View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4012_low_60 (Length: 213)

Name: NF4012_low_60
Description: NF4012
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4012_low_60
NF4012_low_60
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (1-213)||(3405761-3405973)
chr8 (1-208)||(3319508-3319715)
chr8 (1-200)||(3396823-3397022)
chr8 (1-208)||(31177629-31177836)
chr8 (1-213)||(3389283-3389495)
chr8 (1-179)||(3365927-3366105)
chr8 (1-140)||(3430189-3430330)
chr8 (1-208)||(3283899-3284106)
chr8 (3-184)||(13789920-13790101)
chr8 (2-198)||(3259748-3259944)
chr8 (4-186)||(3322814-3322996)
chr8 (2-184)||(13810076-13810258)
chr8 (1-142)||(7163723-7163864)
chr8 (1-142)||(3266496-3266637)
chr8 (1-176)||(3376897-3377072)
chr8 (157-201)||(31163418-31163462)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-210)||(6903918-6904127)
chr3 (1-200)||(32409798-32409997)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-204)||(8370139-8370342)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-200)||(14765755-14765954)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (1-210)||(3309-3518)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (1-200)||(20813628-20813827)
chr5 (1-200)||(20840067-20840266)
chr5 (1-179)||(15804890-15805068)
chr5 (1-137)||(30419645-30419781)
chr5 (61-208)||(12597098-12597245)
chr5 (1-151)||(12598035-12598185)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 3405973 - 3405761
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3405973 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 3405874  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3405873 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 3405774  T
Q  201 gtcatcaattgct 213  Q
    |||||||||||||    
T  3405773 gtcatcaattgct 3405761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 3319508 - 3319715
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||    
T  3319508 attaattacacaaaattcactatccagatttacaagagacacacagtaatgtcatttaatgatgaagattggcaaggcgtcgtatcaaaattaggagttg 3319607  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  3319608 gtgacaatttggagatttttgtagttattggacatggatggactgttaaggagacgaatgtctatctaatatatgatcagtcaaatgctatggaaattga 3319707  T
Q  201 gtcatcaa 208  Q
    ||||||||    
T  3319708 gtcatcaa 3319715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 3397022 - 3396823
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || || |||||| | |||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||    
T  3397022 attaattacacaaaactcactatccaaatttacaagcgtgacacaataatgtcttttaatgatgaagattgggaaggtgtagtgtcaaatttaaaagttg 3396923  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||    
T  3396922 atgacaatgtggagatttttgtagctattgggcatggattgactgttaaggagacggctgtctatctaatatatggtcagccagctgctatggaaattga 3396823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 31177629 - 31177836
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || || |||||| | |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| || ||||    
T  31177629 attaattacacaaaactcactatccagatttacaagcgtgacacaataatgtcctttaatgatgaagattgggaaggtgttgcctcaaattttggtgttg 31177728  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| || ||||||| ||||||| ||| ||||||||||     
T  31177729 gtgacaatgtggaggtttttgtagctattgggcatggattaactgttaaggagacagctgtctatttagtatatgaccagtcaaatgctatggaaattgt 31177828  T
Q  201 gtcatcaa 208  Q
    | ||||||    
T  31177829 gccatcaa 31177836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 3389495 - 3389283
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || || |||| | |||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||  || |||||||| ||||||||||    
T  3389495 attaattacacaaaattaactatccaaatttacaggcgagacacagtaatgtcttttaatgatgaagattggcaagacgtggtatcaaaattaggagttg 3389396  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||| |||   ||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||| ||    
T  3389395 gtgacaatgtggagatttttgtatctattgggcatggatggactgttaagaagatgactgtctatctaatttacgatcagtcaaatgctatggaaatcga 3389296  T
Q  201 gtcatcaattgct 213  Q
    |||||||| ||||    
T  3389295 gtcatcaaatgct 3389283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Original strand, 3365927 - 3366105
