View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4017_low_1 (Length: 827)

Name: NF4017_low_1
Description: NF4017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4017_low_1
NF4017_low_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-827)||(549123-549947)
chr8 (1-827)||(23422677-23423505)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 827
Target Start/End: Original strand, 549123 - 549947
Alignment:
Q  1 tttacttttagactctatttgaatgatggatcccacagggtaaacacaaatgatatcttgtatagattttattgcatcatgttccaaataagtgaagcta 100  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  549123 tttactttttgactctctttgaatgatgggtcccacagggtaaacacaaatgatatcttgtatagattttattgcatcatgttccaaataagtgaagcta 549222  T
Q  101 ttgatgatgacaccatctaccaaagagagtctttggcacgcacaaagaaatgctttatatgtttcacttgatcttccaaaaagaacagggtcaggaaaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  549223 ttgatgatgacaccatctaccaaagagagtatttgacacgcacaaagaaatgctttgtatgtttcacttgatcttccaaaaagaacagggtcaggaaaat 549322  T
Q  201 cttttaccttaaaagaaacatttgaatctggaatgtcaaatgtttttgttgtgtccatgaactcagaggaaacactctcatctagtttgggaagattaag 300  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  549323 catttaccttaaaagaaacatttgaaactggaatgtcaaatgtttttgttgtgtccatgaactcaaaggaaacactctcatctagtttgggaagattaag 549422  T
Q  301 acagaattgaagtgatataactgatgaagtagcgaaaatataagacataaggttgaattttttagcgatgtcgattacatcgcttgagaaaagatcaaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  549423 acagaattgaagtgatataactgatgaagtagcgaaaatataagacataaggttgaattttttagcgatgtcgattacatcacttgagaaaagatcaaaa 549522  T
Q  401 accaaaccaacaaagtttgtttttgaacaagttaccattttgttaacttcttgattcaaatagggcatagagtgtttaactgtgagtttcatttgtgttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  549523 accaaaccaacaaagtttgtttttgaacaagttacgattttgttaacttcttgatgcaaatagggtatagagtgtttaactgtgagtttcatttgtgttg 549622  T
Q  501 cgatgtgaatgttgggaggaaggtcttggatattgatctgaggaaggaatgtaaaatgaatgtttggtggaagagagtttaagatagatttggtagatag 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  549623 cgatgtgaatgttgggaggaaggtcttggatattgatctgaggaaggaatgtaaaatcaatgtttggtggaagagagtttaagatagatttggtggatgg 549722  T
Q  601 tgtaggagaaccaagagttggaaggaggaaagagacatggaaattgttgtgatgaagaacaagtagttttgcaaactctacaaatgggattaagtggctt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  549723 tgtaggagaaccaagagttggaatgaggaaagtgacatggaaattgttgtgatgaagaacaagtagttttgcaaactctacaaatgggattaagtggctt 549822  T
Q  701 agtactggacaaaaggaatcatggctatgcatgttttttgctccatagtgatgaatttaattcaatttaggaagctcaaggtttttgtggagatgcatta 800  Q
    ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  549823 agtcctggac--aaggaatcatggctatgcatgttttttgctccatagtgatgaatttaattcaatttaggaagctctaggtttttgtggagatgcatta 549920  T
Q  801 ataaatgtacaatcaacataagtatac 827  Q
    |||||||||||||| || |||||||||    
T  549921 ataaatgtacaatccacctaagtatac 549947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 710; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 23423505 - 23422677
Alignment:
Q  1 tttacttttagactctatttgaatgatggatcccacagggtaaacacaaatgatatcttgtatagattttattgcatcatgttccaaataagtgaagcta 100  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23423505 tttactttttgactctctttgaatgatgggtcccacagggtaaacacaaatgatatcttgtatagattttattgcatcatgttccaaataagtgaagcta 23423406  T
Q  101 ttgatgatgacaccatctaccaaagagagtctttggcacgcacaaagaaatgctttatatgtttcacttgatcttccaaaaagaacagggtcaggaaaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23423405 ttgatgatgacaccatctaccaaagagagtctttgacacgcacaaagaaatgctttgtatgtttcacttgatcttccaaaaagaacagggtcaggaaaat 23423306  T
Q  201 cttttaccttaaaagaaacatttgaatctggaatgtcaaatgtttttgttgtgtccatgaactcagaggaaacactctcatctagtttgggaagattaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23423305 cttttaccttaaaagaaacatttgaaactggaatgtcaaatgtttttgttgtgtccatgaactcaaaggaaacactctcatctagtttgggaagattaag 23423206  T
Q  301 acagaattgaagtgatataactgatgaagtagcgaaaatataagacataaggttgaattttttagcgatgtcgattacatcgcttgagaaaagatcaaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23423205 acagaattgaagtgatataactgatgaagtagcgaaaatataagacataaggttgaattttttagcgatgtcgattacatcgcttgagaaaagatcaaaa 23423106  T
Q  401 accaaaccaacaaagtttgtttttgaacaagttaccattttgttaacttcttgattcaaatagggcatagagtgtttaactgtgagtttcatttgtgttg 500  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23423105 accaaacaaacaaagtttgtttttgaacaagttaccattttgttaacttcttgatgcaaatagggtatagagtgtttaactgtgagtttcatttgtgttg 23423006  T
Q  501 cgatgtgaatgttgggaggaaggtcttggatattgatctgaggaaggaatgtaaaatgaatgtttggtggaagagagtttaagatagatttggtagatag 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  23423005 cgatgtgaatgttgggaggaaggtcctggatattgatatgaggaaggaatgtaaaatcaatgtttggtggaagagagtttaagatggatttggtagatgg 23422906  T
Q  601 tgtaggagaaccaagagttggaaggaggaaagagacatggaaattgttgtgatgaagaacaagtagttttgcaaactctacaaatgggattaagtggctt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23422905 tgtaggagaaccaagagttggaatgaggaaagtgacatggaaattgttgtgatgaagaacaagtagttttgcaaactctacaaatggaattaagtggctt 23422806  T
Q  701 agtactggacaaaaggaatcatggctatgcatgttttttg---ctccatagtgatgaatttaattcaatttaggaagctcaaggtttttgtggagatgca 797  Q
    ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23422805 agtcctggac--aaggaatcatggctatgcatgttttttgctcctccatagtgatgaatttaattcaatttaggaagctcaaggtttttgtggagatgca 23422708  T
Q  798 ttaat-aaatgtacaatcaacataagtatac 827  Q
    ||||| |||||||||||| || ||| |||||    
T  23422707 ttaataaaatgtacaatccacctaattatac 23422677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University