View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4017_low_13 (Length: 480)

Name: NF4017_low_13
Description: NF4017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4017_low_13
NF4017_low_13
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (1-259)||(10207722-10207979)
chr3 (1-257)||(2677127-2677383)
chr3 (1-257)||(2672971-2673227)
chr3 (1-258)||(8516885-8517142)
chr3 (1-256)||(8512007-8512262)
chr3 (1-256)||(32475276-32475530)
chr3 (1-258)||(32480131-32480388)
chr3 (1-198)||(24967957-24968152)
chr3 (1-231)||(18656251-18656480)
chr3 (1-228)||(22173235-22173458)
chr3 (1-202)||(2671638-2671836)
chr3 (1-202)||(7167092-7167289)
chr3 (1-63)||(8739115-8739176)
chr3 (1-63)||(9091353-9091414)
chr3 (1-63)||(40372847-40372908)
chr3 (1-64)||(8477344-8477407)
chr3 (102-206)||(28504006-28504108)
chr3 (4-63)||(28503919-28503977)
chr3 (1-64)||(26928643-26928705)
chr3 (1-45)||(1305949-1305993)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (1-258)||(33330485-33330742)
chr6 (1-256)||(33335982-33336237)
chr6 (1-256)||(6005209-6005462)
chr6 (1-256)||(16838536-16838789)
chr6 (1-258)||(5343270-5343526)
chr6 (1-231)||(28155609-28155837)
chr6 (1-257)||(6438293-6438546)
chr6 (1-231)||(28184320-28184550)
chr6 (1-259)||(11856762-11857019)
chr6 (1-231)||(14737616-14737843)
chr6 (1-231)||(14742476-14742702)
chr6 (1-228)||(22010737-22010960)
chr6 (102-202)||(30125944-30126044)
chr6 (1-44)||(5674822-5674865)
chr6 (362-431)||(2133298-2133367)
chr6 (409-453)||(3543254-3543298)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-257)||(43988504-43988760)
chr1 (256-464)||(34942272-34942483)
chr1 (1-261)||(25445129-25445387)
chr1 (1-257)||(39445291-39445545)
chr1 (1-256)||(1055051-1055304)
chr1 (1-259)||(44023913-44024166)
chr1 (150-231)||(41386566-41386646)
chr1 (138-231)||(41398055-41398147)
chr1 (3-63)||(24787418-24787477)
chr1 (1-63)||(41398220-41398281)
chr1 (1-45)||(24202821-24202865)
chr1 (1-63)||(41390565-41390626)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (1-258)||(35745181-35745436)
chr8 (1-258)||(10684304-10684560)
chr8 (1-231)||(39784862-39785091)
chr8 (1-231)||(25328318-25328545)
chr8 (1-206)||(6311139-6311342)
chr8 (1-203)||(7289966-7290167)
chr8 (1-202)||(33037858-33038056)
chr8 (1-202)||(36979225-36979422)
chr8 (1-63)||(10689195-10689256)
chr8 (1-63)||(18853220-18853281)
chr8 (1-63)||(18870614-18870675)
chr8 (1-202)||(30655488-30655691)
chr8 (1-63)||(4760127-4760188)
chr8 (1-45)||(1262006-1262050)
chr8 (1-45)||(26287902-26287946)
chr8 (1-45)||(26301159-26301203)
chr8 (1-45)||(26313153-26313197)
chr8 (362-437)||(28538068-28538143)
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (1-256)||(2785167-2785420)
chr5 (2-258)||(33791106-33791360)
chr5 (1-258)||(31397033-31397288)
chr5 (1-257)||(31401890-31402144)
chr5 (3-257)||(33767970-33768222)
chr5 (1-256)||(37561484-37561740)
chr5 (1-258)||(37556662-37556920)
chr5 (1-256)||(28807612-28807868)
chr5 (1-206)||(43592120-43592324)
chr5 (1-206)||(1457202-1457405)
chr5 (1-206)||(15044528-15044731)
chr5 (1-206)||(43598565-43598769)
chr5 (1-206)||(43604057-43604261)
chr5 (1-206)||(43609549-43609753)
chr5 (1-206)||(27444811-27445015)
chr5 (1-206)||(27449655-27449859)
chr5 (1-206)||(30631249-30631451)
chr5 (1-64)||(31180197-31180259)
chr5 (1-63)||(24135831-24135893)
chr5 (1-45)||(38192174-38192218)
chr5 (1-45)||(38219399-38219443)
chr5 (1-45)||(35387663-35387707)
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (1-259)||(19205-19461)
scaffold0197 (1-258)||(14349-14605)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (1-258)||(148996-149251)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (1-256)||(2291-2544)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (1-258)||(16884718-16884974)
chr7 (1-257)||(16879863-16880118)
chr7 (1-258)||(24261363-24261619)
chr7 (1-256)||(24266242-24266496)
chr7 (1-256)||(21812278-21812532)
chr7 (1-256)||(19992104-19992358)
chr7 (1-231)||(24024366-24024594)
chr7 (1-231)||(31109623-31109849)
chr7 (1-231)||(12406150-12406376)
chr7 (1-231)||(12396730-12396956)
chr7 (1-231)||(4866548-4866775)
chr7 (1-202)||(20357599-20357797)
chr7 (1-63)||(2057949-2058010)
chr7 (1-64)||(18408746-18408808)
chr7 (1-45)||(1533496-1533540)
chr7 (1-45)||(21639809-21639853)
chr7 (4-64)||(18413623-18413682)
chr7 (375-431)||(41015323-41015379)
chr7 (8-45)||(21646007-21646044)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (1-257)||(182004-182259)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (1-258)||(19349068-19349324)
chr2 (1-256)||(19344212-19344466)
chr2 (1-256)||(32246577-32246833)
chr2 (1-231)||(39812028-39812255)
chr2 (1-228)||(44312664-44312887)
chr2 (1-156)||(14291380-14291533)
chr2 (1-202)||(11098979-11099176)
chr2 (1-202)||(9296453-9296651)
chr2 (1-45)||(3491751-3491795)
chr2 (1-45)||(25398496-25398540)
chr2 (3-45)||(40738844-40738886)
chr2 (369-453)||(65418-65502)
chr2 (1-45)||(25403634-25403678)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (1-256)||(18855519-18855772)
chr4 (1-256)||(3813816-3814069)
chr4 (1-258)||(9224447-9224700)
chr4 (1-256)||(45347857-45348109)
chr4 (1-256)||(45357336-45357588)
chr4 (1-231)||(9229234-9229460)
chr4 (1-231)||(5732481-5732710)
chr4 (1-206)||(51520298-51520502)
chr4 (1-227)||(56146751-56146974)
chr4 (1-202)||(24741788-24741985)
chr4 (1-63)||(29760625-29760686)
chr4 (372-445)||(15839706-15839779)
chr4 (1-45)||(28468581-28468625)
[»] scaffold0464 (1 HSPs)
scaffold0464 (1-258)||(153-408)
[»] scaffold0355 (2 HSPs)
scaffold0355 (1-231)||(9682-9907)
scaffold0355 (78-231)||(3-148)
[»] scaffold0135 (1 HSPs)
scaffold0135 (1-231)||(35102-35328)
[»] scaffold0777 (1 HSPs)
scaffold0777 (211-258)||(6291-6338)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (150-231)||(34136-34216)
[»] scaffold0479 (1 HSPs)
scaffold0479 (167-257)||(13140-13229)
[»] scaffold0188 (2 HSPs)
scaffold0188 (1-45)||(18004-18048)
scaffold0188 (1-45)||(24097-24141)
[»] scaffold0978 (1 HSPs)
scaffold0978 (13-64)||(300-350)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 10207979 - 10207722
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10207979 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttt-gttcttttctttt-catggtttatcttgttatgcttgttagct 10207882  T
Q  101 ctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacac 199  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10207881 cttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccacac 10207782  T
Q  200 atcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaata 259  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10207781 atcattggtttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaata 10207722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 2677127 - 2677383
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2677127 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttt-gttcttttctttt-catggtttatcttgttatgcttgttagct 2677224  T
Q  101 ctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacac 199  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2677225 cttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcacttgctccacac 2677324  T
Q  200 atcattgattcattctcattggtgtgaagg-ttcattagttgagccggattcacaacaa 257  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2677325 atcattggtttattctcattggtgtgaaggtttcattagttgagccggattcacaacaa 2677383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 2672971 - 2673227
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672971 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttt-gttcttttctttt-catggtttatcttgttatgcttgttagct 2673068  T
Q  101 ctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacac 199  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2673069 cttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttactctcatagattatctctatcacttgctccacac 2673168  T
Q  200 atcattgattcattctcattggtgtgaagg-ttcattagttgagccggattcacaacaa 257  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2673169 atcattggtttattctcattggtgtgaaggtttcattagttgagccggattcacaacaa 2673227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 8517142 - 8516885
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||   |||   | ||||||||| ||||||||||| ||    
T  8517142 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttcgttttcgtttatcgttttatcttg-tatgcttgttaact 8517044  T
Q  101 ctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacac 199  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8517043 cttagtgtggttgtgctacacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaagccatttgctctcatagattatctctatcacttgctccacac 8516944  T
Q  200 atcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8516943 atcattgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 8516885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8512262 - 8512007
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||   |||   | ||||||||| ||||||||||| ||    
T  8512262 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttcgttttcgtttatcgttttatcttg-tatgcttgttaact 8512164  T
Q  101 ctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacac 199  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8512163 cttagtgtggttgtgctacacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaagccatttgctctcatagattatctctatcacttgctccacac 8512064  T
Q  200 atcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8512063 atcattgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 8512007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 32475530 - 32475276
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  32475530 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 32475434  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttg-ttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  32475433 tcttagtgtggatttgct-tacattaggcttaggctgttttgttgttgattagtttggaggccatttgcactcatagattacctctatctcttgctccac 32475335  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32475334 acatctttgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 32475276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 32480388 - 32480131
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  || |||||||||| |||||||||||||    
T  32480388 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttggttggtgttttgttcgttttctttt--atcgtttatcttg-tatgcttgttagc 32480292  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttg-ttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  32480291 tcttagtgtggatttgct-tacattaggcttaggctgttttgttgttgattagtttggaggccatttgcactcatagattacctctatctcttgctccac 32480193  T
Q  198 acatcatt-gattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32480192 acatctttggatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 32480131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 24968152 - 24967957
