View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4011_low_10 (Length: 393)

Name: NF4011_low_10
Description: NF4011
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4011_low_10
NF4011_low_10
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (19-376)||(27223714-27224071)
chr8 (21-376)||(27227905-27228260)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (20-315)||(11547030-11547325)
chr1 (19-345)||(48652889-48653215)
chr1 (21-315)||(48618242-48618536)
chr1 (143-257)||(48639754-48639868)
chr1 (19-257)||(48661406-48661647)
chr1 (19-260)||(48666998-48667242)
chr1 (21-322)||(48628658-48628959)
chr1 (132-345)||(48656337-48656550)
chr1 (143-260)||(48585178-48585295)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-345)||(19665597-19665922)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 27224071 - 27223714
Alignment:
Q  19 gaagaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttggga 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27224071 gaagaaccatatattgatgttcaattgtcttctgtagttcttaagtacaatgagatcccggattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttggga 27223972  T
Q  119 caatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27223971 caatcataatggaacaaattaagaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaa 27223872  T
Q  219 aaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatgag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27223871 aaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatgag 27223772  T
Q  319 tgtattatagagtggttgaactcaaagtcaccatcatctgtggtttacatctcctttg 376  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27223771 tgtatcatagagtggttgaactcaaagccaccatcatctgtggtttacatctcctttg 27223714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 21 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 27228260 - 27227905
Alignment:
Q  21 agaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttgggaca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| || || ||||||||  ||||  |||||||||  | | || |||||||| ||    
T  27228260 agaaccttatattgatgttcaattgtcttctctagtccttaaatacaatgaaataccagatttccttcattgttttagtaagtatccatttcttgggtca 27228161  T
Q  121 atcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaa 220  Q
     || || ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||  | ||| |||| |||     
T  27228160 ctcttattggaacagattaagaacttgtctaaagtgttttgtgtattggtggatacctatgaggaattggaacatgatttcataaattatatttcaaaat 27228061  T
Q  221 attcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatgagtg 320  Q
    |||| |||  ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  27228060 attctgtcttaataagacccattggtcctttatttcaaaacccaaaaacaaaaactgcaagtaatatctgtggtgatttagttaagagtgatgatgattg 27227961  T
Q  321 tattatagagtggttgaactcaaagtcaccatcatctgtggtttacatctcctttg 376  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  27227960 tattatagagtggttaaactcaaggccacaatcatctgtggtatacatctcatttg 27227905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 11547325 - 11547030
Alignment:
Q  20 aagaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttgggac 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||    ||| ||||| ||||| || |||||||||||| ||||   ||||||| ||| | || |||| |||||    
T  11547325 aagaaccttatattgatgttcaattaccttttcaagtccttaaatacaatgaaatcccagattttcttcatccttttagtccatatccatttctagggac 11547226  T
Q  120 aatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaa 219  Q
    | ||||  | |||||  |||| || || ||||||||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||| || | |||    
T  11547225 actcatcttagaacagtttaagaatttatctaaagtgttttgtgttttagtagaaacctatgaagaactagaacatgatttcattgactatattacaaaa 11547126  T
Q  220 aattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgat 315  Q
    || ||  || | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||  ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  11547125 aaatccatccacataagacctattggtccattgtttaaaaatccaaatattaaaggtgcaagtaatattcgtggagattttgttaagagtgatgat 11547030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 48653215 - 48652889
Alignment:
Q  19 gaagaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttggga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||  | || || |||||||||||| | ||   |||||||||||||  |    ||||||    
T  48653215 gaagaaccttatattgatgttcaattaccttttgtagttcttaaacataatgaaatcccagattttctgcatccttttagtacatttctatcatttggga 48653116  T
Q  119 caatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaa 218  Q
    || || |  | ||||||||||| || || |||||||| |||||||| || || || || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||    
T  48653115 cactcgtcttagaacaaattaagaatttatctaaagtattttgtgttttagtagaaacctatgaagaactagagcatgatttcattgactatatttcaaa 48653016  T
Q  219 aaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatgag 318  Q
     || ||| ||   |||||||| |||||||| |||||||| ||| || | ||||||  |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||       
T  48653015 caaatcaatcctcataagacccattggtccattgtttaacaactcaaacattaaaggtgcaaacaatatccgtggtgattttgttaagagtgatgattgt 48652916  T
Q  319 tgtattatagagtggttgaactcaaag 345  Q
      ||||||||||||| | |||||||||    
T  48652915 aatattatagagtggctaaactcaaag 48652889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 315
Target Start/End: Original strand, 48618242 - 48618536
Alignment:
Q  21 agaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttgggaca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||    ||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||   |||||||  |||| || |||| ||||||    
T  48618242 agaaccttatattgatgttcaattaccttttcaagttcttaaatacaatgaaatcccagattttcttcatccttttagtcaatttccatttctagggaca 48618341  T
Q  121 atcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaa 220  Q
     ||||  | |||||  |||| || ||||||||||| |||||||| || || || || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||    
T  48618342 ctcatcttagaacagtttaagaatttgtctaaagtattttgtgttttagtagaaacctatgaagaactagagcatgatttcattgactatatttcaaaaa 48618441  T
Q  221 attcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgat 315  Q
    |  || |     ||||||| |||||||| |||||| | || ||| | ||||||  |||||  |||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  48618442 aaacaattttcgtaagacccattggtccattgtttcacaatccaaatattaaaggtgcaaaaaatattcgtggagattttgttaagagtgatgat 48618536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 143 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 48639868 - 48639754
