View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4014_high_2 (Length: 599)

Name: NF4014_high_2
Description: NF4014
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4014_high_2
NF4014_high_2
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-588)||(48912107-48912694)
chr4 (1-577)||(48957974-48958550)
chr4 (3-588)||(48965161-48965743)
chr4 (147-445)||(48961267-48961567)
chr4 (115-262)||(48974062-48974209)
chr4 (113-216)||(48951185-48951288)
chr4 (339-466)||(48951399-48951526)
chr4 (160-252)||(33396687-33396779)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (1-574)||(6287-6860)
scaffold0536 (1-588)||(10257-10842)
scaffold0536 (113-262)||(1541-1690)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (111-577)||(12589942-12590411)
chr6 (111-577)||(12483237-12483706)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (11-524)||(13440040-13440550)
chr2 (9-486)||(13448201-13448675)
chr2 (11-427)||(13454674-13455087)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-546)||(3417334-3417868)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (111-478)||(12641353-12641720)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (9-529)||(12540523-12541040)
chr5 (9-524)||(28385172-28385684)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 576; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 48912694 - 48912107
Alignment:
1 tgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
48912694 tgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgt 48912595  T
101 gctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
48912594 gctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaactgttctccatgcatcggccacgtgatcatt 48912495  T
201 ggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagccc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
48912494 ggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagccc 48912395  T
301 aacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
48912394 aacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcattctccgtccg 48912295  T
401 tttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttcca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
48912294 tttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacattggcttcca 48912195  T
501 aagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctct 588  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
48912194 aagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctct 48912107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 577
Target Start/End: Original strand, 48957974 - 48958550
Alignment:
1 tgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| || ||| ||||  | |  || | ||||| | | ||| ||| |||  ||      
48957974 tgatttcctcagcttcatcaccaccgtccatcaatctcttcacagccttttctatactatctttactcacaatcttctgtttctcctcaaaaccgtttac 48958073  T
101 gctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcatt 200  Q
     | ||| || |||||||| |||||||||||||| ||  |||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
48958074 acaccactctgttgcaccaacctccaccccaattcctcgcacattagttatcaacttctcattgtagaattgttctccatgcaccggccacgtgatcatt 48958173  T
201 ggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagccc 300  Q
    |||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
48958174 ggaacccccgcgctaacagcctccacagtggagttccacccgcaatgtgtcataaatgcacccacggcaatgtggctcagaatcaaaacttgtggggccc 48958273  T
301 aacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccg 400  Q
    | ||| |||| |||| | | ||||||||||| ||  |||||||||| || || || |||||||| ||| |||||||||||||| | || |  ||  |||     
48958274 accccctaatgatcaaacctttcttctttccaatgtttctctcttcgaatcctttcggcaaccactttcctttctcctcttcactctcgtcttctttccc 48958373  T
401 tttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttcca 500  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||  |||||||    
48958374 tttcttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacctgatgcttctatcccacacgcaatctcataaagttgtttatcagataaataacatatgcttcca 48958473  T
501 aagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctc 577  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||| |   ||| |||| |||||||||| |||  | |||||||| |||||| ||||    
48958474 aagcatatgtacaacactgagttatgtctcttcaagttgagccaactcagacaaccatgcacactaacaacattctc 48958550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 3 - 588
Target Start/End: Original strand, 48965161 - 48965743
Alignment:
3 attttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgc 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||  |||| || |  |||| ||||||||||||  ||| ||||||    |    
48965161 attttctcagcttcatcaccactgtccatcaatctcctcacagccttctctatgctatcactactcaccagcttctctctttcttcaaaaccagtcaaac 48965260  T
103 tccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattgg 202  Q
     |||||| |||||||| || ||||| ||||||||  |||| | ||||||||  || || ||||| ||||||||||||||    ||||| || ||||| ||    