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||| | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  24968152 ctccccaaaattaagccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 24968057  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24968056 tcttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccaca 24967957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 18656480 - 18656251
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttcttt--ttcatggtttatcttgttatgctt-gtta 97  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||| || | ||||||  || |  |||||||||||| ||||| ||||    
T  18656480 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgttcagtgttttttt-tgttctttcctttaccgtttatcttgtt-tgctttgtta 18656383  T
Q  98 gctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttagg-ctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctcc 195  Q
    |||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| | | ||| ||||||||    
T  18656382 gctctttgtgtggtttttctatacactag-cttagggctgttttgttgttgttagcttggagaccatttgttctcattgattaccaccatcacttgctcc 18656284  T
Q  196 acacatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||||||    ||| |||||||||||||||||    
T  18656283 acacatcattg---tattttcattggtgtgaaggtt 18656251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 22173235 - 22173458
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||| |   | ||||||| || ||||| | || |    
T  22173235 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttc-cttttacc--gcttatcttattttgctttggtatc 22173330  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||    
T  22173331 tctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgttttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatctcttgctccaca 22173430  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaag 228  Q
    |||||||| || ||| ||||||||||||||    
T  22173431 catcattg-tttatt-tcattggtgtgaag 22173458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 2671638 - 2671836
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgc-ttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   || ||    | |||||||||| ||| |||||| |    
T  2671638 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttcttcctttctt----gcttatcttgttttgctttgttatc 2671732  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctg-ttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || |||||||||||| || |||| ||| ||  ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  2671733 tctttgtgtggtttttctctacactagactagggctgtttttgttgttgtttgcttggagaccatttg-gctcatagattaccactatctcttgctccac 2671831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 7167289 - 7167092
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgc-ttgttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   || ||    | |||||||| |||||| ||||||     
T  7167289 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttcttcctttctt----gcttatcttgtttatgctttgttat 7167195  T
Q  99 ctc-ttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  7167194 ctctttgtgtggttttgctctacactagtctagggctgttttgttgttgtt-gcttggaaaccattt-tgctcatagattaccactatctcttgctccac 7167097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 8739115 - 8739176
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8739115 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttctt 8739176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 9091353 - 9091414
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9091353 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttctt 9091414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 40372847 - 40372908
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40372847 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttctt 40372908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 8477407 - 8477344
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgt-tttgttcttt 64  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  8477407 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgtgtttgttcttt 8477344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 102 - 206
Target Start/End: Original strand, 28504006 - 28504108
Alignment:
Q  102 ttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacacat 201  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |   |||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |||||||||||||| ||| |  |||||||||||||    
T  28504006 ttgtgtggttttgctatacactagtcaagggctgttttgttgttgtt-gcttggaaaccattt-ttctcatagattatcactaccttttgctccacacat 28504103  T
Q  202 cattg 206  Q
    |||||    
T  28504104 cattg 28504108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 63
Target Start/End: Original strand, 28503919 - 28503977
Alignment:
Q  4 ccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  28503919 ccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttctt 28503977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Original strand, 26928643 - 26928705
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgt-tttgttcttt 64  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  26928643 ctcccccagattaggtcatattggctgaactgggtcaacaatctt--ttggtgtgtttgttcttt 26928705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 1305993 - 1305949
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  1305993 ctcccctagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 1305949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 33330485 - 33330742
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33330485 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttt-gttcttttctttt-catggtttatcttgttatgcttgttagct 33330582  T
Q  101 ctt-gtgtggtttt-gctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33330583 cttagtgtggtttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccaca 33330682  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33330683 catcattggtttattctaattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 33330742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 33335982 - 33336237
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33335982 ctcccccagattaggtcacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttt-gttcttttctttt-catggtttatcttgttatgcttgttagct 33336079  T
Q  101 ctt-gtgtggttttg-ctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33336080 cttagtgtggtttttactatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagtttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccaca 33336179  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33336180 catcattggtttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 33336237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 6005462 - 6005209
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  6005462 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcttttcctttt-atcgtttatcttgt-atgcttgttagct 6005366  T
Q  101 ctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacac 199  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6005365 cttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccacac 6005266  T
Q  200 atcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6005265 atcattggtttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggatttacaaca 6005209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 16838789 - 16838536
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  16838789 ctcccccagattaagccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 16838694  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16838693 tcttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttgaaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccaca 16838594  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
     ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16838593 tatcattggtttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 16838536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 5343526 - 5343270
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  5343526 ctcccctagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcgttttccttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 5343431  T
Q  100 tctt-gtgtggtttt-gctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5343430 tcttagtgtggtttttgctatactttaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccac 5343331  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5343330 acatcattgacttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 5343270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 28155609 - 28155837
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| |   |||||||||||| ||||||||||||    
T  28155609 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgttcggtgttttgttctttccatttacc--gtttatcttgtttatgcttgttagc 28155706  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| ||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  28155707 tcttagtgtggttttgctatacacaagtcataggctgttttgttgttgttagcttgaagaccatttgctctcattgattatcactatcacttgctccaca 28155806  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||| || |||  ||||||||||||||||    
T  28155807 catcattg-tttatt-gcattggtgtgaaggtt 28155837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 6438546 - 6438293
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |  |||||||||| ||||||||||||||    
T  6438546 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggacaacaatcttgctcggtgttttgttctttcctttt--accgtttatcttgtttatgcttgttagc 6438449  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||| | |||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  6438448 tctttgtgtggttttgctatacacta-gcttagggctg-tttgttgttgtttgcttggaagccattggttctcattgattaccactatcacttgctccac 6438351  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 257  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||| || || || ||||| |||||||||    
T  6438350 acatcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggttcgtttgtagaaccggaatcacaacaa 6438293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 28184550 - 28184320
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| |  | |||||||||| |||||| |  |     
T  28184550 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttt-cttttt-accgcttatcttgtttatgctttggaat 28184454  T
Q  99 ctcttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggcca--tttgctctcatagattatctctatcgcttgctcca 196  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  28184453 ctcttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgttttgttgttgtttgcttggagaccatttttgttctcattgattatcactatcacttgctcca 28184354  T
Q  197 cacatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  28184353 cacatcattggtttatt-tcattggtgtgaaggtt 28184320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 11857019 - 11856762
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt-ttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttag 98  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||| |||| || | || ||||||| ||||| | ||     
