View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4032_low_4 (Length: 684)

Name: NF4032_low_4
Description: NF4032
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4032_low_4
NF4032_low_4
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (19-615)||(28922773-28923369)
chr3 (20-617)||(28913349-28913949)
chr3 (112-674)||(28898931-28899513)
chr3 (32-673)||(28888966-28889628)
chr3 (55-617)||(28931652-28932227)
chr3 (603-674)||(28922678-28922749)
chr3 (614-673)||(28913278-28913337)
chr3 (20-89)||(28899522-28899591)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (255-312)||(24383755-24383812)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 28923369 - 28922773
Alignment:
Q  19 attgagaatgtgccaggaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacccattatccccataagttcat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28923369 attgagaatgtgccaggaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccaccctttatccccataagttcat 28923270  T
Q  119 ttgtctaatgcttattaacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtctcttct 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28923269 ttgtctaatgcttattaacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtctcttct 28923170  T
Q  219 gctttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28923169 gctttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgat 28923070  T
Q  319 atatttattaatgttatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaattgtattttgttacctaatttaatgcagacaatttgtgccttaaccat 418  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28923069 atatttagtaatgttatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaattgtattttgttacctaatttaatgctgacaatttgtgccttaaccat 28922970  T
Q  419 ttttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccgga 518  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28922969 tttttcatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccgga 28922870  T
Q  519 actggtcggtaccaatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgtgac 615  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28922869 actggtcggtaccaatctgtcgccagaagattcttcaagaaaagatatgctagagaaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgtgac 28922773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 28913949 - 28913349
Alignment:
Q  20 ttgagaatgtgccaggaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacccattatccccataagttcatt 119  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||    
T  28913949 ttgagaatgtgccaggaggcagtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcctttaagttatccctcccatcctttatccccaatagttcatt 28913850  T
Q  120 tgtctaatgcttattaacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtctctt--c 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  28913849 tgtctaatgcttattaacattattgaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtctcttttc 28913750  T
Q  218 tgctttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatga 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  28913749 tgcgttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatccttttgtga 28913650  T
Q  318 tatatttattaatgttatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaattg-tattttgttacctaatttaatgcagacaatttgtgccttaacc 416  Q
    |   ||||||||||| |   | ||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  28913649 tgattttattaatgtcacctcctattaaaagctaaatggaaaaatgttgtgaattggtaatttgttccctaatttaatgccaacaatttgtgccttaacc 28913550  T
Q  417 atttttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccg 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  28913549 atttttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcatccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccgaaagtaattcct 28913450  T
Q  517 gaactggtcggtaccaatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgtgact 616  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||| ||||||| ||   ||| |||||||||||||||| |||    
T  28913449 gaactggttggtaccaatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagataagtttgaacaaaatgatttgcaagttgtagccattggagagacttgtaact 28913350  T
Q  617 c 617  Q
    |    
T  28913349 c 28913349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 112 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 28899513 - 28898931
Alignment:
Q  112 agttcatttgtctaatgcttattaacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgt 211  Q
    |||||||||||||    |||||||||||||| ||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28899513 agttcatttgtctgtgacttattaacattattgaacatttctgcttccttaagagtataaaagaacctctgatctataatattttgttactgatatttgt 28899414  T
Q  212 ct----cttctgctttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatat 307  Q
    ||    |||   |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  28899413 ctttccctttctctttatatggcagtggatctcaagggagatggcattgttacaacatcgtattgatctggccaatgaaaagggacggagaagagaatat 28899314  T
Q  308 cctttcatgatatatttattaatgttatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaattgt-attttgttacctaatttaatgcagacaatttg 406  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||   |||||||||||||||| |||||||| || |||||||| | | |||| |||||||||| || |||||||||    
T  28899313 cctttcatgatatgtttgttaatgttacctcatattagaagctaaaggccaaaatattatgaattgttaatctgtttcctaatttaacgctgacaatttg 28899214  T
Q  407 tgccttaaccatttttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaa 506  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||| || | |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  28899213 tgccttaaccatatttccatacgcttggccagtacatggaccgaaaacagaagcttgggtctccatctgaacaattgcgtttattaagtgaaattccaaa 28899114  T
Q  507 agtaattccggaactggtcggtaccaatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacattggagag 606  Q
    ||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  28899113 agtaattcctgaaatggttgataccaatctgtcaccggaagattcctcaagaaaagataagctagagcaaaaagatttgccagaatcagccattggagag 28899014  T
Q  607 acttgt---------------gactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgtg 674  Q
