattgaagaggttaataataaaattgaccactggttatcagaagaatacaatcatatttatttacatttaaagaacatagtagattaccatcgcttacaa 38317924  T
Q  170 aattgtgcaaccaggtgcgagtacacattctagtttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacgcatgagcccatgcaaaactc 269  Q
    ||||||  |||||  |||||||||| |||||||||||||||||| | |||| | ||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||    
T  38317923 aattgtataaccaactgcgagtacagattctagtttccacattcgtgggcagcgtacgatcttcatacttgttaaagacacgtgaacccatgcaaaattc 38317824  T
Q  270 aaaatcggaagcgacggtggtaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaat 369  Q
    | |||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  38317823 agaatcagaagcaacagtggcaatgggaacacttaacaagtcgcaagctaatattgatagatccggaaatcgattattatttctcttccaccattgtaat 38317724  T
Q  370 acatccatatcttcatcacaacgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttcccagtttcattaacaagctgttgatggtgca 469  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||  | |||||||    
T  38317723 acatccatatcttcataacaatgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttgagattttctagtttcagtaacaagctgccgttggtgca 38317624  T
Q  470 ctttcaattcctattatatttcacacgt 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38317623 ctttcaattcctattatatttcacacgt 38317596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 73 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 38307261 - 38306846
Alignment:
Q  73 aattgaagaggtttataattcaattgaacagtggttatcaaaccaataaaatcatatctatttacattcaaattccataaattaccattgttaacaaaat 172  Q
    ||||||||||||| | |||  |||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||      ||||||||||| || | ||||||||   |||| ||||    
T  38307261 aattgaagaggttaacaatgtaattgaccagtggttatcaaaacaacagaatcatat------acattcaaattacacagattaccatcactaacgaaat 38307168  T
Q  173 tgtgcaaccaggtgcgagtacacattctagtttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacgcatgagcccatgcaaaactcaaa 272  Q
    ||| || |||  |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  38307167 tgtacagccaactgcgagcacaaattctagtttccacatccatcggcaacatacgatctttatacttgttaaacacgcgtgagcccatgcaaaattcaaa 38307068  T
Q  273 atcggaagcgacggtggtaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaataca 372  Q
    ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  38307067 atcagaagccacagtggtaatgggaacacttaacaagtcacaagccagtattgatagatctggatatcgatcattattactcttccaccattgtaataca 38306968  T
Q  373 tccatatcttcatcacaacgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttcccagtttcattaacaagctgttgatggtgcactt 472  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||| | || ||    
T  38306967 tccatatcttcattacaaagaaaacccaaatctgactcatctaagtaaacatcaagttgagacttttcagtttcggtaacaagctgttgatgtttcattt 38306868  T
Q  473 tcaattcctattatatttcaca 494  Q
    |||||||||||| |||||||||    
T  38306867 tcaattcctattgtatttcaca 38306846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 103 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 38314580 - 38314189
Alignment:
Q  103 gtggttatcaaaccaataaaatcatatctatttacattcaaattccataaattaccattgttaacaaaattgtgcaaccaggtgcgagtacacattctag 202  Q
    |||||||||||| ||||| | | || | |||| ||||| |||||  ||| ||||||||   |||||||||||| || |||  ||||||| || |||||||    
T  38314580 gtggttatcaaaacaatacacttatttatattcacatttaaattagatagattaccatcactaacaaaattgtacagccaactgcgagtgcaaattctag 38314481  T
Q  203 tttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacgcatgagcccatgcaaaactcaaaatcggaagcgacggtggtaatgggaacact 302  Q
    ||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||| ||||||||||||    
T  38314480 tttccacatccattggtaacatgcgatctttatacttgtttaacacacgtgagcccatgcaaaattcaaaatcagaagccactgtggcaatgggaacact 38314381  T
Q  303 taacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatacatccatatcttcatcacaacgaaaatccaaa 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||    
T  38314380 taacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgatttgaattactcttccaccattgtaatacatccatatcttcataagaaccaaaattcaaa 38314281  T
Q  403 tttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttcccagtttcattaacaagctgttgatggtgcactttcaattcctattatatttcaca 494  Q
    | |||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  38314280 tctgactcgtcaaagtaaacatcaagttcagactttccagttttagtaacaagctgttgatggtgcattttcaattcatattatatttcaca 38314189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 73 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 38322109 - 38321694