T  11857019 ctcccccatattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgtttttttgttcttcctttt-atcgcttgtcttgttttgctttggtat 11856922  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  11856921 ctctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgttttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatctcttgctccac 11856822  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaata 259  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||  ||  |||| |||||||||||||||||    
T  11856821 acatcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggttttttttttgaaccggattcacaacaata 11856762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 14737616 - 14737843
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |   | |||||||||| ||||| | || |    
T  14737616 ctcccccagattaggccatattggctgaactggatcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttt-cttttacc--gcttatcttgttttgctttggtatc 14737711  T
Q  100 tctt--gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||  |||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  14737712 tcttttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgttttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattatcactatcacttgctccac 14737811  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  14737812 acatcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggtt 14737843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 14742476 - 14742702
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |   | |||||||||| ||||| | || |    
T  14742476 ctcccccaaattaggtcatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttt-cttttacc--gcttatcttgttttgctttgatatc 14742571  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  14742572 tctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgttttgttgttgtatgcttggagaccatttgttctcattgattatcactatcacttgctccaca 14742671  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  14742672 catcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggtt 14742702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 22010737 - 22010960
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||  || | |||||||||| ||||| | || |    
T  22010737 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttc-ctttt--atcgcttatcttgttttgctttggtatc 22010832  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| |||||||||||||||||| | | ||  ||| | |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||    
T  22010833 tctttgtgtggttttgctatacacttgtctagggcggctttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatcacttgctccaca 22010932  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaag 228  Q
    |||||||| || ||| ||||||||||||||    
T  22010933 catcattg-tttatt-tcattggtgtgaag 22010960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 202
Target Start/End: Original strand, 30125944 - 30126044
Alignment:
Q  102 ttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgtttt-gttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacaca 200  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||  ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  30125944 ttgtgtggttttgctctacactagtctagggctgtttttgttgtagttagcttggagaccatttgg-ctcatagattatcactacctcttgctccacaca 30126042  T
Q  201 tc 202  Q
    ||    
T  30126043 tc 30126044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 44
Target Start/End: Original strand, 5674822 - 5674865
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatct 44  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  5674822 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatct 5674865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 362 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 2133367 - 2133298
Alignment:
Q  362 aatattaaaatataatgatataaatatatcgaaagatgattaatgagtctcgtttgaaaaatttgtgtga 431  Q
    ||||||||||| |||||||||| |  ||| || |||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  2133367 aatattaaaatgtaatgatatagagttattgatagataattaatgggtctcgtttaaaatatttgtgtga 2133298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 409 - 453
Target Start/End: Original strand, 3543254 - 3543298
Alignment:
Q  409 tctcgtttgaaaaatttgtgtgaggtgttgaattggagggattaa 453  Q
    |||||||| | ||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  3543254 tctcgtttaagaaatttgtgtgagatgctgaattggagggattaa 3543298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 43988504 - 43988760
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggttt-atcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  43988504 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtaaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttt-catggttttatcttgt-atgcttgttagc 43988601  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43988602 tcttagtgtggttgtgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaagccatttgctctcatagattatctctatcacttgctccaca 43988701  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 257  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43988702 catcattgatttattctcattggcgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 43988760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 256 - 464
Target Start/End: Original strand, 34942272 - 34942483
Alignment:
Q  256 aatacctatgatgtactccaaatatcaaaaaattattttgagtacttgataaaataagggtatgaatgaagcattccaatcttaaatggta----tcaaa 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    |||||    
T  34942272 aatacctatgatgtactccaaatatcaaaaaattattttgagtacttgatagaacaagggtatgaatgaagcattacaatcttaaatggtacctatcaaa 34942371  T
Q  352 acnnnnnnnnaatattaaaatataatgatataaatatatcgaaagatgattaatgagtctcgtttgaaaaatttgtgtgaggtgttgaattggagggatt 451  Q
    |         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  34942372 a-aaaaatttaatattaaaatataatgatataaatatatcgaaagatgattaattagtctcgtttgaaaaatttgtgtgaggtgttgaattgaaggaatt 34942470  T
Q  452 aaacacttattat 464  Q
    |||||||||||||    
T  34942471 aaacacttattat 34942483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 261
Target Start/End: Original strand, 25445129 - 25445387
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |  |||||||||| ||| ||||||||||    
T  25445129 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttctttcctttt--accgtttatcttgtttacgcttgttagc 25445226  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  25445227 tctttgtgtggttttgctatacacta-gcttagggctg-tttgttgttgtttgcttggaagccatttgttctcattgattatcactatcgcttgctccac 25445324  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaatacc 261  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||    
T  25445325 acatcattggtttatt-tcattggtgtgaaggttcgtttgtagaaccggattcacaacactacc 25445387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 39445545 - 39445291
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |  |||||||||| ||||||||||||||    
T  39445545 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttctttcctttt--accgtttatcttgtttatgcttgttagc 39445448  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  39445447 tctttgtgtggttttgctatacacta-gcttagggctg-tttgttgttgtttgcttggaagccatttgttcacattgattatcactatcacttgctccac 39445350  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 257  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||    
T  39445349 acatcattggtttatt-tcattggtgtgaaggttcgtttgtagaaccggattcacaacaa 39445291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 1055051 - 1055304
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |  |||||||||| ||||||||||||||    
T  1055051 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttctttcctttt--accgtttatcttgtttatgcttgttagc 1055148  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| | |||||| || ||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  1055149 tctttgtgtggttttgctatacacta-gcttagggctg-tttgttgttgtaagcttggaagacatttgttcacattgattatcactatcacttgctccac 1055246  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||  | || || ||||||||||||||    
T  1055247 acatcattggtttatt-tcattggtgtgaaggttcgattgtagaaccggattcacaaca 1055304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 259
Target Start/End: Original strand, 44023913 - 44024166
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||   ||||||||| ||||||||||||||    
T  44023913 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttctttcctttacca---tttatcttgtttatgcttgttagc 44024009  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||  |||||||||    
T  44024010 tctttgtgtggttttgctatacacta-gcttagggctg-tttgttgttgtttgcttggaagccatttgttctcattgattatcactatcagttgctccac 44024107  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaata 259  Q
    ||||||||| || ||| ||||||||||||||||| |||  | ||  ||||||||||||||||    
T  44024108 acatcattggtttatt-tcattggtgtgaaggtttatt--tggaatcggattcacaacaata 44024166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 150 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 41386646 - 41386566
Alignment:
Q  150 gcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacacatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  41386646 gcttggagaccatttgttctcattgattatcactatcacttgctccacacatcattggtttatt-tcattggtgtgaaggtt 41386566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 138 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 41398147 - 41398055
Alignment:
Q  138 ttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacacatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| || |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||||    
T  41398147 ttgttgttgtttgcttggagaccatatgttctcattgattatcactatcacttgctccacacataattggtttatt-tcattggtgtgaaggtt 41398055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 3 - 63
Target Start/End: Original strand, 24787418 - 24787477
Alignment:
Q  3 cccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24787418 cccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttctt 24787477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 41398281 - 41398220
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  41398281 ctcccccagattaggccatattggctgacctgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttctt 41398220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Original strand, 24202821 - 24202865
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  24202821 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 24202865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 41390626 - 41390565
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  41390626 ctcccccagattaggccatattggctgatctgggtcaacaatctt-ctcgatgttttgttctt 41390565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 35745436 - 35745181
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  35745436 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcttttcctttt-atcgtttatcttgt-atgcttgttagct 35745340  T
Q  101 ctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacac 199  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35745339 cttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccacac 35745240  T