48965261 accattctgttgcaccaacttccactccaatccctcgcacttctgttatcagtttttcgttgtagaattgttctccatgtgaaggccatgtaatcatcgg 48965360  T
203 aacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaa 302  Q
    |||||| |||| ||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || | |||||||||||||| |||||| |||||||||    
48965361 aacccccgcaccaacagcctccactgtggagttccaaccacaatgagtcataaaggcacccacagcggggtggctcagaatcagaacctgcggagcccaa 48965460  T
303 cccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtt 402  Q
    ||| ||||||||| | |   ||||||||| ||  |||||||||| || |||||||| ||||| ||||  |||||||||||| | |||| |||  |||  |    
48965461 cccctaataatcaaacc---cttctttccaatgtttctctcttcgaatccctttggtaaccacttttgcttctcctcttcactctcatcctctttcccgt 48965557  T
403 tcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaa 502  Q
    | ||    |||| ||||||||| || || |||| ||||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||||  | || ||||  ||||||||||    
48965558 tattaaggggaataacccatataaaatcatgacccgatgcttctattgcacacgcaatctcataaagctgtttatcctgataacgacagaggcttccaaa 48965657  T
503 gcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctct 588  Q
    || |||||||| ||| ||||||| | | || || || ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||| ||| ||||    
48965658 gcttatgtacaacactgagttatgtcgcttggaattgagccaactcaaacactcttgcacgctcactgcactctcttgtcccctct 48965743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 147 - 445
Target Start/End: Original strand, 48961267 - 48961567
Alignment:
147 gttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaa--ttccacccaca 244  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |  ||||| || |||||||| | |||||||||| | |||||||  |||||   |||||||| ||    
48961267 gttatcaacttctcgttgtagaattgttctccatgtacgggccatgttatcattgggatccctgcactaccagcctcaatggtggagagttccacccgca 48961366  T
245 atgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctct 344  Q
    ||| ||||||||  ||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||||||| | ||  ||||||||    
48961367 atgcgtcataaacacacccaccgctgtgtggcccaggatcataacttgtggggcccaccccttaatgatcaaacccttcttcttttcaatgtttctctct 48961466  T
345 tcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgctt 444  Q
    ||||| || || |||||||| || ||||||||||||||  | |||| | |  ||| ||| || ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
48961467 tcaaatcctttcggcaaccacttgtctttctcctcttcgctctcatccactttcccttttttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacccgatgctt 48961566  T
445 c 445  Q
    |    
48961567 c 48961567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 115 - 262
Target Start/End: Original strand, 48974062 - 48974209
Alignment:
115 caccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcact 214  Q
    |||| |||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
48974062 caccaacctccacaccaataccccgcacctgagttatcaacttctcgttgtagaattgttcgtcatgcactggccacgtgatcattggaacccctgcact 48974161  T
215 aactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacc 262  Q
    ||| || || || ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||    
48974162 aacggcttccacggtggagttccacccgcaatgtgtcaagaatgcacc 48974209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 113 - 216
Target Start/End: Original strand, 48951185 - 48951288
Alignment:
113 tgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgca 212  Q
    |||||| || ||||| || |||||| |||| || ||||| | |||||||||||| || || || | ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||    
48951185 tgcacctacttccactcctatcccacgcacatgagttatgagcttctcattgtagaactgatcactatgcaccggccacgtgatcatcggaacccctaca 48951284  T
213 ctaa 216  Q
    ||||    
48951285 ctaa 48951288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 466
Target Start/End: Original strand, 48951399 - 48951526
Alignment:
339 ctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcg 438  Q
    |||||||||||| || | || ||||||||||| |||||||| ||| | || | |||| |||  |||||||| || ||||||||||||||||| | ||  |    
48951399 ctctcttcaaactccctgggtaaccatttttccttctcctcatcactctcgttctccttccccttcttttctgggacaacccatatgaattcataacctg 48951498  T
439 atgcttcaatcccgcacgcaatctcata 466  Q
    || |||| ||| |||  |||||||||||    
48951499 attcttctatcgcgcttgcaatctcata 48951526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 160 - 252
Target Start/End: Original strand, 33396687 - 33396779
Alignment:
160 cattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtca 252  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||||| || | |||||| | ||||||||| ||| | || |  || |||||||| |||||||||||||    
33396687 cattgtaaaattgttcaccatacattggccatgtcaccattggtaaccctgcactcactccttccaatgttgaattccatccacaatgtgtca 33396779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 302; Significance: 1e-169; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 6860 - 6287
Alignment:
1 tgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgt 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||  |||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||     
6860 tgattttctcagcttcgtcaccaccatccatcaatctcctcacagccttctcaatactatccctccccaccaccttctctctctccccaataccagttga 6761  T
101 gctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcatt 200  Q
     ||||| || | ||| || ||| |||||||||| |   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
6760 actccactcagctgcccccaccaccaccccaattcgtcgcacctgtgttatcaacttttcattgtaaaattgttctccatgcaccggccacgtgatcatc 6661  T
201 ggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagccc 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||    
6660 ggaacccctgcactaacagcctcaacagtggaattccacccacaatgcgtcataaacgcacccagagctttgtggctcaaaatcataacttgtggagccc 6561  T
301 aacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccg 400  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||  ||  |||     
6560 aacccctaataatcaaacccttcttctttccgatatttctctcttcgaatccctttggcaaccattttcctttctcctcttcactctcatcttctttccc 6461  T
401 tttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttcca 500  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||  ||| | |||  |||||||    
6460 tttcttctcaggaacaacccatatgaatttgtgacccgatgcttctatcccacatgcaatctcgtaaagttgtttatccgggaaaaggcataagcttcca 6361  T
501 aagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacact 574  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
6360 aagcatatgtacaacactgagttatctggcttcgagtctagccaactcagacactcatgcacactcacaacact 6287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 10842 - 10257
Alignment:
1 tgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgt 100  Q
    ||||| |||||||| ||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||  |||| ||||||| | ||||||||||||  |      
10842 tgattatctcagctacataactattgtccatcaatctcttcacaaccttctcaataccatccctcccgaccaacttctctttctccccaataccaactaa 10743  T
101 gctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcatt 200  Q
    || ||| ||   |||||| || ||| ||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
10742 gcaccactctactgcacccacttcccccccaatcccccgcacttgcgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcattggccacgtgatcatt 10643  T
201 ggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagccc 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||| || ||||    
10642 ggaacccctgcactaaccgcctccacggtggaattccacccacaatgtgtcataaacgcacccacaacagtgtggcttagaatcataacctgaggggccc 10543  T
301 aacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccg 400  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| | |||| ||| |||||||| || || || | |||||||||||||||||||| | | |||| |||  |||     
10542 aacccttaataatcaaacccttcttctttgcaataactctttcttcaaatcctttcggtagccatttttctttctcctcttgactctcattctctttccc 10443  T
401 tttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttcca 500  Q
    |||||| ||||||||||| ||||  ||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||    
10442 tttcttctcaggaacaactcatacaaattcgtaacccgatgcttctaccctgcacgcaatctcataaagttgtttatctgaaaaataacataggcttcca 10343  T
501 aagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctct 588  Q
    ||||| ||||||| ||| ||  ||||| | ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
10342 aagcaaatgtacaacactga--tatctcgcttcaagttaagccaactcagacactcatgcacactcacaacactctgttctcctctct 10257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 1690 - 1541
Alignment:
113 tgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgca 212  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | || || || ||||| || | ||| |  ||||| |||||||||||||  ||||||    
1690 tgcaccgacttccactccaatcccatgcacctgagttatcaacgtttcgttatagaattgatcactatgtactggccatgtgatcattggaattcctgca 1591  T
213 ctaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacc 262  Q
    ||||| |||||     | || ||||||||||||||||||| |||||||||    
1590 ctaacagcctcggttatagagttccacccacaatgtgtcaaaaatgcacc 1541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 111 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 12590411 - 12589942
Alignment:
111 gttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctg 210  Q
    |||||||| || ||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||  ||||| |||||||| ||||  || |    
12590411 gttgcaccaacttccactccaattccatgcacatcagttatcaacttctcattgtaaaaatgttcaccattcaatggccatgtgatcatcggaattccag 12590312  T
211 cactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaat 310  Q
    ||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  ||||||||| |||||| || ||||| ||||||||| ||||    
12590311 cactaaccgcctccacgacggaattccatccacaatgtgtcataaacgcgcccactgcattgtggctcataatcattacttgtggggcccaacccctaat 12590212  T
311 aatcatagccttcttctttc---cgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttt 407  Q
     |||| | ||||||||||||   | ||  ||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||| ||||| ||| | ||||  ||| ||| ||| ||     
