View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4014_high_13 (Length: 473)

Name: NF4014_high_13
Description: NF4014
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4014_high_13
NF4014_high_13
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (12-457)||(1807798-1808243)
chr1 (26-457)||(1875416-1875847)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (24-449)||(25797977-25798402)
chr3 (26-454)||(49993129-49993557)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 457
Target Start/End: Original strand, 1807798 - 1808243
Alignment:
Q  12 atgaataaactaagaaagattattttttcacttccttctgcttttatagtctttgtattgggaatagttttggtttttataagaagaagtgaagtcgtgc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1807798 atgaataaactaagaaagattattttttcacttccttctgcttttatagtctttgtattgggaatagttttggtttttataagaagaagtgaagttgtgc 1807897  T
Q  112 atgaaattaaatttggaccctctaaaatagaagtaatgaaattcactaaacaaaattggaagaaaggttttattaaaggtgcaattccacaacttccatt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1807898 atgaaattaaatttggaccctctaaaatagaagtaatgaaattcactaaagaaaattggaagaaaggttttattaaaggtgcaattccacaacttccatt 1807997  T
Q  212 gtcaatgttgaactcagtgatagctgtttgtaaattatcaacagatcttttccctgaaagggaattttcagttacatcaatttcagtgacagttggacta 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1807998 gtcaatgttgaactcagtgatagctgtttgtaaattatcaacagatcttttccctgaaagggaattttcagttacatcaatttcagtgacagttggacta 1808097  T
Q  312 atgaatttagttggttcatggtttggtgctgtgccaacttgtcatggtgctggaggactagcaggacagtataaatttggaggaaggagtggagggtgtg 411  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1808098 atgaatttagttggttcttggtttggtgctgtgccaacttgtcatggtgctggaggactagcaggacagtataaatttggaggaaggagtggagggtgtg 1808197  T
Q  412 ttgcacttcttggttttgcaaaattggtattgggattggttttagg 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1808198 ttgcacttcttggttttgcaaaattggtattgggattggttttagg 1808243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 26 - 457
Target Start/End: Original strand, 1875416 - 1875847
Alignment:
Q  26 aaagattattttttcacttccttctgcttttatagtctttgtattgggaatagttttggtttttataagaagaagtgaagtcgtgcatgaaattaaattt 125  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||  |  ||||||  || |||| |||   | | || |||||||||||||| |||    
T  1875416 aaagattcttttttcacttccttctgcttttgtaatctttgttttaggtgttattttggcattcataaaaaggcctaatgtggtgcatgaaattaagttt 1875515  T
Q  126 ggaccctctaaaatagaagtaatgaaattcactaaacaaaattggaagaaaggttttattaaaggtgcaattccacaacttccattgtcaatgttgaact 225  Q
    |||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||| |||| |||||||    
T  1875516 ggaccctcttcaatagaagtggtgaaattcactaaacatgcttggaagaaaggttttatcaaaggtacaattcctcaacttcctttgacaatcttgaact 1875615  T
Q  226 cagtgatagctgtttgtaaattatcaacagatcttttccctgaaagggaattttcagttacatcaatttcagtgacagttggactaatgaatttagttgg 325  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||  ||| | || ||||||| ||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||  | |||||||| |||||    
T  1875616 ctgtgatagctgtttgtaagttgtcaaaggatttgtttcctgaaaaggacttttcagtcacttcactttcagtgacagttgggttgatgaatttggttgg 1875715  T
Q  326 ttcatggtttggtgctgtgccaacttgtcatggtgctggaggactagcaggacagtataaatttggaggaaggagtggagggtgtgttgcacttcttggt 425  Q
    ||  |||||||||||  ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1875716 ttgttggtttggtgcaatgccatcttgccatggtgctggtggactagcaggacagtataaatttggtggaaggagtggagggtgtgtggcacttcttggt 1875815  T
