View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4015_low_5 (Length: 496)

Name: NF4015_low_5
Description: NF4015
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4015_low_5
NF4015_low_5
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (5-486)||(22435203-22435684)
chr3 (49-476)||(22629025-22629452)
chr3 (42-475)||(22634041-22634474)
chr3 (49-484)||(22441316-22441754)
chr3 (49-486)||(22366493-22366933)
chr3 (5-467)||(22466548-22467001)
chr3 (42-476)||(22356557-22357006)
chr3 (42-214)||(37929600-37929772)
chr3 (49-329)||(22352539-22352820)
chr3 (150-269)||(22430002-22430121)
chr3 (49-91)||(22430160-22430202)
chr3 (360-476)||(22352419-22352535)
chr3 (213-248)||(22457320-22457355)
chr3 (54-89)||(22457467-22457502)
chr3 (213-248)||(22480301-22480336)
chr3 (54-89)||(22480448-22480483)
chr3 (33-85)||(30988275-30988327)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (49-89)||(29604400-29604440)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 22435684 - 22435203
Alignment:
Q  5 aaagctacgtcatattttagtcggttgtctgtcttaaattcagctgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagtagagtacgctta 104  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    |||    
T  22435684 aaagctacgtcattttttaggcgattctctgtctttgattcatttgaaggatggtattggaggcatgacatcgctacaaactctaagtaaagttaaatta 22435585  T
Q  105 gatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtagagctaatcatagagctaggaaagttaacacaacttagggaactgggcttggttgttgttagta 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  22435584 gatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtagagctaatcatagagctaggaaagctaacacagcttagggaattgggcttggttgttgttagtg 22435485  T
Q  205 gtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaacaactagagaaattaaatatttttggaatcaaattagacattttcattgatctgga 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22435484 gtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcatgaactagagagactgcatatttttggaatcaaattagacattttcattgatctgga 22435385  T
Q  305 tttgaattcacccccacctaggcttgaacgtgttaaactctttggatatttaaataagtttcctgagtggatctcaaaactccaaaatcttgttaagctg 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22435384 tttgaattcacccccacctaggcttgaacgtgttaaactctttggatattcaaataagtttcctgagtggatttcaaaactccaaaatcttgttaagctg 22435285  T
Q  405 gatttgccacgtttgaaggaagtgaatgatgcaatgaaattactccaacttatgccaaacttgctgtccctccatatctctg 486  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22435284 gatttgccacgtttgaaggaagtgaatgatgcaatgaaattacttcaaagtatgccaaacttgttgtccctccatatctctg 22435203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 49 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 22629452 - 22629025
Alignment:
Q  49 tgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagtagagtacgcttagatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtagagctaat 148  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  | |||||||||   |||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  22629452 tgaaggatagtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatagtgtttgtttagatgataaggaagatgaaaatgataatagagtggtagagctaat 22629353  T
Q  149 catagagctaggaaagttaacacaacttagggaactgggcttggttgttgttagtagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaa 248  Q
    |  ||| ||||||||| |||  || || |||||| ||| |||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22629352 cgaagatctaggaaagctaaatcagctaagggaattggtcttgctcggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaa 22629253  T
Q  249 caactagagaaattaaatatttttggaatcaaattagacattttcattgatctggatttgaattcacccccacctaggcttgaacgtgttaaactctttg 348  Q
    ||| | |||||| || | |||  |||| || |||  ||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  22629252 caattggagaaactacaaattagtggagtccaatatgacacattcattgatctggattagaagtcacccccacctaggcttcaacgtgttaaactctatg 22629153  T
Q  349 gatatttaaataagtttcctgagtggatctcaaaactccaaaatcttgttaagctggatttgccacgtttgaaggaagtgaatgatgcaatgaaattact 448  Q
    ||||||| || || || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    ||   | |  |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  22629152 gatattttaagaaattacctgagtggatttcaaaactccagaatcttgttaagctgagagtgatgcttacgaagcaagggaatgatgcaatgaaattact 22629053  T
Q  449 ccaacttatgccaaacttgctgtccctc 476  Q
    ||||  ||||| ||| ||||||||||||    
T  22629052 ccaaagtatgcgaaaattgctgtccctc 22629025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 42 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 22634474 - 22634041
Alignment:
Q  42 attcagctgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagtagagtacgcttagatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtag 141  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||    ||||| |||| |||||||||| |||||||||| || ||||    
