View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4025_low_5 (Length: 451)

Name: NF4025_low_5
Description: NF4025
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4025_low_5
NF4025_low_5
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (1-451)||(13244647-13245097)
chr1 (194-451)||(30368234-30368491)
chr1 (272-451)||(12964001-12964180)
chr1 (273-451)||(13271474-13271652)
chr1 (196-451)||(13100812-13101066)
chr1 (194-451)||(13007009-13007266)
chr1 (194-451)||(13204268-13204525)
chr1 (264-451)||(13070302-13070489)
chr1 (189-408)||(13085911-13086130)
chr1 (264-451)||(13094278-13094465)
chr1 (264-451)||(13129707-13129894)
chr1 (264-451)||(13161400-13161587)
chr1 (189-451)||(13080991-13081253)
chr1 (272-446)||(19279299-19279473)
chr1 (322-451)||(13065339-13065468)
chr1 (273-351)||(13010661-13010739)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (306-395)||(31380253-31380342)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 427; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 13245097 - 13244647
Alignment:
1 ctaattaaatatatcacgtaacaaatacacaattccaaacattgaggattttattcgtttgttgtaacacagagagcaacacaaatagtataatttgaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
13245097 ctaattaaatatatcacgtaacaaatacacaattccaaacattgaggattttattcgtttgttgtaacacacagagcaacacaaatagtataatttgaca 13244998  T
101 aatgacaataacattattttactaggacagacacagcaacaaaaaggttaacaacacagacacaacatgcatcacacttacaactttgttatatcaaatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13244997 aatgacaataacattattttactaggacagacacagcaacaaaaaggttaacaacacagacacaacatgcatcacacttacaactttgttatatcaaatg 13244898  T
201 catcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctttatgcgaaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
13244897 catcttttactgacttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctgtatgcgaaact 13244798  T
301 tccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaaga 400  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
13244797 tccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaaga 13244698  T
401 cggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
13244697 cggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaa 13244647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 194 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 30368491 - 30368234
Alignment:
194 tcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctttatg 293  Q
    |||||||||||||||| | || | ||| || ||||| || ||||| | || ||||| |||||  ||  | |||||||||||||||||||| |||| ||||    
30368491 tcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatgtttcattcaaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatg 30368392  T
294 cgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaact 393  Q
     |||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
30368391 tgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaact 30368292  T
394 tgtaagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    ||||||| ||||||| ||||||   ||||||| |||||| |||||| |||||||||||    
30368291 tgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaa 30368234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 272 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 12964180 - 12964001
Alignment:
272 gtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctagga 371  Q
    ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
12964180 gtgaccttccaccacttctatgtgaaacttccacaacacattagcagcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctagga 12964081  T
372 cctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || || | ||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||    
12964080 cctgcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatatccatctttcaggcttaaa 12964001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 273 - 451
Target Start/End: Original strand, 13271474 - 13271652
Alignment:
273 tgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggac 372  Q
    |||||||||||||| | |||| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
13271474 tgaccttccaccacatgtatgtgaaacttccataatacagaagctgcaaccattttcatttgaataaagctaatatctttcccaagacagcttctaggac 13271573  T
373 ctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||   |||| |  ||||||||||||| |||||||||||    
13271574 ctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaa 13271652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 196 - 451
Target Start/End: Original strand, 13100812 - 13101066
Alignment:
196 aaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctttatgcg 295  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| ||||| || |||||| |||  |||| ||||    || | |||| |||||||||||||||||||| |||| |    
13100812 aaatgcatcttttagtgactttgaccttcaagccatgtttcatgtgaagaacaaaagaaagcttcggggttatagggtgaccttccaccacctgtatgtg 13100911  T
296 aaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttg 395  Q
    |||||||   ||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||| || || |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||    
13100912 aaacttcggtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttacccatacaacttctaggtcctg-attgaaagctatgaacttg 13101010  T
396 taagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    ||||| ||||||| ||||||   ||||||| |||| | |||||| |||||||||||    
13101011 taagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaa 13101066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 194 - 451
Target Start/End: Original strand, 13007009 - 13007266
Alignment:
194 tcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctttatg 293  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||| || |||||| |||  |||| ||||    || | |||| |||||||||| ||||||||||||||    
13007009 tcaaatgcatcttttagtgactttaaccttcaagccatgtttcatgtgaagaacaaaagaaagcttcggggttatagggtgacctgccaccacctttatg 13007108  T
294 cgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaact 393  Q
     |||||||    |||||||  ||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||| || || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
13007109 tgaaactttggtaacaaagctgctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttgcccatacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaact 13007208  T
394 tgtaagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    ||||||| ||||||| ||||||   ||||||| |||| | |||||| |||||||||||    
13007209 tgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaa 13007266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 194 - 451
Target Start/End: Original strand, 13204268 - 13204525
Alignment:
194 tcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctttatg 293  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||||||| || |  |||||| |||  |||| |||| |  |  | |||||||||||||||||||| | |||||||    
13204268 tcaaatgcatcttttagtgactttaacctttaaaccatatttcatgtgaagaacaaaagaaatctttggggttacagggtgaccttccactatctttatg 13204367  T
294 cgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaact 393  Q