Q  200 atcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35745239 atcattggtttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 35745181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 10684304 - 10684560
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  10684304 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 10684400  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttg-ttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10684401 tcttagtgtggatttgct-tacattaggcttaggctgttttgttgttgattagcttggaggccatttgcactcatagattacctctatctcttgctccac 10684499  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10684500 acatctttgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 10684560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 39784862 - 39785091
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtta-tgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |   | ||||||||||  ||||| |  |     
T  39784862 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttctttccttttacc--gcttatcttgtttgtgctttggaat 39784959  T
Q  99 ctcttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  39784960 ctcttgtgtggttttgctatacacta-gcttagggctgttttgttgttattggcttggagaccatttgttctcattgattatcactatcacttgctccac 39785058  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    ||||| ||| || ||| |||||||||||||||||    
T  39785059 acatctttggtttatt-tcattggtgtgaaggtt 39785091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 25328318 - 25328545
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |   |||||||| ||| ||| || | ||     
T  25328318 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttttcctttacc--gtttatctcgtttatgttttggtat 25328414  T
Q  99 ctcttgtgtggttttgctatacattaggcttaggct-gttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| |    
T  25328415 ctcttgtgtggttttgctatacactag--ttagggttgttttgttgttgttggcttggagaccatttgttctcattgattatcactatcacttgctccgc 25328512  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||    
T  25328513 acatcattgatttatt-tcattgttgtgaaggtt 25328545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 6311342 - 6311139
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   || ||    | |||||||||| |||||| ||||     
T  6311342 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttcctttctt----gcttatcttgtttatgctttgttat 6311248  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||  ||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  6311247 ctcttagtgtggttttgctatacactagtctagggctgctttgttgttgtttgcttggaaaccatttgttctcattgattaccactatcacttgctccac 6311148  T
Q  198 acatcattg 206  Q
    |||||||||    
T  6311147 acatcattg 6311139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 7289966 - 7290167
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   ||| |||    |||||||||| ||| || ||||     
T  7289966 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttccttttatcac---ttatcttgtttatggtttgttat 7290061  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| | |||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  7290062 ctctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgctttgttgttgtttgtttggagaccatttgttctcattgattaccactatctcttgctccac 7290161  T
Q  198 acatca 203  Q
    ||||||    
T  7290162 acatca 7290167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 33037858 - 33038056
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgc-ttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||    | |||||||||| ||| ||| || |    
T  33037858 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttcttcttttctt----gcttatcttgttttgctttggtatc 33037952  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgtt--ttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctcca 196  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||  ||||||||||| |||||||  ||||||  | |||| ||||| | ||||| |||||||||    
T  33037953 tctttgtgtggttttgctctacactagtctagggctgtttattgttgttgtt-gcttggaaaccattttgt-tcattgattaccactatctcttgctcca 33038050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 36979422 - 36979225
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgc-ttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   || ||    | |||||||||| ||| ||| || |    
T  36979422 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttcttcctttctt----gcttatcttgttttgctttggtatc 36979328  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctg-ttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||| ||  ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||  | |||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  36979327 tctttgtgtggttttgctctacactagtctagggctgtttttgttgttgtt-gcttggaaaccattttgt-tcattgattaccactatctcttgctccac 36979230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 10689195 - 10689256
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10689195 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttctt 10689256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 18853220 - 18853281
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18853220 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttctt 18853281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 18870614 - 18870675
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18870614 ctcccccagattaggccatattggatgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttctt 18870675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 30655691 - 30655488
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctt--tttcatggtttatcttg-ttatgc-ttgtt 96  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||  |||| | | |||||||| |||||| |||||    
T  30655691 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgtttt-ttttgttcttcctttc-ttgcttatcttgtttatgctttgtt 30655595  T
Q  97 agctct-tgtgtggttttgctatacattaggcttaggctg--ttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgct 193  Q
    | |||| |||||||||||||| |||| ||| ||  |||||  ||||||||||||| |||||||  ||||||  | |||| ||||| | ||||| ||||||    
T  30655594 atctctatgtgtggttttgctctacactagtctagggctgttttttgttgttgtt-gcttggaaaccattttgt-tcattgattaccactatctcttgct 30655497  T
Q  194 ccacacatc 202  Q
    |||||||||    
T  30655496 ccacacatc 30655488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 4760127 - 4760188
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  4760127 ctcccccatattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttgatgttttgttctt 4760188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Original strand, 1262006 - 1262050
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  1262006 ctcccccagattaggtcatattggttgaactgggtcaacaatctt 1262050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 26287946 - 26287902
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  26287946 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 26287902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 26301203 - 26301159
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  26301203 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 26301159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 26313197 - 26313153
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  26313197 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 26313153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 362 - 437
Target Start/End: Original strand, 28538068 - 28538143
Alignment:
Q  362 aatattaaaatataatgatataaatatatcgaaagatgattaatgagtctcgtttgaaaaatttgtgtgaggtgtt 437  Q
    |||||| |||| ||||||||||||  ||| || |||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||| ||||    
T  28538068 aatattgaaatttaatgatataaaattattgatagatgattaacgagtctcgtttaagacatttgtgtgagatgtt 28538143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 2785420 - 2785167
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  2785420 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcttttcctttt-atcgtttatcttgt-atgcttgttagct 2785324  T
Q  101 ctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacac 199  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2785323 cttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccacac 2785224  T
Q  200 atcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2785223 atcattggtttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 2785167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 2 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 33791360 - 33791106
Alignment:
Q  2 tcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagctc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  33791360 tcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcttttcctttt-atcgtttatcttgt-atgcttgttagctc 33791264  T
Q  102 t-tgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacaca 200  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33791263 tatatgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccacaca 33791164  T
Q  201 tcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33791163 tcattggtttattctcattgatgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 33791106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 31397033 - 31397288
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||    
T  31397033 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgtttgtttgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagct 31397129  T
Q  101 ctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacac 199  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31397130 cttagtgtggttttgctttacattaggcttaggatgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccacac 31397229  T
Q  200 atcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31397230 atcattgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccgaattcacaacaat 31397288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 31401890 - 31402144
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  31401890 ctcccccatattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 31401985  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31401986 tcttagtgtggttttgctttacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccaca 31402085  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 257  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31402086 catcattgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccgaattcacaacaa 31402144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 3 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 33768222 - 33767970
Alignment:
Q  3 cccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagctct 102  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| || ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  33768222 cccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcttttcctttt-atcgtttatcctgt-atgcttgttagctct 33768126  T
