View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4007_low_1 (Length: 717)

Name: NF4007_low_1
Description: NF4007
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4007_low_1
NF4007_low_1
[»] scaffold0303 (1 HSPs)
scaffold0303 (29-705)||(13102-13778)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (22-705)||(28859695-28860378)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (22-704)||(18118847-18119529)
chr1 (22-603)||(10770224-10770805)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (56-705)||(17752839-17753488)
chr6 (38-400)||(22737029-22737387)
chr6 (396-527)||(22738653-22738784)
chr6 (557-617)||(17393039-17393099)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (88-597)||(27492277-27492783)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (449-522)||(27457259-27457332)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (449-514)||(20247325-20247390)


Alignment Details
Target: scaffold0303 (Bit Score: 541; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0303
Description:

Target: scaffold0303; HSP #1
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 13778 - 13102
Alignment:
Q  29 agaccgtgtggtgcaggctgagttgcgggctgcatatatggtcgcaaactgttagcgaactcccaatcatccagcataactttagctctttcaatcactg 128  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13778 agaccgtgtggtgcaggttgagttgtgggctgcatatctgttcggaaactgttagcgaactcccaatcatctagcataactttagctctttcaatcactg 13679  T
Q  129 ctgcacatgactccgtaacatcctcccaaaccattaaattacagcgtttccataaactccataatagcataaccatctgttttgctttcatagtagagag 228  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||    
T  13678 ctgcacatgacttcgtaacatcctcccaaacctttaaattacagcgtttccataaactccataatagcataaccatatgttttgcctgcacagtagagag 13579  T
Q  229 attctgcagaagtaacaaaatagcctcttcagccgtatgagcagtagcaacagaaaaatcaatagcagtccataaaacggcccttgtccacacttgaatc 328  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  13578 attctgcagaagtaaaaaaatagtctcttcagccgtatgagcagtagtaacagaaaaatcaatatcagtccataaaccggcccttgtccatacttgaatc 13479  T
Q  329 gcaaagggacatgaaaagaacaggtgagcaaaatcttcctgaccagaattgcaatttacacagtcagttggacaatgaacccctttatcatgtagtctaa 428  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13478 gcaaagggatatgaaaagaacaggtgagcaaaatcttcctgaccagaatttcaatttacacagtcagttggacaatgaacccctttatcatgtagtctaa 13379  T
Q  429 ttcgggtgggcaaaacacctcgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttgagtctccaaattccagaccaatttcccggcctgtg 528  Q
    | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  13378 tccgggtgggcaaaacacattgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttgaatctccaaattctagaccaatttcccggcctgcg 13279  T
Q  529 aagatgtgacacatcaatgagttcgttcacacacaaccggtaagcactacgaaccgagtaatgaccgtgtttttcagctttccaaatcaaacgatcttgt 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13278 aagatgtgacacatcaatgagttcgttcacacataaccggtaagcactacgaaccgagtaatgaccgtgtttttcagctttccaaatcaaacgatcttgc 13179  T
Q  629 tgcacttgttcaaacagatgagtatttaaaatctatgctgcaatgttgtcactaaaaaccagccaaaccacaggttc 705  Q
    |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13178 tgcacttgatcaaatagaggagtatttaaaatctgtgctgcaatgttgtcactaaaaacctgccgaaccacaggttc 13102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 28860378 - 28859695
Alignment:
Q  22 ttgctgcagaccgtgtggtgcaggctgagttgcgggctgcatatatggtcgcaaactgttagcgaactcccaatcatccagcataactttagctctttca 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  28860378 ttgctgcagaccgtgtggtgcaggctgagttgtgggctgcatatctgttcgcaaactgttagcgaactcccaatcatctagcataactttagatctttca 28860279  T
Q  122 atcactgctgcacatgactccgtaacatcctcccaaaccattaaattacagcgtttccataaactccataatagcataaccatctgttttgctttcatag 221  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | || ||    
T  28860278 atcacagcggcacatgactctgtaacatcctcccaaacctttaaattacggcgtttccatatactccataatagcataaccatatgttttgcctgcacag 28860179  T
Q  222 tagagagattctgcagaagtaacaaaatagcctcttcagccgtatgagcagtagcaacagaaaaatcaatagcagtccataaaacggcccttgtccacac 321  Q
    |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  28860178 tagagagaatctacagaagtaaaaaaatagcctcttcagccgtatgagcagtagcaacaaaaaaatcaatatcagtccataaatcggcccttgtccatac 28860079  T
