View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4028_high_3 (Length: 345)

Name: NF4028_high_3
Description: NF4028
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4028_high_3
NF4028_high_3
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-255)||(23415732-23415986)
chr4 (2-255)||(24307224-24307477)
chr4 (1-259)||(23408563-23408821)
chr4 (2-259)||(23453396-23453653)
chr4 (1-255)||(23868733-23868987)
chr4 (2-259)||(23402071-23402328)
chr4 (2-255)||(23885828-23886081)
chr4 (5-255)||(26832736-26832986)
chr4 (5-255)||(26434025-26434275)
chr4 (5-255)||(26435805-26436055)
chr4 (5-255)||(34662068-34662318)
chr4 (34-166)||(23451788-23451920)
chr4 (293-335)||(23416021-23416063)
chr4 (293-335)||(24307144-24307186)
chr4 (290-335)||(23401995-23402040)
chr4 (290-333)||(23408852-23408895)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (5-255)||(41670401-41670651)
chr1 (2-107)||(33216594-33216699)
chr1 (11-258)||(40795767-40796014)
chr1 (5-255)||(29391467-29391717)
chr1 (2-60)||(45576399-45576457)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (2-107)||(47317431-47317536)
chr7 (5-255)||(40180297-40180547)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (14-72)||(14715433-14715491)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (130-255)||(29684701-29684826)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Original strand, 23415732 - 23415986
Alignment:
Q  1 agtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23415732 agtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggc 23415831  T
Q  101 ttcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagatac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  23415832 ttcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagatatcattgatgaaactgttcatgatacccatggccttgcttgagatac 23415931  T
Q  201 caatgtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23415932 caatgtctgggtgaacctgcttcagaactttgaagatgtagatcttgtatgtttc 23415986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 2 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 24307477 - 24307224
Alignment:
Q  2 gtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggct 101  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24307477 gtcacagctttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgacagcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggct 24307378  T
Q  102 tcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagatacc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24307377 tcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagctagtttctcgaagatatcattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagatacc 24307278  T
Q  202 aatgtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  24307277 aatgtctgggtgaacttgtttcagaaccttgaagatatagatcttgtatgtttc 24307224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 259
Target Start/End: Original strand, 23408563 - 23408821
Alignment:
Q  1 agtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggc 100  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23408563 agtcacagccttggtgccttcagaaacagcatgcttggccaattctccaggaagaacaagtctgaccgcggtctgaatttcccttgaagtgattgttggc 23408662  T
Q  101 ttcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagatac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  23408663 ttcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagatatcattgatgaaactgttcatgatacccatcgctttgcttgagatac 23408762  T
Q  201 caatgtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttctaca 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23408763 caatgtctgggtgaacttgtttcagaactttgaagatgtagatcttgtatgtttctaca 23408821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 2 - 259
Target Start/End: Original strand, 23453396 - 23453653
Alignment:
Q  2 gtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggct 101  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23453396 gtcacagccttggtgccttcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagactgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggct 23453495  T
Q  102 tcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagatacc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  23453496 tcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagatatcattgatgaaactgttcatgatacccatggccttgcttgagatacc 23453595  T
Q  202 aatgtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttctaca 259  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23453596 aatgtctgggtgaacatgattcagaactttgaagatgtagatcttgtatgtttctaca 23453653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 23868987 - 23868733
Alignment:
Q  1 agtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggc 100  Q
    ||||||||| || || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23868987 agtcacagcttttgttccttcagaaacagcatgtttggccaattcaccaggaagaacaagtctgacagcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggc 23868888  T
Q  101 ttcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagatac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23868887 ttcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagtttctcgaagatatcattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagatac 23868788  T
Q  201 caatgtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23868787 caatgtctgggtgaacctgcttcagaactttgaagatgtagatcttgtatgtttc 23868733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 2 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 23402328 - 23402071
Alignment:
Q  2 gtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggct 101  Q
    |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23402328 gtcacagctttggttccctctgagacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagcctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggct 23402229  T
Q  102 tcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagatacc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  23402228 tcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagatatcattgatgaaactgttcatgatacccatggccttgcttgagatacc 23402129  T