T  22634474 attcagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttagacgatgatgaagatgaagatgataatagagtggtag 22634375  T
Q  142 agctaatcatagagctaggaaagttaacacaacttagggaactgggcttggttgttgttagtagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataa 241  Q
    || ||||   ||||||||||||| |||  || ||||||||| |  ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22634374 agttaatagaagagctaggaaagctaaagcagcttagggaattaagcttggtcggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaacaa 22634275  T
Q  242 gatgcaacaactagagaaattaaatatttttggaatcaaattagacattttcattgatctggatttgaattcacccccacctaggcttgaacgtgttaaa 341  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||   ||||||| ||   |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||    
T  22634274 gatgcaacaattggagaaactaaatattagaggaatcagatataacacattcattgatatggatttgaattcacccccaccaaagcttcaacgtgttaaa 22634175  T
Q  342 ctctttggatatttaaataagtttcctgagtggatctcaaaactccaaaatcttgttaagctggatttgccacgtttgaaggaagtgaatgatgcaatga 441  Q
    ||  | || ||||||   || || ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| || |  || |   |  |||||||| ||||||||||||||    
T  22634174 cttatagggtatttattgaaattgcctgagtggatttcaaaactccaatatctcgttaagttgaaggtgacgattacgaaggaagggaatgatgcaatga 22634075  T
Q  442 aattactccaacttatgccaaacttgctgtccct 475  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||    
T  22634074 aattactcaaaagtatgccaaacttgttgtccct 22634041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 49 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 22441754 - 22441316
Alignment:
Q  49 tgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagtagagtacgcttagatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtagagctaat 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||  ||||||||||||||| || |||||||||||    
T  22441754 tgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagtggagtacacttaaatgatagtgaacgtgaaaatgataatagagttgtagagctaat 22441655  T
Q  149 catagagctaggaaagttaacacaacttagggaactgggcttggttgttgttagtagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaa 248  Q
    |  ||||||||||||| ||| ||| || ||| || ||||||||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  22441654 ccaagagctaggaaagctaaaacagctaaggaaattgggcttgaccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatctttctcaatcaacgagatgcaa 22441555  T
Q  249 caactagagaaattaaatatttttggaatcaaat-ta--gacattttcattgatctggatttgaattcacccccacctaggcttgaacgtgttaaactct 345  Q
    ||| | |||||| ||| ||||  |||| || ||| ||   |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||     
T  22441554 caattggagaaactaattattagtggagtccaatctactaacacattcattgatctggatttgaattcacccccacctaagcttcaacatgttaaattcg 22441455  T
Q  346 ttggatatttaaataagtttcctgagtggatctcaaaactccaaaatcttgttaagctggatttgccacgtttgaaggaagtgaatgatgcaatgaaatt 445  Q
      ||  ||||| |||||||||||||||||||   |||||||  ||| |||||||||||     || ||| |  |||| ||   |||||||||||||||||    
T  22441454 acgggaatttatataagtttcctgagtggattcaaaaactcagaaaccttgttaagcttagagtgacacttacgaagcaacaaaatgatgcaatgaaatt 22441355  T
Q  446 actccaacttatgccaaacttgctgtccctccatatctc 484  Q
    ||||  |  ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22441354 actcataagtatgccaaacttgttgtccctccatatctc 22441316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 49 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 22366933 - 22366493
Alignment:
Q  49 tgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagtagagtacgcttagatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtagagctaat 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||    ||| |||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  22366933 tgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatgaagatgaaaatgataatagagtcgtagagctaat 22366834  T
Q  149 catagagctaggaaagttaacacaacttagggaactgggcttggttgttgttagtagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaa 248  Q
       ||||||||||||  |||  || || |||||| |||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22366833 tgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcttcaatcaataagatgcaa 22366734  T
Q  249 caactagagaaattaaatatttttggaatcaaattagacattttcattgatctggatttgaattcacccccacctaggcttgaacgtgttaaactctttg 348  Q
    ||||| |||||| ||||||||  |||| || |||  || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||  |||||  |    
T  22366733 caactggagaaactaaatattagtggagtcgaatatgagacattcattgatctggatttgaattcacccccacctatgcttcaacatattggactctacg 22366634  T
Q  349 gatatttaaataagtttcctgagtggatctcaaaactccaaaatcttgttaagctggatttgccacgtttga---aggaagtgaatgatgcaatgaaatt 445  Q
    |  ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||  ||| |||||| |  || |  ||  || |  ||   |||||| ||| ||||||||||||||    