    ||||||                |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28899013 acttgtaactcttttgcacaatactccacacatgatggtttttcccaatgtctggataagagagcagatgttgtaggtctgtg 28898931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 32 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 28889628 - 28888966
Alignment:
Q  32 caggaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacccattatccccataagttcatttgtctaatg-ct 130  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||   |||||||| ||||| | | || |||||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  28889628 caggaggcagtaaatctataaaacaaactgaaaatttaaaatctgtacttaagttgtcccttcaatcctttatccccaatagttcatttgtctaatggct 28889529  T
Q  131 tattaacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtctct--tctgctttatatg 228  Q
    ||||||||| || || |||||||| || |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||| ||||| |||    
T  28889528 tattaacatcattgaccatttctgattcctttagagtataaaagaacatatgatctatcatattttgtaactaatatttgtctctcttctactttacatg 28889429  T
Q  229 gcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatatttatt- 327  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| | ||||||     
T  28889428 gcagtggatctcaagggagagagaattgttacgaaatcgtattgatcgggctaatgaaaagggatggaggagagaatatccttttgcgatgtttttatta 28889329  T
Q  328 aatgttatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaatt-gtattttg-ttacctaatttaatgcagacaatttgtgccttaaccatttttcca 425  Q
    |||| ||   ||||||| |||||||| |  ||||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  28889328 aatgatacctcatattaaaagctaaagggaaaaatgttgtgaattggtaatttgtttccctaatttaatgccaacaatttgtgccttaaccatatttcca 28889229  T
Q  426 tacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccggaactggtc 525  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |     
T  28889228 tacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctccgtcagaacaatcacatttattaaatgaaattccaaaagtaattcctgaaatgatt 28889129  T
Q  526 ggtaccaatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgt------------- 612  Q
    | ||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||| |||||| |||||||||                 
T  28889128 gataccagtctgtcaccagaaaattcctcaaaaagagataagcttgagcacaatgatttaccagaattagccattggtgagacttgtaactctgttggac 28889029  T
Q  613 --gactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgt 673  Q
       |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||    
T  28889028 agtactccacacatgatggttttgctcaatgtctggataagagaacagatgttttaggtctgt 28888966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 55 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 28932227 - 28931652
Alignment:
Q  55 caaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacccattatccccataagttcatttgtctaat-gcttattaacattatagaacatttct 153  Q
    ||||||| ||||| | ||||| | ||| ||||||| || | | || |||||||||  || ||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||    
T  28932227 caaactgaaaatttaaaatctgctctttagttatcgcttcaatcctttatccccaatagctcatttgtctaatagcttattaacatcattgagcatttct 28932128  T
Q  154 gtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtct----cttctgctttatatggcagtggatctcaagggagat 249  Q
    | || ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28932127 gctttctttatggtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatattggtctttctcttctgctttatatggcagtggatctcaagggagat 28932028  T
Q  250 agaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatatttattaatgttatg-acatattagaag 348  Q
     |  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||    
T  28932027 tgcgttgttaagaaatcgtattgatctggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatttttattaatgttgtgttcatattagaag 28931928  T
Q  349 ctaaatgccaaaatgttgtgaatt--------gtattttgttacctaatttaatgcagacaatttgtgccttaaccatttttccatacacttgctcagta 440  Q
    ||||| ||||||||||||||||||         || |||||| || ||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28931927 ctaaaggccaaaatgttgtgaattagcatttattaatttgtt-ccaaatttaatgctaacaatttgcgccttaaccatatttccatacacttgctcagta 28931829  T
Q  441 catggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccggaactggtcggtaccaatctgtca 540  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||| |||| | ||||||||| ||     
T  28931828 catggaccgaaaacagaagctcgagtctccatcagaacaatcacgtttattaggtgaaatcccagaagtaattcctgaaatggttgataccaatctttcc 28931729  T
Q  541 ccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgtgactc 617  Q
    |||||| | |||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||    
T  28931728 ccagaaaaatcctcaagaaaagataaggttgagcaaattgatttgccagatttagttattggagagacttgtaactc 28931652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 603 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 28922749 - 28922678
Alignment:
Q  603 agagacttgtgactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgtg 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28922749 agagacttgtgactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgtg 28922678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 614 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 28913337 - 28913278
Alignment:
Q  614 actccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgt 673  Q
    ||||||||||| |||||||| | | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28913337 actccacacataatggttttgctctatgtctggataagagaacagatgttgtaggtctgt 28913278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 28899591 - 28899522
Alignment:
Q  20 ttgagaatgtgccaggaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatc 89  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||| | ||||| |||| | ||||||    
T  28899591 ttgagcatgtgccaggaggctgtaaatctataaatcaaactgaaaatttaaaatctgccctcatgttatc 28899522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 255 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 24383812 - 24383755
Alignment:
Q  255 tgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatccttt 312  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  24383812 tgttacaaaatcttattgaccgggcaaatgaaaagggttggcgaagagaatatccttt 24383755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University