Q  322 ttgaatcgcaaagggacatgaaaagaacaggtgagcaaaatcttcctgaccagaattgcaatttacacagtcagttggacaatgaacccctttatcatgt 421  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28860078 ttgaatcgcaaaggggcatgaaaagaataggtgagcaaaatcttcctgactagaattgcaatttacacagtcagttggacaatgaacccctttatcatgt 28859979  T
Q  422 agtctaattcgggtgggcaaaacacctcgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttgagtctccaaattccagaccaatttcccg 521  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28859978 agtctaatccgggtgggcaaaacacctcgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttgagtctccaaattccagaccaatttcccc 28859879  T
Q  522 gcctgtgaagatgtgacacatcaatgagttcgttcacacacaaccggtaagcactacgaaccgagtaatgaccgtgtttttcagctttccaaatcaaacg 621  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28859878 gcctgcgaagatgtgacacatcaatgagttcgttcacacataaccggtaagcactacgaaccgagtaatgaccgtgtttttcagctttccaaatcaaacg 28859779  T
Q  622 atcttgttgcacttgttcaaacagatgagtatttaaaatctatgctgcaatgttgtcactaaaaaccagccaaaccacaggttc 705  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  28859778 atcttgctgcacttgatcaaacagaggagtatttaaaatttgtgctgcaatgttgtcactaaaaacctgccgaaccacaggttc 28859695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 18119529 - 18118847
Alignment:
Q  22 ttgctgcagaccgtgtggtgcaggctgagttgcgggctgcatatatggtcgcaaactgttagcgaactcccaatcatccagcataactttagctctttca 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  18119529 ttgctgcagaccgtgtggtgcaggctgagttgcgggctgcatatctgttcgcaaactgttagcaaactcccaatcatctagcataaatttagctctttca 18119430  T
Q  122 atcactgctgcacatgactccgtaacatcctcccaaaccattaaattacagcgtttccataaactccataatagcataaccatctgttttgctttcatag 221  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||    
T  18119429 atcacagctgcacatgactccgtaacatcctcccaaacctttaaattacggtgtttccataaactccataatagcataaccatctgtttttcctacacag 18119330  T
Q  222 tagagagattctgcagaagtaacaaaatagcctcttcagccgtatgagcagtagcaacagaaaaatcaatagcagtccataaaacggcccttgtccacac 321  Q
    ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  18119329 tagagagattctgcacaagtgaaaaaatagcctcttcagccgtatgagcagtagcaacagaaaaatcaatatcagtccataaaccggcccttgtccatac 18119230  T
Q  322 ttgaatcgcaaagggacatgaaaagaacaggtgagcaaaatcttcctgaccagaattgcaatttacacagtcagttggacaatgaacccctttatcatgt 421  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  18119229 ttgaatcgcaaagggaaatgaaaagaacaggtgagcaaaatctttctgaccagaattgcaatttacacagtcagttggacaacgaacccctttataatgt 18119130  T
Q  422 agtctaattcgggtgggcaaaacacctcgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttgagtctccaaattccagaccaatttcccg 521  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18119129 agtctaatccgggtgggcaaaacacctcgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttaagtctccaaattccagaccaatttcccg 18119030  T
Q  522 gcctgtgaagatgtgacacatcaatgagttcgttcacacacaaccggtaagcactacgaaccgagtaatgaccgtgtttttcagctttccaaatcaaacg 621  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  18119029 gcccgtgaagatgtgacacatcaatgagttcgttcacacataacaggtaagcactacgaaccgagtaatgactgtgtttttcagcttttcaaatcaaacg 18118930  T
Q  622 atcttgttgcacttgttcaaacagatgagtatttaaaatctatgctgcaatgttgtcactaaaaaccagccaaaccacaggtt 704  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  18118929 atcttgctgcacttgttcaaacagaggagtatttaaaatttgtgctgcaatgttgtcactaaaaacctgcagaaccacaggtt 18118847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 10770805 - 10770224
Alignment:
Q  22 ttgctgcagaccgtgtggtgcaggctgagttgcgggctgcatatatggtcgcaaactgttagcgaactcccaatcatccagcataactttagctctttca 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  10770805 ttgctgcagaccgtgtggtgcaggctgagttgcgagctgcatatctgttcgcaaactgttagcgaactcccaatcatctagcataactttaactctttca 10770706  T
Q  122 atcactgctgcacatgactccgtaacatcctcccaaaccattaaattacagcgtttccataaactccataatagcataaccatctgttttgctttcatag 221  Q
    ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | || ||    
T  10770705 atcgcatctgcacatgactccgtaacatcctcccaaaccattatattagggcgtttccataaactccaaaatagcataaccatatgttttgcctgcacag 10770606  T
Q  222 tagagagattctgcagaagtaacaaaatagcctcttcagccgtatgagcagtagcaacagaaaaatcaatagcagtccataaaacggcccttgtccacac 321  Q