Q  202 aatgtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttctaca 259  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23402128 aatgtctgggtgaacctgcttcagaactttgaagatgtagatcttgtatgtttctaca 23402071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 2 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 23886081 - 23885828
Alignment:
Q  2 gtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggct 101  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23886081 gtcacagctttggttccctcagagacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagcctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggct 23885982  T
Q  102 tcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagatacc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  23885981 tcttgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagatatcattgatgaaactgttcatgatacccatggccttgcttgagatacc 23885882  T
Q  202 aatgtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23885881 aatgtctgggtgaacctgcttcagaactttgaagatgtagatcttgtatgtttc 23885828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 5 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 26832986 - 26832736
Alignment:
Q  5 acagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttct 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26832986 acagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccgggcagaacaagcctgaccgcggtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttct 26832887  T
Q  105 tgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagataccaat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  26832886 tgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcgagtttctcgaagatatcattgatgaaactgttcatgatacccatggctttgcttgagataccaat 26832787  T
Q  205 gtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  26832786 gtctgggtgaacttgtttcagaaccttgaagatgtagatcttgtatgtttc 26832736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 5 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 26434275 - 26434025
Alignment:
Q  5 acagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttct 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26434275 acagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccgggcagaacaagcctgaccgcggtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttct 26434176  T
Q  105 tgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagataccaat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  26434175 tgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcgagtttctcgaagatatcattgatgaaactgttcatgatacccatggctttgcttgagataccaat 26434076  T
Q  205 gtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  26434075 gtctggatgaacttgtttcagaaccttgaagatgtagatcttgtatgtttc 26434025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 5 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 26436055 - 26435805
Alignment:
Q  5 acagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttct 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26436055 acagccttggtaccctcagaaacatcatgcttggccaattcaccgggcagaacaagcctgaccgcggtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttct 26435956  T
Q  105 tgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagataccaat 204  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  26435955 tgttgtaacgagcaagtctggaagattcttgagtgagtttctcgaagatatcattgatgaaactgttcatgatacccatggctttgcttgagataccaat 26435856  T
Q  205 gtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  26435855 gtctgggtgaacttgtttcagaaccttgaagatgtagatcttgtatgtttc 26435805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 5 - 255
Target Start/End: Original strand, 34662068 - 34662318
Alignment:
Q  5 acagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttct 104  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||    
T  34662068 acagctttggtaccctcagacacagcatgcttagccaattctccaggaagaacaagcctaacagcagtctgaatttccctcgaagttatcgtcggcttct 34662167  T
Q  105 tgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagataccaat 204  Q
    |||| || |  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  34662168 tgttataccttgcaagtctggaagattcttgagcgagcttctcgaagatatcattgatgaaactgttcataatacccatggctttgcttgagataccaat 34662267  T
Q  205 gtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  34662268 gtcagggtgaacttgtttcagaaccttgaagatgtagatcttgtaggtttc 34662318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 34 - 166
Target Start/End: Original strand, 23451788 - 23451920
Alignment:
Q  34 cttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttcttgttgtaacgagcaagtctggatgattct 133  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||    
T  23451788 cttggccaattcaccgggcagaacaagcctgactgcggtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttcttgttgtagcgagcaagtctggagtattct 23451887  T
Q  134 tgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaa 166  Q
    ||||| |||||||| |||||| | |||||||||    
T  23451888 tgagcgagcttctcaaagatatcgttgatgaaa 23451920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 293 - 335
Target Start/End: Original strand, 23416021 - 23416063
Alignment:
Q  293 gcagcggaaccaccttcctttggtagcttcttccctgcctttg 335  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23416021 gcagctgaaccaccttcctttggtagcttcttccctgcctttg 23416063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 293 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 24307186 - 24307144
Alignment:
Q  293 gcagcggaaccaccttcctttggtagcttcttccctgcctttg 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24307186 gcagcggaaccaccttcctttggtagcttctttcctgcctttg 24307144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 290 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 23402040 - 23401995
Alignment:
Q  290 cctgcagcggaaccaccttcctttggtagcttcttccctgcctttg 335  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23402040 cctgctgcagaaccaccttcctttggtagcttctttcctgcctttg 23401995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 290 - 333
Target Start/End: Original strand, 23408852 - 23408895
Alignment:
Q  290 cctgcagcggaaccaccttcctttggtagcttcttccctgcctt 333  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23408852 cctgctgcagaaccaccttcctttggtagcttctttcctgcctt 23408895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 5 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 41670651 - 41670401
