View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4027_low_1 (Length: 810)

Name: NF4027_low_1
Description: NF4027
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4027_low_1
NF4027_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-803)||(3852085-3852874)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 803
Target Start/End: Original strand, 3852085 - 3852874
Alignment:
Q  13 catcatactatacagttggtgaaaacatatatcataagttatgctactgataaagataatacaa-tgcttttacctagctactttaaaacnnnnnnnn-- 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||              
T  3852085 catcatactatacagttggtgaaaacatatatcataagttatgctactgataaagataatacaaatgcttttacctagctactttaaaacaaaaaaaaaa 3852184  T
Q  110 taataatcatatactaactttacccaaatgtcataaagtaagaaaacaactactcaaatatatagtgatatccaattatccataccacaccatcatcgtg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3852185 taataatcatatactaactttacccaaatgtcataaagtaagaaaacaactactcaaatatatagtgatatccaattatccataccacaccatcatcgtg 3852284  T
Q  210 gtctggtctagcgcgatgtgtgtgagtgttgtaaactctaatgtaccgagttggattagtactcctaaaagaacttatagcttagttaggcatcgatcag 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||    
T  3852285 gtctggtctagcgcgatgtgtgtgagtgttgtaaactctaatgtaccaagttggattagtactcctaaaagaacttatagcttagttaggcatc----ag 3852380  T
Q  310 aaagaacactaggatcatcttcttatgatgaaggtggcaagttgagatcgaaaaaacatagcttcttcttcttcttccaagatggataaaggtgagattt 409  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3852381 aaagaacactaggatcaacttcttatgatgaaggtggcaagttgagatcgaaaaaacatagcttcttcttcttcttccaagatggataaaggtgagattt 3852480  T
Q  410 tttgtgaccacctaatgcttgataagaaccaaaaaccttaggacaaaacacacattggaatattttatgatcactactactagttaaggcaagatttgtt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3852481 tttgtgaccacctaatgcttgataagaaccaaaaaccttaggacaaaacacacattggaatattttatgatcactactactagttaaagcaagatttgtt 3852580  T
Q  510 tcattttgaagacaaatgcttttgtgacttttaaacttcccacaaacttcttgttcttcttctttgacagcaacattgatcttccatttatctcttgata 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3852581 tcattttgaagacaaatgcttttgtgacttttatacttcccacaaacttcttgttcttcttctttgacagcaacattgatcttccatttatctcttgata 3852680  T
Q  610 gcaacatgagggttatagcagcttcttcttcaggggaaaagttgaaaagtgaagtaacaggttctggttcagcttctgttagtggtgaatgtgaatttgt 709  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3852681 gcatcatgagggttatagcagcttcttcttcaggggaaaagttgaaaagtgaagtaacaggttctggttcagcttctgttagtggtgaatgtgaatttgt 3852780  T
Q  710 taaagtctgtttaagcttcttttgtactgagttttggccaaaggtgagttttcttttttgagttgggttctttgactcggtttcactctctctg 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3852781 taaagtctgtttaagcttcttttgtactgagttttggccaaaggtgagttttcttttttgagttgggttctttgactcggtttcactctctctg 3852874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University