View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4032_low_15 (Length: 454)

Name: NF4032_low_15
Description: NF4032
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4032_low_15
NF4032_low_15
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-442)||(23448095-23448536)
chr3 (1-437)||(23499863-23500299)
chr3 (1-412)||(23479384-23479795)
chr3 (1-437)||(23454860-23455296)
chr3 (1-437)||(23352742-23353178)
chr3 (1-437)||(23387077-23387513)
chr3 (1-437)||(23440716-23441152)
chr3 (1-437)||(23405451-23405887)
chr3 (1-437)||(23473245-23473684)
chr3 (1-437)||(23464082-23464518)
chr3 (1-146)||(23469327-23469474)
chr3 (283-412)||(36003614-36003743)
chr3 (302-377)||(36024730-36024805)
[»] scaffold0201 (1 HSPs)
scaffold0201 (1-396)||(12246-12641)
[»] scaffold0570 (1 HSPs)
scaffold0570 (219-437)||(10575-10793)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (288-412)||(16122834-16122958)
chr2 (310-365)||(16336289-16336344)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (298-374)||(12895802-12895878)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 442
Target Start/End: Original strand, 23448095 - 23448536
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23448095 tctagttgtaataatgaccctactacctggtcctagaccatcaatttttaggataagatcttctatttgttctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 23448194  T
Q  101 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcgggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23448195 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcaggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacagaagtt 23448294  T
Q  201 tattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgtttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||    
T  23448295 tattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggacgcaacgaccttcgaattgggaaaaatgtttagcatataatgtctt 23448394  T
Q  301 agcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcatatttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||     
T  23448395 agcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaagtactctgacttcatttgacccaattttcagcattgattcaatttgttcgtaattt 23448494  T
Q  401 ttttcaattccaggaagacctttaatttcatatgggtgccta 442  Q
    || |||||||||  ||| || |||||||||||||||| ||||    
T  23448495 ttctcaattccaacaagccccttaatttcatatgggtaccta 23448536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Original strand, 23499863 - 23500299
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23499863 tctagttgtaataatgaccctactacctggtcccagaccatcaatttttgggataagatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaacacaatt 23499962  T
Q  101 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcgggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23499963 aaaacttttttacgaccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcaggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 23500062  T
Q  201 tattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgtttt 300  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  || | | |||||||||||| |   |    
T  23500063 tattgagtacaacattaagtccatacttgtttgattcatccattacattgagtaagcaacaaccttcgaattgagaatacattttagcatataaagccct 23500162  T
Q  301 agcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcatatttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||    
T  23500163 agcaagggtggtctttcctatgccacccatgccccatattccaaggactctgacttcatgtgacccaattttcagcattgattcaatttgtttataattc 23500262  T
Q  401 ttttcaattccaggaagacctttaatttcatatgggt 437  Q
    || |||||||||  |||||| ||||||||||||||||    
T  23500263 ttctcaattccaacaagacccttaatttcatatgggt 23500299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Original strand, 23479384 - 23479795
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23479384 tctagttgtaataatgaccctactacctggtcccagaccatcaatttttgggataagatcatctatttgctctaaggtttctacaccatccaacacaatt 23479483  T
Q  101 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcgggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23479484 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcaggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 23479583  T
Q  201 tattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgtttt 300  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  || | | |||||||||||| |   |    
T  23479584 tattgagtacaacattaagtccatacttgtttgattcatccattacattgagtaagcaacaaccttcgaattgagaatacattttagcatataaagccct 23479683  T
Q  301 agcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcatatttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||| ||     
T  23479684 agcaagggtggtctttcctatgccacccatgccccatattccaaggactctgacttcatgtgacccaattttcagctttgattcaatttggtcataattt 23479783  T
Q  401 ttttcaattcca 412  Q
    || |||||||||    
T  23479784 ttctcaattcca 23479795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Original strand, 23454860 - 23455296