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || |||||  |||||||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  3365927 attaattacacaaaattcactatgcagatttacaaacgagacacaataatgtcgtttaatgatgaagattggcaaggcatagtgtcaaatttaggagttg 3366026  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatca 179  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  3366027 gtaacaatttggagatttttgtagctattgggcatggatttactgttaaggaaactgctgtttatctaatatatgatca 3366105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 140
Target Start/End: Original strand, 3430189 - 3430330
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgt--agtatcaaatttaggagt 98  Q
    |||||||||||||||||||| || || || ||||||  |||||| |||| | | || || |||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||    
T  3430189 attaattacacaaaattcaccatccagatttacaagcaagacaccgtaaggtcgttcaatgatgaagattggcaaagtgtgtagtatcaaatttaggagt 3430288  T
Q  99 tggtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggatt 140  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3430289 tggtgacaatgtggagaattttgtagcttttgggcatggatt 3430330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 3284106 - 3283899
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||| |     ||  ||||||| |||||  ||    
T  3284106 attaattatacaaaattcactgttcacatatacaagcgagatacaataatgtcctttaatgatgaagattggaagaacataacatcaaatctaggacctg 3284007  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| || ||||||||| |||| |||||| |||||| | || |||  | | | |||||||||    
T  3284006 gtgacaatgtggagatatttgtagcttttgggcatgagttgattgttaaggagacagctgcctatcttatatataaccactcagttactaaggaaattga 3283907  T
Q  201 gtcatcaa 208  Q
    ||||||||    
T  3283906 gtcatcaa 3283899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 3 - 184
Target Start/End: Original strand, 13789920 - 13790101
Alignment:
Q  3 taattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttggt 102  Q
    |||||||||||||| ||| || ||   |||||||||||||||| ||    | |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  13789920 taattacacaaaatgcacaatccaagcatacaagagagacacattatcctcttttaacgatgaagattggcaaggtgtagtgtcaaatttaggtgttggt 13790019  T
Q  103 gacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaa 184  Q
    ||||| ||||||||  |||||| ||||||| | || |||| || |||| ||||  |||||||||| |||||||| |||||||    
T  13790020 gacaaggtggagataattgtagtttttggggacgggttgattgttaagaagacaactgtctatcttatatatgaccagtcaa 13790101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 3259944 - 3259748
Alignment:
Q  2 ttaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttgg 101  Q
    ||||| ||||||| | || ||| || ||||||||| |||||||  |||||  |||||| |||||||||||| |   |||| |||||||| ||||   |||    
T  3259944 ttaatcacacaaagtgcaatatccagatatacaagcgagacacgataatgttctttaatgatgaagattggaagaatgtaatatcaaatctaggtcctgg 3259845  T
Q  102 tgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaatt 198  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| |||| ||||| |||||||||||||  || |||| | |||||||||||    
T  3259844 tgacgatgtagagatttttgtagcttttggccatggattgattgttaagcagacagctgtttatctaatatatggccactcaattacaatggaaatt 3259748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 4 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 3322996 - 3322814
Alignment:
Q  4 aattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttggtg 103  Q
    ||||||||||||| ||| || || ||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||| ||| | ||| ||  || |||  |||||  |||||    
T  3322996 aattacacaaaatgcacaatccaaatatacaagggagacacagtaatgtcttttaatgatgaagactggaagggtttaacattaaacctaggacctggtg 3322897  T
Q  104 acaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaact 186  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| || |||||||||  | || |||||||| ||||  |||||||||    
T  3322896 acaatgtggagatttttgttgtttttgggcacggattgattgttaaggagacatcagtttatctaatttatggccagtcaact 3322814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 2 - 184
Target Start/End: Original strand, 13810076 - 13810258
Alignment:
Q  2 ttaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttgg 101  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||  ||| | | | ||||||| |||||||||||| |   ||||  ||||||| | |||   ||    
T  13810076 ttaattacacaaaattcaccatccagatatacaagcgaggtacattgaggtcctttaatgatgaagattggaagaatgtaacatcaaatcttggaccagg 13810175  T
Q  102 tgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaa 184  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||||||  |||||||| || ||||||||| |||||||||||| | |||| ||||||||    
T  13810176 tgacaaagtggagatttttgtactttttgggtgtggattgattgttaaggagacagctgtctatctactttatggtcagtcaa 13810258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 7163864 - 7163723
