View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4017_low_4 (Length: 782)

Name: NF4017_low_4
Description: NF4017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4017_low_4
NF4017_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-769)||(44995077-44995845)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 745; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 745; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 769
Target Start/End: Original strand, 44995077 - 44995845
Alignment:
Q  1 acagggttttatgaatttggtgataatgatcgagctcgcgagttgtttgatgaaatgcttgagtgttgtttgtgtcctgatgttactacttttaataagc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995077 acagggttttatgaatttggtgataatgatcgagctcgcgagttgtttgatgaaatgcttgagtgttgtttgtgtcctgatgttactacttttaataagc 44995176  T
Q  101 ttgttcatgccttgtgtaagaaaggttttgttttggaaagtgagaggctttttgataaggttttgaagagaggggtttgtccgaatttgtttacttttaa 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995177 ttgttcatgcgttgtgtaagaaaggttttgttttggaaagtgagaggctttttgataaggttttgaagagaggggtttgtccgaatttgtttacttttaa 44995276  T
Q  201 tatctttatacaaggtctttgtaaggagggttcgcttgatagggctgttagcttgttgggctgtgtttcgagggaaggattgaggccggatgttgttacg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995277 tatctttatacaaggtctttgtaaggagggttcgcttgatagggctgttaggttgttgggctgtgtttcgagggaaggattgaggccggatgttgttacg 44995376  T
Q  301 tataatacagttatatgtgggttgtgtaggaagtcacgggttgttgaagcggaggaatgcttacataaaatggttaatggtggatttgagccgaatgatc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44995377 tataatacagttatatgtgggttgtgtaggaagtcacgggttgttgaagcggaggaatgcttacataaaatggttaatggtggatttgagccgaatgatt 44995476  T
Q  401 ttacttataatagtattattgatggatactgtaaaaaggggatggtagtggatgcaaataggattctgaaagatgcggttttcaagggttttaaaccaga 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44995477 ttacttataatagtattattgatggatactgtaaaaaggggatggtagtggatgcaaataggattctgaaagatgcggttttcaagggttttaagccaga 44995576  T
Q  501 cgagtttacctattgttccttagttaatggtttttgccaggatggtgaccctgatcaggctatggctgtctttaaggatgggctaggaaaaggtttaagg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44995577 cgagtttacctattgttccttagttaatggtttttgccaggatggtgaccctgatcaggctatggctgtctttaaggatgggctaggaaaaggtttaagg 44995676  T
Q  601 ccgagcattattgtttacaataccttgattaaagggttatgtcagcaaggtctgattttgccggctttgcaattgatgaatgagatgacagaaaagggtt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44995677 ccgagcattattgtttacaataccttgattaaagggttatgtcagcaaggtctgattttgccggctttgcaattgatgaatgagatggcagaaaagggtt 44995776  T
Q  701 gtaaacctgatatatggacttataatttaattataaatggcttgtgcaagatgggttgtttatctgatg 769  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44995777 gtaaacctgatatatggacttataatttaattataaatggcctgtgcaagatgggttgtttatctgatg 44995845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University