View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4030_low_2 (Length: 823)

Name: NF4030_low_2
Description: NF4030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4030_low_2
NF4030_low_2
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (30-805)||(31200445-31201221)
chr6 (6-805)||(31188614-31189414)
chr6 (522-805)||(31145073-31145356)
chr6 (531-805)||(31171395-31171669)
chr6 (483-805)||(30961230-30961551)
chr6 (478-805)||(30992712-30993038)
chr6 (501-805)||(31224735-31225039)
chr6 (550-805)||(31230015-31230270)
chr6 (550-710)||(30955577-30955737)
chr6 (571-710)||(30945317-30945456)
chr6 (408-516)||(31144935-31145043)
chr6 (246-320)||(31170908-31170982)
chr6 (605-807)||(31214464-31214663)
chr6 (263-362)||(31144770-31144869)
chr6 (256-367)||(31225168-31225277)
chr6 (408-474)||(31171328-31171394)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (610-674)||(44036041-44036105)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 805
Target Start/End: Original strand, 31200445 - 31201221
Alignment:
Q  30 aaaagaatatgcaaggcagcaccgaaacagaaacaaaaacatcacaaaaactgccaatgcaaagcaccaaaagaagaggggcatcacatatataatagta 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31200445 aaaagaatatgcaaggcagcaccgaaacagaaacaaaaacatcacaaaaactgccaatgcaaagcaccaaaagaagaggggcatcacatatataatagta 31200544  T
Q  130 gacaagttaaaatattagatcacctnnnnnnnnn-ttcgatgctattatttttggagaatatgaatattttaatcatatacctaatattttcattacaca 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31200545 gacaagttaaaatattagatcacctaaaaaaaaaattcgatgctattatttttggagaatatgaatattttaatcatatacctaatattttcattacaca 31200644  T
Q  229 tattaaggatatgacttaatcacggcttactagttacttccacataagataaaatcattttctagtatagcttgttctccatttgtagcatacgcagcaa 328  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31200645 tattaaggatatgacttaatcacgacttactagttacttccacataagataaaatcattttctagtatagcttgttctccatttgtagcatacgcagcaa 31200744  T
Q  329 ccaacttctaaaggatttaagatgataacattatgaattgttaatgactttgcataagtataaaaactattcgagacatacacttgaacctaattgcttc 428  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31200745 ccaacttctaaatgatttaagatgataacattatgaattgttcatgactttgcataagtataaaaactattcgagacatacacttgaacctaattgcttc 31200844  T
Q  429 acaagatgattaaaagggtggagagtgtcttcatttgaagaggttaccaactctgattaaaagatatataacaattatacttaccctcaaatattaagac 528  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31200845 acaaaatgattaaaagggtggagagtgtcttcatttgaagaggttaccaactctgattaaaagatatataacaattatacttaccctcaaatattaagac 31200944  T
Q  529 ttagaagactctgatattgacctagtaggtgaagaaagatatggtttaggtggtatttcaagtaaattcatgttaacttctaacatttcaatcactttac 628  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31200945 ttaaaagactctgatattgacctagtaggtgaagaaagatatggtttaggtggtatttcaagtaaattcatgttaacttctaacatttcaatcactttac 31201044  T
Q  629 tcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccacaattgtcattctccttgcaatctcatcttcttctgtatccataactccatc 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  31201045 tcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccacaattgtcattctccttgcaatcttgtcttcttctgtatccataactccatc 31201144  T
Q  729 aggtctcaaattactaccaagctcaagcctattgtatacccagtgaggaaagtatatctcacttgtgagacttgcat 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31201145 aggtctcaaattactaccaagctcaagcctattgtatacccagtgaggaaagtatatctcacttgtgagacttgcat 31201221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 694; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 805
Target Start/End: Original strand, 31188614 - 31189414
Alignment:
Q  6 aggagcacagaaacatgaagcacaaaaagaatatgcaaggcagcaccgaaacagaaacaaaaacatcacaaaaactgccaatgcaaagcaccaaaagaag 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31188614 aggaacacagaaacatgaagcacaaaaagaatatgcaaggcagcaccgaaacagaaacaaaaacatcacaaaaactgccaatgcaaagcaccaaaagaag 31188713  T
Q  106 aggggcatcacatatataatagtagacaagttaaaatattagatcacctnnnnnnnnn-ttcgatgctattatttttggagaatatgaatattttaatca 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31188714 aggggcatcacatatataatagtagacaagttaaaatattagatcacctaaaaaaaaaattcgatgctattatttttggagaatatgaatattttaatca 31188813  T
Q  205 tatacctaatattttcattacacatattaaggatatgacttaatcacggcttactagttacttccacataagataaaatcattttctagtatagcttgtt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31188814 tatacctaatattttcattacacatattaaggatatgacttaatcacgacttactagttacttccacataagataaaatcattttctagtatagcttgtt 31188913  T