Q  103 -tgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacacat 201  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33768125 atatgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggtcatttgcactcatagattatctctatcacttgctccacacat 33768026  T
Q  202 cattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 257  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33768025 cattggtttattctcattgatgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 33767970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 37561484 - 37561740
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |   |||||||||||| ||||||||||||    
T  37561484 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttctttccatttacc--gtttatcttgtttatgcttgttagc 37561581  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| ||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  37561582 tcttagtgtggttttgctatacacaagtcataggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatcactatcacttgctccaca 37561681  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaagg-ttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    |||| ||| || ||| ||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||    
T  37561682 catctttggtttattatcattggtgtgaaggtttgattagttgaaccggattcacaaca 37561740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 37556662 - 37556920
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |   |||||||||||| ||||||||||||    
T  37556662 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttctttccatttacc--gtttatcttgtttatgcttgttagc 37556759  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| ||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  37556760 tcttagtgtggttttgctatacacaagtcataggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatcactatcacttgctccaca 37556859  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaag-gttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    |||| ||| || ||| ||||||||||||||  || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37556860 catctttggtttattatcattggtgtgaagatttgattagttgaaccggattcacaacaat 37556920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 28807612 - 28807868
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |  |||||||||| ||||||||||||||    
T  28807612 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttctttcctttt--accgtttatcttgtttatgcttgttagc 28807709  T
Q  100 tc-ttgtgtgg--ttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctcc 195  Q
    || ||| ||||  |||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  28807710 tctttgagtggttttttgctatacacta-gcttagggctg-tttgttgttgtttgcttggaagccatttgttctcattgattatcactatcacttgctcc 28807807  T
Q  196 acacatcattgattcattctcattggtgtgaagg-ttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  28807808 acacatcattggtttatt-tcattggtgtgaaggtttcattagttgaaccggattcacaaca 28807868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 43592324 - 43592120
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   ||| |||    |||||||||| |||||| ||||     
T  43592324 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttccttttatcac---ttatcttgtttatgctttgttat 43592229  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  43592228 ctctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgctttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatctcttgctccac 43592129  T
Q  198 acatcattg 206  Q
    |||||||||    
T  43592128 acatcattg 43592120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Original strand, 1457202 - 1457405
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctt-tttcatggtttatcttgtt-atgctt-gtta 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   || ||||     |||||||||| |||||| ||||    
T  1457202 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttcctttctttc-----ttatcttgtttatgctttgtta 1457295  T
Q  98 gctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctcca 196  Q
     ||||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||    
T  1457296 tctctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgctttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatctcttgctcca 1457395  T
Q  197 cacatcattg 206  Q
    ||||||||||    
T  1457396 cacatcattg 1457405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 15044731 - 15044528
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||| || || |||||||| |||||| |  |     
T  15044731 ctcccccatattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttctt--ccttttcttgctt-atcttgtttatgctttggaat 15044636  T
Q  99 ctcttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||||| |||    
T  15044635 ctcttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgttttgttgttgttggtttggagaccatttgttctcattgattaccactatcacttgctctaca 15044536  T
Q  199 catcattg 206  Q
    | ||||||    
T  15044535 cgtcattg 15044528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 43598769 - 43598565
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||   ||| |||    |||||||||| |||||| ||||     
T  43598769 ctcccccagattaggccatattggctgaactggaccaacaatctt-ctcggtgttttgttcttccttttatcac---ttatcttgtttatgctttgttat 43598674  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  43598673 ctctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgctttgttgttgtttgcttggagaccaattgttctcattgattaccactatctcttgctccac 43598574  T
Q  198 acatcattg 206  Q
    |||||||||    
T  43598573 acatcattg 43598565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 43604261 - 43604057
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||   ||| |||    |||||||||| |||||| ||||     
T  43604261 ctcccccagattaggccatattggctgaactggaccaacaatctt-ctcggtgttttgttcttccttttatcac---ttatcttgtttatgctttgttat 43604166  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  43604165 ctctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgctttgttgttgtttgcttggagaccaattgttctcattgattaccactatctcttgctccac 43604066  T
Q  198 acatcattg 206  Q
    |||||||||    
T  43604065 acatcattg 43604057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 43609753 - 43609549
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||   ||| |||    |||||||||| |||||| ||||     
T  43609753 ctcccccagattaggccatattggctgaactggaccaacaatctt-ctcggtgttttgttcttccttttatcac---ttatcttgtttatgctttgttat 43609658  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  43609657 ctctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgctttgttgttgtttgcttggagaccaattgttctcattgattaccactatctcttgctccac 43609558  T
Q  198 acatcattg 206  Q
    |||||||||    
T  43609557 acatcattg 43609549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 27445015 - 27444811
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   ||| |||    |||||||||| |||||| ||||     
T  27445015 ctcccccagattaggctatattgcctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttccttttatcac---ttatcttgtttatgctttgttat 27444920  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| | |||||||||| |||||||| |||||||  ||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  27444919 ctctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgctatgttgttgtttgcttggagaccatttgtactcattgattaccactatctcttgctccac 27444820  T
Q  198 acatcattg 206  Q
    |||||||||    
T  27444819 acatcattg 27444811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 27449859 - 27449655
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   ||| |||    |||||||||| |||||| ||||     
T  27449859 ctcccccagattaggctatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttccttttatcac---ttatcttgtttatgctttgttat 27449764  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| | |||||||||| |||||||| |||||||  ||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  27449763 ctctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgctatgttgttgtttgcttggagaccatttgtactcattgattaccactatctcttgctccac 27449664  T
Q  198 acatcattg 206  Q
    | |||||||    
T  27449663 atatcattg 27449655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 30631451 - 30631249
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgc-ttgttag 98  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || |||| | |    |||||||| |||||| ||||||     
T  30631451 ctcccccagattaggccacattggctgaactgagtcaacaatctt-cttggtgttttgttc-ttcctttctta---cttatcttgtttatgctttgttat 30631357  T
Q  99 ctct-tgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || | | |||| |||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||| ||||| |  ||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  30631356 ctatatatgtgattttgctatacactagtctagggctgttttgttgttgtt-gcttgaaaaccatttgttctcatagattaccactatctcttgctccac 30631258  T
Q  198 acatcattg 206  Q
    |||||||||    
T  30631257 acatcattg 30631249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 31180259 - 31180197
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttt 64  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31180259 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttcttt 31180197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 24135893 - 24135831
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgt-tttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  24135893 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgtgtttgttctt 24135831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 38192218 - 38192174
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  38192218 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 38192174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 38219443 - 38219399
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  38219443 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 38219399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 35387707 - 35387663
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  35387707 ctcccccagattaggccatattggctgaattgggtcaacaatctt 35387663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 259
Target Start/End: Original strand, 19205 - 19461
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  19205 ctcccccagattaggccacaatggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 19300  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19301 tcttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccaca 19400  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaata 259  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19401 catcattgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaata 19461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 14349 - 14605
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  14349 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 14445  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttg-ttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  14446 tcttagtgtggatttgct-tacattaggcttaggctgttttgttgttgattagcttggaggccatttgcactcatagattacctctatctcttgctccac 14544  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14545 acatctttgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgaaccggattcacaacaat 14605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 148996 - 149251