Alignment:
Q  5 acagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttct 104  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || | |||||| || |||||||| |  || |||||||| || ||||  ||||||||||| |||||||    
T  41670651 acagccttggttccctcagagacagcatgcttagcaagttcaccggggagaacaagacgaacagcagtctgtatctcccgagaagtgattgtaggcttct 41670552  T
Q  105 tgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagataccaat 204  Q
    ||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||    
T  41670551 tgttgtacctcgcaagtctggaagattcctgagcgagcttctcaaagatatcattgatgaagctgttcatgatccccatagccttgcttgagataccaat 41670452  T
Q  205 gtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
    ||| || ||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  41670451 gtcaggatgaacctgcttgagaaccttgaagatgtagatcttgtaggtttc 41670401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 33216699 - 33216594
Alignment:
Q  2 gtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggct 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33216699 gtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgtttggccaattcaccaagaagaacaagtctgacagcagtttgaattttccttgaagtgattgttggct 33216600  T
Q  102 tcttgt 107  Q
    ||||||    
T  33216599 tcttgt 33216594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 11 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 40796014 - 40795767
Alignment:
Q  11 ttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttcttgttgt 110  Q
    ||||| ||||| || ||||| |||||||| | ||| || |||||||| || |  || ||||||||||| || |  || ||||| || || ||||||||||    
T  40796014 ttggttccctcggagacagcgtgcttggcaagttcgccgggaagaacgagacgaacagcagtctgaatctcacgagaggtgatggtaggtttcttgttgt 40795915  T
Q  111 aacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagataccaatgtctgg 210  Q
    | ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| |||||||| ||    
T  40795914 agcgagcgagtctggatgattcctgagcgagcttctcaaagatgtcattgatgaaactgttcatgatccccatagccttgctggagattccaatgtcagg 40795815  T
Q  211 gtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttctac 258  Q
     ||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  40795814 atgaacctgcttgagaaccttgaagatgtagatcttgtaggtttctac 40795767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 5 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 29391717 - 29391467
Alignment:
Q  5 acagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttct 104  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |  |  || || || ||||| ||||| || || || || || ||||    
T  29391717 acagccttggttccttcggaaacagcatgtttcgccaattcaccgggaagaaccaaacgcacagccgtttgaatctccctcgacgtaatcgtcggtttct 29391618  T
Q  105 tgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagataccaat 204  Q
    ||||||||||||| | ||| || | ||| ||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||   || ||||| ||    
T  29391617 tgttgtaacgagccaatctagaagcttcctgagcgagtttctcaaagatatcattgatgaaactgttcataatccccatagctttggaagaaatacctat 29391518  T
Q  205 gtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
     || || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||    
T  29391517 atcaggatgaacctgtttgagaaccttgaagatgtaaatcttataggtttc 29391467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 45576457 - 45576399
Alignment:
Q  2 gtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaag 60  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | || ||||||||    
T  45576457 gtcacagctttggtaccctcagaaacaacatgcttagccaattcatcgggcagaacaag 45576399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 47317536 - 47317431
Alignment:
Q  2 gtcacagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggct 101  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47317536 gtcacagctttggtaccctcagaaacaacatgtttggccaattcaccaggaagaataagtctgacaacagtttgaatttcccttgaagtgattgttggct 47317437  T
Q  102 tcttgt 107  Q
    ||||||    
T  47317436 tcttgt 47317431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 5 - 255
Target Start/End: Original strand, 40180297 - 40180547
Alignment:
Q  5 acagccttggtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagtctgaatttcccttgaagtgattgttggcttct 104  Q
    |||||||| || || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| | ||| || ||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||    
T  40180297 acagccttagtcccttcagaaacagcatgtttagccaattctccaggaagaaccaatctaacagcagtttgaatctccctagaagtaatcgtcggcttct 40180396  T
Q  105 tgttgtaacgagcaagtctggatgattcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagataccaat 204  Q
    |||| || | ||| |  |  || ||||| ||||| || ||||| |||||| | || |||||||||||||| |||||||| || |||||||| | ||| ||    
T  40180397 tgttatacctagccaaacgagacgattcctgagcgagtttctcaaagatatcgttaatgaaactgttcatgattcccatagccttgcttgaaacaccgat 40180496  T
Q  205 gtctgggtgaacttgtttcagaactttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
     || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||    
T  40180497 atcaggatgaacctgtttcagaaccttgaagatgtatatcttgtaggtttc 40180547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 14715491 - 14715433
Alignment:
Q  14 gtaccctcagaaacagcatgcttggccaattcaccaggaagaacaagtctgactgcagt 72  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  14715491 gtaccctcagacacaacatgcttggccaattctccaggaagaacaagtctcactgcagt 14715433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 130 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 29684826 - 29684701
Alignment:
Q  130 ttcttgagcaagcttctcgaagataacattgatgaaactgttcattattcccatggctttgcttgagataccaatgtctgggtgaacttgtttcagaact 229  Q
    ||||||||| || ||||  |||||| | || | ||||||||| || | |||||| ||||| ||||| | ||||||| | || ||||||||||| |||||     
T  29684826 ttcttgagcgagtttcttaaagatatcgttcacgaaactgttaataactcccatagctttacttgaaacaccaatggcaggatgaacttgtttgagaacc 29684727  T
Q  230 ttgaatatgtagatcttgtatgtttc 255  Q
    |||||||| || |||||||| |||||    
T  29684726 ttgaatatatatatcttgtaggtttc 29684701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University