    |||||||||| |||| |||| | ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  10770605 tagagagattttgcataagtgaaaaaatagtctcttcagccatatgagcagaagcaacagaaaaacaaatatcagtccataaaccggcccttgtccatac 10770506  T
Q  322 ttgaatcgcaaagggacatgaaaagaacaggtgagcaaaatcttcctgaccagaattgcaatttacacagtcagttggacaatgaacccctttatcatgt 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10770505 ttgaatcgcaaagggacatgaaaagaacagatgagcaaaatcttcctgaccaaaattgcaatttacacagtcagttggacaatgaacccctttatcatgt 10770406  T
Q  422 agtctaattcgggtgggcaaaacacctcgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttgagtctccaaattccagaccaatttcccg 521  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10770405 agtctaatccgggtgggcgaaaaacctcgacacatatgccaaaccaagttcttcacttttggtggaactttgagtctccaaattccagaccaattgcccg 10770306  T
Q  522 gcctgtgaagatgtgacacatcaatgagttcgttcacacacaaccggtaagcactacgaaccgagtaatgaccgtgtttttc 603  Q
     |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10770305 acctgcgaagatgtgacacgtcaatgagttcgttcacacataaccgataagcactacgaaccgagtaatgacagtgtttttc 10770224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 56 - 705
Target Start/End: Original strand, 17752839 - 17753488
Alignment:
Q  56 ggctgcatatatggtcgcaaactgttagcgaactcccaatcatccagcataactttagctctttcaatcactgctgcacatgactccgtaacatcctccc 155  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17752839 ggctgcatatctgttcgcaaactgttagcgaactcccaatcatccagcataactttagttctttcaatcacagctgcacatgactccgtaacatcctccc 17752938  T
Q  156 aaaccattaaattacagcgtttccataaactccataatagcataaccatctgttttgctttcatagtagagagattctgcagaagtaacaaaatagcctc 255  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  17752939 aaacctttaaattacagcgtttccataaactccataatagcataaccatctgttttgcctgcacagtagagagattctgcagaagtgaaaaaatagcctc 17753038  T
Q  256 ttcagccgtatgagcagtagcaacagaaaaatcaatagcagtccataaaacggcccttgtccacacttgaatcgcaaagggacatgaaaagaacaggtga 355  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17753039 ttcggccgtatgagaagtagcaacagaaaaatcaatatcagtccataaaacggcccttgtccatacttgaatcgcaaaggtacatgaaaagaacaggtga 17753138  T
Q  356 gcaaaatcttcctgaccagaattgcaatttacacagtcagttggacaatgaacccctttatcatgtagtctaattcgggtgggcaaaacacctcgacaca 455  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  17753139 gcaaaatcatcctgaccagaattccaatttacacagtcagttggacaatgaacccctttatcatgtggtctaatctgggtgggcaaaacacctcgacaca 17753238  T
Q  456 tacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttgagtctccaaattccagaccaatttcccggcctgtgaagatgtgacacatcaatgagttcgtt 555  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17753239 tacgccaaaccaagtttttcacttttggtgggactttgagtctccaaattccaaaccaatttctcggcctgtgaagatgtgacacatcaatgagttcgtt 17753338  T
Q  556 cacacacaaccggtaagcactacgaaccgagtaatgaccgtgtttttcagctttccaaatcaaacgatcttgttgcacttgttcaaacagatgagtattt 655  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  17753339 cacacataaccggtaagcactacgaaccgagtaatgaccgtgtttttcagctttccaaatcaaacgatcttgctgcacttgttcaaatagatgagtattt 17753438  T
Q  656 aaaatctatgctgcaatgttgtcactaaaaaccagccaaaccacaggttc 705  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  17753439 aaaatccgtgctgcaatgttgtcactaagaacctgccaaaccacaggttc 17753488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 38 - 400
Target Start/End: Original strand, 22737029 - 22737387
Alignment:
Q  38 ggtgcaggctgagttgcgggctgcatatatggtcgcaaactgttagcgaactcccaatcatccagcataactttagctctttcaatcactgctgcacatg 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||    
T  22737029 ggtgcaggctgagttgcgggctgcatatctgttcgcaaactgttagcgaactcccaatcatctagcataactttagctctttcaatcacagctgca--tg 22737126  T
Q  138 actccgtaacatcctcccaaaccattaaattacagcgtttccataaactccataatagcataaccatctgttttgctttcatagtagagagattctgcag 237  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22737127 actccgtaacatcctcccaaacctttaaattacggtgtttccataaacttcataatagcataaccatttgttttgccttcatagtagagagattctgcag 22737226  T
Q  238 aagtaacaaaatagcctcttcagccgtatgagcagtagcaacagaaaaatcaatagcagtccataaaacggcccttgtccacacttgaatcgcaaaggga 337  Q
    |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  22737227 aagtgaaaaaatagcctcttcacccgtatgagcagtagcaac--aaaaatcaatatcagtccataaaccggcccttgtccatagttgaatcgcaaaggga 22737324  T