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  23454860 tctagttgtaataatgaccctactaccgggtcccagcccatcaatttttaggataaaatcttctattctctctaaggtttccacgccatccaatacaatt 23454959  T
Q  101 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcgggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 200  Q
    | |||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  23454960 ataacttttttaagcgcaatccttctttcggagaaagggacttctatgtagggtgcatcaggatgaagattttcttcctataacaatgaagataaaagtt 23455059  T
Q  201 tattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgtttt 300  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||    
T  23455060 tattgtatacaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattgggaataaagtttagcatataaagtctt 23455159  T
Q  301 agcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcatatttc 400  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||     
T  23455160 agcaagggttgtctttcctatgccacccatgccccatattccaaggactttaacatcatttgacccaattttcagcattgattcaatttgtttataattt 23455259  T
Q  401 ttttcaattccaggaagacctttaatttcatatgggt 437  Q
    || |||||||||  |||||| ||||||||||||||||    
T  23455260 ttctcaattccaacaagacccttaatttcatatgggt 23455296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Original strand, 23352742 - 23353178
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||      
T  23352742 tctagttgtaataatgaccctactacccggtcccaacgcatcaatttttaggataagatcttctatttgctctaaggtttccacaccatccaacacaaca 23352841  T
Q  101 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcgggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 200  Q
    || ||| |||||||  ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  23352842 aatactcttttacgtgcaatccttctcacggagaaagaggattctatgtaggatgcatcaggatgaagattttcttcctctaacaatgaagaaaaaaatt 23352941  T
Q  201 tattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgtttt 300  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||  |    
T  23352942 tattgtgtagaccattgactccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattgggaataaagtttagcatataaagtcct 23353041  T
Q  301 agcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcatatttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  23353042 agcaagggtggtctttcctatgccacccatgccccatattccaaggattccaacatcatttgactcaattttcagtattgattcaatttggtcataattt 23353141  T
Q  401 ttttcaattccaggaagacctttaatttcatatgggt 437  Q
    || |||| ||||  ||| || ||||||||||||||||    
T  23353142 ttctcaactccaacaagccccttaatttcatatgggt 23353178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Original strand, 23387077 - 23387513
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| || |||| |||||| |||||     
T  23387077 tctagttgtaataatgaccctactacctgctcccaacccatcaatatttaggataagatcttctattttctctaaggtgtccacactatccaacacaatg 23387176  T
Q  101 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcgggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 200  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23387177 aaaacttttttacgtgcaatccttctcacggagaaaggggattctatgtaggatgcataaggatgaagattttcttcctctaacaatgaagacagaagtt 23387276  T
Q  201 tattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgtttt 300  Q
    |||||| || ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||| || ||    
T  23387277 tattgtataaaacatcgagtccatgcttttttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcaaattgggaataaagtttaccatataaagtctt 23387376  T
Q  301 agcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcatatttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||  |     
T  23387377 agcaagggtggtctttcctatgccacccatgccccatattccaaggactctgacatcatttgaccaaattttcagcattgaatcaatctgctcataagtt 23387476  T
Q  401 ttttcaattccaggaagacctttaatttcatatgggt 437  Q
    || |||||||||  ||  || ||||||||||||||||    
T  23387477 ttctcaattccaacaatccccttaatttcatatgggt 23387513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Original strand, 23440716 - 23441152
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||    
T  23440716 tctagttgtcataatgaccctactacccggtcccagcccatcaatttttaggataagatcttctatttgctctaaggtttctctgccatccaacacaatt 23440815  T
Q  101 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcgggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 200  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  23440816 aaaacttttttacgtgaaatccttctcttggagaaagtggcttctatgtaggatgcatcaggatgaatattttcctcctctaacaatgaggataaaagtt 23440915  T
Q  201 tattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgtttt 300  Q
    |||||| || ||||||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||  || ||| | |||||||| | |   |    
T  23440916 tattgtatacaacattatgtccatacctgtttgattcatcaattacattgagaaagcaacaaccttcaaattgagaataaattatagcatatgaagccct 23441015  T
Q  301 agcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcatatttc 400  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||     
T  23441016 agcaagagtggtctttcctatgccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgagccaattttcagtattgactcaatttggtcataattt 23441115  T
