View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4033_low_13 (Length: 444)
Name: NF4033_low_13
Description: NF4033
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4033_low_13 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 439
Target Start/End: Original strand, 35227276 - 35227696
Alignment:
| Q |
18 |
ataggcagagcaatgatcatgattcaagtgctttctcgccagaaggaatacatcggaagatgataatcgtagcaaattatcttcctctaaattctacaaa |
117 |
Q |
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| T |
35227276 |
ataggcagagcaatgatcatgattcaagtgctttctcgccagaaggaatacatcggaagatgataatcatagcaaattatcttcctctaaattctacaaa |
35227375 |
T |
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| Q |
118 |
ggatgacattactggtagatggtgctttagttatgatgaagattcaatttttaggcagttaaaggatggtctctcttctgatattgatgttgtttacgtg |
217 |
Q |
| |
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|
| T |
35227376 |
ggatgacattactggtagatggtgctt-agttatgatgaagattcaatttttaggcagttaaaggatggtctctcttctgatattgatgttgtttacgtg |
35227474 |
T |
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| Q |
218 |
ggatctctgaaggttgatgttgatgaaagtgagcaagagaatgtttcccagttgttggaggaattcaatttcttccctacttttattccttcagaaatcc |
317 |
Q |
| |
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| T |
35227475 |
ggatctctgaaggttgatgttgatgaaagtgagcaagagaatgtttcccagttgttggaggaattcaattgcttccctacttttattccttcagaaatcc |
35227574 |
T |
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| Q |
318 |
agaaaaagttttatgacggattctgcaagaactatttgtggcctttatttcattacatgtttcctatttatcatagttactgcaatggcttcgatgggtc |
417 |
Q |
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| T |
35227575 |
agaaaaagttttatgacggattctgcaagaactatttgtggcctctatttcattacatgtttcctatttatcatagttactgcaatggcttcgatgggtc |
35227674 |
T |
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| Q |
418 |
actttggcaggcctatgcttct |
439 |
Q |
| |
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| T |
35227675 |
actttggcaggcttatgtttct |
35227696 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 439
Target Start/End: Original strand, 34507048 - 34507468
Alignment:
| Q |
19 |
taggcagagcaatgatcatgattcaagtgctttctcgccagaaggaatacatcggaagatgataatcgtagcaaattatcttcctctaaattctacaaag |
118 |
Q |
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| T |
34507048 |
taggcagagcaatgatcatgattcaagtgctttctcgccagaaggaatacattggaagatgataatcatagcaaattatcttgctctaaattctaaaaag |
34507147 |
T |
|
| Q |
119 |
gatgacattactggtagatggtgctttagttatgatgaagattcaatttttaggcagttaaaggatggtctctcttctgatattgatgttgtttacgtgg |
218 |
Q |
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| T |
34507148 |
gatgacattactggtagatggtgttttagttatgatgaagattcaatttttaggcagttaaaggatggtctctcttctgatattgatgttgtttacgtgg |
34507247 |
T |
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| Q |
219 |
gatctctgaaggttgatgttgatgaaagtgagcaagagaatgtttcccagttgttggaggaattcaatttcttccctacttttattccttcagaaatcca |
318 |
Q |
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| T |
34507248 |
gatctctgaaggttgatgttgataaaagtgagcaagataatgtttcccagttgttggaggaattcaatagcttccctacttttattccttcagaaatcca |
34507347 |
T |
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| Q |
319 |
gaaaaagttttatgacggattctgcaagaactatttgtggcctttatttcattacatgtttcctatttatcatagttactgcaatggcttcgatgggtca |
418 |
Q |
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| T |
34507348 |
gaaaaagttttatgacggattctgcaagaactatttgtggcctctatttcattacatgtttcctatgtatcagagttactgcaatggctttgatgagtca |
34507447 |
T |
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| Q |
419 |
ctttggcaggcctatgcttct |
439 |
Q |
| |
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| T |
34507448 |
ctttggcaggcttatgtttct |
34507468 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 439
Target Start/End: Original strand, 27618252 - 27618672
Alignment:
| Q |
19 |
taggcagagcaatgatcatgattcaagtgctttctcgccagaaggaatacatcggaagatgataatcgtagcaaattatcttcctctaaattctacaaag |
118 |
Q |
| |
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|
|
| T |
27618252 |
taggcagagcaacaatcatgattcaagtgctttatcgccagaaggaatacattagaagatgataatcatagcaaattatcttgctctaaattctaaaaag |
27618351 |
T |
|
| Q |
119 |
gatgacattactggtagatggtgctttagttatgatgaagattcaatttttaggcagttaaaggatggtctctcttctgatattgatgttgtttacgtgg |
218 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
27618352 |
gatgacattactggtagatggtgctttagttatgatgaagattcaatttttaggcagttaaaggatggtctctcttctgatattgatgttgtttacgtgg |
27618451 |
T |
|
| Q |
219 |
gatctctgaaggttgatgttgatgaaagtgagcaagagaatgtttcccagttgttggaggaattcaatttcttccctacttttattccttcagaaatcca |
318 |
Q |
| |
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|
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| T |
27618452 |
gatctctaaaggttaatgttgataaaagtgagcaagataatgtttcccagtttttggcggaattcaatagcttccctacttttattccttcagaaatcca |
27618551 |
T |
|
| Q |
319 |
gaaaaagttttatgacggattctgcaagaactatttgtggcctttatttcattacatgtttcctatttatcatagttactgcaatggcttcgatgggtca |
418 |
Q |
| |
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|
|
| T |
27618552 |
gaaaaagttttatgacggattctgcaagaactatttgtggcctctatttcattacatgtttcatatgtatcagagttactgcaatggctttgatgggtca |
27618651 |
T |
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| Q |