Q  305 ctccatttgtagcatacgcagcaaccaacttctaaaggatttaagatgataacattatgaattgttaatgactttgcataagtataaaaactattcgaga 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31188914 ctccatttgtagcatacgcagcaaccaacttctaaatgatttaagatgataacattatgaattgttcatgactttgcataagtataaaaactattcgaga 31189013  T
Q  405 catacacttgaacctaattgcttcacaagatgattaaaagggtggagagtgtcttcatttgaagaggttaccaactctgattaaaagatatataacaatt 504  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31189014 catacacttgaacctaatttcttcacaagatgattaaaagggtggagagtgtcttcatttgaagaggttatcaactttgattaaaagatatataacaatt 31189113  T
Q  505 atacttaccctcaaatattaagacttagaagactctgatattgacctagtaggtgaagaaagatatggtttaggtggtatttcaagtaaattcatgttaa 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31189114 atacttaccctcaaatattaagacttaaaagactctgatattgacctagtaggtgaagaaagatatggtttaggtggtatttcaagtaaattcatgttaa 31189213  T
Q  605 cttctaacatttcaatcactttactcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccacaattgtcattctccttgcaatctcatc 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  31189214 cttctaacatttcaatcactttactcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccacaattgtcattctccttgcaatctcgtc 31189313  T
Q  705 ttcttctgtatccataactccatcaggtctcaaattactaccaagctcaagcctattgtatacccagtgaggaaagtatatctcacttgtgagacttgca 804  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  31189314 ttcttctgtatccataaccccatcaggtctcagattagtgccaagctctagcctattgtatacccaatgtggaaagtatatctcactagtgtgacttgca 31189413  T
Q  805 t 805  Q
    |    
T  31189414 t 31189414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 522 - 805
Target Start/End: Original strand, 31145073 - 31145356
Alignment:
Q  522 ttaagacttagaagactctgatattgacctagtaggtgaagaaagatatggtttaggtggtatttcaagtaaattcatgttaacttctaacatttcaatc 621  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  31145073 ttaagacttagaagactctgatattgacctagtaggagaagaaagcaacggtttgggtggtatttcaagtgaattcatgttaacttctaacatttcaata 31145172  T
Q  622 actttactcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccacaattgtcattctccttgcaatctcatcttcttctgtatccataa 721  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31145173 actttactcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccacaatagtcattctccttgcaatctcatcttcttctgtatccataa 31145272  T
Q  722 ctccatcaggtctcaaattactaccaagctcaagcctattgtatacccagtgaggaaagtatatctcacttgtgagacttgcat 805  Q
    | ||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  31145273 ccccatcaggtctcagattagtgccaagctctagcctattgtatacccaatgtggaaagtatatctcactagtgtgacttgcat 31145356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 531 - 805
Target Start/End: Original strand, 31171395 - 31171669
Alignment:
Q  531 agaagactctgatattgacctagtaggtgaagaaagatatggtttaggtggtatttcaagtaaattcatgttaacttctaacatttcaatcactttactc 630  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| || || ||| |  ||||||| ||||| ||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31171395 agaagactctgatactgatctagtgggagatgaatgtaatggttttggtggcatttccagtgaattcattgtaacttctaacatttcaatcactttactc 31171494  T
Q  631 attgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccacaattgtcattctccttgcaatctcatcttcttctgtatccataactccatcag 730  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31171495 attgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccacaatagtcattctccttgcaatctcatcttcttctgtatccataaccccatcag 31171594  T
Q  731 gtctcaaattactaccaagctcaagcctattgtatacccagtgaggaaagtatatctcacttgtgagacttgcat 805  Q
    |||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  31171595 gtctcagattagtgccaagctctagcctattgtatacccaatgtggaaagtatatctcactagtgtgacttgcat 31171669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 483 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 30961551 - 30961230
Alignment:
Q  483 gattaaaagatatataacaattatacttaccctcaaatattaagacttagaagactctgatattgacctagtaggtgaagaaagatatggtttaggtggt 582  Q
    ||||||||  |||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||| |  |||||||||||| ||| |||||||| || |||||  ||||||| ||||||    
T  30961551 gattaaaaagtatataacaattttacataccgtcaaat-ttaagacgtgcaagactctgataatgatctagtaggagacgaaagcaatggttttggtggt 30961453  T
Q  583 atttcaagtaaattcatgttaacttctaacatttcaatcactttactcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccacaattg 682  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||  || | |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  30961452 atttccaatgaattcatgttaacttctaacatttcaactactttactcattgtaggcctgccattaggaaatgtttgaatacaccacaaacccacaatgg 30961353  T