12590211 gatcaaacccttcttctttctcccaatgtttctctcttcaaatccactaggcaaccatttttgtttatcctcatcactctcatcttccttcccttttttc 12590112  T
408 tcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcata 507  Q
    || |||| |||||||| ||||||||| |  |||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||| || ||||  |||  ||| ||||||||||    
12590111 tcgggaataacccatacgaattcgtggcctgatgcttctatgccacacgaaatctcataaagttgtttatctgagaaatagcatatgctcccaaagcata 12590012  T
508 tgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctc 577  Q
    |||||| ||| ||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||| |||||  |||||||||||||    
12590011 tgtacaacacagagttatctcgcttcgagtttagccaactcagacactcttgcacgttcacaacactctc 12589942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 111 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 12483706 - 12483237
Alignment:
111 gttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctg 210  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||  |||| |  ||||| |  |||||||||||||| ||||| || || | |||||||||||||||||||| |||||    
12483706 gttgcaccgacttccacaccaatccctcgcacattagttatgagtttctcattgtaaaaatgttcaccgtgaaccggccacgtgatcattggaatccctg 12483607  T
211 cactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaat 310  Q
    ||||||| || || |||   |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || | |||||||| |||||  |||||||| ||||| ||| | ||    
12483606 cactaaccgcttccacaacagaattccatccacagtgagtcataaatgcacccactgcagggtggctcaaaatcagtacctgtggtgcccaccccctgat 12483507  T
311 aatcatagccttcttctttccgataat---tctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttt 407  Q
     || | | || |||| || |   ||||   |||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  | ||||  ||| ||| ||| ||     
12483506 gattaaacccatcttattccttctaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcctcatcgctctcatcttccttcccttttttc 12483407  T
408 tcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcata 507  Q
    ||||||||||||||||||||||  | || ||||||||| || ||||| | ||| || ||||| |||||||| || ||||  ||| |||| ||||||||||    
12483406 tcaggaacaacccatatgaattttttacccgatgcttctattccgcatgaaatttcgtaaagctgtttatcagagaaattgcataggctcccaaagcata 12483307  T
508 tgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctc 577  Q
    |||||| ||| || || ||||| || ||||| ||||||||   |||||| ||||| ||||||||||||||    
12483306 tgtacaacactgaattttcttgctttgagtttagccaactttgacactcatgcacgctcacaacactctc 12483237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 108; Significance: 6e-54; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 11 - 524
Target Start/End: Original strand, 13440040 - 13440550
Alignment:
11 agcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattcc 110  Q
    ||||||||||||| | |||||||||| | ||||| ||||||| || |||||||| |  |||| ||||||||| ||| ||| |||| |  | | |||||||    
13440040 agcttcatcaccattctccatcaatctcctcacagccttctctatgttatccctgctcaccaacttctctctctccgcaacaccattcttacaccattcc 13440139  T
111 gttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctg 210  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||  | |  ||||||| ||  ||||| ||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || |    
13440140 gttgcaccgacttccactccaattcctcgaaattgtgttaccagtttctcgttgtagaattgatctccatgaaccggccacgttatcattggaactcccg 13440239  T
211 cactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaat 310  Q
    ||||||| | ||| ||| | || |||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| || | ||||||||  ||| |||| ||||| ||||||||||||||    
13440240 cactaacagactctacaattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccttaat 13440339  T
311 aatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttca 410  Q
     |||| | || || ||   |  ||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || ||| | ||||  ||  ||| |||||| |||    
13440340 gatcaaacccatcctc---ctaatgtttctctcttcgaatccctttggcaaccacttttctttctcttcctcactctcatcttctttccctttcttctca 13440436  T
411 ggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgt 510  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||       ||||||||| |||||||    
13440437 ggaacaacccatatgaatgggtgactagatgcttctattgcgcacgccatctcatatagttgtttatcagagaaatagttgatgcttccaaaacatatgt 13440536  T
511 acaccaccgagtta 524  Q
    ||| ||||||||||    
13440537 acaacaccgagtta 13440550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 486
Target Start/End: Original strand, 13448201 - 13448675
Alignment:
9 tcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccatt 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| | | ||| ||||||| ||  |||| || |  || | ||||| ||| ||| | | |||| | || | |||||    
13448201 tcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcgacaccactcgtacaccatt 13448300  T
109 ccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccc 208  Q
    | ||||||||||| || || ||||| ||  | |  ||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||    