T  22366633 ggaatttaaagaagtttcctgagtggattccaaaactcacaaaccttgttgacatgaaggtgagacttacgaaggaggaagggaacgatgcaatgaaatt 22366534  T
Q  446 actccaacttatgccaaacttgctgtccctccatatctctg 486  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22366533 actccaaagtatgccaaacttgttgtccctccatatctctg 22366493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 22467001 - 22466548
Alignment:
Q  5 aaagctacgtcatattttagtcggttgtctgtcttaaattcagctgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagtagagtacgctta 104  Q
    ||||||||| ||| | |||| || |||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||    |||    
T  22467001 aaagctacgccatttattaggcgattgtatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatctctacaaactctaagtgaagtttattta 22466902  T
Q  105 gatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtagagctaatcatagagctaggaaagttaacacaacttagggaactgggcttggttgttgttagta 204  Q
    |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||| |||   |  | ||  || || ||||| | | |||||| |    
T  22466901 gatgagaatgaagatgaaaatgataatagagtagtagagctaattcaagagctaggaaagctaaataagataagaaaattgagcttgataggtgttagga 22466802  T
Q  205 gtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaacaactagagaaattaaatatttttggaatcaaattagacattttcattgatctgga 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||| ||  |||    ||||||  |         ||||||| ||||||    
T  22466801 gtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaatcaaatgcaacaaatggagaaactacttatcggaggaatctca---------ttcattggtctgga 22466711  T
Q  305 tttgaattcacccccacctaggcttgaacgtgttaaactctttggatatttaaataagtttcctgagtggatctcaaaactccaaaatcttgttaagctg 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     |  ||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||     
T  22466710 tttgaattcacccccacctaggcttcaacgtgttaaacttgactggcatttaagaaagttacctgagtggatttcaaaactcaaaaatcttgttgagctc 22466611  T
Q  405 gatttgccacgtttgaaggaagtgaatgatgcaatgaaattactccaacttatgccaaacttg 467  Q
     |  || ||  |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  22466610 aaggtgacagttaggaaggaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagtatgccaaacttg 22466548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 42 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 22357006 - 22356557
Alignment:
Q  42 attcagctgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagtagagtacgcttagatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtag 141  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||    |||||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||    
T  22357006 attcagttgaaggatggtattggaggcatgacatcgctacaaactctaaatagtgtttatttagatgattatgaagatgaaaatgataatagagttgtag 22356907  T
Q  142 agctaatcatagagctaggaaagttaacacaacttagggaactgggcttggttgttgttagtagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataa 241  Q
    || ||||   |||||| |||||  |||  || ||||||||| || |||||   | | |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  22356906 agttaatagaagagctgggaaaactaaagcagcttagggaattgagcttgagcggtcttaagagtaaatatatgagtggtatatcttcctcaatcaatga 22356807  T
Q  242 gatgcaacaactagagaaattaaatatt------tttggaatc-aaattagacat-----tttcattgatctggatttgaattcacccccacctaggctt 329  Q
    ||||||| || | |||||| ||| ||||       | ||||||  |||  || ||      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  22356806 gatgcaaaaattggagaaactaagtattaaaggagtcggaatcggaatgggatatggcgcattcattgatcttgatttgaattcacccccacctatgctt 22356707  T
Q  330 gaacgtgttaaactctttgga----tatttaaataagtttcctgagtggatctcaaaactccaaaatcttgttaagctggatttgccacgtttgaaggaa 425  Q
     ||||||||||||| |   ||     | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || |    | |  || ||||    
T  22356706 caacgtgttaaact-tcaagaccttaaattaaataagttgcctgagtggatttcaaaactccaaaatcttgtcaagctgaatgtaagccttacgagggaa 22356608  T
Q  426 gtgaatgatgcaatgaaattactccaacttatgccaaacttgctgtccctc 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||    
T  22356607 gtgaatgatgcaatgaaattactccaaagtatgccaaatttgttgtccctc 22356557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 42 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 37929772 - 37929600
Alignment:
Q  42 attcagctgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagtagagtacgcttagatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtag 141  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||    
T  37929772 attcagttgaaggatggtattggaggcctgacatccctacaaactctaaatgaagtatatttagatgatgatgaagatgaaaatgataatagagttgtag 37929673  T
Q  142 agctaatcatagagctaggaaagttaacacaacttagggaactgggcttggttgttgttagtagtaaatatat 214  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||| ||| || |||||| |||||||||  | |||||| |||||||||||    
T  37929672 agctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatat 37929600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 49 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 22352820 - 22352539