Q  683 tcattctccttgcaatctcatcttcttctgtatccataactccatcaggtctcaaattactaccaagctcaagcctattgtatacccagtgaggaaagta 782  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||  | || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30961352 tcattctctttgcaatctcattttcttctgtatcagttaccccatcaggtctcaaatcactaccaagttcaagcctattgtatacccaatgaggaaagta 30961253  T
Q  783 tatctcacttgtgagacttgcat 805  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  30961252 tatctcacttgtgtgacttgcat 30961230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 478 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 30993038 - 30992712
Alignment:
Q  478 actctgattaaaagatatataacaattatacttaccctcaaatattaagacttagaagactctgatattgacctagtaggtgaagaaagatatggtttag 577  Q
    |||||||| ||||  |||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||  |  |||||||||||| ||| |||||||| || |||||  ||||||| |    
T  30993038 actctgataaaaaagtatacaacaattatacatattctcaaat-ttaagaagtgcaagactctgatactgatctagtaggagacgaaagcaatggttttg 30992940  T
Q  578 gtggtatttcaagtaaattcatgttaacttctaacatttcaatcactttactcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccac 677  Q
    |||||||||| |   |||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  || | |||||||||||||| ||||| |||| |||    
T  30992939 gtggtatttccaacgaattaatgtcaacttctaacatttcaactactttactcattgtaggtctgccattaggaaatgtttgaatacaccacaaactcac 30992840  T
Q  678 aattgtcattctccttgcaatctcatcttcttctgtatccataactccatcaggtctcaaattactaccaagctcaagcctattgtatacccagtgagga 777  Q
    ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  30992839 aatggtcatcctctttgcaatctcatcttcttccgtatccattaccccatcaggtctcaaataactaccaagttcaagcctattgtatacccaatgagga 30992740  T
Q  778 aagtatatctcacttgtgagacttgcat 805  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    
T  30992739 aagtatatctcacttgtgtgacttgcat 30992712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 501 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 31225039 - 31224735
Alignment:
Q  501 aattatacttaccctcaaatattaagacttagaagactctgatattgacctagtaggtgaagaaagatatggtttaggtggtatttcaagtaaattcatg 600  Q
    ||||| || |||||||| || ||| ||| | |||||||||||||  || ||||| || ||||||||  ||||||| ||||| ||||| |   ||||||||    
T  31225039 aattacacataccctcagattttaggacgtggaagactctgatacagatctagtcggagaagaaagcaatggttttggtggcatttccaacgaattcatg 31224940  T
Q  601 ttaacttctaacatttcaatcactttactcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccacaattgtcattctccttgcaatct 700  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  31224939 ctaacatctaacatttcaatcactttactcattgtaggcctatcattaggaaacgtttgaatacaccacaaacctacaatggtcattctccttgcaatct 31224840  T
Q  701 catcttcttctgtatccataactccatcaggtctcaaattactaccaagctcaagcctattgtatacccagtgaggaaagtatatctcacttgtgagact 800  Q
     |||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  31224839 tatcttcttctgtatccattattccatcaggtctaaaatcactagcaagctcaagccttttgtatacccaatgaggaaaatatatctcacttgtgcgact 31224740  T
Q  801 tgcat 805  Q
    |||||    
T  31224739 tgcat 31224735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 550 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 31230270 - 31230015
Alignment:
Q  550 ctagtaggtgaagaaagatatggtttaggtggtatttcaagtaaattcatgttaacttctaacatttcaatcactttactcattgtaggtctatcacttg 649  Q
    |||||||| |||||||||   ||||| ||||||||||| |   ||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||    
T  31230270 ctagtaggagaagaaagaataggttttggtggtatttccaaacaattcttgttgccttctaacatttcaatcactctactcattgttggtctatcatttg 31230171  T
Q  650 gaaatgtttgaatgcaccataaacccacaattgtcattctccttgcaatctcatcttcttctgtatccataactccatcaggtctcaaattactaccaag 749  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |   | || ||| | || |||||||||| | | |  ||    
T  31230170 gaaatgtttgaatgcaccataaacctacaatggtcaatctccttgcaatttcatcttcttccgagacaatcacttcgtccggtctcaaatcattgcgtag 31230071  T
Q  750 ctcaagcctattgtatacccagtgaggaaagtatatctcacttgtgagacttgcat 805  Q
     |||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  31230070 atcaagattcttgtatacccaatgaggaaagtatatctcacttgtttgacttgcat 31230015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 550 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 30955737 - 30955577
Alignment:
Q  550 ctagtaggtgaagaaagatatggtttaggtggtatttcaagtaaattcatgttaacttctaacatttcaatcactttactcattgtaggtctatcacttg 649  Q
    |||||||| |||||||   | ||||| |||||||||||||| | ||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||| |||    