Q  401 ttttcaattccaggaagacctttaatttcatatgggt 437  Q
    || |||| ||||  ||| || ||||||||| ||||||    
T  23441116 ttctcaactccaacaagccccttaatttcacatgggt 23441152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Original strand, 23405451 - 23405887
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||| |  |||||||| |||||     
T  23405451 tctagttgtaatgatgaccctactacccggtcccaccccatcaattatttggataagatcttctattttctctaaggtttccatgccatccaacacaatg 23405550  T
Q  101 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcgggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 200  Q
    | |||||||||| |  ||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23405551 agaacttttttatgtgcaatccttctcacggagaaagaggattcaatgtaggatgcatcgggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 23405650  T
Q  201 tattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgtttt 300  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||| |||||| || |||||||| || |||| ||  |    
T  23405651 tattgtgtagaccattgactccatacttgtttgattcatccattacatagtggaagcaaagaacttcaaattgggaataaagtttaccaaataaagtcct 23405750  T
Q  301 agcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcatatttc 400  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||| || ||     
T  23405751 agcaatggtggtctttcctatgccacccatgccccatattccaatgattttaacatcatttgacccaatttccatcattgattcaatttgttcgtaattt 23405850  T
Q  401 ttttcaattccaggaagacctttaatttcatatgggt 437  Q
    || |||||||||  ||| |||||||| ||||||||||    
T  23405851 ttctcaattccaacaagccctttaatgtcatatgggt 23405887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Original strand, 23473245 - 23473684
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||    
T  23473245 tctagttgtcataatgaccctactacccggtcccagcccatcaatttttaggataagatcttctatttgctctaaggtttctatgccatctaacacaatt 23473344  T
Q  101 aaaacttt---tttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcgggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaa 197  Q
    ||||||||   ||||||   ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  23473345 aaaactttaattttacgtgaaatccttctcttggataaagtggcttctatgtaggatgcatcaggatgaatattttcctcctctaacaatgaggataaaa 23473444  T
Q  198 gtttattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgt 297  Q
    ||||||||| || ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||  || ||| | |||||||| | |     
T  23473445 gtttattgtatacaacattatgtccatacctgtttgattcatccattacattgagaaagcaacaaccttcaaattgagaataaattatagcatatgaagc 23473544  T
Q  298 tttagcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcatat 397  Q
      ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||     
T  23473545 cctagcaagagtggtctttcctatgccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgagccaattttcagtattgactcaatttggtcataa 23473644  T
Q  398 ttcttttcaattccaggaagacctttaatttcatatgggt 437  Q
    || || |||| ||||  ||| || ||||||||| ||||||    
T  23473645 tttttctcaactccaacaagccccttaatttcacatgggt 23473684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Original strand, 23464082 - 23464518
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||   |||||  |||| |||| |||||||| |||| |||| ||  |||||||| || | ||||||||| |||||     
T  23464082 tctagttgtaataatgaccctactacccaatcccaacccataaattattaggataagatcatctaattaatctaaggtatccaaaccatccaacacaata 23464181  T
Q  101 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcgggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 200  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23464182 aaaacttttttaagtgcaatccttctcacggagaaagaggattctatgtaggatgcatcgggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 23464281  T
Q  201 tattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgtttt 300  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||| |||||| || |||||||| || |||| ||  |    
T  23464282 tattgtgtagaccattgactccatacttgtttgattcatccattacatagtggaagcaaagaacttcaaattgggaataaagtttaccaaataaagtcct 23464381  T
Q  301 agcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcatatttc 400  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||| || ||     
T  23464382 agcaatggtggtctttcctatgccacccatgccccatattccaatgattataacatcatttgacccaatttccatcattgattcaatttgttcgtaattt 23464481  T
Q  401 ttttcaattccaggaagacctttaatttcatatgggt 437  Q
    || |||||||||  ||| || ||||| ||||||||||    
T  23464482 ttctcaattccaacaagcccattaatatcatatgggt 23464518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 23469327 - 23469474
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtt--tctacaccatccaaaacaa 98  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || ||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||  ||||||| |||||  ||||    
T  23469327 tctagttgtaataatgaccccactacccggtgccagtccatcaatttttagcataagatcttctatttgctctacagtttctctacactatccagcacaa 23469426  T
Q  99 ttaaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttcta 146  Q
    |  ||| || ||||||  ||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  23469427 tgtaaaattctttacgtgcaatccttctcacagagaaaggggtttcta 23469474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 283 - 412