Alignment:
Q  73 aattgaagaggtttataattcaattgaacagtggttatcaaaccaataaaatcatatctatttacattcaaattccataaattaccattgttaacaaaat 172  Q
    ||||||| ||||| |||||| || |||  | | |||| |||| ||||| |||||||| |||||||| | ||||| | || |||||||| |  ||||||||    
T  38322109 aattgaaaaggttaataattaaagtgacaactagttaccaaaacaatacaatcatatgtatttacacttaaattacgtagattaccatcgcgaacaaaat 38322010  T
Q  173 tgtgcaaccaggtgcgagtacacattctagtttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacgcatgagcccatgcaaaactcaaa 272  Q
    ||| ||||||  |||||||||| | |||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    |||| |||||||| || ||    
T  38322009 tgtacaaccaattgcgagtacaaaatctagcatccaaattcatcggtaacatacgatctttatacttgttaaaaacgtgcaagcctatgcaaaaatccaa 38321910  T
Q  273 atcggaagcgacggtggtaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaataca 372  Q
    ||| |||||||  ||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321909 atcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaataca 38321810  T
Q  373 tccatatcttcatcacaacgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttcccagtttcattaacaagctgttgatggtgcactt 472  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||| ||||      |||||||||| | ||||||   ||    
T  38321809 tccatatcttcataacaacgaaaatccaaatttgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccag------taacaagctgctcatggtgagttt 38321716  T
Q  473 tcaattcctattatatttcaca 494  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  38321715 tcaattcctattatatttcaca 38321694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 142 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 38326752 - 38326406
Alignment:
Q  142 aaattccataaattaccattgttaacaaaattgtgcaaccaggtgcgagtacacattctagtttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgt 241  Q
    ||||| |||||| |||||||| | |||||||||| ||||||  ||| |||||| ||||| | |||||||||||| |||| |||| | ||||||||||| |    
T  38326752 aaattacataaagtaccattgctgacaaaattgtacaaccaactgcaagtacagattctggcttccacattcataggcagcataaggtctttatactttt 38326653  T
Q  242 taaagacgcatgagcccatgcaaaactcaaaatcggaagcgacggtggtaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcg 341  Q
     ||| |||| ||  ||||||||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||     
T  38326652 caaatacgcgtgcacccatgcaaaattccaaatcagatgcgacagtggcaatgggaacacttaacaagtcacaagccaaaattgatagatctggaaatca 38326553  T
Q  342 attattattactcttccaccactgtaatacatccatatcttcatcacaacgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttccca 441  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||| || |||    
T  38326552 attataattactcttccaccattctaatacatccatgtcttcataacaacgaaaatccaaacttgattcatccaagtaaacatcaagttgagactttcca 38326453  T
Q  442 gtttcattaacaagctgttgatggtgcactttcaattcctattatatttcaca 494  Q
    |      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  38326452 g------taacaagttgttgatggtgcattttcaattcctattacatttcaca 38326406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 168 - 494
Target Start/End: Original strand, 38849411 - 38849737
Alignment:
Q  168 aaaattgtgcaaccaggtgcgagtacacattctagtttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacgcatgagcccatgcaaaac 267  Q
    |||||||| ||||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||     
T  38849411 aaaattgtacaaccaactgcgagtacaaattctagcttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacacgtgagcccatgcaaaat 38849510  T
Q  268 tcaaaatcggaagcgacggtggtaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgta 367  Q
    ||| |||| ||||| || | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  38849511 tcagaatcagaagctacagcggcaatgggaacacttaacaagtcgcaggccaatattgatagatccggaaatcgatcattattactcttccaccattgta 38849610  T
Q  368 atacatccatatcttcatcacaacgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttcccagtttcattaacaagctgttgatggtg 467  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||   |||||||||| ||||||||    
T  38849611 atacatccatttctgcataacaacgaaaatccaaaactgactcatctaagtaaacatcaagttgagactttccagttttggtaacaagctgctgatggtg 38849710  T
Q  468 cactttcaattcctattatatttcaca 494  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  38849711 cactttcaattcctattacatttcaca 38849737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University