Q  338 catgaaaagaacaggtgagcaaaatcttcctgaccagaattgcaatttacacagtcagttgga 400  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22737325 catgaaaagaacagatgagcaaactcttctcgaccagaatagcaatttacacagtcagttgga 22737387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 396 - 527
Target Start/End: Original strand, 22738653 - 22738784
Alignment:
Q  396 ttggacaatgaacccctttatcatgtagtctaattcgggtgggcaaaacacctcgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttgag 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22738653 ttggacaatgaacccctttatcatgtagtctaatccgggtgggcaaaacacctcgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttgag 22738752  T
Q  496 tctccaaattccagaccaatttcccggcctgt 527  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  22738753 tctccaaattccagaccaattgcctggcctgt 22738784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 557 - 617
Target Start/End: Original strand, 17393039 - 17393099
Alignment:
Q  557 acacacaaccggtaagcactacgaaccgagtaatgaccgtgtttttcagctttccaaatca 617  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||| |||| |  |||||||||||||||||||    
T  17393039 acacacaaccggtaagcactacgcactgaataacgaccattcttttcagctttccaaatca 17393099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 110; Significance: 5e-55; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 88 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 27492783 - 27492277
Alignment:
Q  88 ctcccaatcatccagcataactttagctctttcaatcactgctgcacatgactccgtaacatcctcccaaaccattaaattacagcgtttccataaactc 187  Q
    ||||||||||||||||| |||  | ||||  ||||||||  | || |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||| ||    
T  27492783 ctcccaatcatccagcaaaacccttgctcgctcaatcacaacagcccatgtctccgttacatcctcccaaacctttaaattacggtgtttccacaaaatc 27492684  T
Q  188 cataatagcataaccatctgttttgctttcatagtagagagattctgcagaagtaacaaaatagcctcttcagccgtatgagcagtagcaacagaaaaat 287  Q
    ||||| | ||||||||    ||| || | || | |||| || |||||||| ||| | ||||||||||| || | ||||||||||||||||||| | ||||    
T  27492683 cataaaatcataaccaaacatttggcatgcacattagaaaggttctgcagtagtga-aaaatagcctcatcggtcgtatgagcagtagcaaca-acaaat 27492586  T
Q  288 caatagcagtccataaaacggcccttgtccacacttgaatcgcaaagggacatgaaaagaacaggtgagcaaaatcttcctgaccagaattgcaatttac 387  Q
    |   |  |  |||||||  ||||||||  || |||||| ||||||| ||||| | ||| || || || ||||| ||||| || || ||||  ||||| ||    
T  27492585 cttaattaacccataaattggcccttgctcatacttgactcgcaaaaggacaagcaaaaaaaagatgggcaaagtcttcttggccggaatcacaattaac 27492486  T
Q  388 acagtcagttggacaatgaacccctttatcatgtagtctaattcgggtgggcaaaacacctcgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtggg 487  Q
    | ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||  |  || ||||||  ||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  27492485 atagtcagttggacattgaaccc-tttatcatgaagtgtaacccaagttggcaaacaactccgacacattcgccaaaccaagttcttcaccttgggtggg 27492387  T
Q  488 actttgagtctccaaattccagaccaatttcccggcctgtgaagatgtgacacatcaatgagttcgttcacacacaaccggtaagcactacgaaccgagt 587  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||  ||||||| || |  || ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |    
T  27492386 actttaagtctccaaatttcagaccaatagcccggcctacgaagatgggataagtcgatgagttcgctcacacataaacggtaagcactacgaaccgaat 27492287  T
Q  588 aatgaccgtg 597  Q
    ||||||||||    
T  27492286 aatgaccgtg 27492277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 449 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 27457332 - 27457259
Alignment:
Q  449 cgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttgagtctccaaattccagaccaatttcccgg 522  Q
    ||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||| | ||||||    
T  27457332 cgacaaattcgccataccaagtttttgacttttggtgggactttaagtttccaaatccccgaccagtatcccgg 27457259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 449 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 20247390 - 20247325
Alignment:
Q  449 cgacacatacgccaaaccaagttcttcacttttggtgggactttgagtctccaaattccagaccaa 514  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||    
T  20247390 cgacacattcgccaaatcaaattctttactttaggtggaactttcagtctccaaataacagaccaa 20247325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University