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  148996 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcgttttccttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 149091  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  149092 tcttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatagattatctctatcacttgctccaca 149191  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  149192 catcattgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 149251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 2291 - 2544
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  2291 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttt-gttcgttttccttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 2386  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||||||    
T  2387 tcttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgcactcatggattatctttatcacttgctccaca 2486  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2487 catcattgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 2544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 8e-96; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 16884974 - 16884718
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  16884974 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 16884878  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttg-ttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  16884877 tcttagtgtggatttgct-tacattaggcttaggctgttttgttgttgattagcttggaggccatttgcactcatagattacctctatctcttgctccac 16884779  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16884778 acatctttgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 16884718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 16880118 - 16879863
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  16880118 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 16880022  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttg-ttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  16880021 tcttagtgtggatttgct-tacattaggcttaggctgttttgttgttgattagcttggaggccatttgcactcatagattacctctatctcttgctccac 16879923  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 257  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16879922 acatctttgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 16879863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 24261363 - 24261619
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  24261363 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 24261459  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttg-ttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  24261460 tcttagtgtggatttgct-tacattaggcttaggctgttttgttgttgattagcttggaggccatttgcactcatagattacctctatctcttgctccac 24261558  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24261559 acatctttgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgaaccggattcacaacaat 24261619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 24266242 - 24266496
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  24266242 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcgttttccttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 24266338  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttg-ttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  24266339 tcttagtgtggatttgct-tacattaggcttaggctgttttgttgttgattagcttggaggccatttgcactcatagattacctctatctcttgctccac 24266437  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24266438 acatctttgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 24266496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 21812278 - 21812532
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |  |||||||||| |||||||||||| |    
T  21812278 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttcttttctttt--accgtttatcttgtttatgcttgttaac 21812375  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  21812376 tctttgtgtggttttgctatacacta-gcttagggctg-tttgttgttgttagcttggaagccatttgctctcatagattaccactatctcttgctccac 21812473  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaagg-ttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||||| ||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  21812474 acatctttggtttatt-tcattggtgtgaaggtttcattagttgaatcggattcacaaca 21812532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 19992358 - 19992104
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |  |||||||||| ||||||||||||||    
T  19992358 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttctttcctttt--accgtttatcttgtttatgcttgttagc 19992261  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||| | ||||||||    
T  19992260 tctttgtgtggttttgctatacacta-gcttagggctg-tttgttgttgtaagcttggaagccatttgttctcattgattatcactatcacctgctccac 19992163  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt-cattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||||| ||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  19992162 acatctttggtttatt-tcattggtgtgaaggttccattagttgaaccggattcacaaca 19992104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 24024366 - 24024594
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgtttt-gttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgcttgttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||  | ||||| || || |||||||| |||||||||||    
T  24024366 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgttcggtgtttttgttctt--ccttttcttgctt-atcttgtttatgcttgttag 24024462  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  24024463 ctctttgtgtggttttgctatatactagtcataggctgttttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatcacttgctccac 24024562  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  24024563 acatcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggtt 24024594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 31109623 - 31109849
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||| |||||| |  |     
T  31109623 ctcccctagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgttcggtgttttgttctt--ccttttcttg-tttatcttgtttatgctttggaat 31109719  T
Q  99 ctcttgtgtggttttgctatacattaggcttagg-ctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| |||    
T  31109720 ctcttgtgtggttttgctatacactag--ttagggctgttttgttgttgttggcttggagaccatttgttctcattgattatcactatcacttgctgcac 31109817  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  31109818 acatcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggtt 31109849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 12406376 - 12406150
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |   | |||||||||| ||||| | || |    
T  12406376 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttt-cttttacc--gcttatcttgttttgctttggtatc 12406281  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||    
T  12406280 tctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgctttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatctcttgctccaca 12406181  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  12406180 catcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggtt 12406150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 12396956 - 12396730
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||  |   | |||||||||| ||||| | || |    
T  12396956 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttccctttacc---gcttatcttgttttgctttggtatc 12396861  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||    
T  12396860 tctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgctttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatctcttgctccaca 12396761  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  12396760 catcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggtt 12396730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 4866775 - 4866548
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||| |   | |||||||||| ||||| | || |    
T  4866775 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttc-cttttacc--gcttatcttgttttgctttggtatc 4866680  T
Q  100 tctt-gtgtggtttt-gctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    | || |||||||||| |||||||| ||| ||  | |||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  4866679 tttttgtgtggtttttgctatacactagtctaggactgttttgttgttgtttgcttggagaccatttgtcctcattgattaccactatctcttgctccac 4866580  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  4866579 acatcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggtt 4866548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 20357599 - 20357797
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  | ||||| || || |||||||| ||||| |||| |    
T  20357599 ctcccccaaattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtattttgttctt--ccttttcttgctt-atcttgtt-tgctttgttatc 20357693  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgtttt-gttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  20357694 tctttgtgtggttttgctctacactagtctagggctgtttttgttgttgttagcttggagaccatttg-gctcatagattaccactatctcttgctccac 20357792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 2058010 - 2057949
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2058010 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttctt 2057949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 18408808 - 18408746
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgt-tttgttcttt 64  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  18408808 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt--ttggtgtgtttgttcttt 18408746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Original strand, 1533496 - 1533540
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  1533496 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 1533540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 21639853 - 21639809
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  21639853 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 21639809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 18413682 - 18413623
Alignment:
Q  4 ccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgt-tttgttcttt 64  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  18413682 ccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt--ttggtgtgtttgttcttt 18413623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 375 - 431
Target Start/End: Original strand, 41015323 - 41015379
Alignment:
Q  375 aatgatataaatatatcgaaagatgattaatgagtctcgtttgaaaaatttgtgtga 431  Q
    ||||||||||| |||| || || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  41015323 aatgatataaagatattgatagttgattaatgagtctcatttgaaaattttgtgtga 41015379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 21646044 - 21646007
Alignment:
Q  8 agattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  21646044 agattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 21646007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 182004 - 182259
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttc-ttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||    
T  182004 ctcccccagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcgttttctttt--atcgtttatcttgt-atgcttgttagc 182100  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttg-ttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  182101 tcttagtgtggatttgct-tacattaggcttaggctgttttgttgttgattagcttggaggccatttgcactcatagattacctctatctcttgctccac 182199  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 257  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  182200 acatctttgatttattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 182259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 172; Significance: 3e-92; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 19349324 - 19349068
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  19349324 ctcccctagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttcttttcctttt-atcgtttatcttgt-atgcttgttagct 19349227  T
Q  101 ctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacac 199  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  19349226 cttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattaccactatctcttgctccacac 19349127  T
Q  200 atcattgattcattctcattggtgtgaagg-ttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    ||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19349126 atctttggtttatt-tcattggtgtgaaggtttcattagttgaaccggattcacaacaat 19349068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 19344466 - 19344212
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgcttgttagct 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  19344466 ctcccctagattaggccacattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttcttttcctttt-atcgtttatcttgt-atgcttgttagct 19344369  T
Q  101 ctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacac 199  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  19344368 cttagtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattaccactatctcttgctccacac 19344269  T
Q  200 atcattgattcattctcattggtgtgaagg-ttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  19344268 atctttggtttatt-tcattggtgtgaaggtttcattagttgaaccggattcacaaca 19344212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 32246833 - 32246577
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||   |||||  | | |||||||||| |||||| |  |     
T  32246833 ctcccccagattaggccatattggctgaacaaggtcaacaatcttgttcggtgttttgttcttcctttttttcttgcttatcttgtttatgctttggaat 32246734  T
Q  99 ctcttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  32246733 ctcttgtgtggttttgctatacactagtctaggactgttttgttgttgttagcttggagaccatttgttctcatagattaccactatcacttgctccaca 32246634  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||  || || || ||||||||||||||    
T  32246633 catcattggtttatt-tcattggtgtgaaggtttctttgtagaaccggattcacaaca 32246577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 39812028 - 39812255
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtta-tgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |   | ||||||||||  ||||| |  |     
T  39812028 ctcccccagattaggccatattggctgaactggttcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttt-cttttacc--gcttatcttgtttgtgctttggaat 39812123  T
Q  99 ctcttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  39812124 ctcttgtgtggttttgctatacacta-gcttagggctgttttgttgttgttggcttggagaccatttgttctcattgattatcactatcacttgctccac 39812222  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    ||||| ||| || ||| |||||||||||||||||    
T  39812223 acatctttggtttatt-tcattggtgtgaaggtt 39812255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 44312664 - 44312887
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||  || | |||||||||| ||||| | || |    
T  44312664 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttc-ctttt--atcgcttatcttgttttgctttggtatc 44312759  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| |||||||||||||||||| | | ||  ||| | |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||    
T  44312760 tctttgtgtggttttgctatacacttgtctagggcggctttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatcacttgctccaca 44312859  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaag 228  Q
    |||||||| || ||| ||||||||||||||    
T  44312860 catcattg-tttatt-tcattggtgtgaag 44312887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 14291533 - 14291380
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgc-ttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   || ||    | |||||||||| ||| |||||| |    
T  14291533 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttcttcctttctt----gcttatcttgttttgctttgttatc 14291439  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctg-ttttgttgttgttagcttgga 156  Q
    || ||||||||||||||| |||||||| ||  ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  14291438 tctttgtgtggttttgctctacattagtctagggctgtttttgttgttgtttgcttgga 14291380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 11098979 - 11099176
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgc-ttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   || |||     |||||||||| ||| ||| || |    
T  11098979 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttcttcctttcttc----cttatcttgttttgctttggtatc 11099073  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctg-ttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||| ||  ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||  | |||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  11099074 tctttgtgtggttttgctctacactagtctagggctgtttttgttgttgtt-gcttggaaaccattttgt-tcattgattaccactatctcttgctccac 11099171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 9296453 - 9296651
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgc-ttgttagc 99  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     |||| || ||| ||||||| ||| |||||| |    
T  9296453 ctcccccaaattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttctt---cctttcttgcttt-tcttgttttgctttgttatc 9296547  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctg-ttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||| ||  ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||| | ||| |  |||||||||    
T  9296548 tctttgtgtggttttgctctacactagactagggctgtttttgttgttgtttgcttggaaaccattt-tgctcatagattaccactaccttttgctccac 9296646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 3491795 - 3491751
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  3491795 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 3491751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 25398540 - 25398496
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  25398540 ctcccccagattaggtcatattggctgaactgggtcaacaatctt 25398496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 40738886 - 40738844
Alignment:
Q  3 cccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  40738886 cccccagattaggtcatattggctgaactgggtcaacaatctt 40738844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 369 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 65502 - 65418
Alignment:
Q  369 aaatataatgatataaatatatcgaaagatgattaatgagtctcgtttgaaaaatttgtgtgaggtgttgaattggagggattaa 453  Q
    |||| |||||||| |||  ||| || || |||||||||  |||| ||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  65502 aaatgtaatgatacaaacttattgatagttgattaatggttctcatttaataaatttgtgtgagatgttggattggagggattaa 65418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 25403678 - 25403634
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  25403678 ctcccccagattaggtcatattggctgaactgagtcaacaatctt 25403634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 18855772 - 18855519
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |  |||||||||| ||||||||||||||    
T  18855772 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttctttcctttt--accgtttatcttgtttatgcttgttagc 18855675  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  18855674 tctttgtgtggttttgctatacacta-gcttagggctg-tttgttgttgtttgcttggaagccatttgttctcattgattatcactatcacttgctccac 18855577  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||  | || || ||||||||||||||    
T  18855576 acatcattggtttatt-tcattggtgtgaaggttcgcttgtagaaccggattcacaaca 18855519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 3814069 - 3813816
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   || ||    | |||||||||| ||||||||||||    
T  3814069 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgcatggtgttttgttcttcctttctt----gcttatcttgtttatgcttgttagc 3813974  T
Q  100 tctt-gtgtggtttt-gctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    |||| |||||||||| || ||||| ||| ||  | |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  3813973 tctttgtgtggtttttgcgatacactagtctaggactgttttgttgttgtttgcttggagaccatttgctctcattgattaccactatcacttgctccac 3813874  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||  || || || ||||||||||||||    
T  3813873 acatcattggtttatt-tcattggtgtgaaggtttctttgtagaaccggattcacaaca 3813816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 9224447 - 9224700
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||| |   | |||||||||| ||||| | || |    
T  9224447 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttc-cttttacc--gcttatcttgttttgctttggtatc 9224542  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||    
T  9224543 tctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgttttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatctcttgctccaca 9224642  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||  ||  |||| ||||||||||||||||    
T  9224643 catcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggttttttttttgaaccggattcacaacaat 9224700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 45347857 - 45348109
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtta-tgctt-gttag 98  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |   | ||||||||||  ||||| |  |     
T  45347857 ctcccccagattaagccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttctttccttttacc--gcttatcttgtttgtgctttggaat 45347953  T
Q  99 ctcttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| ||  | |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  45347954 ctcttgtgtggttttgctttacactagtctaggactgttttgttgttgttagcttgaagaccatttgttctcatagattaccactatcacttgctccaca 45348053  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||  || || || ||||||||||||||    
T  45348054 catcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggtttctttgtagaaccggattcacaaca 45348109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 45357336 - 45357588
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtta-tgctt-gttag 98  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |   | ||||||||||  ||||| |  |     