419 |
ctttggcaggcctatgcttct |
439 |
Q |
| |
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||||||||||| |||| |||| |
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|
| T |
27618652 |
ctttggcaggcttatgtttct |
27618672 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 24 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 34507943 - 34507541
Alignment:
| Q |
24 |
agagcaatgatcatgattcaagtgctttctcgccagaaggaatacatcggaagatgataatcgtagcaaattatcttcctctaaattctacaaaggatga |
123 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
34507943 |
agagaaatgatcatgattcaagtgctttctcgccagaaggaatacatcgaaagacgataatcgtagcaaattatcttcctctaaattctaaaaaggatga |
34507844 |
T |
|
| Q |
124 |
cattactggtagatggtgctttagttatgatgaagattcaatttttaggcagttaaaggatggtctctcttctgatattgatgttgtttacgtgggatct |
223 |
Q |
| |
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| T |
34507843 |
cattactggtagatggtgctttagttatgatgaagattcaatttttaggcagttaaaggatggtctctcttatgatattgatgttgtttacgtgggatct |
34507744 |
T |
|
| Q |
224 |
ctgaaggttgatgttgatgaaagtgagcaagagaatgtttcccagttgttggaggaattcaatttcttccctacttttattccttcagaaatccagaaaa |
323 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |
|
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| T |
34507743 |
ctgaaaattgatgttgataaaagtgagcatgagaatgtttcctagatgttggaggaattcaattgcttccctacttttattccttcag-aatctagaaaa |
34507645 |
T |
|
| Q |
324 |
agttttatgacggattctgcaagaactatttgtggcctttatttcattacatgtttcctatttatcatagttactgcaatggcttcgatgggtcactttg |
423 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||| |
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| T |
34507644 |
agttttatgacgaattctgcaagaactatttgtggcctctatttcattacatgtttcctatgtatcacagttactgcagtggcttcaatgggtaactttg |
34507545 |
T |
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| Q |
424 |
gcag |
427 |
Q |
| |
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|||| |
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| T |
34507544 |
gcag |
34507541 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 58 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 27621889 - 27621576
Alignment:
| Q |
58 |
agaaggaatacatcggaagatgataatcgtagcaaattatcttcctctaaattctacaaaggatgacattactggtagatggtgctttagttatgatgaa |
157 |
Q |
| |
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|
|
| T |
27621889 |
agaaggaatacatcggaagacgataatcgtagcaaattatcttcctctaaattctaaaaagtatgacattactggtagatggtgctttagttatgatgaa |
27621790 |
T |
|
| Q |
158 |
gattcaatttttaggcagttaaaggatggtctctcttctgatattgatgttgtttacgtgggatctctgaaggttgatgttgatgaaagtgagcaagaga |
257 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | |
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|
| T |
27621789 |
gattcaatttttaggcagttaaaggatggtctctcttttgatattgatgttgtttgcgtgtgatctctgaaggttgatgttgataaaagcgagcaagata |
27621690 |
T |
|
| Q |
258 |
atgtttcccagttgttggaggaattcaatttcttccctacttttattccttcagaaatccagaaaaagttttatgacggattctgcaagaactatttgtg |
357 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
27621689 |
atgtttcccagttgttggaggaattcaatagcttccctacttttattccttcagaaatccagaaaaagttttatgacggattctgcaagaactatttttg |
27621590 |
T |
|
| Q |
358 |
gcctttatttcatt |
371 |
Q |
| |
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|||| ||||||||| |
|
|
| T |
27621589 |
gcctctatttcatt |
27621576 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 277 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 27621573 - 27621411
Alignment:
| Q |
277 |
ggaattcaatttcttccctacttttattccttcagaaatccagaaaaagttttatgacggattctgcaagaactatttgtggcctttatttcattacatg |
376 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
27621573 |
ggaattcaatagcttccctacttttattccttcagaaatccagaaaaagttttatgacggattctgcaagaactatttttggcctctatttcattccatg |
27621474 |
T |
|
| Q |
377 |
tttcctatttatcatagttactgcaatggcttcgatgggtcactttggcaggcctatgcttct |
439 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || |||| |||| |
|
|
| T |
27621473 |
tttcctatgtatcagagttactgcagtggcttcgatgggtaactttggcaagcttatgtttct |
27621411 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 89 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 25087889 - 25087624
Alignment:
| Q |
89 |
gcaaattatcttcctctaaattctacaaaggatgacattactggtagatggtgctttagttatgatgaagattcaatttttaggcagttaaaggatggtc |
188 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |
|
|
| T |
25087889 |
gcaaattttcttcct-taaatgctaaaaaggatgacaatt-tggtagatggtgctttagttatgatgaagattcaatttttagggagttaaaggataatc |
25087792 |
T |
|
| Q |
189 |
tctcttctgatattgatgttgtttacgtggg--atctctgaaggttg-atgttgatgaaagtgagcaagagaatgtttcccagttgttggaggaattcaa |
285 |
Q |
| |
|
| |||| |||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |
|
|
| T |
25087791 |
tatcttatgatattggtgtcgtttatgtgggatatctctgaaggatgaatgttgatgaaaatgagtgagagaatatttcctagaagttggaggaattcaa |
25087692 |
T |
|
| Q |
286 |
tttcttccctacttttattccttcagaaatccagaaaaagttttatgacggattctgcaagaactatt |
353 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||| |
|
|
| T |
25087691 |
tttcttgcctacttttattcctctggaaatccagaaaaagtttaacgacggatttcgcaaaaactatt |
25087624 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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