View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4026_low_1 (Length: 911)

Name: NF4026_low_1
Description: NF4026
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4026_low_1
NF4026_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (76-901)||(42910794-42911620)
chr4 (17-75)||(42912033-42912091)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 76 - 901
Target Start/End: Complemental strand, 42911620 - 42910794
Alignment:
Q  76 gtatataacactaatatttgaggaagagagtaattcgatgttgctaacttttgaccaaaaccaatttgcttcagtttgcaacattaacaagtgcctagag 175  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42911620 gtatataacactaatatttgaggaagagagtaattcgatgttgctaacttttgaccaaaaccaatttgcttcagtttgcaacattaacaagtgcctagag 42911521  T
Q  176 tccattaactataatctaatagtcacatggaaatttagactttatagagctttcatgtcattgtcgtagtggtaacatggaaggagtgnnnnnnnngttt 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||    
T  42911520 tccattaactataatctaatagtcacatggaaatttagactttatagagctttcatgtcattgtcgtagtggtaacatggaaggagtgttttttttgttt 42911421  T
Q  276 taatttgtgatcttgttgtttaaagactattataccacttgatggcttattaaacattacttgtgcttattgcttactagcatatactaccatgaaagtt 375  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42911420 taatttgtgatcatgttgtttaaagactattataccacttgatggcttattaaacattacttgtgcttattgcttactagcatatactaccatgaaagtt 42911321  T
Q  376 caataattatgaccaaaatattgcattttatatcttttaaactaaatatcatgtcaaaatctctannnnnnnacttatattttattatttcagccgcaac 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42911320 caataattatgaccaaaatattgcattttatatcttttaaattaaatatcatgtcaaaatctctatttttttacttatattttattatttcagccgcaac 42911221  T
Q  476 aaccacttttgaattacacagtggaagccattgggccactttcttgcacaaaagaaggcatataccttgtgggaggtgctttatctggaactgcttatat 575  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42911220 aaccacttttgaattacacagtggaggccattgggccactttcttgcacaaaagaaggcatataccttgtgggaggtgctttatctggaactgcttatat 42911121  T
Q  576 ctgggatgtatgtatgcaaaccttcaattatttgatttgtctaatttta-nnnnnnngctaattaaacatccaaaaacctagctatttcctcaattagac 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42911120 ctgggatgtatgtatgcaaaccttcaattatttgatttgtctaattttattttttttgctaattaaacatccaaaaacctagctatttcctcaattagac 42911021  T
Q  675 attttgagtataatagtttattgaatatgacttaaaatgggtgaatgtttgatcaaaaatttgatcctaagactcccttacatgtaaggtttaatgctat 774  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42911020 attttgagtataataatttattgaatatgacttaaaatgggtgaatgtttgatcaaaaatttgatcctaagactcccttacatgtaaggtttaatgctat 42910921  T
Q  775 atttagattattttgtttgtgaaattgtgttgttaatgatgaattgtaggtgactagtggaaaattgttgaagacttggacagctcattataaatctata 874  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42910920 atttggattattttgtttgtgaaattgtgttgtttatgatgaattgtaggtgactagtggaaaattgttgaagacttggacagctcattataaatctgta 42910821  T
Q  875 gaccacataatattttctaatgatgat 901  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  42910820 gaccacataatattttctaatgatgat 42910794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 42912091 - 42912033
Alignment:
Q  17 acaaatcgcgagaaaaacgaaacacaaaacagcggctacaacaaaaaagatcctcggag 75  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42912091 acaaatcgcgagaaaaacgaaacacaaaacagcggctataacaaaaaagatcctcggag 42912033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University