Target Start/End: Original strand, 36003614 - 36003743
Alignment:
Q  283 tttagcatataatgttttagcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgat 382  Q
    ||||||||||||   |||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  36003614 tttagcatataaatctttagctagagtggtctttcctataccgcccattccccataatccaagtgatctaacatcatttgacaaaattttcagtaatgat 36003713  T
Q  383 tcaatttgttcatatttcttttcaattcca 412  Q
    ||| | | |||||| || || |||||||||    
T  36003714 tcagtctcttcatactttttctcaattcca 36003743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 302 - 377
Target Start/End: Original strand, 36024730 - 36024805
Alignment:
Q  302 gcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagta 377  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36024730 gcaagagtggtctttcctatgccgcccatgccccataatcctaggcctctaacatcatttgacccaattttcagta 36024805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: scaffold0201
Description:

Target: scaffold0201; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 396
Target Start/End: Original strand, 12246 - 12641
Alignment:
Q  1 tctagttgtaataatgaccctactgcctggtcccagaccatcaatttttaggatatgatcttctatttgctctaaggtttctacaccatccaaaacaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||| | || |||||| || |||||||| |||||     
T  12246 tctagttgtaataatgaccctactacccggtcccagcccttcaatttttaggataagatctgctatttgatgtatggtttccacgccatccaacacaatg 12345  T
Q  101 aaaacttttttacgcccaatccttctctcggagaaaggggcttctatgtaggatgcatcgggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtt 200  Q
    |||||||| |||||  |||||||||||  |||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12346 aaaactttcttacgtgcaatccttctcatggagaaagaggattctacgtaggatgcatcaggatgaagattttcttcctctaacaatgaagaaaaaagtt 12445  T
Q  201 tattgtgtagaacattgagtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgtttt 300  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||  ||||| |||||| || ||||||| |||||||| ||  |    
T  12446 tactgtgtataacattgagtccatacttgtttgattcatcccttacattaaggaaacaaccgccttcaaattgggaataaagttttgcatataaagtact 12545  T
Q  301 agcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcata 396  Q
     ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||||||||||||| |||||    
T  12546 cgcaagggtggtttttcgtatgccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgacccaattttaaactttgattcaatttggtcata 12641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0570 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0570
Description:

Target: scaffold0570; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 219 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 10793 - 10575
Alignment:
Q  219 gtccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattggcaaaaaagtttagcatataatgttttagcaagggtggtctttcc 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  || | | |||||||||||| |   |||||||||||||||||||    
T  10793 gtccatacttgtttgattcatccattacattgagtaagcaacaaccttcgaattgagaatacattttagcatataaagccctagcaagggtggtctttcc 10694  T
Q  319 tatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaatttgttcatatttcttttcaattccaggaaga 418  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||  ||||    
T  10693 tatgccacccatgccccatattccaaggactctgacttcatgtgacccaattttcagcattgattcaatttgtttataattcttctgaattccaacaaga 10594  T
Q  419 cctttaatttcatatgggt 437  Q
    || ||||||||||||||||    
T  10593 cccttaatttcatatgggt 10575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 412
Target Start/End: Original strand, 16122834 - 16122958
Alignment:
Q  288 catataatgttttagcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttcagtattgattcaat 387  Q
    |||||||| |||| || || | |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| | | |||  ||   |||||||    
T  16122834 catataatttttttgctagagcggtctttcctatgccccccatgccccataatccaagcgttctaacatcatttgacccattattcgttaacaattcaat 16122933  T
Q  388 ttgttcatatttcttttcaattcca 412  Q
     | ||||||||| ||||||||||||    
T  16122934 ctcttcatattttttttcaattcca 16122958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 310 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 16336344 - 16336289
Alignment:
Q  310 ggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgacc 365  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||    
T  16336344 ggtctttcctatgccccccatgccccataatccaagcgttctaacatcatttgacc 16336289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 298 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12895878 - 12895802
Alignment:
Q  298 tttagcaagggtggtctttcctatcccacccatgccccatattccaaggactctaacatcatttgaccaaattttca 374  Q
    |||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| |  ||||||  | ||||||||||||||| ||||||||    
T  12895878 tttagctagagtggtctttcctatgccgcccatgccccaaaacccaagggttttaacatcatttgacccaattttca 12895802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University