T  30955737 ctagtaggagaagaaaccaaaggttttggtggtatttcaaggacattcatgctaccttccaacatttcaatcactctactcattgttggtcgatcatttg 30955638  T
Q  650 gaaatgtttgaatgcaccataaacccacaattgtcattctccttgcaatctcatcttcttc 710  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||   |||||||||||| ||||||    
T  30955637 gcaatgtttgaatgcaccataaaccaacaatggtcattccttttgcaatctcattttcttc 30955577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 571 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 30945456 - 30945317
Alignment:
Q  571 ggtttaggtggtatttcaagtaaattcatgttaacttctaacatttcaatcactttactcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccata 670  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  30945456 ggttttggtggtatttcaaggatattcatgctaccttccaacatttcaatcactctactcattgttggtcgatcatttggcaatgtttgaatgcaccata 30945357  T
Q  671 aacccacaattgtcattctccttgcaatctcatcttcttc 710  Q
    |||| ||||| |||||||   |||||||||||| ||||||    
T  30945356 aaccaacaatagtcattccttttgcaatctcattttcttc 30945317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 408 - 516
Target Start/End: Original strand, 31144935 - 31145043
Alignment:
Q  408 acacttgaacctaattgcttcacaagatgattaaaagggtggagagtgtcttcatttgaagaggttaccaactctgattaaaagatatataacaattata 507  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  31144935 acacttaaacccaatagcttcacaagatgattaaaagggtggagattgttatcatttgaagtggttatccactctgtttaaaatatatataacaattata 31145034  T
Q  508 cttaccctc 516  Q
    |||||||||    
T  31145035 cttaccctc 31145043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 246 - 320
Target Start/End: Original strand, 31170908 - 31170982
Alignment:
Q  246 aatcacggcttactagttacttccacataagataaaatcattttctagtatagcttgttctccatttgtagcata 320  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31170908 aatcacggctttctagtgacttccacataaaataaaaacattttctagtatagcttgttctccatttgtagcata 31170982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 605 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 31214663 - 31214464
Alignment:
Q  605 cttctaacatttcaatcactttactcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacccacaattgtcattctccttgcaatctcatc 704  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| || || || ||||||||| |||| || |||      
T  31214663 cttctaacatttcaataactctactcattgcaggtctatcatttggaagtgtttgaatgcaccataatcctactatggtcattctctttgcgatgtca-- 31214566  T
Q  705 ttcttctgtatccataactccatcaggtctcaaattactaccaagctcaagcctattgtatacccagtgaggaaagtatatctcacttgtgagacttgca 804  Q
     || |||||  | || ||| ||||  ||||||||| | |  | || |||| ||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  31214565 -tcatctgtggcaatcacttcatcgtgtctcaaatcagtgtctagatcaaaccttttgtatacccaatcaggaaagtatttctcacttgtatgacttgca 31214467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 263 - 362
Target Start/End: Original strand, 31144770 - 31144869
Alignment:
Q  263 tacttccacataagataaaatcattttctagtatagcttgttctccatttgtagcatacgcagcaaccaacttctaaaggat-ttaagatgataacatta 361  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  31144770 tacttccaaataagataaaaatattttctagtataacatgttctcca-ttgtagcatatgcagcaacaaacttctaaaggttataaagatgataacatta 31144868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 31225277 - 31225168
Alignment:
Q  256 tactagttacttccacataagataaaatcattttctagtatagcttgttctccatttgtagcatacgcagcaaccaacttctaaaggatttaagatgata 355  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |  |||| |||||||||||||| | |||||||||| || ||||   ||||||| |||||||| || |||| ||    
T  31225277 tactagttgcttccacataagataaact--ttttgtagtatagcttgtttttcatttgtagcttatgcagtcgccaacttataaaggatatatgatgtta 31225180  T
Q  356 acattatgaatt 367  Q
    | ||||| ||||    
T  31225179 aaattataaatt 31225168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 408 - 474
Target Start/End: Original strand, 31171328 - 31171394
Alignment:
Q  408 acacttgaacctaattgcttcacaagatgattaaaagggtggagagtgtcttcatttgaagaggtta 474  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  31171328 acacttgaactcaattgcttaacaagaagattaaagggatggagattgtcttcatttgaaaaggtta 31171394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 610 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 44036105 - 44036041
Alignment:
Q  610 aacatttcaatcactttactcattgtaggtctatcacttggaaatgtttgaatgcaccataaacc 674  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||| |||||    
T  44036105 aacatatcaatcactttacttattgtaggtctatgagtaggaattgtttgaatgcaccacaaacc 44036041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University