T  45357336 ctcccccagattatgccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttctttccttttacc--gcttatcttgtttgtgctttggaat 45357432  T
Q  99 ctcttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| ||  | |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  45357433 ctcttgtgtggttttgctttacactagtctaggactgttttgttgttgttagcttgaagaccatttgttctcatagattaccactatcacttgctccaca 45357532  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaaca 256  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||  || || || ||||||||||||||    
T  45357533 catcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggtttctttgtagaaccggattcacaaca 45357588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 9229234 - 9229460
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||  ||||| |   | |||||||||| ||||| | || |    
T  9229234 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggttaacaatctt-ctcggtgttttgttcttc-cttttacc--gcttatcttgttttgctttggtatc 9229329  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||    
T  9229330 tctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgttttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatctcttgctccaca 9229429  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  9229430 catcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggtt 9229460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5732710 - 5732481
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttcttt--ttcatggtttatcttgttatgctt-gtta 97  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||| || | ||||||  || |  |||||||||||| ||||| ||||    
T  5732710 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgttcagtgttttttt-tgttctttcctttaccgtttatcttgtt-tgctttgtta 5732613  T
Q  98 gctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttagg-ctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctcc 195  Q
    |||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| | | ||| ||||||||    
T  5732612 gctctttgtgtggttttactatacactag-cttagggctgttttgttgttgttagcttggagaccatttgttctcattgattaccaccatcacttgctcc 5732514  T
Q  196 acacatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||||||    ||| |||||||||||||||||    
T  5732513 acacatcattg---tattttcattggtgtgaaggtt 5732481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 51520502 - 51520298
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   ||| |||    |||||||||| |||||| ||||     
T  51520502 ctcccccagattaggccatattggcagaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttccttttatcac---ttatcttgtttatgctttgttat 51520407  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| || ||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  51520406 ctctttgtatggttttgctatacactagtctagggctgctttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatctcttgctccac 51520307  T
Q  198 acatcattg 206  Q
    |||||||||    
T  51520306 acatcattg 51520298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 56146751 - 56146974
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgctt-gttag 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||   ||| |||    |||||||||| |||||| ||||     
T  56146751 ctcccccagattaggccatattggctgaactggaccaacaatctt-ctcggtgttttgttcttccttttatcac---ttatcttgtttatgctttgttat 56146846  T
Q  99 ctctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  56146847 ctctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgctttgttgttgtttgcttggagaccaattgttctcattgattaccactatctcttgctccac 56146946  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaa 227  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  56146947 acatcattg-tttatt-tcattggtgtgaa 56146974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 24741985 - 24741788
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgc-ttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   || ||    | |||||||||| ||| ||| || |    
T  24741985 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttcttcctttctt----gcttatcttgttttgctttggtatc 24741891  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggcttaggctg-ttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||| ||  ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||  | |||| ||||| | ||||| ||||||||||    
T  24741890 tctttgtgtggttttgctctacactagtctagggctgtttttgttgttgtt-gcttggaaaccattttgt-tcattgattaccactatctcttgctccac 24741793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 29760686 - 29760625
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttctt 63  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29760686 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-cttggtgttttgttctt 29760625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 372 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 15839779 - 15839706
Alignment:
Q  372 tataatgatataaatatatcgaaagatgattaatgagtctcgtttgaaaaatttgtgtgaggtgttgaattgga 445  Q
    ||||||||||||||  ||| || |||||||||||   |||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  15839779 tataatgatataaagttattgatagatgattaatatatctcatttaaaaaattcgtgtgaggtgttgagttgga 15839706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Original strand, 28468581 - 28468625
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  28468581 ctcctccagattaggtcatattggctgaactgggtcaacaatctt 28468625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0464 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 1)
Name: scaffold0464
Description:

Target: scaffold0464; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 408 - 153
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttg-ttatgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |  |||||||||| ||||||||||||||    
T  408 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatcttgctcggtgttttgttctttcctttt--accgtttatcttgtttatgcttgttagc 311  T
Q  100 tc-ttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccac 197  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||| | ||| ||||||||||    
T  310 tctttgtgtggttttgctatacacta-gcttagggctg-tttgttgttgtttgcttggaagccatttgttctcattgattatcaccatcacttgctccac 213  T
Q  198 acatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    ||||| ||| || ||| |||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||    
T  212 acatctttggtttatt-tcattggtgtgaaggttcgtttgtagaaccggattcacaacaat 153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 2)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 9682 - 9907
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgtt-atgcttgttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   || ||    | |||||||||| ||||||||||||    
T  9682 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt-ctcggtgttttgttcttcctttctt----gcttatcttgtttatgcttgttagc 9776  T
Q  100 tcttgtgtggttttgctatacattaggcttagg-ctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  9777 tcttgtgtggttttgctatatactag-cttagggctgttttgttgttgtttggttggagaccatttgctctcattgattatcactatcacttgctccaca 9875  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  9876 catcattggtttatt-tcattggtgtgaaggtt 9907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 78 - 231
Target Start/End: Original strand, 3 - 148
Alignment:
Q  78 ttatcttgtt-atgcttgttagctcttgtgtggttttgctatacattaggctta-ggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcataga 175  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||    
T  3 ttatcttgtttatgcttgttagctc--gtgtggttttgctatacacta-gcttagggctgttttgttgttgtttacttggagaccatttgctctcattga 99  T
Q  176 ttatctctatcgcttgctccacacatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |      |||| ||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||    
T  100 t------tatcacttgctccacacatcattggtttatt-taattggtgtgaaggtt 148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0135
Description:

Target: scaffold0135; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 35102 - 35328
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttttctttttcatggtttatcttgttatgctt-gttagc 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||  ||||| |   | |||||||||| ||||| | || |    
T  35102 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggttaacaatctt-ctcggtgttttgttcttc-cttttacc--gcttatcttgttttgctttggtatc 35197  T
Q  100 tctt-gtgtggttttgctatacattaggcttaggctgttttgttgttgttagcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccaca 198  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||    
T  35198 tctttgtgtggttttgctatacactagtctagggctgttttgttgttgtttgcttggagaccatttgttctcattgattaccactatctcttgctccaca 35297  T
Q  199 catcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  35298 catcattg-tttatt-tcattggtgtgaaggtt 35328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0777 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0777
Description:

Target: scaffold0777; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 211 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 6338 - 6291
Alignment:
Q  211 attctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6338 attctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaat 6291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 150 - 231
Target Start/End: Original strand, 34136 - 34216
Alignment:
Q  150 gcttggaggccatttgctctcatagattatctctatcgcttgctccacacatcattgattcattctcattggtgtgaaggtt 231  Q
    |||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  34136 gcttggagaccatttgttctcattgattatcactatcacttgctccacacatcattggtttatt-tcattggtgtgaaggtt 34216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 167 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 13229 - 13140
Alignment:
Q  167 tctcatagattatctctatcgcttgctccacacatcattgattcattctcattggtgtgaaggttcattagttgagccggattcacaacaa 257  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||| || ||| |||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||    
T  13229 tctcattgattatcactatcacttgctccacatatctttggtttatt-tcattggtgtgaaggttcgtttgtagaaccggattcacaacaa 13140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Original strand, 18004 - 18048
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  18004 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 18048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Original strand, 24097 - 24141
Alignment:
Q  1 ctcccccagattaggccacattggttgaactgggtcaacaatctt 45  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  24097 ctcccccagattaggccatattggctgaactgggtcaacaatctt 24141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0978 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0978
Description:

Target: scaffold0978; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 64
Target Start/End: Original strand, 300 - 350
Alignment:
Q  13 aggccacattggttgaactgggtcaacaatcttgcttggtgttttgttcttt 64  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  300 aggccatattggctgaactaggtcaacaatctt-cttggtgttttgttcttt 350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University