View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4007_low_5 (Length: 424)

Name: NF4007_low_5
Description: NF4007
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4007_low_5
NF4007_low_5
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (18-416)||(38321284-38321682)
chr8 (19-416)||(38317189-38317586)
chr8 (79-416)||(38300539-38300876)
chr8 (85-416)||(38309186-38309517)
chr8 (81-416)||(38326034-38326369)
chr8 (21-416)||(38306448-38306831)
chr8 (26-416)||(38313780-38314169)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (28-416)||(38849759-38850156)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 38321682 - 38321284
Alignment:
Q  18 cagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagactt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321682 cagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattatgaattccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagactt 38321583  T
Q  118 caatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321582 caatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtac 38321483  T
Q  218 aacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321482 aacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaa 38321383  T
Q  318 ccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321382 ccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctc 38321284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 38317586 - 38317189
Alignment:
Q  19 agcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttc 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||     
T  38317586 agcaatgaggttaaacaaattcaaggtggaaagtaattaaattgctgattcaaaaaatatatataaacttacattgaataggccgtgagataaagacttt 38317487  T
Q  119 aatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtaca 218  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||  |  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38317486 aatttcttttgcaatggcatggtagaagattggtcctgagtagttctttttaggccagaagaagtgcttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtaca 38317387  T
Q  219 acttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaac 318  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||   || ||||  ||   |||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  38317386 actttctctttactagttgcaacttctgctcgcaggttgatggatcaagttttgagtaacaataagccaacgtcgaaaacttcatccgtgggtcaagaac 38317287  T
Q  319 cgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctc 416  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  38317286 tgctcccagtgcaagaacaacactatactcatcccaatatttgtcaaactcgctcatcatcctttcagccattctctttataactttatcttcatctc 38317189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 79 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 38300876 - 38300539
Alignment:
Q  79 atataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaa 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || || |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| | ||||    
T  38300876 atataaacttacatcaaataggccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctggataattctttgcacgcaagaa 38300777  T
Q  179 gaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaac 278  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  |  ||  ||||||||||||||||||    
T  38300776 ggagtacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagtaac 38300677  T
Q  279 aatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcat 378  Q
    ||| ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  38300676 aattagccaatgttgaaagcttaatccttgggtcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcat 38300577  T
Q  379 cctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctc 416  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  38300576 cctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctc 38300539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 85 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 38309517 - 38309186
Alignment:
Q  85 acttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaata 184  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||    
T  38309517 acttacatcaaataggccctgagataaagactttaacttcttttgcaatggcacactagaagattggtcctgaattgttctttgcacgccagaagaagta 38309418  T
Q  185 cttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgag 284  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||  ||  ||| ||||||||||||||||| ||    
T  38309417 cttttgcaagaattcttgtgaaatagcatgtacaacttgctctttacttgctgcaacttcctttcgcaggttgatgcattaagttttgagtaacaataag 38309318  T
Q  285 ccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttc 384  Q
    ||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  38309317 ccaatgtggaaagctttatccttgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcttcccaatatttctcaaacttggtcaacatcctttc 38309218  T
Q  385 agccattctctttatagcttcatcttcatctc 416  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38309217 aaccattctctttatatcttcatcttcatctc 38309186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 81 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 38326369 - 38326034
Alignment:
Q  81 ataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaaga 180  Q
    ||||||||||  ||||||  ||||||||| |||||||  | ||||||||||||| |||| | ||||||| | |||||| |||||||||||  ||||||||    
T  38326369 ataaacttaccccaaatataccgtgagataaagacttggagttcttttgcaatgacatggtcgaagattggccctgaacagttctttgcatgccagaaga 38326270  T
Q  181 aatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaa 280  Q
    | ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||    
T  38326269 agtacgttggctagaatacttgccaaatagcatgtacaacttcgtccttacttgttgcaacttcctttcacaggttgatgcatcaagttttgagtaacaa 38326170  T
Q  281 tgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcc 380  Q
    | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  38326169 taagccaatgttgaaaatttaatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactgtactcattccaaaatttgtcaaacttgctcatcatcc 38326070  T
Q  381 tttcagccattctctttatagcttcatcttcatctc 416  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38326069 tttcagccattctctttataacttcatcttcatctc 38326034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 21 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 38306831 - 38306448
Alignment:
Q  21 caacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||   |    
T  38306831 caacgaggttaaacaaattcaagatagaaagtaattaaattgttagttcaaaaaatatatatgaacttacatcaaataggccatgagataaagactcaga 38306732  T
Q  121 tttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaac 220  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306731 gttcttttgcaatggcatggtagaagattggccctgaacagttgtttgcataccagaagaagtacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaac 38306632  T
Q  221 ttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccg 320  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||   ||| |||||||||||||||| ||||||  | || || |||||||||||||             
T  38306631 tttgtctttactttttgcaacttccgttcacaagttgatggatcgagttttgagtaacaatcagccaaccttgagaatttcatccgtgggt--------- 38306541  T
Q  321 ctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctc 416  Q
       ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  38306540 ---ccattgcaagaacaacactatgctcatcccaatatttcttaaacttgcccatcatccttttagccattctcgctataacttcatcttcatctc 38306448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 26 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 38314169 - 38313780
Alignment:
Q  26 aggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatat-atataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttc 124  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||| ||||| || |||||||| |||||||| |||| || ||||||||||||   | |||    
T  38314169 aggttaaacaaattcaagatagaaagtaattaaattgttgattcaaaaaaaattatataaacgtacatcaactaggtcgagagatgaagactcagagttc 38314070  T
Q  125 ttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttac 224  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||      
T  38314069 ttttgcaatggcatggtagaagattggccctaaatagttgtttgcaccctagaagaagtacttttgctagagtacttggcaaatagcatgtacaactttg 38313970  T
Q  225 tctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcc 324  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||   ||| |||||||||||||||  ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  38313969 tctttactttttgcaacttccgttcacaagttgatggatctagttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcc 38313870  T
Q  325 caatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctc 416  Q
    || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||  || |  ||||||||||||||    
T  38313869 cattgcaagaacaacac--tactcatcccaatatttcttaaacttgcccatcatacttttagccattctcgctacaaattcatcttcatctc 38313780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 28 - 416
Target Start/End: Original strand, 38849759 - 38850156
Alignment:
Q  28 gttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttt 127  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||  || | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  38849759 gttaaacaaattcaagatagaatgtaatttaagtgttgatccaaaaaatatataaaaacttacatcaaataggccatgagataaagactttaatttcttt 38849858  T
Q  128 tgcaatggcatgctagaagattcgtcctga---------atagttctttgcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtaca 218  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||         ||||||||||| ||||||| || | | || |||| ||||| ||| |||||||||||| |||    
T  38849859 tgtaatggcatgctagaagattggtcctgattctccttaatagttctttgaaccccagcagtagtgctgttgccagaatgcttctcaaatagcatgcaca 38849958  T
Q  219 acttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaac 318  Q
    |||| ||||||||||  || | ||||||||||||||  ||  |||| |||||||| ||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||    
T  38849959 actttctctttacttgctgtagcttcctttcacaggttgatgcatccagttttgaataacaataagccaaggttgtaaacttcatccgtgggtcaagaac 38850058  T
Q  319 cgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  38850059 cgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattttctttatatcttcatcttcatctc 38850156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University