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    |||||||||||||| | ||| || || ||||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |   ||||  ||||||| |||||  ||    
T  7163864 attaattacacaaagtgcaccatccagatatacaagcgagacgcagtaatgtcctttaatgatgaagattggaagaatgtaacatcaaatctaggacctg 7163765  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattga 142  Q
    ||||  |||| |||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  7163764 gtgatgatgtagagatttttgtatcttttgggaatagattga 7163723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 3266637 - 3266496
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    |||||||||||||| | ||| || || || |||||| ||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| |   ||||  ||||||| |||||  ||    
T  3266637 attaattacacaaagtgcaccatccaaatttacaagcgagacactgtagtgtcctttaatgatgaagattggaagaatgtaacatcaaatctaggacctg 3266538  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattga 142  Q
    ||||  ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  3266537 gtgatgatgtgaagatttatgtagcttttgagcatggattga 3266496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 176
Target Start/End: Original strand, 3376897 - 3377072
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    |||||||||||||| | ||| ||  | ||||||||| |||||||||| ||| | ||||| |||||||||||| | ||| ||  |||||||  ||    ||    
T  3376897 attaattacacaaagtgcaccatcgagatatacaagcgagacacagttatgtcttttaatgatgaagattggaagggtttaacatcaaatccagagactg 3376996  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatga 176  Q
     |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||  ||  |||  ||||||||||||||    
T  3376997 atgacagcgtggagatttttgtagcttttgggcgtggattgattgttaaggtcacaactgcatatctaatatatga 3377072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 201
Target Start/End: Original strand, 31163418 - 31163462
Alignment:
Q  157 gctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattgag 201  Q
    |||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  31163418 gctgtctatctagtatatggtcaatcaattgcaatggaaattgag 31163462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 6904127 - 6903918
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||| |||||    
T  6904127 attaattacacaaaatgcacgtttcatatatacaagcgagacacagtaatgtcctttaacgatgaagattggcagagtgtaatatcaaatttagcagttg 6904028  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||| |||||   |||||| ||| ||| |||||||    
T  6904027 gggacagtgtggggatttttgtagcttttgggcatggattgactgttaagaagacagttgtctatctaacatatgccgagtcaagtgctatgcaaattga 6903928  T
Q  201 gtcatcaatt 210  Q
    | ||||||||    
T  6903927 gccatcaatt 6903918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 32409997 - 32409798
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    |||||||| ||||| | ||| || || ||||||||| |||||||  ||||  ||||||| |||||||||||| |   ||| | ||||||| | |||  ||    
T  32409997 attaattatacaaagtgcaccatccagatatacaagcgagacacgataatttcctttaatgatgaagattggaagaatgtggcatcaaatctcggacctg 32409898  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    |  || | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||  ||||||  ||||||| | |||||||||||||    
T  32409897 gcaacgaagtggagatctttgtagcttttgagcatggattgattgttaaggagaccgctgtttatctggtatatggccagtcaattacaatggaaattga 32409798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 104; Significance: 5e-52; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 8370342 - 8370139
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    |||||| |||| |||||||| || ||||| | |||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8370342 attaatcacaccaaattcacaatccatatttgcaagcgagacacagtaatgtcgtttaatgatgaagattggcaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 8370243  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||  || ||| |||||||||    
T  8370242 gtgacaatgtggagatttttgttacttttagacatggattgacagttaaggagacagctgtgtatctaatatatagtcagtcgtctacaagggaaattga 8370143  T
Q  201 gtca 204  Q
    ||||    
T  8370142 gtca 8370139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 14765954 - 14765755
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    |||||| ||||||| ||||| || || || |||||| |||||||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  14765954 attaatcacacaaagttcacgatccaaatctacaagcgagacacaataatgtcgtttaatgatgaagattggcaaggtgtagcatcaaatttaggagttg 14765855  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||    