Alignment:
Q  143 acttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaaattcagtcaaaataagacctat 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||| ||| |||  |||||||||||    
T  48639868 acttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgatttcatagattatatttcaaaaaaatcaatcaccataagacctat 48639769  T
Q  243 tggtcctttgtttaa 257  Q
    |||||||| ||||||    
T  48639768 tggtccttcgtttaa 48639754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 48661647 - 48661406
Alignment:
Q  19 gaagaaccttatattgatgttcaattg---tcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttg 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |    |||||  |||||||||| |||||||| |||||||||| | | ||   ||||| | ||||| ||||||| |    
T  48661647 gaagaaccttacattgatgttcaactcaactcttctatagttcttaaatacaacgaaatcccagattatatacatccttttaatccatttccaattctag 48661548  T
Q  116 ggacaatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttc 215  Q
    ||||| | |  | || |||||| ||  || |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||| |||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  48661547 ggacacttaccacggcacaaataaaggacatgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctttgaagaattagagcatgatttcatcgattatatttc 48661448  T
Q  216 taaaaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaa 257  Q
     ||||| ||| |||  ||||||| | ||||||||||||||||    
T  48661447 aaaaaaatcaatcaccataagacatgttggtcctttgtttaa 48661406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 48667242 - 48666998
Alignment:
Q  19 gaagaaccttatattgatgttcaattg---tcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| |    |||||  |||||||||| ||||| || |||||||||||| | ||   |||| ||| || | ||||||| |    
T  48667242 gaagaaccttatattgatgttcaactcaactcttctatagttcttaaatacaatgaaatcccagattttatacatcctttttgtagatatccaattctag 48667143  T
Q  116 ggacaatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttc 215  Q
    ||||| |||  | || ||| || ||  || |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||| |||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  48667142 ggacactcaccacggcacagataaaggacatgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctttgaagaattagagcatgatttcatcgattatatttc 48667043  T
Q  216 taaaaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaa 260  Q
      |||| ||| ||   ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  48667042 ggaaaaatcaatcgccataagacccgttggtcctttgtttaaaaa 48666998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 21 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 48628959 - 48628658
Alignment:
Q  21 agaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttgggaca 120  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||   |||| ||||| ||||| || |||||||||||    ||   ||||| | | | | ||||||| ||||||    
T  48628959 agaaccttatattgatgttcatttgccttttatagtccttaaatacaatgaaatcccagatttaacacatccttttaatccctatccaattctagggaca 48628860  T
Q  121 atcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaa 220  Q
     |||| | |  ||| || || |||||||| ||| | ||||||||||| |  ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  48628859 ctcatcacgtcacatatgaataacttgtccaaaatattttgtgtattagcggatacctatgaagaactagagcatgatttcatcgattatctttccaaaa 48628760  T
Q  221 attcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatgagtg 320  Q
    | ||||||   || ||||| ||||||||| |||| || ||||||  ||| |||   ||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  48628759 aatcagtcctcattagacccattggtcctctgttcaagaacccaacaataaaagcagcaagcaatattcgaggtgattttgttaagagcgatgatgattg 48628660  T
Q  321 ta 322  Q
    ||    
T  48628659 ta 48628658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 132 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 48656550 - 48656337
Alignment:
Q  132 acaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaaattcagtcaaa 231  Q
    ||||||||| || ||||||||||  || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| | |||||| ||||| ||| ||||  |||| ||| |||      
T  48656550 acaaattaagaatttgtctaaagcattgtgtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcaatcatc 48656451  T
Q  232 ataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatgagtgtattatagagt 331  Q
    |||||||| ||||||||  |||| || |||||| | || | |  ||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||     |||||||||||    
T  48656450 ataagaccaattggtccggtgttcaacaacccaaacataataggtgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaagactgatgattctactattatagagt 48656351  T
Q  332 ggttgaactcaaag 345  Q
    || | |||||||||    
T  48656350 ggctaaactcaaag 48656337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 48585295 - 48585178
Alignment:
Q  143 acttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaaattcagtcaaaataagacctat 242  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || ||| |||| ||||| ||| ||   |||||| || |    
T  48585295 acttatctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgaattcatagattatatttcgaaaaaatcaatccccataagaactgt 48585196  T
Q  243 tggtcctttgtttaaaaa 260  Q
    ||||||||  ||||||||    
T  48585195 tggtccttcatttaaaaa 48585178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 345
Target Start/End: Original strand, 19665597 - 19665922
Alignment:
Q  20 aagaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttgggac 119  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  |||  |||| ||||||  | ||||| || || |||||| | ||   |||||||| || |||| |||| |||||    
T  19665597 aagaaccttatattgatgctcaattacctttcgtagctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagtaaatattcatttctagggac 19665696  T
Q  120 aatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaa 219  Q
    | ||||  | |||||  |||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||    
T  19665697 actcattttagaacagtttaagaatttatctaaagtgttttgtgtattggtggatagttatgatgaactagagcatgattacatcgactatatttcgaaa 19665796  T
Q  220 aattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatgagt 319  Q
    || ||| ||   | ||| || || ||||| |||||||| || ||| | ||||||  ||| ||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||        
T  19665797 aaatcaatccttacaaggccaatcggtccattgtttaataatccaaagattaaatgtgcgagtgatattcgcggtgattttgttaagagtgatgattgta 19665896  T
Q  320 gtattatagagtggttgaactcaaag 345  Q
     ||||||||||||| | |||||||||    
T  19665897 atattatagagtggctaaactcaaag 19665922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University