Q  426 tttgcaaaattggtattgggattggttttagg 457  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1875816 gttgcaaaattggtattgggattggtgttagg 1875847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 24 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 25798402 - 25797977
Alignment:
Q  24 agaaagattattttttcacttccttctgcttttatagtctttgtattgggaatagttttggtttttataagaagaagtgaagtcgtgcatgaaattaaat 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |  |||||| ||  ||||||||||||    
T  25798402 agaaagattattttttcacttccttctgcatttgtagtctttgtgttggggattgttttggtttttataagaaaacatgaagttgtcaatgaaattaaat 25798303  T
Q  124 ttggaccctctaaaatagaagtaatgaaattcactaaacaaaattggaagaaaggttttattaaaggtgcaattccacaacttccattgtcaatgttgaa 223  Q
    |||||||  ||  ||||||| |  ||||||||||||||||    ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  25798302 ttggaccaacttcaatagaattggtgaaattcactaaacatgcatggaagaaaggttttgtcaaaggtgcaattcctcaacttccattgtcaattttgaa 25798203  T
Q  224 ctcagtgatagctgtttgtaaattatcaacagatcttttccctgaaagggaattttcagttacatcaatttcagtgacagttggactaatgaatttagtt 323  Q
    ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |     
T  25798202 ctctgtcatagctgtttgtaagttatcaacagatctttttccagaaaaggaattttcagttacttcaatttcagtgacagttggactaatgaatttgatc 25798103  T
Q  324 ggttcatggtttggtgctgtgccaacttgtcatggtgctggaggactagcaggacagtataaatttggaggaaggagtggagggtgtgttgcacttcttg 423  Q
    ||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  25798102 ggttgttggtttggttgtgtgccaacttgtcatggtgccggtggactcgcaggacaatataaatttggtggaagaagtggagggtgtgtggcacttcttg 25798003  T
Q  424 gttttgcaaaattggtattgggattg 449  Q
    ||   | |||||||||||| ||||||    
T  25798002 gtgcaggaaaattggtattaggattg 25797977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 26 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 49993557 - 49993129
Alignment:
Q  26 aaagattattttttcacttccttctgcttttatagtctttgtattgggaatagttttggtttttataagaagaagtgaagtcgtgcatgaaattaaattt 125  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||  |  |||||| ||||||||||||   | | ||  | |||||||||||||||    
T  49993557 aaagattgttttttcactaccttctgcttttatagtatttgttttgggtgtgattttgggttttataagaaggcctaatgtgatacatgaaattaaattt 49993458  T
Q  126 ggaccctctaaaatagaagtaatgaaattcactaaacaaaattggaagaaaggttttattaaaggtgcaattccacaacttccattgtcaatgttgaact 225  Q
    ||||| ||||| |||||  || |||||||  |||||||    |||||  |||||||||| || ||| | ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  49993457 ggaccttctaatatagagttagtgaaattttctaaacatgcatggaaacaaggttttataaagggtactattccacaactacccttgtcaattttgaact 49993358  T
Q  226 cagtgatagctgtttgtaaattatcaacagatcttttccctgaaagggaattttcagttacatcaatttcagtgacagttggactaatgaatttagttgg 325  Q
    | |||||||||||||| ||| ||||  | ||| | || ||    | ||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||| |  | ||    
T  49993357 cggtgatagctgtttgcaaactatcctctgatttatttccaaccaaggacttttcagtaacttcactttcagtgacagttgggttaatgaatcttttggg 49993258  T
Q  326 ttcatggtttggtgctgtgccaacttgtcatggtgctggaggactagcaggacagtataaatttggaggaaggagtggagggtgtgttgcacttcttggt 425  Q
    |   |||||||||||| |||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  49993257 tggttggtttggtgctatgccatgctgtcatggtgctggaggattagcaggacagtataaatttggtgggaggagtggagggtgtgtggcaattcttggt 49993158  T
Q  426 tttgcaaaattggtattgggattggtttt 454  Q
      |||||||||||| ||||| || |||||    
T  49993157 gctgcaaaattggttttgggttttgtttt 49993129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University