     |||| |||   ||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
13204368 tgaaaattctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaact 13204467  T
394 tgtaagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    ||||||| ||||||| ||||||   |||| || |||||| |||||| |||||||||||    
13204468 tgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaa 13204525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 264 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 13070489 - 13070302
Alignment:
264 gttacagggtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaac 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   ||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || | |||||    
13070489 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaac 13070390  T
364 ttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||   |||| || |||||| |||||| |||||||||||    
13070389 ttctcggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaa 13070302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 189 - 408
Target Start/End: Original strand, 13085911 - 13086130
Alignment:
189 ttatatcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacct 288  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || || || || | |||||| |  |||||||||  |||  | |||||||  ||||||||||| || |    
13085911 ttatatcaaattcatcttttactaactttgactttgaatccatgttccatgcggagaacaatagaaactcttggagttacagaatgaccttccacaactt 13086010  T
289 ttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctat 388  Q
     |||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||    
13086011 gtatgtgaaacttccataacatagcagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattaaatgctat 13086110  T
389 gaacttgtaagacggtacat 408  Q
    ||||||| |||| |||||||    
13086111 gaacttgcaagatggtacat 13086130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 264 - 451
Target Start/End: Original strand, 13094278 - 13094465
Alignment:
264 gttacagggtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaac 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||| |||| |||||| || ||||||     
13094278 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaatatctttacctatacaaa 13094377  T
364 ttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    |||| || ||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||| ||| | ||||||||||| |||||||||||    
13094378 ttctgggtcctgtgttgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaa 13094465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 264 - 451
Target Start/End: Original strand, 13129707 - 13129894
Alignment:
264 gttacagggtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaac 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   ||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||     
13129707 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaa 13129806  T
364 ttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    |||| || ||||  ||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||  |||| ||| | ||||||||||| |||||||||||    
13129807 ttctgggtcctgtgttgaaagctacgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaa 13129894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 264 - 451
Target Start/End: Original strand, 13161400 - 13161587
Alignment:
264 gttacagggtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaac 363  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||     
13161400 gttacaaggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaa 13161499  T
364 ttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    |||| || ||||  ||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||| ||| | ||||||||||| |||||||||||    
13161500 ttctgggtcctgtgttgaaagatatgaacttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaa 13161587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 189 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 13081253 - 13080991
Alignment:
189 ttatatcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacct 288  Q
    ||||||||||||||||||||||  | || |||||| ||||| || | |||||||| || |||||||   ||  |  |||  | |||||||||||||||||    
13081253 ttatatcaaatgcatcttttacgaattttgaccttaaagccatgttccatgcgaaggagaatagaaaccctaggaattattgagtgaccttccaccacct 13081154  T
289 ttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctat 388  Q
      ||| |||||||  | || |  | |||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| || |||||    
13081153 gaatgtgaaacttaaataaaactgcagctgcaaccattttcatttgaagaaaactaatatctttcccaagacagcttcttggacctgcattaaacgctat 13081054  T
389 gaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
    |||||| |||||||| || | ||||||   ||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
13081053 gaacttataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaa 13080991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 272 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 19279473 - 19279299
Alignment:
272 gtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctagga 371  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| || | ||| ||||| |||    
19279473 gtgaccttccacgacctgtatgcgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcgga 19279374  T
372 cctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctcgctgatatccatctttcaggc 446  Q
    |||||||| || |||||||||||||| || ||||||| ||||||   ||||||  | ||||||||||| ||||||    
19279373 cctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctcaggc 19279299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 322 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 13065468 - 13065339
Alignment:
322 ccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcc 421  Q
    |||| ||||||| ||||||| | | |||||| || | ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||    
13065468 ccatcttcatttcaacgaaggtgatatctttacccaaacaacttcttggccctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatgtataatttgtcc 13065369  T
422 tctcgctgatatccatctttcaggcttaaa 451  Q
     ||   |||||||||||| |||||||||||    
13065368 gctttttgatatccatctctcaggcttaaa 13065339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 273 - 351
Target Start/End: Original strand, 13010661 - 13010739
Alignment:
273 tgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctt 351  Q
    |||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||  |||||| ||||| |||||| ||| ||| ||||||||||    
13010661 tgaccttccaccacttgtatgcgaaatttccataacaaatcagctgcgaccatcttcattagaatgaaactaagatctt 13010739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 306 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 31380342 - 31380253
Alignment:
306 aacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttg 395  Q
    ||||||||||| |||  ||| || ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||  || |||| |||||| | ||||||||||    
31380342 aacaaagaagccgcagacatcttaatttgaatgaaactaagatctttaccaatacaacttccgggtcctgtattgaaagatatgaacttg 31380253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University