Alignment:
Q  49 tgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaa-ctctaagtagagtacgcttagatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtagagctaa 147  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||    |||||||| || |||||||||||||| | ||| || ||||||||||    
T  22352820 tgaaagatggtattggaggcatgacatccctacaaaactctaagtgatgtttatttagatgaaggagaagatgaaaatgacagtagagttgtagagctaa 22352721  T
Q  148 tcatagagctaggaaagttaacacaacttagggaactgggcttggttgttgttagtagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgca 247  Q
    |   ||||||||||||| |||  || || |||||  ||| ||||   | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  22352720 ttgaagagctaggaaagctaaatcagctaagggagttggtcttgtacggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgca 22352621  T
Q  248 acaactagagaaattaaatatttttggaatcaaattagacattttcattgatctggatttgaattcacccccacctaggctt 329  Q
    | || | |||||| || ||||| ||||| ||       |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22352620 aaaattggagaaactatatattattggagtcgtgccttacacattcattgatctggatttgaattcacccccacctaagctt 22352539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 150 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 22430121 - 22430002
Alignment:
Q  150 atagagctaggaaagttaacacaacttagggaactgggcttggttgttgttagtagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaac 249  Q
    ||||||||||||||| |||  || || |||||| |||||||||  | |||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||      
T  22430121 atagagctaggaaagctaaatcagctaagggaattgggcttggccggtgtttggagtaaatatatgagtgctttatgttcctcaatcaatcagatgcacg 22430022  T
Q  250 aactagagaaattaaatatt 269  Q
    || | |||||| ||||||||    
T  22430021 aattggagaaactaaatatt 22430002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 22430202 - 22430160
Alignment:
Q  49 tgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaag 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22430202 tgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaag 22430160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 360 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 22352535 - 22352419
Alignment:
Q  360 aagtttcctgagtggatctcaaaactccaaaatcttgttaagctggatttgccacgtttgaaggaagtgaatgatgcaatgaaattactccaacttatgc 459  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |  ||   | |  ||||  || |||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  22352535 aagttgcctgagtggatttcaaaactccagaatcttgttaagctgaaagtgaatcttccgaagccagagaatgatgcaatgaaattactccaaagtatgc 22352436  T
Q  460 caaacttgctgtccctc 476  Q
    |||| ||| ||||||||    
T  22352435 caaatttgttgtccctc 22352419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 213 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 22457355 - 22457320
Alignment:
Q  213 atgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaa 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22457355 atgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaa 22457320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 54 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 22457502 - 22457467
Alignment:
Q  54 gatggtattggaggcatgacatccctacaaactcta 89  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22457502 gatggtatcggaggcatgacatccctacaaactcta 22457467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 213 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 22480336 - 22480301
Alignment:
Q  213 atgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaa 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22480336 atgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaa 22480301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 54 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 22480483 - 22480448
Alignment:
Q  54 gatggtattggaggcatgacatccctacaaactcta 89  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22480483 gatggtatcggaggcatgacatccctacaaactcta 22480448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 33 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 30988327 - 30988275
Alignment:
Q  33 ctgtcttaaattcagctgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaac 85  Q
    |||||||  |||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  30988327 ctgtctttgattcagttaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaac 30988275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 29604440 - 29604400
Alignment:
Q  49 tgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactcta 89  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29604440 tgaaggatggtcttggaggcatgacattcctacaaactcta 29604400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University