13448301 ctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttatcagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccacgttatcattggaactcc 13448400  T
209 tgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaaccctta 308  Q
     |||||||| ||||| || || || |||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| || | ||||||||  ||| |||||||||| ||||||||| ||    
13448401 cgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacctgtggggcccaaccccta 13448500  T
309 ataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttctttt 408  Q
    || |||| | ||||||||   |||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||  | ||||  ||  ||| |||||| |    
13448501 atgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctcttcttcgctctcatcttctttccctttcttct 13448597  T
409 caggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaat 486  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||  |||||||| ||| | || || ||||| || ||||||||||| |||||||    
13448598 caggaacaacccatatgaatgggtgaccggatgcttctatcgcacatgccatctcgtatagttgtttatcagaaaaat 13448675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 11 - 427
Target Start/End: Original strand, 13454674 - 13455087
Alignment:
11 agcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattcc 110  Q
    |||||||||||||| | ||||||||| | ||||| ||||||| ||  ||||  | |  |||| ||||||||| ||| ||| |||| |||| | ||||||     
13454674 agcttcatcaccaccgcccatcaatctcctcacagccttctctatgctatctttgctcaccaacttctctctctccgcaacaccacttgtacaccattct 13454773  T
111 gttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctg 210  Q
    ||||||||||| || |  ||||| ||  | || |||||||| |  ||||| ||||| ||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||      
13454774 gttgcaccgacttcaattccaattcctcgaacttgtgttattagtttctcgttgtagaattgatctccatggactggccacgttatcattggaactccca 13454873  T
211 cactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaat 310  Q
      ||||| ||||| ||  | || |||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| || | ||| ||||  ||| |||| ||||| ||||||||| ||||    
13454874 tgctaacagcctctacgattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtgactcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaat 13454973  T
311 aatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttca 410  Q
     |||| | |||| ||||   ||||  || |||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||  | ||||  ||  ||| |||||| ||     
13454974 gatcaaaccctttttct---cgatgtttttctcttcaaatcccttcggcaaccacttttgtttctcctcttcgctctcatcttctttccctttcttctcc 13455070  T
411 ggaacaacccatatgaa 427  Q
    |||||||||||||||||    
13455071 ggaacaacccatatgaa 13455087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 96; Significance: 9e-47; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 3417868 - 3417334
Alignment:
9 tcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccatt 108  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| | |||   ||||||| || | ||| || |  |||| ||||| ||| ||||||||||||  ||  | |||||    
3417868 tcagcctcatcactactgtccatcaatctcctcattgccttctctatgtcatctctgctcaccaacttctttctctccccaataccatgtgcacgccatt 3417769  T
109 ccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccc 208  Q
    | |||||||| || ||||| ||||| ||  | || |||||||| |  ||||||||| | ||||| ||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||    
3417768 ctgttgcacctacttccactccaattcctcggacttgtgttattagtttctcattgaacaattgatctccatgacccggccacgttatcattggaactcc 3417669  T
209 tgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaaccctta 308  Q
    ||||| ||| |||||||||   || |||| ||||||||||||||||||| | || || || | ||||||||  |||  ||||||||| ||||||||| ||    
3417668 tgcaccaacagcctcaacaaatgagttccccccacaatgtgtcataaatccccctaccgcagggtggctcaatatctgaacctgtggggcccaaccccta 3417569  T
309 ataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttctttt 408  Q
    |  |||| | |   ||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||  ||  | | |||||| |    
3417568 acgatcaaacc---cttctttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcttcttcgttctcatcttcttttcctttcttct 3417472  T
409 caggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatat 508  Q
    || |||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||  || | ||||||||||| ||||||||||| || ||||    |  ||||||||| |||||    
3417471 caagaacaacccatatgaatgggtgacccgatgcttctattgcgtatgcaatctcatatagttgtttatcagagaaatagtttaagcttccaaaacatat 3417372  T
509 gtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaac 546  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||  ||||| |||||||    
3417371 gtacaacactgagttaacttgttgtgagttgagccaac 3417334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 111 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 12641720 - 12641353
Alignment:
111 gttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctg 210  Q
    |||||||| ||||||||||||||||   ||||    ||||||| ||||||||| || || |||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||    