T  14765854 gtgacaatgttgagatttttgttgcttttgggcacggattgataattaaggagacggctgtctatctaatatatggtcagttgactacaatggaaattga 14765755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 3518 - 3309
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |  ||||| |||||||||||| |||||    
T  3518 attaattacacaaaattcacactccatatatacaagcaagaaacagtaatgtcctttaacaatgaagattggcagagtgtaatatcaaatttagcagttg 3419  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| | |||||||||||||||||  || |||| | | ||| |||||||    
T  3418 gggacaatgtggggatttttgtagcttttgggcatggattgaccgttaagaagacagttgtctatctaatatatggccaatcaagttctatgcaaattga 3319  T
Q  201 gtcatcaatt 210  Q
    | ||||||||    
T  3318 gccatcaatt 3309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 92; Significance: 7e-45; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 20813628 - 20813827
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    ||||||||||||||  |||| || || || ||||||   |||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||    
T  20813628 attaattacacaaagctcacaatccagatttacaagcatgacacaataatgtcttttaatgatgaagattgggaaggtgtagtgtcaaatttaaaagttg 20813727  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||  ||||| ||||||| |||| |||||||  ||||||||||    
T  20813728 gtgacaatgtggagatttttgtagctattgggcatggatttactgttaaggagacggctgcgtatcttatatatggtcagccaactgctgtggaaattga 20813827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 20840067 - 20840266
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    ||||||||||||||  |||| || || || ||||||   |||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||||    
T  20840067 attaattacacaaagctcacaatccagatttacaaggatgacacaataatgtcttttaatgatgaagattgggaaggtgtattgtcaaatttaaaagttg 20840166  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||  ||||| ||||||| |||| |||||||  ||||||||||    
T  20840167 gtgacaatgtggagatttttgtagctattgggcatggatttactgttaaggagacggctgcgtatcttatatatggtcagccaactgctgtggaaattga 20840266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Original strand, 15804890 - 15805068
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    |||||| |||||||||||||||| || || |||||  |||||||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15804890 attaatcacacaaaattcactatccagatttacaaacgagacacaataatgtcgtttaatgatgaagattggcaaggcatagtgtcaaatttaggagttg 15804989  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctgtctatctaatatatgatca 179  Q
    || |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || || || |||||||||||||||||    
T  15804990 gtaacaatgtggaaatatttgtagctgttgggcatggatttactgttaaggaaactgcggtttatctaatatatgatca 15805068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Original strand, 30419645 - 30419781
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||  |||||||||||||| ||    
T  30419645 attaattatacaaaattcactatcaatttatacaagcgagacacagtaatgtcctttaacgatgaagattggcagggtgtaaaatcaaatttaggagctg 30419744  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatgg 137  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  30419745 gtgacaatatggagatttttgtagctttagggaatgg 30419781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 61 - 208
Target Start/End: Original strand, 12597098 - 12597245
Alignment:
Q  61 gatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttggtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaaggagaccgctg 160  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||  ||  || || | ||    
T  12597098 gatgaagattggcaaggtttaatatcaaattttggagttggtgacaatgtggagattttcgtagctattggacatggcttgactattagagaaacaggtg 12597197  T
Q  161 tctatctaatatatgatcagtcaactgcaatggaaattgagtcatcaa 208  Q
    |||||||| |||||||  |||| | |||  ||||||||||| ||||||    
T  12597198 tctatctagtatatgactagtcgaatgctttggaaattgagccatcaa 12597245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 12598185 - 12598035
Alignment:
Q  1 attaattacacaaaattcactattcatatatacaagagagacacagtaatgacctttaacgatgaagattgggaaggtgtagtatcaaatttaggagttg 100  Q
    |||||||||||||| | ||| ||  | |||||||||  |||||| || ||| | ||||| |||||| ||||| | ||| ||  ||||||| |||    ||    
T  12598185 attaattacacaaagtgcaccatcaagatatacaagcaagacacggttatgtcttttaatgatgaaaattggaagggtttaacatcaaatctagagactg 12598086  T
Q  101 gtgacaatgtggagatttttgtagcttttgggcatggattgactgctaagg 151  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  12598085 gtgacagcgtggagatttttgtagcttttgggcgtggattgattgttaagg 12598035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University