12641720 gttgcacccacctccaccccaatccttcgcacaacagttatcagcttctcattatagaactgttctccttgcactggccacgtgatcattggaatccctg 12641621  T
211 cactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaat 310  Q
    ||||||| ||||| ||   ||| ||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| || | |||||| | |||||| || ||||| |||||  || ||||    
12641620 cactaacagcctctaccaaggagttcgacccgcaatgcgtcatgaatgcacccacagcagcgtggcttaaaatcattacttgtggggcccactccctaat 12641521  T
311 aatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttca 410  Q
     || | | | ||||| ||| | | | |||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||| | ||||  |   ||| |||||| |||    
12641520 gataaaacctttcttattttcaacatttctctcttcgaatcctttaggcaaccacttttctttctcctcttcactctcatcttttttccctttcttctca 12641421  T
411 ggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatc 478  Q
    |||||||||||||  ||||||||||  ||   ||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||    
12641420 ggaacaacccatacaaattcgtgacctgaattttctattccgctcgcaatctcgtaaagttgtttatc 12641353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 9 - 529
Target Start/End: Original strand, 12540523 - 12541040
Alignment:
9 tcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccatt 108  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||| | ||| | ||||||| ||   ||| || | ||||| ||||| ||| |||||| ||||| |||| | |||||    
12540523 tcagcttcataaccaccatccatcaatctcctcatagccttctctatgccatctctgccaaccaacttctttctctccccattaccatttgtacaccatt 12540622  T
109 ccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccc 208  Q
    | |||||||| || || || ||||| ||  | ||||||||||| |  ||||| ||| | || || ||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||    
12540623 ctgttgcacctacttctactccaattcctcggacctgtgttattagtttctcgttgaataagtgatctccatgacacggccacgttatcattggaactcc 12540722  T
209 tgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaaccctta 308  Q
     |||| ||| ||||| ||| | || || | ||||||||||||||||||| | ||||| || | ||||||||  ||| |||||||||| ||||||||| ||    
12540723 cgcaccaacagcctctacaattgagtttcccccacaatgtgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatcttaacctgtggggcccaaccccta 12540822  T
309 ataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttctttt 408  Q
    || |||| | |   ||| ||||| ||  ||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||  ||| | |||| |    
12540823 atgatcaaacc---cttttttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcatccacttttctttctcttcttcagtctcatcttctttccctctcttct 12540919  T
409 caggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatat 508  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||| |  | |||| |   | || ||||||||||| |||||||| ||  | ||||||  |  ||||||||| |||||    
12540920 caggaacaacccatatgaatgggtgacccattccttctactgcacatgcaatctcatatagttgtttgtcaaagaaatgatttatgcttccaaaacatat 12541019  T
509 gtacaccaccgagttatcttg 529  Q
    ||||||||| |||||| ||||    
12541020 gtacaccactgagttaacttg 12541040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 9 - 524
Target Start/End: Original strand, 28385172 - 28385684
Alignment:
9 tcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccatt 108  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||  | ||| | ||||||| || ||||| || |  |||| ||||| ||| |||||| ||||| |||| | |||||    
28385172 tcagcttcatcgccaccgtccatcaatttcctcatagccttctctatgttatctctgctcaccaacttctttctctccccattaccatttgtacaccatt 28385271  T
109 ccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccc 208  Q
    ||||| |||| || ||||| ||||| |   | ||   ||||||||| |||||||||   || || ||| ||||    |||||||| ||||||||||| ||    
28385272 ccgttacacctacttccactccaattcttcggactgttgttatcaatttctcattgctgaagtgatctgcatgacaaggccacgttatcattggaactcc 28385371  T
209 tgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaaccctta 308  Q
     || | ||| ||||| ||| | || ||||  || |||||||||| |||| | ||||| || | || |||||  |||| ||| ||||| ||||||||| |     
28385372 cgcgccaacagcctctacaattgagttccctccgcaatgtgtcagaaatccccccaccgcagggttgctcaatatcagaacttgtggggcccaacccctg 28385471  T
309 ataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttctttt 408  Q
    || || | | |||||||   ||| ||  ||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||  | ||||  ||  ||| |||||| |    
28385472 attatgaaacccttctt---tccaatgtttctctcctcaaatccctttggcagccacttttctttctcttcttcgatctcatcttctttccctttcttct 28385568  T
409 caggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatat 508  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||  |||||||| |   |||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||   |  ||||||||| |||||    
28385569 caggaacaacccatatgaatgggtgacctgatgcttctactgcgcatgcaatctcatatagttgtttatcagagaaatggtttatgcttccaaaacatat 28385668  T
509 gtacaccaccgagtta 524  Q
    |||||| || ||||||    
28385669 gtacacaactgagtta 28385684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University